終於有一天，自來也決定要踏上旅程了，他要增加閱歷，接觸更多的人，以便為將來做出正確的選擇，引導那個變革者。自來也道，「就像大仙人夢中那樣，環遊世界，敘寫小說吧！那好像就是我的命運。」自來也為了尋找大蛤蟆仙人夢境的意義，四處隨意旅行的時候，世上開始騷亂。忍者五大國統治下的和平岌岌可危，隨著動亂，各國開始了侵略和內亂，並開始逐漸危及到了普通民眾的生活。
一天下雨的天氣，自來也在一個廢宅避雨，他遇到了一個旅行者。旅行者問道，「年輕人，你為什麼旅行？」自來也回答，「尋找自己的命運。」那個旅行者抱著一個嬰兒，嬰兒哭泣起來，自來也遞過去一顆奶糖。出乎自來也的意料，那個嬰兒是個傀儡。原來這個旅行者是一個會製造傀儡的忍者。
傀儡忍者道，「這個孩子說了，命運是不需要尋找的。對於到來的命運，就要認命。戰亂逼近了，在和平時代沒有用處的傀儡製作技術，也可能以高價賣給某個國家的大名。」這位傀儡忍者，疑似砂隱忍者，他選擇了融入毀滅時代的浪潮之中。註：後來這個傀儡忍者成為佩恩六道裡面的修羅道，變為機械化的傀儡身體，能使用火箭彈攻擊。
又旅行了一陣，自來也去了酒館，受到招待女郎的熱情款待。性感火辣的女郎慇勤勸酒，「開心一點啦！我說，你在寫什麼？」自來也叼著筆，手在女郎的身體上不老實的游動，「僅僅融入時代大潮，是無法完成世界的引入，至今為止從未有過的和平變革。」女郎擠入自來也的懷中，「要改變的話，就先改變我吧！」自來也大笑，「也是，好像這樣比較開心！」正當自來也與女郎進行深入交流時，隔壁傳來賭博不公平的吵鬧聲。
自來也過去勸架，制止了那些人的打鬥。抱怨不公平的男子，是個草隱的忍者。自來也邀他喝酒談心，草忍道，「該死，我的命運為什麼這麼苦？為了復興一族，我還要著手做不習慣的農活。」通過交談，自來也明顯感覺到這人對世態的強烈不滿。自來也勸酒，「我也在探究自己的命運，可是一直找不到方向。」草忍道，「那種東西再怎麼找也沒用的，區區我們一族就鬥不過大國的忍者村。」自來也道，「這傢伙怎麼回事，盡發牢騷！」
旁邊有個長髮的人打斷了二人的話，加入了交談，「其實並非如此哦！我在村子裡就教給孩子們，面對艱難命運時，該如何應對的方法。」草忍道，「你是說僅靠教育就能阻止戰爭嗎？別說漂亮話了！」草忍打向那人，那人跳開，落在自來也身邊。自來也這才察覺，對方是個瀧隱的忍者。瀧忍道，「這恐怕是不可能的，不過通過教育，也許能讓他們掌握選擇更好的選項的能力。」自來也問道，「那所謂的選項是……」瀧忍道，「自然是生或者死的選項了，我能教的是苟且偷生的方法。」
自來也很失望，他知道只有這樣是不行的。他必須要選一個能給世界帶來和平的變革者。註：長髮瀧忍後來變成佩恩六道裡面的人間道，能夠讀取他人的記憶、思想，並抽走靈魂。草忍變成佩恩六道裡面的餓鬼道，能夠吸收忍術和查克拉。
自來也繼續旅行，有一天他經過一個廢棄的村莊，一群人圍著，有個男子進行演講，讓大家通過努力來改變生活，創造和平。自來也問他如何給世界帶來和平，那個男子是個宗教領袖，「這個世界已經進入了戰亂，並且已經阻止不了了。」自來也疑惑，「那你剛才說的努力是什麼，如何改變這些人的命運呢？」宗教法師道，「只有一心祈禱了，現在能做的只有這個了。」自來也很失望，他要找的人不是這個人。註：宗教領袖，後成為佩恩六道裡面的地獄道，擁有復活和審判的能力。
自來也繼續旅行，穿過森林，他來到一個村莊，那是個普通的村子，但已經被大火包圍了。一把風魔手裡劍打向自來也，自來也俯身躲過，緊跟著一排苦無就射了出來，自來也蛙跳躲開。對方擲出起爆符，爆炸後，又馬上扔出一把風魔手裡劍，擊中了自來也，煙霧散後，對方才看到風魔手裡劍射中的是一根木樁，是替身術。自來也蹲在樹上，大為惱火，「這個手裡劍之術，你是風魔一族的忍者……為什麼要襲擊安穩過日子的村民的村子呢？」
那個青色頭髮的男子看出自來也也是忍者，「你還真是悠閒！世界的和平正處於崩潰之際，何時發展成大戰也毫不奇怪。那個村子因為有忍者潛入的消息而被摧毀。」自來也道，「就因為這樣嗎？」風魔忍者道，「需要摧毀，就必須摧毀。這是一個一旦猶豫就會被幹掉的世界。」自來也擲出了兩顆煙霧彈，讓對方陷入混亂。然後過來攻擊，與風魔忍者戰鬥。那個風魔忍者的實力不差，並沒有被輕易擊倒。
自來也道，「你還真有一手！」風魔忍者道，「你也是忍者的話，不能視而不見。放棄吧，這是我們忍者的命運。」自來也道，「我能再說一句嗎？」風魔忍者道，「我沒興趣，你去死吧！」風魔忍者用手裡劍把自來也釘入了樹中，自來也道，「要我放棄，還是你自己放棄吧！」自來也消失，是影分身。自來也的本體出現在後面，苦無劃過，風魔忍者急退，額頭被苦無劃傷。
風魔忍者自知不是自來也對手，「可惡，就算打敗我，還會有其他忍者來攻擊這個村子的。只要我們還活在這個被詛咒的忍者世界裡，就不會有和平。」風魔忍者戰敗負傷而去。註：風魔忍者，後為佩恩六道裡面的畜生道，能使用通靈術，召喚大量不同類的通靈獸。
自來也經過了幾度尋找，依然沒有找到能夠給世界和平帶來變革的人。在這時已經開始無法阻止的戰爭連鎖，自來也只好先停止了他的邂逅命運之旅，不得不回到了木葉村。當時正值第二次忍界大戰爆發，戰爭殘酷而無情，連綱手的弟弟繩樹都死在了戰火中。大蛇丸帶回繩樹的遺物，初代火影的項鏈。綱手悲痛欲絕，自來也陪在綱手身邊安慰。在忍者的世界裡為了消除悲傷，自來也發誓一定要找到那個變革者，必須要選擇創造和平的人。
戰爭的火苗終於將自來也等人也捲入了漩渦之中，不論他們願不願意，這就是後來人們稱之為的第二次忍界大戰。而自來也三人被稱為傳說中的三忍，也是這之後不久的事情。值得一提的是，第二次忍界大戰時，二代火影已經在這之前過世，三代火影由猿飛日斬擔任。註：關於一戰、二戰、三戰的界限都不太明朗，編年史同樣混亂不堪，眾人各說紛紜，本文暫且按照這種說法進行。
雨隱村，大雨滂沱，年輕的大蛇丸、自來也、綱手姬三人對陣雨隱的首領，傳說中的半神，山椒魚半藏。戴著防毒器的半藏，站在大型的通靈獸山椒魚上，俯視三忍。半藏忽然出手，向三人射出了大量的引爆符苦無。三忍一起跳起來躲避，爆炸在地上發生，升起大量煙塵。半藏在視線不明的情況下，依然鎖定了綱手的位置，一捆帶線的起爆符，纏上了綱手。綱手大驚，自來也過來營救，「忍法，針地藏！」白色的頭髮變長，包裹住綱手，將綱手拉出了爆炸中，與自來也匯合在一起。
烈火在雨地裡燃燒，自來也依靠絕對防禦針地藏擋住了半藏的這次攻勢。半藏非常吃驚，大蛇丸趁機發動了潛影蛇手，纏住了半藏。自來也配合反擊，「忍法，針地獄！」頭髮變長，形成大範圍針刺，刺向無法動彈的半藏。半藏發動了瞬身之術，脫困而走，大蛇丸與自來也的攻擊一起落空。通靈獸山椒魚向前移動，發出咆哮，逼退了自來也和大蛇丸。半藏重新站在山椒魚頭上，而這時候，三忍都有些疲憊不堪。剛才為了救綱手，自來也的腿被爆炸的餘波燒傷。
綱手有些歉意，扶起自來也。自來也逞強，「這種程度的燒傷不算什麼！」大蛇丸道，「連我們的配合忍術都無法奏效。」自來也叫苦，「到此為止了嗎？」三忍氣喘吁吁，周邊倒在地上的多是木葉的忍者。半藏有些無奈，他這邊的雨忍們也都打光了，「這麼年輕，真是了不起啊！竟然能把我逼到這種程度。這場戰爭恐怕是木葉獲勝了，看在猿飛日斬的面子上，我就放你們一條生路吧！」自來也怒道，「我們不需要你的同情！我們還可以繼續戰鬥。」綱手喝止，「別說了，自來也！」
半藏道，「你們三個人很厲害，不愧是猿飛日斬的學生，連這種處境也能倖存下來，讓我感到十分棘手，我就給你們一些時間來成長，再變強一些再向我挑戰吧！作為饒你們一命的代價，各自報上名號吧！」三忍各自說出了名字，半藏道，「你們的名號已經深深刻在我的心中了。自來也、綱手、大蛇丸，我半藏，從此以後稱你們為木葉三忍。你們就自稱這個以生命為代價換取的名號吧！」正是在這次的戰鬥中，三忍才名揚天下，正是跨入了另一個境界。在此之前，半藏與猿飛也交過一次手，半藏不敵精通五遁忍術的猿飛，輸了一籌。因此藉著這個機會，半藏就放過了三忍，留給木葉一個人情。
戰鬥結束後，三忍帶著挫敗的感受，在一個山洞避雨。自來也吃著餅乾，「就像半藏所說的，以木葉的勝利告終嗎？」綱手道，「那之後要做什麼，繼續旅行嗎？」自來也道，「說的也是呢，繼續旅行寫那本書吧！」綱手道，「為什麼你就不能在村子裡安靜地生活呢？」自來也道，「有種還要遇到的感覺。」綱手道，「之前所說命中注定的傢伙嗎？」大蛇丸噓了一聲，綱手和自來也看向裡面，自來也道，「還是孩子呢。」
大蛇丸道，「不要大意，即便是小老鼠，也是雨隱村的人。」綱手道，「不要躲著了，快出來吧！」裡面走出一個棕色頭髮的男孩，有些狼狽的樣子，「請分給我一些食物。」自來也問道，「你的父母呢？」那個男孩就是彌彥，「在這場戰爭中被忍者殺死了。」自來也有些感傷，拿出了乾麵包遞給彌彥。彌彥回頭喊，「長門、小南，出來吧！他們看上去不像壞人。」裡面又走出一個紅色頭髮的男孩，和一個藍色頭髮的女孩，這就是小時候的長門和小南。
他們跑過來不僅把自來也的乾麵包都拿走了，還順手取走了綱手的餅乾。綱手見他們可憐，也沒說什麼。休息了一陣後，冒著大雨，木葉三忍踏上了歸途，三個孩子跟在後面。走了一段後，綱手忍無可忍，回頭道，「剛剛已經分給你們食物了，幹嘛還要跟著我們？」小南從背後掏什麼東西，戰場上的反應，讓綱手本能地準備出手。自來也阻止了綱手，小南取出了一朵紙花，遞給綱手，「謝謝你們，這是我們的謝禮。」
自來也道，「是折紙啊，用乾麵包的包裝紙做的。」綱手道，「把這個給我們嗎？」小南點頭，彌彥壯著膽子，說出想要學習忍術的願望，「請教我們忍術吧，你們是木葉的忍者吧！」自來也和綱手都有些驚訝，大蛇丸卻道，「要殺掉他們嗎？我已經看慣了戰爭中的孤兒，但還是覺得他們十分淒慘。索性在這裡殺掉他們，對這些孩子們來說也是……」3個孩子嚇壞了，彌彥本能地把小南和長門擋在身後。
自來也喝止大蛇丸，「你和綱手先回去吧！我暫時照顧一下這幾個孩子。」綱手道，「什麼？你又自作主張了！」自來也道，「等他們多少能自立生活一些為止，這算是一點點贖罪吧！」綱手道，「可是村子那邊……猿飛老師又要頭疼了。」自來也非常欣賞彌彥的勇氣，認為這次相遇也是命運的安排。