黃帝神農氏最後終於將蚩尤擊敗於涿鹿戰場，而被俘的蚩尤不肯投降，，黃帝怕他復活將他屍身葬於大荒各處，使其永遠匯聚而首級所在的地方化作了「血楓林」。蚩尤本是九幽戾氣所化不生不滅。蚩尤的血染了的大地變成一片楓林，每一片樹葉的顏色都是鮮紅的，那便是蚩尤身上迸濺出來的斑斑血跡，直到後世還在訴說著他的悲憤。
大戰之後，諸神神力大不如以前，女媧與帝俊更是如此。女媧回到了殘碎的不周仙山，帝俊也早已厭倦神界的爭鬥，加之孤苦一人又回到了東海蓬萊之地，居於扶桑神樹之上。佛祖遊歷人間，開始了新的修行、輪迴，四位大神各有去處。不過三界終於又恢復了平靜……
人間界也正式邁入了上古時期，一晃就是幾千年過去了，人類繁衍不息，萬物生長一片欣欣向榮之勢。與此同時神界又誕生了一些新生的諸神，大多是還是延續了炎黃神系與帝俊神系。其中炎黃神系以顓頊為新的代表，帝俊神系以共工為代表，同時共工在妖魔一系也很有影響力。上古時期是人神共存的時代，時常有人類女子與神結合，生下後代，這些後人大多是半神半人式的，有上古魚神與人類女子結合，他們的後代，被稱之為魚人族。也有其他一些種族，人們習慣將之稱為異族，與人類的種群區別開來。兩族和平相處，倒也無事。
皇天之下，厚土所載，以中原為核心，周有八荒：東，西，南，北，東北，西北，東南，西南，是謂八荒。中原大地，山川靈秀，土地豐美肥沃，幾乎聚盡天下人口。而週遭八荒之地，所在多是山險水惡，獸盡鳥窮，常人難至，卻多有化外異族。因為有諸神的壓制，這些化外異族也不敢進犯，不過神與人共同生活，也使得神沾染上了人的脾性，自私、嫉妒、貪婪等種種弊病。終於引發了問題……
女媧與帝俊的淡出神界，使得公共與顓頊開始爭奪神界的主宰。共工與顓頊爭為帝，二神直打了幾天幾夜，共工不敵，怒而觸不周之山，天柱折，地維絕。天傾西北，故日月星辰移焉；地不滿東南，故水潦塵埃歸焉。
天地間洪水氾濫，水患頻頻，滋生妖邪，神界之弱水一沾上凡間之土，再也無法自拔。歸墟之水稍後緊跟著流出，歸入神秘的五海之中。無情海自此便有黑水玄蛇一說。滄海之洛水更加迅猛的匯入東海，生出龜鱉等妖物。慾海的黑色曼陀羅花再次綻放，神界有一場災難來臨了……
八荒之地的妖魔也趁勢作亂，人間界陷入了前所未有的危機。八荒之中西南之地出一大妖，此妖稱雄南疆之地日久，潛藏的極深暗中已將南疆之地變為人間地獄，天地戾氣也被這洪水激發的更加兇猛、恣肆。南疆戾氣源於洪荒時期的「幽冥血海」，不生不滅，只能封印，卻無法將其根除。玄火陣承天地戾氣而生，正是壓制這股戾氣的最好法子。南疆「幽冥血海「殘餘的戾氣也召喚著八荒妖獸的來臨！
人之所壽，皆有所限，縱然修道有成，也不過多活個幾百年罷了。但非人之物，卻往往性命更加悠久，而天地造化、陰陽戾氣等等，更是天地開闢以來，恆久不滅者。蚩尤被黃帝斬殺，死於北極冰原化為血楓林，千年來一直試圖藉機重生，恰逢遇上誇父的怨氣，兩者融匯，急速的成長，遂又生一大妖，也是八荒凶神之一。
共工與顓頊之戰引發了如此惡果，驚動了隱世的女娃與帝俊，兩人不思悔改反而逃竄而去。女媧思禍亂的根源在於神人相通，神沾染上人間的惡習，遂定天條禁制神人來往。從此神界與人間界分隔！女媧練五彩石以補蒼天，帝俊也派出了自己手下的得力干將鯀治水。
鯀因治水無功，被帝幽於羽山，鯀羞於自沉於羽淵，化為元龜。禹治水，得龜相助。大禹便帶了助手，去挽救人類，治理洪水。大禹首先趕走了興風作浪的水神共工。隨後命一隻大元龜把一種叫「息壤」的神土馱在背上，跟著自己。這種「息壤」神土，只要放在地上就會不斷生長，積成大土堆。大禹一路上用它填平深淵、堵截洪水。
大禹治水果然有奇效，被天帝嘉獎。與此同時，女媧耗盡神力終於補上了蒼穹最後一個窟窿。大龜將剩餘的「九天息壤」帶回蓬萊之地，突然間一股旋風而來，打散了龜背上的息壤落於東海之中，很快變成一座小島，即是閻羅之島。那股颶風也是有意為之，這又會是一個怎樣的神秘？輪迴之中終於有了印證……
女媧回頭望眾生一笑，自知神力耗盡命不久矣，索性燃燒元神將畢生的修為與殘存的一點神力注入補天剩下的一塊五彩石中，形神俱滅。洪荒最強的女神就此而亡，又一位大神離去了。女媧終究是大神，僅存的一點神力也非同小可。此石即是女媧石，女媧石的能量太強，突破了人間界的極限，一道天刑極雷劈下，擊碎了女媧石，遂一分為五。
落在神界化作「冥石」，後被天帝帝俊所得，溟濛未開天帝以神力通靈，因此之故後世多稱之為「天帝冥石」。帝俊懷念女媧的離去，曾經共患難的五位洪荒大神，已去其二，帝俊將尋覓到的那塊女媧石，放於「天帝寶庫」之中，遂決定獨闖南疆之地。似乎天帝早早預料到此行的結局，割開臂彎將「神血」注滿玉杯，即是後世所謂的「天地靈藥」。天帝緬懷一場，揮袖而去……
玄火陣已經壓制不住南疆凶神，共工傷重逃回南疆反而被其吞沒，南疆凶神破印而出。與此同時八凶之地的凶神齊聚南疆，氣焰囂張，商量著如何攻佔神界，天帝帝俊的造訪完全打亂了他們的步伐，沒遇到天帝帝俊竟敢孤身前來。雙方無言徑直打起來，結果這八方凶神俱備天帝所滅，但是就是天帝業無法毀滅其神智，南疆「幽冥血海」戾氣不斷，遲早有一天還會聚之成形。帝艱難地奔回找到了情傷之中的青若，將陣法心得授予青若，唯獨缺一件東西使得帝無法佈陣，焚盡萬物的八荒火龍。