宣政院，初名總制院，是中國元朝時期設立的一個直屬中央政府管轄的國家機構，負責掌管全國佛教事宜並統轄吐蕃（今西藏）地區的軍政事務。
至元元年（1264年）元世祖忽必烈下詔設立總制院，院使秩正二品，由當時的元朝帝師八思巴兼領，並設有院使、同知、副使等官員，下轄吐蕃地區各級地方行政機構，包括宣慰司、安撫司、招討司、萬戶府、元帥府等。當時全國藏區被劃分為三個宣慰使司都元帥府（即吐蕃等處、吐蕃等路、烏思藏納裡速古魯孫等三路），均受總制院管轄。到了至元二十五年（1288年），尚書省右丞相兼總制院使桑哥認為總制院責任重大，故向忽必烈奏請根據唐朝在宣政殿接待吐蕃使臣之例而更名為宣政院，由帝師兼領，被批准，而且院使升從一品，與中書省、尚書省、樞密院、御史台並列。
根據元朝的規定，對於全國各省佛教和吐蕃地區的一般**務可設行宣政院駐當地處理，如遇重大軍事則由宣政院與樞密院聯合負責處理。他們凡是對漢地佛教有利的也做。
元朝掌管全國佛教事務並統轄吐蕃地區的中央機構。初名總制院，於至元元年（1264）設立，以國師八思巴領之。二十五年，尚書右丞相兼總制院使桑哥，以總制院統領吐蕃各宣慰司軍民財谷，責任甚重，宜加崇異，奏請用唐朝皇帝在宣政殿接見吐蕃使臣的故典，改名為宣政院，秩從一品，用三台銀印。以帝師領院事。置院使二員（後增至十員），其為長者常以朝廷大臣擔任，位居第二者由帝師推薦僧人擔任。宣政院官屬得自選用，與中書省、樞密院、御史台並為元朝四個獨立的任官系統。
滅宋後，即置江南釋教都總統；至元二十八年，又分設行宣政院於杭州，掌江南各省佛教，其後曾兩度廢而復置。吐蕃發生變亂，亦設行宣政院前往當地處置，唯重大軍事行動需與樞密院商議。諸路、府、州、縣置僧錄司、僧正司、都綱司，為宣政院下屬地方機構，管理各地佛寺、僧徒。
至大四年（1311），罷僧錄等司，凡僧人詞訟皆歸管民官決斷。至順二年（1331），復於各省置廣教總管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院選僧俗官任達魯花赤、總管等職。
元統二年（1334）罷。宣政院所轄吐蕃之地，分設三道宣慰司：吐蕃等處宣慰司都元帥府（又稱朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帥府（又稱朵甘思宣慰司）、烏思藏納裡速古魯孫三路宣慰司都元帥府（又稱烏思藏宣慰司）。宣慰司下轄安撫司、招討司、宣撫司和元帥府、萬戶府等。自宣慰使都元帥至萬戶等各級官員多以當地僧俗首領擔任，由帝師或宣政院薦舉，朝廷授職。
元代特別重視宗教，對於佛寺大加保護，特設總管機構「大禧宗禋院」，有院使、副使等官。所屬各大寺院設總管府（如「南鎮國寺」，設龍禧總管府；大「護國仁王寺」，設會福總管府；「大承天護聖寺」，設龍祥總管府等）。此外還設有田賦提舉司、營田提舉司、財用所、民佃提領所、香戶提舉司、營繕司等。在這方面幾乎政教不分，而以正式官署管理寺院事務也是前代所未有的。
歷代掌管宮廷器用之製作多為少府監所屬官署。而將作監則掌管公用之建築。元代升將作監為將作院，專司宮廷器用及衣冠服飾之製作。其所轄各種工藝品的作場也是非常繁多的，依其種類分設三個總管府掌管：一、諸路金玉人匠總管府。所屬有玉局提舉司、金銀器盒提舉司、瑪瑙提舉司、金絲子局、帶斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、畫局、裝釘局、大小雕木局、溫犀玳瑁局、漆紗冠冕局等。二、異樣局總管府。所屬有異樣紋繡提舉司、異樣織染提舉司、紗羅提舉司等。三、大都等路民匠總管府。所屬有備章總院、尚衣局、御衣局、織佛像提舉司等。
關於宮廷的職事，專供皇后的有中政院，所屬有中瑞司、內正司、正翊司等。專供太后的有徽政院；供應太子的有儲政院。總之，元代的皇后、太后、太子諸王都可以有領地，有丁口，國官與宮官交錯設置，政令分歧，是歷史上所僅見的奇特現象。
元代所設各院，與傳統比較接近的是：太常禮儀院、典瑞院、太史院、太醫院（其所屬有惠民局及醫學提舉司，是有關醫療事業與醫學教育的）。
元末設置的奎章閣及藝文監，專掌書畫鑒定及刊布圖籍之事，也是前所未有的特設機構。
元代的驛站制度特別發達，因此而特設通政院以管理全國驛站之事，而於各路置脫脫禾孫一官以辨奸偽。
元代官制特點：
第一，除最高機構外，一般中外軍民官署皆在主官之外設一達魯花赤，主要由蒙古人擔任，特別是外官，自總管府以至府、州、縣行政實權皆操在達魯花赤之手。
第二，自仁宗始，開科取士，分蒙古人、色目人與漢人、南人為兩榜。雖已稍變初期專用蒙古人擔任要職的做法，但南榜進士最多做到御史台及六部尚書為止，最高職位仍限於蒙古族人。
第三，事務官及吏員比較充實，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有發言任事之權。這是由於蒙古高級官吏對情況不夠熟悉，能力薄弱，不得不假手於這些低級職員。
第四，工藝技術官司之設置十分繁瑣，這是由於元代手工業發達，有匠戶組織的緣故。
宣政院的幾次廢罷：
1、元武宗在位期間（公元1308-1311年），對於藏傳佛教十分尊崇，以致宣政院曾經宣旨：凡俗人指斥詬詈西番僧人者都處之以截手斷舌的酷刑。當時武宗的太子，即其弟弟、後來的仁宗，就加以諫阻。至大四年（公元1311年）正月武宗去世，仁宗在已親政還未即位時，二月下令旨禁止宣政院違制度僧。同月甲寅「罷江南行通政院、行宣政院」。過了半個月，二月丁卯「罷總統所及各處僧錄、僧正、都綱司，凡僧人訴訟，悉歸有司」（《元史·仁宗本紀》）。他即位後，四月丁卯重申罷諸僧司這一命令。此即「除宣政院、功德使司兩個衙門外」，全國各處僧官衙門一律停廢，其印信一律拘收銷毀，凡涉及僧人違法和訴訟案件全由地方官審理。這是仁宗銳意改革庶務中的一項重大措施。其原因是仁宗早年曾居住在懷孟（治今河南沁陽），目睹僧官貪劣腐化的種種作為，他說：「在前我栲栳山（今山西永濟東北栲栳鎮）回來時，至潞州（治上黨，今山西長治市）呵，平陽（路名，大德九年改晉寧，治今山西臨汾）的僧錄，臘月八日就潞州我的陸水寺裡殺羊，喚歹婦女每吃酒；又和尚每告他則潞州里要了玖拾余錠鈔來。」又認為「乾淨的好和尚每，在寺裡住著唸經，與咱每祝壽也者；不乾淨的歹和尚每要做僧官有。」（18）加以陪伴他出居懷孟、他的師傅李孟等漢人學者的反佛思想對他的這一決策也起了作用。李孟在仁宗嗣立之初，看到「釋、老二教，設官統治，權抗有司，撓亂政事，僧道尤苦其撓，……（李）孟言……僧道士既為出世法，何用官府繩治！乃奏……罷僧道官，天下稱快」。在取消了行宣政院及其下屬諸路府州縣僧官衙門後，經過七年，到仁宗延佑五年（公元1318年）九月丁亥「立行宣政院於杭州，設官八員」（《元史·仁宗紀》）復置的原因不明。但仁宗在位期間，鐵木迭兒為相，總領宣政院事，「納江南諸寺賄賂」；楊璉真伽之子暗普任宣政院要職，備受寵信；仁宗及其母都崇信佛教，所以仁宗初年雖欲更張庶務，並非如儒臣所期望那樣，就江南佛教事務作一番徹底改革。此外，我們看到《元史》中記皇慶元年（公元1312年）四月壬午敕：「僧人田除宋之舊有並世祖所賜外，餘悉輸租如制，」《通制條格》卷二九皇慶元年四月十七日中書省奏讀的是同一件事，大意說：當時中書省據江浙行省報告，宣政院官奏免僧道等稅糧得到皇帝皇太后准許。中書省認為這適與一直奉行的政策相違，「省官與宣政院官互相聞奏不一」，請求前此這類聖旨懿旨應予拘收，嗣後頒旨，請依舊例。《元史》又記，皇慶二年（公元1313年）六月乙亥，「詔諭僧俗辨訟，有司及主僧同問，續置土田，如例輸稅。」《元典章》卷三三《和尚頭目》說出頒下這道詔旨的原因，大意是以往革除了一切僧官衙門，如今帝師為首的僧人上奏反映政府叫和尚們交納錢糧、叫寺院供應鋪馬、聽任使臣歇宿，這樣和尚們更加受罪，他們的學經和作法事更受到妨礙。從這兩條史料看來，在徵收稅糧政策上，中書省與宣政院意見分歧，在地方官管理寺院事宜上，帝師替僧人們說話，而皇帝依違其間，諭旨更變無常。在這樣的背景下，延佑五年之再立行宣政院是有其必然性的。
2、行宣政院復立後經過八年，泰定帝泰定三年（公元1326年）八月罷行宣政院及功德使司，原因和執行情況，史文不載。但《元史》又記文宗天歷元年（公元1328年）十一月，從御史台臣言，罷行宣政院。此後兩年內情況不明，至順二年（公元1331年）二月戊申「立廣教總管府，以掌僧尼之政，凡十六所：曰京畿山後道，曰河東山右道，曰遼東山北道，曰河南荊北道，曰兩淮江北道，曰湖北湖南道，曰浙西江東道，曰浙東福建道、曰江西廣東道、曰廣西兩海道，曰燕南諸路，曰山東諸路，曰陝西諸路，曰甘肅諸路，曰四川諸路，曰雲南諸路。秩正三品。府設達魯花赤、總管、同知府事、判官各一員，宣政院選流內官擬注以聞，總管則僧為之」（《元史·文宗本紀》）。原在杭州的行宣政院既然撤消，所轄事務歸浙西江東道、浙東福建道二廣教總管府處理，其上則有宣政院總領全局。通例：達魯花赤職掌印信，僧人總管則握判署之權，這是有意抬高僧人的地位，但總管府的級別比行宣政院降低了三級，官員名額也減少了。
文宗之所以在全國地方上作出這樣大的更改，還不易釋明。在元朝諸帝中，他是接受漢文化最深的一個。當他即位前住在建康，就認識許多南方僧人，受到漢地佛教文化的薰染。虞集頌揚他說：「天歷天子，久潛金陵，清燕之暇，洗心於佛乘。凡行道明教之士莫不知名。」他在建康即遊覽佛寺，修建寺塔，還曾沿江東去鎮江金山龍游寺攬勝；即位後將在建康的住宅改建為大龍翔集慶寺並命祥僧大欣為第一任住持。這些都說明他對江南佛教僧侶素懷好感，設總管府一舉也許出於他振興漢地佛教的心願。
3、廣教總管府只存在了四年，元順帝元統二年（公元1334年）正月甲寅「罷廣教總管府，立行宣政院」。這是《元史·順帝本紀》的記載，同書卷九二百官志，云：「行宣政院。元統二年正月，革罷廣教總管府一十六處，置行宣政院於杭州。除院使二員，同知二員，副使二員，同簽、院判各一員。首領官：經歷二員，都事、知事、照磨各一員，令史八人，譯史二人，宣使八人」。從編制上看，官員八人，與廷佑五年九月再立時同。對比至元二十八年成立時的編制，即「設院使、同知、副使、僉院、同簽、院判、經歷、都事、照磨等員」（《至正金陵新志》卷六官守志）。官員中無僉院一員，餘全同，可知這第三次立院恢復了至元體制。
《元史·順帝本紀》記至正二十七年（公元1367年）五月「癸未，福建行宣政院以廢寺錢糧由海運送京師」。這仍是原在杭州的行宣政院，因為前一年十一月明軍攻下杭州路，這所機關隨著元官員遷到福州，所以改稱「福建行宣政院」。
總結行宣政院立廢變化，大致如下：
a、1291（至元二十八年）——1311（至大四年）存在20年；
b、1311（至大四年）——1318（延佑五年）廢罷7年；
c、1318（延佑五年）——1328（天歷元年）存在10年；
d、1328（天歷元年）——1334（元統二年）廢罷6年，代替以廣教總管府；
e、1334（元統二年）——1367（至元二十七年，元亡）存在33年。
如此，行宣政院共存在約63年，其所以廢罷數次，與元廷收權中央、減少機構或許有關，另外，朝廷在委任俗官（從方面大員到親民之官）以管理釋教的全權抑或聽任僧人自治，重用僧人參預政治這一矛盾間游移，也可能引導到機構的取消變更。順帝之再設行宣政院則是再度把權力收歸地方長官之手。行宣政院下屬各級僧司（其中也有皂隸等俗人）受仁宗於至大四年那次廢罷的打擊，至此時迄未恢復元氣，因為至正四年（公元1344年）諸山主僧向丞相兼宣政院使脫脫抱怨他們在郡縣管理下很苦，如坐地獄，請恢復僧司，脫脫說：「若復僧司，何異地獄中復置地獄耶？」
附：
涼州會盟
公元1247年在中國西部涼州（今甘肅武威）西藏納入中國版圖完成祖國和平統一。公元13世紀初，蒙古汗國西涼王闊端在奉父王之命率蒙古大軍挺進吐蕃雪山腳下時想起10多年前戰爭給吐蕃帶來的災難和被藏族姑娘卓瑪所救的往事時，他毅然決定抗旨撤兵。為了祖國和平統一，闊端忍辱負重，放棄汗位，以汗國名義頒發詔書，親派助手多達那布將軍為金子使者和女兒薩日朗一起前去邀請西藏高僧薩班來涼州會談。吐蕃高僧接受了邀請，並說服眾僧族人，毅然率侄兒八思巴和那多吉等僧人赴涼州與闊端舉行了舉世矚目的「涼州會盟」。從此使西藏納入了中國版圖，實現了蒙藏漢及多民族之間的世代團結和睦。
白塔寺
白塔寺是西藏宗教領袖薩迦班智達（薩班）與蒙元代表、西路軍統帥闊端舉行「涼州會盟」的地方，正是這個會盟，讓吐蕃（現在的西藏）則會正式歸入中國版圖（那時候是在元朝忽必烈掌權時代）。因此，薩班也就成為西藏歸入中國的重要推進者。除了這個歷史事件之外，白塔寺其實還是薩班領導下的眾多僧侶傳播佛教思想的集中地兒，據說最輝煌的時候有3萬多僧侶居住在白塔寺。