「首先，我們已達到預期戰果，沒有必要再冒著更大的風險，還有就是在第二波進攻當中美軍的反擊加大，我們至少要損失一半的戰機才能完成轟炸任務，如果發動第三波進攻至少需要付出四分之三的戰機。」
「其次，此時美軍已經知道了我們艦隊的位置，其中我猜的不錯的話美軍的「企業號」航母就在我們附近，我們不清楚他們是否能對我們艦隊造成威脅，這樣做極其冒險，我們的艦隊不允許出現這麼大的傷亡，要不然我們這次偷襲就沒有意義了。」
「最後一點，就是我們在制定計劃時，沒有發動第三波進攻的計劃，如果現在臨時加上這項決定，我們需要很長的一段時間為戰機加油、掛彈做準備，等第三波進攻機群返回時恐怕會到晚上吧。
還有就是我們艦船的油料幾乎耗盡，如果在這裡耽擱，艦船就開不回去了，甚至我們的飛行員，大概還沒有達到英國人那種可以在夜間起降甲板的技術吧？
可能到了那時候美軍的支援艦隊也會抵達珍珠港附近，到時候我們就是想撤離都晚了。」
正是因為南雲忠一一連提出這三項反對意見，才使得日軍放棄了發動第三波攻勢的決定，但是南雲忠一和其他日軍將領們永遠都不會想到，他們想發動第三波攻擊達成的戰略目的會被六名日軍飛行員輕鬆的辦到了。
南雲忠一腦子裡迅速回想了一下這樣，然後就又回到目前的局勢上來，對著山口多聞少將吩咐道：「馬上宣佈這次行動正式結束！傳令島崎重合，讓他率領戰機快點返回。
並且讓我們的「零式」快點將那群發現我們的美軍戰機全部干下來，然後返航，等所有人回來以後，我們立即撤離！」
「哈伊！」
此時日軍負責偷襲珍珠港的艦隊指揮官南雲忠一中將正式下達了撤退的命令，標準著日軍的這次偷襲行動正式結束了，此時時間已經到了下午1點45分，距離日軍偷襲開始的時間已經整整過去了8個小時的時間。
而在上午8時50分時，正當日本第二攻擊波飛機飛臨瓦胡島上空進行轟炸時，美國國務卿赫爾才接到日本野村大使和來棲特使遞交的最後通牒。
日本外交部規定遞交通牒的時間是華盛頓時間下午1時，延誤了50分鐘，目的就是把襲擊時間保持到開戰前半小時，避免「偷襲」和「不宣而戰」的臭名。
看到這一幕的赫爾頓時目瞪口呆，憤怒地說道：「在我整整50年的公職生活中，從未見過這樣一份充滿卑鄙的謊言和歪曲的文件。」
日本人無言以對，狼狽退出門去，就算門已經關上了，這時赫爾依然在破口大罵：「無賴，該死！」
就在美軍的「野貓」們與日軍的「零式」廝殺的越來越遠時，南雲忠一雖然不知道美軍在打算幹嘛，但是他知道此時是他們艦隊撤離的最好機會，甚至可以擺脫美軍戰機。
就在南雲忠一這樣想的時候，在他們艦隊的東邊方向突然又出現了一群黑點，南雲忠一很敏銳的發現了，他拿望遠鏡一看，整整30多架美軍戰機正在為日軍的艦隊飛來，而且這些可都是轟炸機啊！
南雲想都不想，就扯著嗓子大喊道：「所以航母上的戰鬥機全部起飛迎敵，快！」
這時候南雲忠一終於知道美軍「野貓」們為何將日軍的「零式」引離這片海域了，加上剛剛派去支援的近十架「零式」戰機，此時日軍艦隊上已經沒有「零式」的存在了。
而負責第二波進攻珍珠港的「零式」到現在還沒有返航，他只好命令航母上的九七艦載機起飛阻攔美軍的轟炸機群，但是這些九七艦上攻擊機還在加油掛彈，在南雲急切的命令下，他們只好提前結束加油、掛彈，起飛迎戰美軍轟炸機群。
南雲忠一絕不允許美軍的這30多架轟炸機飛臨日軍艦隊上空，那樣的話將會給日軍艦隊造成不小的損失，以日軍艦隊自帶的防空火力根本不可能完全攔截下這些美軍轟炸機，還是要靠航母上的艦載機攔截。
艦載機才是航母真正的攻防主力，經過日軍艦載機攔截後，就算美軍轟炸機僥倖衝過一兩架，以日軍艦隊自配的防空火力還是可以應付的，怕就是怕大規模機群的來襲，那樣以日軍航母艦隊的防空火力也是無法應付的。
「鈴鈴鈴……」在日軍航母上那尖銳的警報聲，以及南雲忠一的咆哮聲下，十幾架日軍航母上的九七式艦上攻擊機迅速停止加油和裝彈，迅速起飛攔截美軍的轟炸機群。
起飛的這十幾架日軍九七式艦上攻擊機他們普遍都沒有加滿油，甚至連彈藥都只攜帶了一小部分，因為沒有時間讓他們從容的加油、裝彈了，美軍的轟炸機群已經在快速的靠近他們艦隊。
這三十多架美軍轟炸機還沒有飛臨日軍艦隊上空，就被匆忙出戰的十幾架日軍九七式艦上攻擊機給攔截住了，不過以日軍的這十幾架九七式根本就不可能攔截所有的美軍轟炸機，南雲忠一命令之前和美軍「野貓」們纏鬥的數十架「零式」返航。
此時的「野貓」面對日軍的「零式」已經沒有了數量上的優勢，此時美軍已經被擊落了11架f4f「野貓」戰機，這樣下去用不了多久，日軍的「零式」差不多就可以完全將美軍的「野貓」們全部干下來。
而此時南雲忠一命令「零式」返航攔截美軍轟炸機，所以這批「零式」只好留下10架戰機繼續和美軍「野貓」空戰，其餘的全部以最快的速度返航支援日軍艦隊。
而這個時候美軍的這批轟炸機群已經有好幾架衝入到了日軍艦隊上空，並向著日軍的航母衝去，下方日軍個艦隻上配備的防空火力已經全面開火，各種高『射』炮對著美軍的轟炸機瘋狂的掃『射』，但是都被美軍飛機躲過去了。
眼看有幾架美軍轟炸機就要衝過重重火力封鎖，飛臨日軍艦隊航母上空，可是此時美軍的飛行員看到日軍的20多架「零式」已經返回了，只好歎息一聲，提前將機上的航空炸彈投下，然後掉頭撤離。
美軍已經從之前和「零式」戰鬥的「野貓」飛行員知道了日軍這種新型戰鬥機的優越性能，連「野貓」都無法壓制它，美軍這些轟炸機遇上他們，恐怕只有被屠宰的份了。
之前日軍的九七式艦上攻擊機的性能一般，數量不多，美軍轟炸機群才敢硬闖的，現在日軍的「零式」一返回，美軍就沒有機會轟炸日軍航母了，他們識趣的趕緊撤離，最終被日軍九七式艦上攻擊機干下來5架，其餘的都平安撤離。
而美軍的這次攻擊也並不是沒有戰果，之前衝入日軍艦隊上空的幾架美軍轟炸機，本來是衝著日軍航母去的，但是看到日軍的「零式」返回，他們只好提前將機上的炸彈投下去，給日軍艦隊造成一艘驅逐艦和兩艘護衛艦受損的損失。
但是此時南雲忠一併沒有因為驅趕走美軍這批轟炸機群而感到高興，因為他知道能夠派出這麼一大批轟炸機群的一定是美軍的航母，也就是說此時在日軍艦隊不遠處至少有著美軍一艘航母存在。
此時日軍艦隊如果不能及時的改變航線，脫離美軍的視野，相信用不了多久，就會有更多的美軍艦隊和戰機趕來支援，到那時，日軍艦隊想安全撤離就更難了。
於是南雲忠一當機立斷，下來讓那十架「零式」纏住美軍的「野貓」，不得讓他們跟上=日軍艦隊，然後南雲下令，日軍艦隊全速撤離這片海域，然後按照既定計劃改變航線，返回日本。