民國元年（1912年）3月，臨時參議院選舉袁世凱為第二任臨時大總統後，中華民國政府從南京北遷至前清故都北京，臨時政府進入北京時期。1912年12月初至1913年3月，北京臨時政府舉行第一屆國會大選。1913年4月8日，中華民國第一屆國會在北京召開。在這段時間裡，中華民國的中央政府體制逐漸確立，但國家政權也落入袁世凱等北洋派人士的掌握之中。至1913年10月6日，中華民國國會選舉袁世凱為第一任大總統，但袁世凱日後意圖恢復帝制未果。當時在各省設置的都督掌握了地方的政經與軍事大權，成為日後軍閥養成之溫床。
1916年6月6日袁世凱猝逝後，無人有統御整個北洋派的能力，北洋派遂形成直系、皖系、奉系等三大派系為首的軍閥勢力；而自護國戰爭後，各地軍閥也開始成型。各地軍閥在名義上仍受北京的中央政府支配，但北京的中央政府實際上成為北洋軍閥相互爭奪權力的舞台。這也成為後世以「北洋」稱之的主因。
在這段時間裡，北洋軍閥等各派勢力操控下選出的中華民國大總統與國務總理所領導，以五色旗為國旗，以《卿雲歌》為國歌，作為代表中國的符號和象徵。在北洋軍閥政府主導下，中華民國加入協約國參與第一次世界大戰，並以「戰勝國」的身份出席巴黎和會。
1925年，中國國民黨成立國民政府，並且由蔣介石領軍北伐。1928年12月29日，奉系領袖張學良除下五色旗、改掛青天白日滿地紅，並通電南京，表示接受國民政府管轄，史稱東北易幟。至此，北洋軍閥政府被迫結束運作，自然瓦解，北洋派退出歷史舞台。
北洋軍閥政府對外依靠英美帝國主義支持，對內主要代表國內漢族官紳勢力，以北洋軍隊為統治支柱，發展民族經濟和教育，實行輿論自由，在全國建立起自治化的統治。北洋軍閥政府與北洋軍各個派系的興衰關係很密切，以時間劃分，大致可分為袁世凱統治時期、皖系統治時期、直系統治時期、奉系統治時期四個階段。
袁世凱統治時期
（1912∼1916年）
1912年2月15日，袁世凱取得中華民國臨時大總統一職，3月10日在北京就職，又逼南京臨時政府遷往北京，這標誌著民國史上北洋軍閥政府統治的開始。
袁世凱上台後，臨時政府進行改組，唐紹儀首任內閣總理，不少北洋官僚入閣。袁世凱為了清除革命勢力，逼迫主張調和南北矛盾的唐紹儀辭職，換趙秉鈞組成御用內閣。《中華民國臨時約法》對袁並無約束力。但此時政治形勢仍具有明顯的過渡色彩，其主要表現是資產階級民主形式得以保留，國會中同盟會員居多數，南方多數省政權也掌握在同盟會手中，資產階級革命派還有與北洋派一爭高下的實力。1912∼1913年上半年，由於兩大政治勢力的對峙，形成了民國史上一個短暫的特殊時代。政黨林立，輿論活躍，全國大小黨派團體上百個，報刊幾百家，表現出難得的資產階級民主氣氛。眾多政黨中，最重要的是以同盟會為主體改組的國民黨，以前清立憲派舊官僚為支柱的進步黨。國民黨領導人希望通過和平方法建立資產階級議會民主制度，發展實業，具有進步意義。但他們在理論上的主張脫離了以土地問題為核心的廣大農民的現實需要，行動上組織鬆散，缺乏強有力的行動手段，對袁的野心也認識不足。相反，袁世凱暗中集聚力量，文武並用，實力雄厚。1913年初，大選揭曉，國民黨獲勝，但國民黨領導人宋教仁卻被暴徒暗殺。革命黨人意見紛紜，孫中山在7月發動二次革命，終因不敵早有準備的北洋軍而失敗。二次革命開創了民**閥混戰的先例，這是在中國建立資產階級民主制度的一次重大挫折。
二次革命失敗後，南北對峙局面宣告結束，袁世凱用北洋新軍武力統一全國，北洋集團由此統一了全國政權。接著，國會於10月選舉袁世凱為正式大總統。1914年5月1日，袁世凱廢除《臨時約法》，公佈《中華民國約法》，實行總統制，總統獨攬一切大權。袁世凱統治期間，鎮壓了革命派的活動，北洋派也保持著大體上的一致，因而政局相對穩定，北洋軍閥政府的行政、立法、司法各種體制的基礎多在這一時期奠定，公佈的一些法規、條例對工商業發展也起了一定作用。但大總統職位仍不能使袁世凱滿足，自1915年春開始，他在英、美等國的支持下，積極準備改行帝制。同年12月12日宣佈恢復帝制。旋下令改1916年為洪憲元年，廢除民國紀元。但經過辛亥革命，共和國的觀念深入人心，加之袁在北洋派內部排擠手握兵權的段祺瑞、馮國璋等人，造成北洋派內部的分裂。以黃興為代表的革命黨人堅持反袁，組織了中華革命黨與中華革命軍，在滬、魯、陝等地發動起義，但因孫中山、黃興有分歧，缺乏實力，又脫離群眾，故影響不大。結果，反對袁氏帝制運動的領導權反而被進步黨奪走。他們在全國反袁浪潮推動下，聯合西南地方勢力，打出反袁復辟旗幟，佔據了主動地位。1915年12月25日，蔡鍔在雲南首義，護國戰爭爆發，很快得到全國響應，反袁兩大派實現聯合，北洋派內部卻無法一致。在全國反袁的浪潮下，袁世凱被迫於3月22日宣佈取消帝制，恢復中華民國。袁世凱於1916年6月6日病死。至此，北洋軍閥政府袁世凱統治時期結束。
皖系統治時期
（1916∼1920年）
自1916年袁世凱死至1920年直皖戰爭爆發，北京政府基本上為皖系軍閥段祺瑞把持。袁世凱死後，中國結束了北洋集團的大體統一局面，開始了群雄紛起、兵連禍結的軍閥割據年代。北洋內部分裂為直、皖兩大系，奉繫在東北迅速崛起，各地大小軍閥如晉系、滇系、桂系等無不割據一方。中國的小農經濟基礎與帝國主義列強分而治之的政策為軍閥割據創造了條件。北洋集團內部缺乏堅固凝聚力，本身並非統一的軍事團體，袁世凱生前尚能維持，袁死後中心既失，兵為將有，政治權力分散在各路軍閥手中，不僅中央不能控制各省，甚至省不能控制下屬各縣。督軍團橫行無忌，立法、行政、司法機構大多徒具形式，中央政府只能在對外關係上勉強代表著國家。
1916年6月6日袁世凱死，黎元洪出任大總統。黎元洪繼任大總統之後，《臨時約法》、國會等民主形式也已恢復。段祺瑞以國務總理身份把持北京政府實權，但他不能緩和北洋派與其他派別以及北洋派內部的矛盾。首先引發的是府院之爭，手無實權的總統府敢與大權在握的***相抗衡是因為得到部分國會議員及對段不滿的派別的支持，到1917年春因對德參戰案達到高氵朝。黎元洪解散國會，免去段祺瑞的職務，段立即煽動督軍團叛亂，並陰謀在天津另組政府。正值此際，張勳復辟發生，段率兵打敗張勳。馮國璋任代理大總統，段祺瑞得以「再造共和」，把持中央政權。皖系政府對外以參戰為名，簽訂了中日軍事協定，借款編練參戰軍；對內奉行武力統一全國的政策。後來段祺瑞廢除《臨時約法》，由皖系安福俱樂部包辦國會選舉，1918年8月成立新的國會，選北洋元老徐世昌為大總統，派兵討伐南方護法運動，皖系勢力發展到了最高峰。
武力統一全國的政策，遭到南方革命派的反對。1917年7月孫中山南下廣州發起護法運動。他沒有提出發動民眾的切實方案，自己另立的政府也破壞了統一，更重要的是手頭無軍隊，只能依靠西南軍閥唐繼堯、陸榮廷等人，而唐、陸等人的目的則是藉機擴充勢力。孫中山最後被排擠，不到一年即辭職。南北武力對峙演化為爭權奪利的議和。
皖系雖然控制了北京政府，但不能控制北洋各派，對非北洋系的西南軍閥更是鞭長莫及。皖系軍閥擴張的同時，其他大小軍閥也在擴充各自的實力，直、奉兩系的擴展尤其迅速。直系兵精械足，不甘久居人下，首先在與南方軍政府作戰問題上與皖系發生矛盾。直軍在前線自行停戰，其停戰主和言論，迎合了全國人民渴望和平的心理；直系極力攻擊皖系賣國，一時又贏得了人心。1919年巴黎和會時，皖系政府的表現導致五四運動的爆發，使它陷於完全孤立的境地。直繫在政治、軍事上都佔據優勢，第一次世界大戰結束後，西方列強捲土重來，壓制日本的擴張，依靠英美支持的直繫在與皖系的爭鬥中又多了一重籌碼。1920年7月，直皖戰爭終於爆發。皖系戰敗，直系入主北京政府，皖系統治時期結束。
直系統治時期
（1920∼1924年）
直皖戰爭爆發，直系與奉系結盟，未及半月，皖系即敗下陣來，直系曹錕、吳佩孚成了北京政府的新主人。直系是打著反對皖系武力統一的旗號上台的，然而
當他們上台後，就以中央政權的名義實行武力統一政策。這一政策遭到一切非直系的反對，紛紛以「民主」、「自治」、「聯省自治」以及其他各種名義對抗。首先與之發生矛盾的是昔日倒皖的盟友奉系。雙方起先共同控制著北京政府，但因勝利果實分配不均，在組閣等問題上互相指責，矛盾愈演愈烈。1922年4月，爆發了第一次直奉戰爭，結果直系擊敗奉系，獨佔了中央政權。
直系擊敗奉系之後的直系脫下「愛國」、「進步」的偽裝，鎮壓工人運動，造成「二七」慘案，暴露了它的敵視人民的本相。他們先打著「恢復法統」的旗號，恢復國會，逼徐世昌下台，迎黎元洪復任大總統。繼之又對黎元洪「逼宮奪印」，接著直系便高價收買國會議員，於1923年10月通過賄選，收買「豬仔議員」，讓曹錕當上了大總統，搞得舉國嘩然，喪盡民心。反直的一方，奉系敗退出關後，宣佈「閉關自治」，銳意整軍經武，實力大增，皖系不甘寂寞，企圖捲土重來；南方的孫中山準備北伐，也在尋找盟友，由此形成了孫、皖、奉「反直三角同盟」。直系內部則因爭權奪利而四分五裂，馮玉祥部自成一派，且與反直一方暗通款曲。1924年9月，以江浙戰爭為前奏，第二次直奉戰爭爆發，奉軍大舉進攻，直軍作戰不利。10月，馮玉祥發動北京政變，囚禁曹錕，直系腹背受敵，吳佩孚失敗南下，直系軍閥統治時期告終。
奉系統治時期
（1924∼1928年）
直系垮台後，奉系控制了北京政權。他們抬出皖系首領段祺瑞為臨時執政，實際則在背後操縱。段祺瑞提出
召開「善後會議」，但解決不了任何實際問題。各派軍閥之間爭權奪利，縱橫捭闔，敵與友之間根本無一定之分。北方的奉系與馮玉祥國民軍系首先發生矛盾，這一矛盾的激化，又使奉系與吳佩孚重新攜手，共同反馮，1926年初將馮部擠出華北。奉系內部，郭松齡於1925年底聯合馮玉祥倒奉，由於日本的干涉而失敗。同時，東南孫傳芳與奉軍激戰，一躍而為五省霸主。到1926年4月，段祺瑞下台，其後奉、直兩繫在圍攻後起造反派國民軍的共同目標下「聯合」起來，暫時建立了他們在中國中部和北部的統治，並組成直系和奉系軍閥勢力所控制的北京政府，這個政府由內閣「攝政」。
這時，南方國民革命興起，經過五卅運動，形成全國性的革命造反高氵朝，使廣東革命軍的北伐時機成熟。1926年7月，北伐開始，北伐軍先打吳，再攻孫，最後擊奉，各個擊破，不到一年，即控制全國半壁江山。
北洋軍閥政府在面臨失敗的最後關頭，仍不願意自動退出歷史舞台。1927年6月，張作霖在北京組織安**政府，自任大元帥，企圖聯合各派軍閥，進行最後掙扎。然而為時不久，國民黨各派再度聯合繼續進行所謂後期北伐，張作霖見大勢已去，遂於1928年6月下令退出京津一帶，向東北收縮。他本人在回瀋陽途中，行至皇姑屯被日本關東軍預埋的炸彈炸死，史稱「皇姑屯」事件。1928年6月8日，國民黨軍隊進入北京，北洋軍閥政府在中國的統治最後結束。同年12月29日，張學良宣佈「東北易幟」，全國實現了形式上的統一。