天聰五年以後的五年，皇太極以主要精力為後金的統治建立了更鞏固的基礎。天聰六年八月廿九日下令八旗固山額真於所屬各旗察問民間貧乏疾苦，認真審斷罪犯。素以射獵為業的滿族統治者這時也提出不准因射獵而私入莊屯，不准擅取柴薪，不准喧嘩。天聰七年正月，皇太極告誡各牛錄額真：「田疇廬舍，民生攸賴，勸農講武，國之大經」，要他們關心農家的房屋建築、耕牛飼養及差派徭役等。在耕種與征戰發生矛盾時，寧可服從耕種。這就把安定的農耕生活提到了重要的地位。
皇太極本人有很好的文化素養，這時他推行了振興文教的措施。天聰三年首先提出「以武功戡亂，以文教佐太平」，一改其父努爾哈赤屠殺文人的政策，並於當年進行考試，選取了滿、漢、蒙古生員二百人。他已認識到發展文教對治理國家的重要性，說不能認為不讀書不會誤事。規定從天聰六年起，凡貝勒大臣子弟年十五以下，八歲以上，俱令讀書。努爾哈赤時代創造的滿文無圈點，上下字雷同，人名地名極易弄錯，皇太極命巴克什達海酌加圈點，大大方便了學習，這就是有圈點滿文的來歷。皇太極還非常重視吸收漢族的先進文化。至天聰六年七月達海逝世時，經他手已翻譯成帙的漢籍有《刑部會典》、《素書》、《三略》、《萬寶全書》，及正在翻譯中的《資治通鑒》、《六韜》、《孟子》、《三國誌》等。後來又命達海之子繼續學習漢書。天聰九年後金的文館諸臣翻譯了遼金宋元四代史書。
作為後金國家的統治者皇太極這時期的又一個成功是以「善養人」擴大了影響。天聰六年正月，管兵部貝勒岳託向皇太極建議改變原來屠戮遼東及關內四城的做法，以對待大凌河之役歸降的漢人為榜樣，重新樹立「善養人」的形象。他主張無論官民都給家室和莊屯，不要使一個人失其所在。天聰七年六月初二日，皇太極在一次講話中諭令將士對新附之眾，「一切勿得侵擾」。在皇太極這種政策影響下，明將孔有德、耿仲明、尚可喜等紛紛歸降了後金。孔、耿皆遼東人，在明為登州參將，因內部矛盾，發動兵變，佔領登州。明朝發兵來攻，他們難以自存，航海歸金。天聰七年六月三日，皇太極率諸貝勒出迎至渾河，行抱見禮，以示優隆。這是後金發展史上的大奇跡，孔、耿不僅帶了一萬二千多精壯官兵及紅夷大炮等，而且促使明朝的遼東海防很快崩潰了。之後不到四個月，明鎮守廣鹿島的副將尚可喜就步了孔、耿後塵，皇太極稱讚他「識時勢之向背」，「殘破海防，實為我功」。皇太極重新任命孔有德為都元帥，耿仲明、尚可喜都為總兵官，讓他們繼續帶兵，與和碩貝勒並列。原來後金的軍隊是清一色的滿洲八旗，天聰五年佟養性被命為總兵官，管理漢兵，攻大凌河時這支被稱為舊漢兵的軍隊用紅衣炮多所立功，到天聰七年馬光遠統領漢兵時，實際形成了一個漢軍旗，滿語叫烏真超哈。孔、耿、尚所領兵也是漢軍。在此之前，蒙古旗兵也已形成。天聰八年三月十三日皇太極在瀋陽城郊閱兵，參加的有滿洲八旗、蒙古二旗、舊漢兵一旗，共十一旗。和以前有很大不同的是這時的軍隊已從私人武裝變為國家的軍隊了。
這幾年利用軍事力量進行擴張始終是皇太極的一項重要活動。天聰七年六月十九日，他派滿漢兵萬餘人分左右翼攻旅順，七月十四日奏捷，東北的南大門旅順口要塞落到了後金手裡，同時俘獲大批人畜財物。天聰八年十二月，皇太極命副都統霸奇蘭、參領薩木什哈領二千五百兵士征討黑龍江未服之地。第二年故土傳來佳音，他們收服了虎爾哈壯丁及老少男女共七千三百餘人。同時期，吳巴海出征瓦爾喀也屢戰屢勝。皇太極把他在東北的版圖擴大到南自旅順口，北抵烏蘇里江以東並黑龍江中游地區。
當然重要的仍然是對明作戰，這不但關係到明朝自身的存亡，還旁及蒙古與朝鮮的態度。天聰七年六月，皇太極問諸貝勒大臣：「征明國及朝鮮、察哈爾三者，用兵何先？」發言者濟爾哈朗等共十五人都主張先攻明朝。而實際上是先攻了察哈爾。在此前一年，皇太極親自領兵征察哈爾，四月出發，追擊林丹汗，過黃河，後金軍糧盡，射黃羊充飢，無水，以一羊易杯水而飲，只得半途而返。天聰八年再次征察哈爾，始知林丹汗已病死於青海打草灘，眾無所歸。第二年派多爾袞、岳託等往收其子額爾克孔果爾額哲及其部眾。多爾袞意外地獲得了元朝的傳國璽。這一勝利標誌著漠南蒙古全部歸於後金統一。皇太極就在天聰八年、九年利用征服察哈爾之機，轉攻了明朝，但主要在大同、宣府附近徘徊，還沒有從根本上動搖明朝的統治。在皇太極一生的經歷中，最大的轉折是從後金汗到大清帝。他是第一位當大清皇帝的人，這是他個人權勢的昇華，也是他父親努爾哈赤創建後金國以來的劃時代的飛躍，同時也是滿族社會進步的一個標誌。
皇太極即汗位以來就傾心於學習中國歷代**主義的封建統治，不斷地加強集權。他廢除了三大貝勒按月分直的制度，削弱了諸貝勒的特權，使汗任命的官吏發揮更大的作用。在所有的人都不能和他爭衡的情況下，他登上了皇帝的寶座。時間是天聰十年(1636)四月。先是諸貝勒大臣以遠人歸服、國勢日隆為理由，請求為皇太極上尊號，未允。後來薩哈廉讓諸貝勒檢討過去，表示今後忠誠效力，皇太極答應可以考慮了。然後皇太極又以「早正尊號」徵詢漢官儒臣的意見，鮑承先、寧完我、範文程、羅繡錦等都表示贊成。薩哈廉又召集諸貝勒各書誓詞，向皇太極效忠。「外藩」諸貝勒聞訊也請求上尊號，皇太極同意了。上尊號的準備活動至天聰十年三月末大體就緒。
四月五日，滿洲諸貝勒、固山額真，蒙古八固山額真，六部大臣，孔、耿、尚，外藩蒙古貝勒及滿蒙漢文武官員齊集。多爾袞捧滿字表、巴達禮捧蒙字表、孔有德捧漢字表各一道，率諸貝勒大臣文武各官赴宮門跪下，皇太極在內樓，御前侍衛傳達，皇太極命滿、蒙、漢三儒臣捧表入，諸貝勒大臣行三跪九叩頭禮，左右列班候旨。三儒臣捧表至御前跪讀，表中盛讚皇太極的文治武功，上合天意，下順民情，請上尊號，一切儀物，俱已完備，只待賜允。皇太極聽後同意，並發誓倍加乾惕，憂國勤政。消息由儒臣傳出，眾皆踴躍歡欣，叩頭而出。第二天決定選擇吉日四月十一日舉行登極大典。屆時正式祭告天地，受「寬溫仁聖皇帝」尊號，建國號大清，實際是把後金改為大清，改元崇德，即天聰十年為崇德元年。祭告天地完畢，在壇前樹鵠較射。從此中國歷史上名副其實的清朝誕生了，就是這個封建王朝統治全中國二百六十八年，跨古代、近代兩個歷史時期。在此之前一年，皇太極下令國中之人皆稱滿洲原名，禁止稱諸申，一個少為世人所知的滿族因而擴大為舉世聞名的中華民族重要成員了。
崇德年間(1636—1643)是皇太極統治的第二個時期。他在原來的基礎上鞏固和擴大了在東北的統治，為入關統治全中國做了充分的準備。有一件事反映了他的思想，稱帝前夕，內院諸臣仿照明朝制度，給新築的城門起名，叫揚威、昭德等，皇太極認為虛張聲勢不如務實，給改了鞏固、靖遠等名。皇太極自認是個偉大的建築師，他要為子孫創大業，所以非常重視打基礎。崇德二年(1637)六月的一天，他向諸王臣說明，自他即位以來，統一蒙古，征服朝鮮，版圖擴大，人民繁庶，今後就要「宣佈法紀，修明典常，為保邦致治之計」。他舉例說：「蓋治國之道，如築室然。基址堅固，庀材精良者，必不致速毀，世世子孫可以久居。其或苛且成工者，則不久圮壞，梓材作誥。古人所以諄諄垂誡也。」不出一個月，將同樣的話又對諸王貝勒文武群臣重說了一遍。最後一語破的：「自古至今，懈於治國者，國必敗；勤於治國者，國恆存。」
為使國家統治久遠，皇太極雖沒有改變掠奪財富的手段，但卻更注意發展本地區的生產了。他稱帝后立刻把保護土地牲畜作為法典規定下來，地裡莊稼不准偷損，母豬不許殺，這是為了繁殖。也不准殺馬、牛等作犧牲或出賣。以後幾乎每年都把督促耕種作為重要活動，提出「農時不可失」，「廢農事者罪之」。他知道五穀乃萬民之命所關，因此一再強調搞好農業生產，入關前清朝的糧食不太缺乏，與這種努力分不開。手工業生產也大有進步。崇德三年十二月，一次賞給察哈爾固倫公主瓷器一千七百件，可以反映制瓷業有所成就。盛京(今瀋陽)宮殿大部分為皇太極時所建，其規模和工藝技術都標誌後金手工業的水平很高。盛京城西實勝寺，鑄大鐘千斤，是冶鑄業的發展象徵。商業貿易在境內有之，與明及朝鮮也均有之。皇太極曾命令大學士希福帶領八家商人及公以下牛錄章京以上家人的龐大代表團赴張家口貿易。後來又命人到歸化城(今呼和浩特市)買馬。個人遠走貿易的也不乏其例。
崇德年間，雖然不再發生大批漢人被殺，或漢人投毒、攔路劫殺等反抗事件了，但皇太極卻仍然注意緩和清朝的社會矛盾。他命令臣下做好「養人」的事情，尤其是對新掠取或來降的滿洲、蒙古、漢人做好安置。皇太極晚年，他的子侄們在他面前發牢騷說太祖時誅戮漢人，而今漢人有為王者矣，有為昂邦章京者矣，而滿洲宗室卻有為官者，有為民者，「時勢顛倒，一至於此！」但這位遠見卓識的大清帝並未因此動搖其國策。
以前皇太極的權威並不很絕對。天聰九年九月，即稱帝前半年，代善和哈達公主曾有輕視他的舉動，皇太極大怒，召集諸貝勒大臣，讓他們「別舉一強有力者為君」，靠了他們的跪請，才出朝聽政。崇德年間就再無人敢向他的權威挑戰了。
在機構設置上也作了相應的改革和進一步完善。清初決策的重要機構是議政王大臣會議。崇德二年四月對這個機構作了調整：一、成員除令固山貝子尼堪、羅託、博洛等與議國政外，每旗各設議政大臣三人；二、規定他們啟迪主心，救濟貧乏，撫養新人三項任務；三、議政大臣奏事必先通過他們各自的固山額真，公議之後上奏。議政王大臣會議從此有了固定的程式，也更成了**主義皇權的工具了。天命、天聰年間沒有監察機關，崇德年間皇太極成立了都察院，給他們稽察一切官員的大權。有清一代，滿蒙的結合，早比滿漢更緊密。為了處理蒙古事務曾設蒙古衙門，崇德三年六月又改為理藩院。合原有的六部、都察院，構成了有名的八衙門。皇太極任命滿洲、蒙古、漢人擔任承政，每部三人，以下皆參政。崇德三年七月更定八衙門官制，每衙門只設滿洲承政一人，以下酌設左右參政、理事、副理事、主事等官，由二等變成五等。這就強化了以他為首的國家統治權力。
清入關前沒有內閣的名稱。但是皇太極統治下的大清已初具內閣性質的內三院。天聰十年三月，皇太極改文館為內國史院、內秘書院、內弘文院。從文館到內三院，雖任職者均為大學士、學士，但分工更明確了，有的負責編考歷史，有的起草敕諭及註釋古今政事得失，還有的向皇帝進講。崇德以後內三院的大學士、學士們對皇太極的決策有了更大的影響。
皇太極的統治還繼續利用了八旗這個軍政合一的組織。他使八旗通過變革越發充滿生機。一是對滿洲八旗不斷補充新的成員，二是完善和擴大蒙古八旗、漢軍八旗。努爾哈赤時的滿洲被稱為「佛滿洲」，即舊滿洲。皇太極對黑龍江等地多次用兵，帶來大批少數民族加入滿洲共同體，被稱為「伊徹滿洲」，即新滿洲。皇太極把新滿洲編入八旗。崇德五年一次就把征索倫俘獲的新滿洲壯丁並家小五千六百七十三人編為牛錄，隸於八旗了。同時把征庫爾喀俘獲的新滿洲壯丁四十二人補充了各旗披甲的缺額。滿洲八旗之外，蒙古八旗早於漢軍八旗建立。崇德年間漢軍八旗發展最快。崇德二年，照滿洲例，漢軍分為兩旗，四年擴大為四旗，每旗設牛錄章京十八人，固山額真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但內部仍分正黃鑲黃兩旗，正白鑲白兩旗，正紅鑲紅兩旗，正藍鑲藍兩旗。崇德七年六月正式完成了漢軍八旗的建制。皇太極說：「我國出則為兵，入則為民，耕戰二事，未嘗偏廢。」這種擴大滿洲八旗和建立蒙古八旗與漢軍八旗，既增強了清朝的武裝力量，也對滿蒙漢的廣大人民實行了深一層的控制。尤其是為了奪取全中國統治權，皇太極創立的漢軍八旗有重要意義。
崇德以後的清朝不像以前那麼脆弱，皇太極雖然繼續要採取一些鞏固其統治的措施，但是並不擔心其被消滅，他的目的是以此為基礎，實現對全中國的統治。崇德四年六月二十五日，皇太極下令把從前哈達、葉赫、烏拉、輝發和蒙古諸部所接受的明朝敕書全部收上來，在篤恭殿(今瀋陽故宮大政殿)前燒掉。這表明從此他們都是清朝的臣民，再也不能對明朝存在幻想了。皇太極已認識到，這時的明朝到處是如火如荼的農民起義，不可能存在下去。崇德七年六月，他就說明之國運將亡。同年派兵進攻明朝，對領兵大將阿巴泰說，明朝要求講和，你們可答「我等奉命來征，惟君命是聽，他無可言。爾如有言，其向我君言之」。又告訴他們如遇到農民起義軍，則說你們為明政紊亂，激而成變，我國來征，也正為此。他們如欲遣使來見，即攜之而來，有奏疏，即行轉達。皇太極清楚地看到當時的中國社會舞台上有三大政治勢力在爭奪，他作為清朝的統治者，對明與農民軍這兩大勢力都想打交道，但對二者的態度卻有不同，他實在是要利用農民軍，對付明朝。一時目的沒有達到，可是他越來越相信，「明之必亡昭然矣」。
清朝的發展，皇太極設想為三個步驟，第一步是統一東北，第二步擴大到黃河以北，第三步才是統治全中國。這時他想從第一步向第二步跨越。崇德二年在征朝鮮、征皮島獲得大勝之後，皇太極做了一個夢。夢中他到了明朝，在宮中，彷彿看見了萬曆帝，仔細一瞧，原來是金代神像給了他一冊金史。第二天早晨反覆向年院大學士及諸王貝勒說夢並徵求意見。大家都說是得國吉兆。但是從夢中所反映的皇太極的志向就是重建第二個金朝。崇德三年六月皇太極對喀爾喀蒙古達爾漢囊蘇喇嘛說的一番話，有同樣的意思。他說：「昔遼、金、元三國之主，當征戰時，西伐厄訥忒黑，東抵朝鮮，北及黑龍江，南至於海，無遠弗屆。朕今日正與相等也。」第二年皇太極致書明朝皇帝，一方面說自古以來未有帝之裔常為帝；另方面又說遼、金、元亦曾君臨天下，暗指他也要像歷史那樣，以另一個少數民族取代大明的統治。崇德七年，他又用金朝曾佔領中原為例，示意將像他們那樣入主中原。但是明朝派兵部職方司員外馬紹愉到清朝講和，清朝只提出以寧遠雙樹堡中間土嶺沿海至黃城島以西為界，黃城島以東屬清朝。這只是一種權宜之計。
皇太極是位傑出的軍事家和統帥。他稱帝之後，或親自領兵，或坐鎮指揮，其軍事活動，是他帝業的重要組成部分。這時他親自領兵打的第一個大仗是征朝鮮。自從十年前與朝鮮結為兄弟以來，朝鮮仍與明朝藕斷絲連，對後金要求政治上尊重，經濟上開市貿易，軍事上借兵等都尋找借口不肯應允。皇太極每有勝利，都不厭其詳地告訴朝鮮，極力想把朝鮮從明朝一邊拉過來，但收效甚微。皇太極登帝位的典禮上，最令人掃興的是朝鮮使臣不拜，這使皇太極非常惱怒，促成了征伐朝鮮戰爭的爆發。
崇德元年十一月十九日，皇太極以「朝鮮敗盟逆命」為由，決定發兵討伐。十二月一日，大兵會於盛京(今瀋陽)，部署了濟爾哈朗留守盛京，阿濟格駐牛莊，阿巴泰駐噶海城。第二天征朝鮮的大兵出發，代善、多爾袞、多鐸、岳託、豪格、杜度等隨征。全軍分左右兩翼，右翼由往東京(遼陽)大路，至渾河岸排列，左翼由往撫順大路排列。上午十時，皇太極大駕起行。朝鮮國王李倧預料「朝夕被兵」，寄希望於明朝支援，實際落空了。清軍於十二月十日渡鴨綠江，十三日抵安洲，來勢兇猛。李倧召大臣問：「寇已深矣，將如之何？」大臣有的主張抵抗，有的提出逃走。李倧舉棋不定。聽說清軍已過松都，只得奔向四十里外的南漢山城。朝鮮京城哭聲震天，南漢山城也被清軍包圍了。三十日清軍入朝鮮京城。第二年正月初四日，清軍北渡漢江，距王京二十里駐營。初七日，清軍戰勝朝鮮全羅、忠清兩道援軍，但是六十六歲的額駙揚古利被朝鮮一敗卒擊中身亡。李倧「勢窮情迫」，稱臣請罪。皇太極要求嚴懲朝鮮挑起釁端的大臣，同時造船發兵攻入江華島，獲朝鮮王妃、王子及閣臣等人。二十八日，李倧獻出兩禍首。同一天皇太極提出：必須去掉明國年號，斷絕與明交往，獻出明國所與誥命冊印；國王親自來謁，以長子並另一子為質，諸大臣也以子弟為質，將來立其質子為嗣；從今以後一應文移，奉大清國正朔，所有節日俱行貢獻之禮。使臣往來均遵照明國舊例；有事征伐明國，調兵數目、日期，一切不誤，並當即備齊鳥槍、弓箭手及兵船五十艘，助攻皮島；大軍撤還時，歡送，俘獲之人逃回執送本主；以後每年進貢一次，黃金百兩，白銀千兩及皮張紙席等物均有定數。三十日李倧親至皇太極面前伏地請罪。舉行受降儀式後，當即留下其長子及次子為質，其餘被俘妻子家口二百餘人遣送還京。二月初二日，皇太極自朝鮮班師。從此清朝代替明朝把朝鮮變成了藩屬。朝鮮對清朝由以前的兄弟之稱，更執藩臣之禮。不久阿濟格領兵攻克皮島，斬明將沈世魁等，徹底解除了清朝攻向關內的後顧之憂。
皇太極對明朝的軍事行動仍因山海關的阻隔，分成為入口之戰和關外之戰。崇德年間一共發動了三次入口之戰，每次作戰都分出一部分兵力在關外，以為牽制。崇德元年五月派阿濟格等領兵出戰，六月二十七日分路入邊，相會於延慶州，這是第一次入口之戰。此戰於九月八日阿濟格奏捷，其軍直入長城，過保定，至安州，克十二城，凡五十六戰皆捷，俘人畜十七萬九千八百二十，生擒總兵巢丕昌。明兵部尚書張鳳翼、總督梁廷棟擁兵不敢出擊，清軍得以飽掠而歸。崇德三年八、九月，清朝發動第二次入口之戰，派多爾袞為奉命大將軍，岳託為揚武大將軍，分統左右翼伐明。皇太極親自領兵向山海關作牽制。岳託自密雲東北牆子嶺口毀牆而入，多爾袞自董家口東山關西牆缺處入，這是一次關內的大規模軍事行動。崇德四年三月多爾袞奏報，兩翼兵會於通州河西，由北邊過燕京，自涿州分八道南下，京西千里之內六府俱被蹂躪，至山西界而還，復至臨清州，渡運河，攻破山東濟南府，克城敗敵，俘人口二十五萬餘。右翼杜度奏報其軍從燕京西至山西，南至山東，克城敗敵，俘人口二十萬四千餘。兩翼俱從遷安回，出青山關，四月凱旋。清軍最大的損失是揚威大將軍岳託死於軍中。但是明朝損失更大，著名的抗清人物孫承宗、盧象升皆戰死。原來明朝的兵部尚韋楊嗣昌主張對清媾和，還說清軍不會南下，他們沒有火器，等等，實際完全不是那麼一回事。崇禎皇帝不但宣佈了京師戒嚴，而且非常憂慮，以致在農民軍和清軍都攻上來的時候，寧肯暫時放鬆對農民軍的圍剿，而把主要力量調到抗清戰場上。
清軍第三次入口前，明清在松錦一帶展開了薩爾滸之戰以後的第二次大決戰。明朝看出了只有在東北戰場上打敗清軍才能阻止他們發動關內外的一切進攻。而皇太極更清楚，只有從山海關進攻北京，才能滅亡明朝，或建立如遼、金、元那樣的國家。所以在松錦有這樣一場大決戰並非偶然。自從大凌河之戰以後，祖大壽回到明朝就駐守在錦州。吳三桂是大壽之甥，時為副將，祖、吳在遼東擁有強大實力，是明朝倚重的軍事集團。清軍打不敗他，皇太極就用高官厚祿拉攏他的子孫。崇德三年為配合清軍入口之戰，皇太極親自領兵攻向寧遠、錦州，祖大壽在中後所，打敗多鐸的軍隊，皇太極到中後所，要求祖大壽來見，被拒絕。第二年皇太極又領兵圍攻松山，旁及連山、塔山、杏山，崇禎召祖大壽救援，皇太極卻要他來投降，也沒有成功。祖大壽堅守錦州，清軍屢攻不克。從崇德六年起，濟爾哈朗開始令諸軍包圍錦州。前此因清軍威脅，明朝已調洪承疇入衛京師，至是正式任命洪承疇為兵部尚書兼副都御史總督薊遼軍務，這是準備決戰的重要一步。洪氏十月出山海關，調集曹變蛟、王廷臣、自廣恩、馬科、吳三桂、楊國柱、王樸、唐通八總兵，十三萬軍隊，東來決戰。當時祖大壽駐錦州，以松山、杏山、塔山三城為犄角。
崇德五年三月清兵修義州城。過去清軍分出一部分入關，現在全力用於松錦決戰。特別是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的軍隊調來助圍錦州，漢軍固山額真石廷柱甚至認為「明必與我併力一戰」，我軍換防都不必換了。崇德六年八月，皇太極見形勢危急，事關重大，親自領兵進戰，不顧鼻子出血，十五日起程，三日後方止。有人建議「徐行」，皇太極說：「朕如有翼可飛，當即飛去，何可徐行也！」經過六天急行軍到了松山。皇太極親征，大大鼓舞了清軍的士氣。他部署清軍自烏忻河南至海，橫截大路，綿亙駐營，再在高橋設伏，圍追堵截，處處有備。明兵雖號稱十三萬，能戰者只有白、馬、吳三總兵所部。洪承疇不願急戰，但崇禎及兵部尚書陳新甲、職方郎中張若麒等皆輕躁促戰，洪氏被迫進兵，初獲小勝。皇太極採取大包圍的攻勢，挖深濠困住了明軍，洪承疇正欲決一勝負，而諸將以無餉，議回寧遠取糧。洪承疇看出：「戰亦死，不戰亦死；若戰，或可冀幸萬一。」但部將各懷異志。還沒等下令打，王樸已畏敵先逃，於是各帥爭馳，敗如山倒。逃兵半路被清軍伏擊，追擊，明十三萬兵，被斬就有五萬。只有曹變蛟、王廷臣突圍入松山城，洪承疇與巡撫邱民仰在松山堅守。松山城內兵不過萬，外失救援，孤立絕望。洪承疇幾次欲突圍而出，皆失敗。到第二年正月，副將夏承德以其子夏舒為質，密約清軍為內應，二月十八日清軍入松山，生擒洪承疇。三月初八日，錦州城內的祖大壽也以孤立無援被圍一年後投降。四月，清軍又攻克塔山、杏山，並毀二城。至此，松錦決戰以清軍勝利告終。經過松錦決戰，明朝軍隊精銳傷亡殆盡。清朝人說，薩爾滸之戰是「王基開」，而松錦之戰是「帝業定」。皇太極為大清奠定了一代基業。
崇德七年，皇太極發動了生前最後一次入口之戰。他對這次軍事行動提出了異乎尋常的要求，即注意明朝和農民軍的動向及應採取合作的態度。這表明皇太極認為大清取代明朝而統治全國已為期不遠了。這次進軍的統帥是奉命大將軍阿巴泰等，兩翼大軍分別從界嶺口及黃巖口毀牆而入，長驅南下，至山東兗州，計克三府、十八州、六十七縣，敗敵三十九處，獲黃金二千二百五十兩、白金二百二十萬五千二百七十兩，俘人民三十六萬九千口及牛馬衣服等物。但是就在這樣的大勝利面前，許多文武大將提出直搗山海關時，皇太極仍堅持既定國策，不輕易冒險。終皇太極之世，清軍不曾通過山海關，但沒有他們掃清道路，也就不可能有後來的清軍入關。
皇太極在五十歲時，因他心愛的宸妃之死，身體立刻變得虛弱了。皇太極一生娶了十五位妻子，而他最喜歡的是天聰八年娶的博爾濟吉特氏，崇德元年封她為關雎宮宸妃。這位妻子賢淑文靜，皇太極和她頗恩愛，婚後曾生一子，皇太極高興至極，為此發佈了大清第一道大赦令。這個兒子二歲而殤。崇德六年九月，皇太極正在松錦前線，忽聽宸妃病危，急忙趕回盛京，到時宸妃已死。皇太極悲不自勝。從此這位身體一直健壯的大清帝忽而昏迷，忽而減食，常常「聖躬違和」。當年十月初二日，他對諸王及他們的妻子兒女說：「山峻則崩，木高則折，年富則衰，此乃天特貽朕以憂也。」這流露出皇太極已為他年老體衰而不安了。崇德六年以後，皇太極因身體不好，曾發佈過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。崇德八年(1643)八月九日，勞累一生的皇太極終於因病在瀋陽清寧宮與世長辭，享年五十二歲。後葬於昭陵，即今瀋陽北陵。廟號太宗，謚為文皇帝。