研究陸軍編制調整的會議加入了海空軍的內容，演變為對國防總體戰略的研討了。
方時俊、商鳳春、薩鎮冰等人參加了後續的會議。
先說空軍。在山東戰役大放異彩的航空兵得到了陸軍的承認，戰爭結束後，陸軍收起了對航空兵的輕視，承認「動於九天之上」的飛機具有極大的威力。在山東戰役期間，航空兵部隊取得了不俗的戰果，估算斃傷日軍在五千人左右，其作用已經相當於一個陸軍師，承擔了極重的戰鬥任務的第16師，從龍口起打到了最後，該師統計確認的戰果為斃傷日軍6400餘人，俘134人。雖然16師的戰果無法跟中央軍區的另一支老部隊第6師相比，但16師的戰果也算顯赫了，竟然跟航空兵差不多，不能不令在戰後獲得晉陞中將軍銜的16師師長高虎子將軍氣餒。
航空兵在山東戰役期間除了執行對敵軍（主要是登陸場、集結地）進行轟炸掃射等戰鬥任務外，還擔負了偵察、通訊及瓦解敵軍的宣傳工作，發揮了獨特的作用。航空兵對己方士氣的鼓舞作用很大，每當飛機出現在戰場上空，都能引發陸軍部隊的歡呼。戰役的後半程，陸軍各師都在爭取航空兵的支援，主要就是考慮到提振士氣。
從建國前就開始的航空事業的巨大投入終於換來了回報。飛機所展現的威力不僅被中日兩國所重視，而且受到了德、英、法等國的研究。他們發現自己對於飛機的運用已經落後於中國了。不約而同地加強了航空兵建設，依照其遠勝中國的工業實力，趕超中國空軍是輕而易舉的事情。
可以這樣說，山東之戰就戰術方面改變了第一次世界大戰的歷史。根據軍情局、外交部及國安總局掌握的情報，日本在戰後高度重視航空兵，在陸軍參謀本部及海軍軍令部都增設了相應了部門，研究、引進最新的航空技術，可以想見，在不遠的將來，日本航空兵將成為中國航空兵的勁敵。
1916年3月上旬召開的國防會議關於空軍的建設編組問題就是在這種情況下展開的。首先由商鳳春空軍上將介紹了已經核實的各國航空兵的發展情況。在歐洲戰場。航空兵的規模已經很可觀了，德法英三國參戰飛機總數超過了1500架，在戰役中發揮了越來越重要的作用。
在進入匯報的主要部分後，商鳳春上將建議國家繼續大力扶持航空業的建設。建立更多的研究所和航校。研製更多的飛機。培養更多的飛行員並擴大空軍現有的編制，「現在的情況已經印證了總統對於航空的預言，我們領先的優勢正在喪失。這取決於我們工業基礎的薄弱。但正因為這樣，我們必須繼續大力發展空軍，至少要在東亞要建立空中優勢才行。」商上將在談到空軍編制時說，「在海軍航空兵司令部組建後，空軍與海航的關係要明確，承擔的任務也要明確。我認為，掩護並支援海軍的任務應歸海航，但其餘的事情就是空軍的了。」商鳳春認為空軍應當建立空軍司令部——航空隊——聯隊——大隊——中隊——小隊的戰鬥編製，每小隊編機4架，每中隊12架，每大隊36架。聯隊則不等，或轄3個大隊，或轄4個大隊，根據任務來調整確定。每個航空隊轄數個聯隊，聯隊分為戰鬥機聯隊、轟炸機聯隊及其他特種任務聯隊。
在空軍設定的編制中，航空聯隊相當於陸軍的軍，航空隊則相當於軍區了。所以，商鳳春為航空隊司令官申請的軍銜為中將，聯隊長為少將。
年輕的共和國空軍在山東戰役中大放異彩，但損失也很大，戰役期間戰損飛機17架，因故障毀損11架、停飛修理23架。戰後經大力補充，飛機總數在1915年底突破了400架，其中四分之一被劃歸了海航，空軍實有作戰飛機不足300架，按照空軍擬定的新編製，編為三個航空聯隊，司令部分駐廣州、瀋陽及濟南。航空隊暫時不設了，因為戰機太少了。目前可以總裝飛機的有西安、上海兩地，如果開足馬力，產量加起來每月可達50架，這是理想化的最高產能了，實際情況因受制於部件的影響，每月能生產40架飛機就不錯了。飛機不似大炮，涉及的東西太多了，除了飛行員之外，還須機場、維修站等地面設施的支持和難以一下子解決的高發的故障率，使得現役軍機約四分之一總處於維修狀態。
中日山東戰爭結束後，兵工總署成立了航空局，統一協調飛機部件及總裝的生產。根據兵工總署的意見，目前的當務之急不是擴建總裝廠，而是充實加強配件廠的產能。計劃將南昌、廣州、西安、上海、洛陽五地打造為航空配件的生產基地，計劃總投資8900萬華元，時間為四年，目標是新建11個廠，改造和擴建17個廠。計劃的後半段將擴建上海及西安的總裝廠。計劃全部完成後，飛機的月產量將突破100架大關。
兵工總署的計劃得到了政務院的批准。今年才是計劃實施的第二年。空軍及海航要求提供新飛機很迫切，但實際情況是，戰爭結束後到現在，實際提供給軍隊的飛機不足250架。原因是在1915年在上海召開的航空建設的專題會議上，龍謙對發展航空提出了一系列新思路，強調研製新飛機的重要性，認為航空是一個嶄新的領域，進步日新月異，搞那麼多技術落後的飛機純屬浪費。當前要抓緊的是研究領域的加強，特別是飛行理論的研究要立足自身，不能依賴仿製。龍謙特別強調了航空發動機的研究。認為是重中之重。為此，國家加大了人才引進的步伐，主要從美國招聘了大量的機械及航空領域的科學人才，建立了一系列的實驗室和研究所。使得航空研究所的數量達到了七個。並在上海和西安建立了大型的飛行實驗室。使得戰後對航空建設的投入超過了計劃，到1915年底，實際投入的資金已經15800萬元了。兵工總署那份關於航空業基礎建設投資的計劃至少翻了一番。
1915年春的航空建設專題會議上龍謙提出了組建民用航空的建議，起初與會官員認為過於超前了，但經龍謙的解釋，大家明白了民用航空是支撐軍用航空發展的基石。戰爭的時光總是少於和平歲月，不發展民用航空。國家很難一直對軍用航空高投入下去。於是促成了中國民用航空總公司的成立。
進入1916年。中國加入
入歐戰迫在眉睫。至少在軍內對於加入歐戰的呼聲高起來。戰爭是一個吞金怪獸，吞噬著和平時期積攢的巨額財富，但帶來的好處也是巨大的。日本盤踞冀東的中國駐屯軍被迫撤走了，天津、漢口等地的日租界被收回。對日本的庚子賠款取消。便是實實在在的好處。而且。戰爭帶動了經濟的發展，山東戰役便拉動了全國經濟，開設了更多的工廠。增加了稅收。這真是個奇怪的現象。
迅速收回國家利益還要靠打仗已經是決策層絕大多數人的看法，如果中國擇機加入歐戰並獲得勝利，其收穫將遠超山東之戰。光是關稅自主一條就足以打動人心了。1915年關稅總額高達7500萬元，如果翻上一番，財政憑空多出七八千萬，能辦多少事？這不止是一個面子問題，而是實實在在的好處。另外，無論加入哪一方，理論上不需要再支付庚子尾款了，這也是一大筆錢，特別是對俄國（辛丑條約中俄國比例最大是日本的三倍有餘），無論如何不用再付這筆令人氣惱的款子了。
戰爭當然要花錢，但這次加入歐戰不會在自己國土上進行了。戰費很大程度上將由別國負擔，何況還有戰後的若幹好處。所以，在1916年3月召開的最高層軍隊編制研討會上，商鳳春提出的擴編空軍的建議得到了批准。空軍將成立三個航空隊，司令部分設天津、長春及廣州。番號分別是第一至第三航空隊。其中第一、第二各編三個航空聯隊（戰鬥機2，轟炸機1），第三航空隊編兩個（戰鬥及轟炸各1），按照這個編製，空軍將迎來一**發展。
這個結果彰示了中國即將投身歐戰的決心。
上海將成為海軍航空兵司令部的所在地，海航的編制問題納入了海軍的一攬子方案中。
相比於空軍的大發展，海軍在建國後特別是山東戰役後的發展的緩慢的。共和國海軍力量就是滿清留下的那點薄弱的老底子，無論是艦艇還是人才，相比東面那個惡鄰都不值一提。建國後成立了海軍總部，委任龍謙的老參謀長方時俊為海軍總司令，開始了對海軍力量的整頓。方時俊根據龍謙的指示，首先請出了嚴復、薩鎮冰等海軍名宿，甚至將滿清貴胄載澤也啟用了。像李准等早已「投靠」蒙山軍的滿清海軍將領更不在話下。方時俊用很長時間調研了海軍的實力，對海軍不同於陸軍的特點有了清晰的認識，認為就國家現有情況，在短時間內大力發展海軍使其能夠與日本相抗衡是不現實的。於是確定了積蓄力量長期發展的方針，計劃用20年的時間打造一支可以匹敵於日本的海上力量。
方時俊以及他組建的海軍班子將日本海軍視為了假想敵。彰示了海軍的勃勃雄心。提出這個戰略性的目標在海軍內部是有爭議的，即使如因建國後日新月異而對海軍發展充滿信心的薩鎮冰副總司令，也認為將日本作為趕超對像有些狂妄了。但方時俊為首的蒙山軍派卻堅持必須將日本視為海軍的大敵，只有趕上並超越日本海軍，中國海軍方能在全球局勢中佔有一席之地，從而維護國家的海洋權益。
龍謙數次對方時俊說，海軍的發展必須拋棄日本海軍發展的路子。研究日本海軍的發展是必須的。但絕不可單純地走追趕之路。由於飛機技術的飛速發展，現在以戰列艦為決勝力量的現狀將徹底改變，追求擁有超大口徑火炮大噸位軍艦的看法將注定是笑話。龍謙提出了航空致勝論，認為可以起飛飛機的特種軍艦以及潛艇將是戰勝日本海軍的法寶。
這個觀點只有極少數人知曉。那些留學英美自認對海軍戰力有著充分認識的海軍耆宿們不以為然，潛艇能幹掉巡洋艦戰列艦？飛機？那種只能投擲幾公斤重炸彈的飛機能炸沉敵人的巡洋艦戰列艦？怕是連1000噸的驅逐艦也辦不到吧？
先擱置對海軍發展走那條路的爭議，在更多的方面大家還是取得了較為一致的意見，那就是先夯實基礎。方時俊否決載澤籌資買艦迅速擴充艦隊的提議，堅持必須走自己造艦的路子。這樣，從建國以來，海軍經費主要投向人才培養、艦船（含海軍兵器）研究及造船能力建設三個方面。
從1910年起。海軍逐年增加派往美國的海軍留學人員。根據共和國主要領導出訪美國簽署的海軍秘密協定。一方面派遣大學生留學美國學習艦船專業，另一方面派遣海軍現役官兵加入美國海軍實習，全面學習美國海軍。其三就是在船舶製造上與美國深度合作，購買美國的設備和技術。在廣州及上海建立船廠。其四成立了合資的中美太平洋航運公司。同時。兵工總署成立了海軍兵器研究院。開始了海軍兵器的仿製研發工作。
美國處於制約日本的目的，對中國海軍建設方面給予全面的支持。美國分析評估了中國的海軍現狀，認為中國絕不會構成對美國的威脅。所以放心大膽地出售、轉讓海軍技術，「熱心」為中國幾乎是一張白紙的海軍建設藍圖添磚加瓦。
當然，海軍還是買了一些艦隻的。數年來陸續向美英購買了6艘巡洋艦、7艘驅逐艦及4艘運輸艦。淘汰了一批老舊的炮艇，編組了東海及南海兩支艦隊，為了避免與日本海軍發生衝突，海軍重點建設了以海南榆林港和福建馬尾港為基地南海艦隊，加強了海上訓練。與滿清時期海軍的出海訓練相比是大幅度提升了，這得益於海軍經費的逐年增加。
值得一提的是海軍大力發展潛艇。這方面的合作對像不是美國而是德國。中國先後向德國購買了20艘最新的潛艇及全套的潛艇技術，在上海建造了潛艇工廠，開始試制自己的潛艇。使得在山東戰役爆發前海軍擁有了兩個潛艇支隊並在戰爭中取得了令世界矚目的戰績。
山東戰役海軍水面艦艇未參戰，也未遭到損失。但全力投入戰爭的20餘艘潛艇在取得輝煌戰績的同時，自身損失也極大。戰沉7艘，因故障損失2艘，加上因各種故障返回基地不能出戰的艦隻，幾乎將潛艇部隊全部損失掉了。
戰後，海軍總結了戰爭中的經驗教訓，統一了思想，認為潛艇已經展示了其戰略遏制的能力，假如中國海軍擁有一支遠超日本的潛艇部隊，將構成對日本海軍的重大威脅。於是將發展潛艇
置於了最優先地位，提出了海軍發展的十年規劃，準備打造一支擁有50艘遠洋潛艇的強大部隊，並具備建造驅逐艦、大型運輸艦（3000噸級別）的造艦能力。
這份規劃幾經修改，在1916年春的三軍編制研討會上拋出，得到了原則通過。會議決定海軍將建設海軍航空兵及潛艇為發展重點，適當建造並購買一批水面艦艇，使得十年後（1925）海軍水面艦隻總噸位達到24萬噸的水平。建設北海、東海及南海三支水面艦隊，其中北海艦隊基地設於青島，東海艦隊基地設於舟山，南海艦隊分置馬尾及榆林。
涉及的海軍撥款也確定了，按照每年遞增10%的速度，至1925年，海軍經費將超過3.5億華元。
但海軍將不參與歐戰的決策也確定了，這是無可奈何的事。
這次主題為陸軍編制的會議擴大至陸海空三軍編制的確定，會議的最後一項議題是關於中國是否應當加入歐戰並選擇陣線。這是確定召開本次會議時龍謙給總參謀長司徒均上將佈置的。在三軍編制問題基本確定後，會議轉入了困擾軍隊多時的歐戰問題。參加會議的人數也增加了，邀請了政府及議會的主要首腦共同研究。
山東之戰帶來的後果開始顯示了，那就是對列強的蔑視。不僅軍隊開始顯示一種超乎自身實力的自信，而且政府方面反對戰爭主張和平發展經濟的呼聲也減弱了。令一直抱著和平發展主旨不放的政府總理方聲遠愈發感到孤立。會議對中國應當主動加入歐戰取得了相當一致的意見，但對加入何方，如何加入卻爭吵不休。如果不解決與誰結盟的問題，如何加入實際也就談不到了。軍方內部的聲音也不一致，陸軍主張與德國結盟，海軍則解決反對，認為即使德國打敗法國也無法取得戰爭的勝利。空軍則左右搖擺，一部分人支持陸軍，另一部分人支持海軍。龍謙看過分組討論的意見匯總後在3月10日召集了一次秘密會議，談了他對歐戰的基本判斷後批評了軍隊流露的輕敵思想，提醒軍方諸將歐戰的激烈程度遠超中日山東戰爭，絕不能有任何的自大。龍謙說，目前我們可以確定積極的態度，但不做最後的站隊選擇。總參謀部和國防部盡快完成這次三軍的編制調整、部隊換防和軍官配備，兵工總署及相關部門抓緊武器及軍用物資的生產，至於如何打，跟誰結盟，需要再花幾個月時間（龍謙判斷為三個月）來觀察。正好利用這段時間將部隊整編完成，特別是陸軍部隊的整編調整必須完成。三個月的時間不足以將空軍及海航的飛機補充到位，那不要緊，即使參加歐戰，靠得主要是陸軍。
不過，高級將領們從最高統帥的發言裡聽出一個明確的信號，那就是不看好在戰爭中明顯佔優的德奧一方，總統的這個判斷令海軍感到鼓舞，而令陸軍氣沮。
會議一直延期至3月11日結束。會後，龍謙留方聲遠主持中樞政務，自己則帶著水利、鐵道、民政、交通等部門的官員開始了新一輪的巡視。這樣的巡視每年都要進行，這次巡視的重點是交通及水利。(……)