崇禎六年十二月三日，皇太極集結大軍共計一百五十萬，浩浩蕩蕩的在薊州城擺開陣勢，這讓李自成不由心中十分驚懼，自己滿打滿算現在才只有近一百萬，怎麼能與清軍一戰，此時李自成已經有了退意，好在宋獻策率領郝搖旗、劉體純帶領三十萬大軍，在山海關一戰攻破吳三桂大軍，輕鬆佔領山海關，一時間讓皇太極分兵，但是面對清軍如此強勢，李自成也是心中不安，派人通知宋獻策，讓他撤出山海關，回京與自己兵和一處，隨後則是帶著自己本部死守通州一代，與劉宗敏與高一功駐紮香河三十萬大軍，形成犄角相互支援。
崇禎六年十二月五日，多爾袞親率孔有德、耿仲明、祖大壽三部，組成五十萬大軍開赴山海關，雖然宋獻策已經帶領兵馬想要返回香河，但是在豐潤兩軍相遇，多爾袞親率大軍衝擊敵軍，因為宋獻策大軍連日疲累未得休息，自一戰宋獻策兵敗而去，好在大軍損失並不是很大，而多爾袞卻緊追不放，宋獻策無奈只好戴軍進入永平，派郝搖旗率領五萬大軍佔據山海關，以免腹背受敵之險，另派劉體純率領十萬大軍向南攻取遷安，
因為背後有山海關糧草支持，遷安與永平兩城頗近形成犄角之勢，一時間李軍死守城門，多爾袞大軍未能進得一步，無奈之後多爾袞只好帶軍繞過永平，從秦州成向山海關進兵，因為郝搖旗撤兵速度慢了一些，本部五萬人馬被多爾袞打敗，郝搖旗在戰亂中被清軍斬首，宋獻策知道以後傷心不已，但是也帶著本部人馬會同劉體純大軍，趕往香河之地與劉宗敏部匯和。
此後多爾袞派三十萬兵駐紮山海關，自己則帶著二十萬大軍，佔領永平、遷安、秦州三城，使得三城成為掎角之勢，掩護山海關安全，雖然清軍佔領三城一關，但是五十萬大軍算是徹底駐留此處不敢妄動。自此皇太極率領九十萬兵馬，駐紮薊州城與李軍形成對持。
李自成現在率領大軍共計七十五萬大軍，在香河、通州與清軍對持，但是早已經有了退意的李自成，在牛金星的勸說下，未聽從宋獻策的死守建議，命令大軍返回běijing城。宋獻策一氣之下大呼：「天亡順，王敗京城，」隨後離開李自成大軍，一人消失無影無蹤，任憑李自成萬番尋找也沒有找到。
十二月十日，皇太極命多鐸率領十萬大軍佔領香河，阿濟格率領十萬大軍佔據昌平，豪哥率領十萬大軍佔領順義，自己則是帶著七十萬大軍攻破通州，李自成大將高一功戰敗就義，死不投降清軍，佔領通州之後，皇太極四面大軍兵圍京城，李自成經此連敗，再加上宋獻策離走時候的預言，只好帶領剩下七十萬大軍，在良鄉被清軍追擊，在損失二十萬軍的情況下，終於逃出清軍包圍圈。經此一戰清軍徹底佔有京城以東地盤。皇太極佔領京城之後，並沒有再追擊李自成，而是放任而去，只是因為身體有礙致使昏迷，一時之間清軍紛紛停止進攻，多爾袞親自來京，護送皇太極返回盛京瀋陽。
李自成兵敗之後，李巖提出分兵，被途中李自成信牛金星之饞，害了李巖，部眾離心，失去河南根據地，只好一路向山西而去，只不過等待他的又是一場災難。
李自成帶領殘兵剩將兵退太原之時，卻被一隻黑壓壓的大軍所阻，正是劉明遠率領的黑狼軍，為何劉明遠能在這裡出現，倒是要從劉明遠在邊界與大軍分開來說，劉明遠與大軍分開之後，帶領黑狼軍疾行到達東勝城，東勝城乃是宣大界內的據萬里長城的關卡，明軍將領胡承海任此關總兵，此人早年倒是在遼東做過兵長，自然認得劉明遠這位一字並肩王，當劉明遠兵臨城下，此人二話不說打開關卡放了劉明遠進來，在得知劉明遠受崇禎之命，已經封為輔國王更是欣喜無比，當即把兵權交給劉明遠。
劉明遠進入關卡並未多呆，而是帶領大軍兵發太原，在太原使詐騙取李自成駐留太原之兵打開城門，從而佔有太原城，此時李自成自然不知道，一路兵敗逃亡到了太原這裡，才知道劉明遠就在前方，不由聞之劉明遠大名懼怕，率領自己部下向南而去，一路從順德府到達大名府，卻在這裡被明軍將領侯良柱所敗，只好一路向章德府而去，之後到達河南府，一路艱險旁人怎知，李自成卻是深深知道，此次佔領běijing之後，遭受如此惡果，李自成知道全部因為自己的驕傲輕敵，到達河南府之後，李自成一統計兵馬不過萬數，當真欲哭無淚了，當即揮刀自殺，好在部下所阻，在深深的自省之中，終於知恥而後勇，在河南開始自己新的一步。因為李自成殺了李巖，致使河南大部分起義軍對他不滿，李自成在這裡發展並不太好，在李自成親自認錯之下，各部義軍才開始慢慢接受李自成，李自成在之後更是打敗明軍左良玉，致使河南全地盡歸李自成，這才從根本佔有河南一省，在這裡開始慢慢發展起來。
這是後話我們先不說，侯良柱戰勝李子成之後，知道劉明遠的下落，直接帶兵向北，尋找劉明遠足跡，終於到達太原見到劉明遠，兩人交談之後，侯良柱才知道崇禎帝臨危受命劉明遠為輔國王，當即表示自己願意聽從劉明遠命令。
侯良柱本事四川總兵，在於楊嗣昌攻打張獻忠之時，為人勇武直前深受楊嗣昌讚賞，而楊嗣昌死後張獻忠與李自成何為明軍，致使明軍群龍無首各自交戰，侯良柱無奈只好帶兵扯到東昌府，在東昌府被張獻忠部將李定國打敗，帶領三千人馬隱藏山中，直到數日之前才帶兵佔領大名府，正好碰到李自成，直到此戰不能倖免，侯良柱帶領三千人一字排開城下，嚇退李自成，要率兵全力追擊李自成數百里，帶兵返回大名府城，知道劉明遠的消息後十分高興，另一方面也是怕李自成反應過來，在帶兵攻打大名府，帶著三千人直奔太原府，投靠了劉明遠。
劉明遠在得知此人經歷之後，知道此人不能擔當重用，卻有小計謀之後，授命此人聚結明軍殘部，聚集在山西太原，侯良柱當即答應，更是在數月之中，為劉明遠拉來數部兵馬，數量達到三十萬之多，可見此人倒是頗有能力，只不過有時候膽子小了些。
本來劉明遠想要逼李自成南下，與張獻忠何在一處之時，自己就會帶領黑狼軍返回聯盟，一代東山再起，可是清軍皇太極撤回盛京瀋陽，清軍占時無所異動，劉明遠在山西這裡又匯聚進四十萬大軍，一時之間倒是放不下手，只好在這裡準備打開局面了。
此時福王朱由崧被擁立於南京，建立弘光政權，他能登基做皇上這裡面不得不說沒有崇禎的那道聖旨作祟。
崇禎帝自盡於煤山。這對大江南北的明朝諸臣來說，無疑是一個晴天霹靂。事已至此，原來形同陪襯的南京留都的政治作用就凸現出來。很顯然，擺在留守諸臣面前的首要任務是擁立新君，組織政權。說到血統親近，福王，桂王，惠王成為不二人選。而由於福王在三藩中年齡最大，又加上沒頭蒼蠅一樣亂跑亂撞，流串到南京附近（淮安）。比起其他兩個遠在廣西的藩王來，自然近水樓台先得月。然而事情並沒有這麼簡單。江南士紳中部分東林黨人從狹隘的一己私利出發，以福王昏庸為名，堅決反對。但內中隱情卻要追溯到天啟朝時，為反對老福王繼統和老福王之母鄭貴妃干政，東林黨人已和福藩結下不解之仇。為防止朱由崧登位之後趁機報復。以東林領袖錢龍錫為首，以立賢為名，大張旗鼓地推出了一個莫名其妙的繼承人——潞王。
潞王血統偏遠，自然缺乏繼立的理由。但他的所謂賢名，卻贏得了許多人的同情和支持。直至今天許多不明內情的人還以為憾事。其實，拋開潞王是否真賢不說，封建王朝的嫡長子繼承製，自有其現實考量。當時政治以內閣負責，即使皇帝昏庸，負責的臣下仍可以維持政治機構的正常運轉。以局勢而論，留都諸臣需要的只是一個形式上的精神領袖。而並不一定非要雄才大略的賢君不可。關鍵在於臣下齊心協力，方能維持危局。現在以立賢為名拋開福王。明王朝散居各地，小有賢名及野心才具的龍子龍孫，大有人在。既然潞王可立，何人不可立？他們自然不可能要求進行全國範圍內的普選，卻總有大批的野心家趁機上下其手，借擁立爭功。南明的局勢勢必將土崩瓦解，一發不可收拾了。