崇禎六年八月十八日，皇太極集結百萬大軍屯軍與高台堡，讓大明大為震驚，這也讓崇禎大為著急，隨即命熊文燦任命遼東總督，以抗清軍攻勢，同時調令各部大軍三十萬，隨即支援山海關。熊文燦本來受傷在家療養，現在已經沒有大礙，看到大明如此內憂外患，心中不慎著急，再接到崇禎命令下達之後，連夜帶領大軍奔赴山海關去了。
此時楊嗣昌本來就因為督戰各軍不利，致使他的計劃根本沒法施行，本來想借助當今聖上，壓迫各軍聽從命令，可誰知清軍這一插足，更是讓崇禎下令抽調部分大軍，而這一部分大多數則是他的鐵桿支持者，這樣他下達的命令如同虛設，更加無法指揮全軍。
崇禎八月二十三日，張獻忠帶領部眾三十萬，攻破襄陽殺襄王朱翊銘，一時之間朝野大驚，楊嗣昌更是聞之後大病不起，剿匪明軍一時之間失去領導人，被義軍各部大敗，致使李自成連克江北，河南等地，又入陝西，在寧州擊殺明副總兵艾萬年等。旋在真寧再敗明軍，迫總兵曹文詔自殺，自此一役之後，李自成重新掌握陝西全境，同時再次分兵一路進兵河南，向南進攻，以和張獻忠部合力夾擊明軍，明軍剿匪大軍一時之間被圍湖廣、河南一帶。而李自成親自帶隊一路向北，直攻河南開封。
崇禎聞之襄王被賊寇殺死大怒，責令楊嗣昌督軍不利，令楊嗣昌回京受罰，其目的也是在保護楊嗣昌而已，但是楊嗣昌本就重病在床，等到黃門小斯告知他之後，楊嗣昌一時之間憂思大作，連吐數口血塊仰天道：「臣無臉再見聖上，襄王之死雖然聖上未能歸罪與我，但終究難辭究責。」隨即倒床不起，第二日身亡。
崇禎聞之後十分可惜，但也算給襄王之死，有了個交代，面臨如此戰事，崇禎下令熊文燦為兵部尚書一職，總督遼東清軍戰役。遂令在獄半年的孫傳庭釋放，再度起用孫傳庭為兵部右侍郎。崇禎親臨文御殿詢問孫傳庭有關鎮壓起義軍的方略，並設宴款待，為他壓驚，熊文燦隨後速命孫傳庭率禁衛軍馳援開封。
孫傳庭在主持陝西軍務期間，不斷擴充自己的軍力和糧餉。西安周圍原屯積軍隊2.4萬，田地二萬餘項，後來田地都歸屬於豪門，兵丁只是虛設在花名冊上。孫傳庭接管這裡後，經過治理，得士卒1.1萬，年收稅計銀14.5萬兩，米麥1.35萬石。
為盡早徹底剿滅農民起義軍，明廷採納了兵部尚書楊嗣昌的「四正六隅」的全面圍剿方略（又稱「十面埋伏」），並為完成此計劃增兵12萬，加派軍餉銀280萬兩。但是，孫傳庭對此持有異議。他認為：因軍兵屢戰，多經潰乏受挫之苦，況且連年征戰，民力疲竭，此舉未必能收到預期效果。由於孫傳庭料知他的計劃不會被採納，便著手清點私產，得銀兩4.8萬，並招兵買馬，自辦圍剿所需的人力及資財。當明廷彙集各處上報的招兵募馬的數額時，唯獨孫傳庭的奏疏未送到。素與孫傳庭有隙的楊嗣昌於是乘機發難，抱怨朝廷的軍法在陝西竟行不通。孫傳庭對此上疏申辯道：「使臣如他撫，籍郡縣民兵之上，遂謂及額，則臣先所報屯兵已及額矣。況更有募練馬步軍，數目逾萬，何當不遵部議。至百日之期，商、洛之訊守，臣皆不敢委。然使賊入商、洛，而臣不能御，則治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能滅賊，誤則事者必非臣。」
孫傳庭折衷了兵部「堵截正面，固守商洛」的議定，派重兵扼守商洛一帶的戰略要地。當大天王率領的起義軍進襲慶陽、寶雞時，孫傳庭迅速回師在合水將其擊敗。過天星、混天星的起義軍從徽，秦等地經鳳翔將通向澄城時，孫傳庭指揮其部分五路合擊該起義軍於楊家嶺、黃龍山一帶，捕殺二千餘人，又在鹿州以西、合水以東的方圓三、四百里的深溝峽谷內採用分兵堵截，機動設伏的戰術再敗起義軍，並打退了馳援陝西起義軍的馬進忠、馬光玉所率領的宛、洛之部後，又在潼關南原以重兵埋伏，使闖王李自成部幾乎全軍覆沒，李自成僅以18騎兵突圍而走。至此，陝西境內的起義軍幾被鎮壓下去。
可以說孫傳庭在剿滅反賊功不可麼，但是因為他極力主張以戰平敵，正好與楊嗣昌的思維相反，在半年前因為做戰不利，被楊嗣昌拘捕入獄，好在熊文燦等人說與，在壓他在獄中思過，此事得到崇禎的重用，不得不說熊文燦在其中有很大的作用。
不敢怎麼說孫傳**位了，那麼就代表以前的議和手段，在崇禎這裡行不通了，其後孫傳庭督師各軍，從新組織兵力與反賊開始進行對抗，李自成與所帥兵馬十萬先在孫傳庭展開對決，對於這位以前的老對手，李自成深知自己不能力敵，只好捨棄開封，轉戰汝寧府，與張獻忠等人，在德安府與明軍展開對決，義軍以三十萬兵力的傷亡，大破明軍百萬，自此明軍開始逐漸退卻，再無可戰之力，隨即與九月七日，李自成帶領大軍兵圍開封府，孫傳庭聚集明軍殘部，與李自成部開始展開持久的消耗戰。
張獻忠自德安一戰之後，帶領自己所率部下進攻武昌，另有數部義軍在各地與明軍展開對決，大明一時之間岌岌可危，平賊將軍左良玉此時帶兵支援武昌，因為在楊嗣昌指揮中心，左良玉有不可推卸的責任，但此時崇禎為了能盡快消滅起義軍，容他戴罪立功，左良玉本來已經下定決心，與義軍開戰，不了張獻忠在武昌城南設計，使得左良玉數十萬大軍死傷無數，自此再無可戰之力，隨後張獻忠佔領武昌，揮師直奔長沙，長沙知府攜家中老小投降，自此湖廣大部分之地落入張獻忠之手，張獻忠更是下令赦免三年錢糧，自稱大西王，立武昌為王城，一時之間眾起義軍紛紛投靠，張獻忠實力逐漸增長，開始對於長江下游開始進攻，一時間張獻忠部隊所過之處明軍紛紛投降，南京、江西、浙江三省盡被張獻忠騷擾，倒是為李自成牽制大部分的明軍。
李自成和孫傳庭僵持半月之後，突然帶兵進攻鄭州，由於守軍失誤被詐開城門，李自成從容的佔領鄭州，隨後率軍疾行數日，到達大名府隨後攻克，接著帶兵北上，直指京師重地，一時之間朝廷人人惶恐，有的人已經開始慢慢逃往外地。孫傳庭急忙從後面追擊李自成大軍，但是為時已晚。
崇禎六年十一月，遠在北方的劉明遠終於決定出兵支援京師，本來在一個半月前駱養xing已經到了，奈何聯盟眾人紛紛不願意讓劉明遠離去，劉明遠無奈只好駐留此地，與大家協商萬全之策，終於在十月十五日，才勸得眾人放行，但是劉明遠也無奈擔當了，韃靼草原可汗之名，而隨之而來的情報卻讓他大吃一驚，明軍的節節敗退，清軍的虎視眈眈，讓身在他鄉劉明遠也感到深深的無奈，但是此時已經由不得他思慮，隨即帶領黑狼、白鷹兩軍到達居庸關，已達到盡快到達京師，以抗李自成大軍，雖然劉明遠前生不怎麼知道大明歷史，但是也知道李自成就是最終導致大明滅亡的最終禍首，此時李自成要是戴軍進攻běijing，那麼想必崇禎一定會死，所以劉明遠幾乎日夜不停，趕往居庸關。
居庸關又稱關城，所在的峽谷屬太行餘脈軍都山地，地形極為險要。與紫荊關、倒馬關、固關並稱明朝京西四大名關。其中居庸關、紫荊關、倒馬關又稱內三關。此處關卡一般時候都是封閉狀態，並不是通行關卡，自崇禎上台清軍屢屢進犯，居庸關根本無人可以靠近千米之處，所犯千米之處皆備視為敵軍，對於這點劉明遠當然知道，但是此時為了盡快趕回大明也別無所選。好在現任居庸關總兵正是張浩遠。
說來也是巧合，張浩遠在京城城衛所任職的時候，有劉明遠在自然過得很好，但是劉明遠一死，情況可就大大不妙，溫體仁倒台之後，周延儒上位對於劉明遠的人，當然不喜歡，但是張浩遠可謂兢兢業業，也找不出來什麼理由收拾他，就在這時候周延儒採用明升暗降，先是提拔了他當五營副都督一職，但是很快就以管理五營不當為由，把張浩遠提出了京城，派往了居庸關，居庸關這裡可謂是易守難攻之地，根本就不可能遭到敵人進攻，雖然安全無比，但是這裡也被稱為將士死地，到了這裡的將士，根本上不了戰場，沒有戰功那麼還能升職麼？所以來到這裡的將士基本就是廢人一個，再想聖上一步那可謂根本就是不可能的了，但是張浩遠到了這裡，倒是沒墜了劉明遠的名聲。隨之開始整頓軍備，訓練軍勇衛兵，倒是讓居庸關的士兵換了大樣，可是在沒有軍餉沒有糧食的支援，再好的士兵也沒用，人家人本不鳥你啊，張浩遠一著麼沒有糧食，好我們自己中，這牛脾氣一上來，還正是讓他弄出成就來，直到現在居庸關沒拿過大明一糧一草，但是已經可以自給自足了。在紅繡娘他們離開劉府之後，劉府開始四分五類，這小子當即收攏劉府眾人，把他們接到自己的居庸關裡面，甚至讓人在關中雕刻劉明遠的石像，每日拜祭從不落下，哪怕風吹雨打也從為斷過一天，這件事情被忠貞知道後，倒是被張浩遠的忠心所感動，隨即命人升他為居庸關總兵，又派人大加賞賜一番，這倒讓人不敢小視與他，自然也就沒有人找他麻煩了，這倒讓他太太平平的過著小日子。也算大明軍將中一位難得的清閒人了。