崇禎四年十月二十五日，大明朝在楊嗣昌手中，又一次扭轉乾坤，可以說這次他真的為大明做了一件好事，但是他對於張獻忠、羅汝才等人的招降，卻埋下禍根。
而此時清軍三路大軍第四度南侵，běijing震動，崇禎皇帝戰、和不定，楊嗣昌力主議和；但朝中現任兵部尚書熊文燦主張堅決抵抗，遂率諸將分道出擊，與清軍戰於慶都、真定等地。然嗣昌手握兵權，事事掣肘熊文燦，熊文燦屢戰失利，最後兵敗重傷。崇禎急調秦良玉部北上勤王，剿寇策略遂功虧一簣。後李自成往河南發展。這為親義軍又一次贏得生機。就此一役使得楊嗣昌與眾部將士不和，也導致楊嗣昌在以後的戰鬥中，各部兵馬的不配合，誰也不想被他從身後捅一刀子，這就是眾多將士心中所想。
在京城孫承宗突然求見崇禎，此時的孫承宗來到崇禎面前，把一摞厚厚的紙張，放在崇禎面前，崇禎看完大怒，隨即命孫承宗出使草原，駱養xing帶錦衣衛隨行一路保護他，崇禎心裡十分高興，但是旁人卻並不知道他到底為何如此。可是他不知道，孫承宗未能到達草原，就被殺而死，駱養xing也遭到黑衣人的襲擊失蹤，所帶的三千錦衣衛一個不剩。
在孫承宗走後不到三天，遠在老家修養的周延儒被東廠抓捕，隨即被崇禎以通敵罪名，下令株連九族，隨著周延儒下獄的還有數十名，大明原任兵部的官員，可以說這次乃是朝廷有一次血洗，對於楊嗣昌等人的上書疑問，崇禎紛紛打回奏折並未理會。倒是讓朝廷文武百官十分不解。
就在孫承宗等人被殺之後，京城一個院落之中，一名黑衣人站在院落之中，這人正是在皇太極，溫體仁身邊出現的那人，此時一名東廠禁衛，正倒瑟瑟發抖的跪在地上。
「哼，既然連這點小事也辦不好，留你何用？」黑衣人伸手一刀，劈在這名東廠禁衛身上，未等他說出最後句話，已經倒在血泊當中。
「駱養xing，算你命大，沒想到你們既然能查到線索，要不是我發現及時，弄了一個替死鬼，想必就被你們查出真現了，可惜到了最後，你們還是功歸於潰，劉明遠你我的仇恨雖然不能現在還不到時候，但是必有一ri我會取你項上人頭，已結我心中仇恨。」黑衣人說完，用死者擦了擦刀上血跡轉身離開，自然有人為他掩藏屍體處理後事。
崇禎四年十一月二十日，未能得到孫承宗等人的回報，崇禎已經十分著急，在之後一個月連續派出四隊密使趕往草原，但是中途都遭到黑衣人的截殺，這當然不可能讓崇禎知道，但是從可見這幕後黑手，對於崇禎的一舉一動真是相當瞭解。
又是一個新年帶來，崇禎已經沒有當初那麼激動了，對於自己連連派出的人，都沒有回信，崇禎已經猜測其中必有變故，而對於清軍的虎視眈眈，秦良玉等人被圍大凌河衛，崇禎下令命孫元化奉命派兵赴援。孫元化撫登時，遼人避戰亂居山東者十萬餘人，孫認為遼人可用，重用一批遼將，今要赴援遼省，急令孔有德以八百騎趕赴前線增援。然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨chun雪，部隊給養不足，士兵搶劫嘩變。孔有德受毛文龍舊部李九成之子李應元的煽動，在吳橋發動叛變，史稱「吳橋兵變」。
後孔有德倒戈殺回山東半島，連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸城，率兵直趨登州。孫元化急令張燾率遼兵守登州城外，與總兵官張可大發兵抗擊，兩路成合擊之勢。然張燾與孔有德舊職，張燾的兵卒隨即投入孔有德行列，而張可大部大敗。與孔有德是舊交的登州中軍耿仲明、陳光福等，舉火開門響應。
崇禎五年一月登州失陷。總兵張可大自殺，孫元化戰敗自刎未遂，為叛軍所俘。囹圄中的孫元化對孔有德等叛將曉以利害，明以大義，孔有德回心轉意，請求招安。朝廷也同意孫元化帶罪招撫，但巡按王道純藏匿了詔書，叛軍長時間求招安不得，復亂。孫元化又說服叛軍，讓他回朝陳明真相。孫元化返京之際，王道純襲擊叛軍，致使叛軍複雜，攻陷萊州，亂事擴大。兵變發生後，朝中多言孫元化已反，三月孫元化、余大成等人被逮至京師鎮撫司，為政敵余應桂、李夢辰、路振飛所陷害，獄中曾遭嚴刑，至此，孫元化有口難辯，被崇禎以禍亂之首判處死罪。首輔楊嗣昌yu免元化死罪，求救於徐光啟，終無法挽回。最後余大成、宋光蘭、王征等遣戍充軍。
崇禎五年五月二十八日，清軍停戰，這倒是讓崇禎覺得孫元化必與清軍有所聯繫，也下定決心處死孫元化等人。
崇禎五年七月二十三日，孫元化與張燾同被處死。孫元化在běijing西市斬首，年僅五十一歲。他的冤死一事，被其子孫和斗寫進了《國恤家冤錄》一書。遺體被兒子和部下迎葬於嘉定南門外的荒圩中，墳前立有一方石碑，上書「僉都御史孫元化墓」。湯若望曾在孫元化死前喬裝成送炭工人入獄探望，為其最後告解。
孫元化是天主教徒，聖名依納爵，一生重視西方科學，為西洋火炮專家，孫元化之死，代表西方軍事專家派淡出明朝軍隊。他有三個兒子：孫和鼎、孫和斗、孫和京。孫和鬥，屢次謝絕父親部屬的舉薦，不願為官，潛心整理父親的文稿，編成《水一方人集》。
孔有德在此次當中帶兵逃跑，之後不久投靠清軍，受封恭順王，出征朝鮮，錦州，松山等地，為皇太極重用，同他一起投降數人，也在清朝為官，為皇太極打下大片疆土，是關寧防線再一次成為清軍之地，秦良玉等部只好退到山海關與清軍對持。
就在清軍與大明對持的時候，李自成到河南發展，星星之火尚可燎原，何況現在大明已經處於內憂外患之際，李自成到了河南，收攏大部分平民百姓，此時可以說大明遍地民不聊生，各處烽煙四起，想要收攏兵力卻是不難。李自成在河南開始注重訓練兵勇，以待來日在於清軍交戰。