六月初二日，寧武關城。
山西總兵周遇吉看著堂下的原副將熊通，輕蔑地「哼」了一聲，接著他就拍著大案，大聲呵斥道：「我受朝廷的厚恩，怎麼可能跟著你們這幫卑鄙無恥之徒一樣叛逆！你統領兩千兵馬，不去阻擊流寇，反而為流寇來做說客？」
接著周遇吉就向親兵大聲地下令道：「來人啊！把這反賊斬首示眾。」
在熊通的一陣慘叫求饒聲中，一群如狼似虎的親兵立刻上前，把熊通給拖了下去……
當大順軍東渡黃河入山西後，立刻兵分兩路：一路由李自成親自率領攻太原、大同等地直逼居庸關；另一路由劉芳亮率領出固關趨大名、真定等地北上，準備南北合擊京師。
隨著李自成的大順軍的日益逼近，山西總兵周遇吉，準備沿黃河佈置河防，扼其上流，並向朝廷請求增兵。而此時的大明朝廷已經調不出什麼機動兵力，兵部僅派遣副將熊通統領二千士卒前來援助。於是周遇吉命令熊通防守黃河之後，自己匆匆趕往代州建立阻擊防線。
可就在此時，形勢突變，平陽守將陳尚智已投降李自成，並勸降熊通。而李自成也讓熊通去遊說周遇吉歸降。可是周遇吉一見到熊通後，就怒斥不已，並當即將熊通斬首，命令手下堤塘都司楊志榮將首級送往京師，並繼續請求朝廷增派援救之兵。
說句馬後炮的話，如果這時候朝廷把豐台大營和通州大營的明軍撤入běijing城，再調集遼東的關寧鐵騎和京城附近城池的明軍支援上去。未必不能擋住李自成的大順軍。
等到清軍和汝寧軍纏鬥到京城，與李自成的大順軍來個「三國混戰」，大明朝也未必不能苟延殘喘。雖然這樣做是放棄了北直隸其他所有的城池，但畢竟běijing城保住了。崇禎皇帝還能安然無恙，憑藉著大明朝名義上的正統xing，至少還有東山再起的機會。
其實這時候的大明朝廷中，也是有著這樣的有識之士的。
當大順軍開到太原的消息傳到京城以後，薊遼總督王永吉與順天巡撫楊鶴就商議：「不如撤離關外四城而獨守山海關，調吳三桂的兵馬來守衛京師」。並聯名上疏提出這一建議。
可是當崇禎皇帝把這一奏疏出示給閣臣陳演、魏藻德等人時，陳、魏等人卻感到事情重大，不敢冒然表態。退出來後，兩人就在私下裡偷偷地說：「皇上一時心急，想這麼做。此事若定下來，一旦又後悔了，而以棄地之罪殺了我們，怎麼辦？」
最後，內閣就提出一個緩衝方案：請吳三桂之父吳襄進京擔任中軍都督府提督，由皇上召見他商定戰略大計。當然。這商量的結果上文已經敘述了。因為湊不出糧餉而無疾而終。
接著就是朝廷各位大臣們的相互扯皮，還有京城抵制捐輸、組織逃亡等亂相了。可是這般議來議去，卻議而不決，卻白白浪費了勇將周遇吉，以及他所率領的數千將士。
周遇吉，遼東錦州衛人。善騎射，少入伍，是憑借纍纍戰功從士卒一步步陞遷為統領三千人馬的京營游擊的。當時京營將領很多都是靠走門路、拉關係取得職位的官宦子弟，有的甚至連馬都不會騎，更別說帶兵打仗了。可是他們卻還看不大起來自基層行伍、性格又忠厚耿直的周遇吉。
而周遇吉就勸說他們說：「各位都是嬌生慣養的紈褲子弟，大敵當前的時候，怎麼能肩負起保衛京師的使命。為什麼要白白享用朝廷的俸祿，不抓緊時間操練武功，為以後抱效國家盡早做些準備呢？」可是他的這一席推心置腹的話，反而招來同僚們的嘲笑。
之後。周遇吉隨兵部尚書張鳳翼與清兵連續作戰，為保衛京師立下汗馬功勞，被連進二秩，晉陞為統領七千兵馬的前鋒營副將。其後跟從孫應元、楊嗣昌、劉元彬等人征戰南北，屢立戰功。因為勞苦功高。被朝廷破格加封為太子少保、左都督，所以素有「戰將」之稱。
由於原山西總兵許定國在崇禎十五年因犯罪被處絕，所以朝廷就委派周遇吉去接任此職。授命於危難之際的周遇吉赴任後，淘汰老弱殘兵，修繕兵器，訓練隊伍，積級備戰，使山西軍隊的戰鬥力有了大幅提高。
而寧武關即是山西總兵周遇吉的官署和家宅所在地。又與明內長城線上著名的偏關、雁門合稱外三關，故俗稱「鳳凰城」。城外山岡之巔，烽台星羅密佈，關山、烽火接連不斷，壁壘森嚴。此處以重兵屯駐，東可以衛雁門，西可以援偏關，北可以應雲朔，蓋地利得勢。
所以當李自成在經過太原後，大順軍繼續揮師北上，連下黎城、臨晉、潞安、忻州等城，須臾，就兵臨周遇吉管轄的山西鎮長城防線的代州城下。
於是周遇吉就憑借堅固的城池對李自成的大順軍進行阻擊，並派兵潛出城外奮勇撕殺，接連殺死大順軍數千。可是在代州堅守數日之後，因糧盡援絕，不得以率軍突圍後退保寧武關，大順軍也緊跟著尾追而來。於是，一場慘烈的寧武保衛戰就此打響了。
六月初五日，大順軍逼近寧武關下。可是此時的大順軍已經橫掃了整個西北，從西安出征以後，又是席捲北上，橫掃千軍，勢如破竹，日益傲慢。所以當李自成他們看見寧武不過是一座長城關隘，既非雄險，兵力又不多，以為不費吹灰之力就能攻取。
而在寧武關的周遇吉則是晝夜不停的操練隊伍，獲得近八千名勇士，並身先士卒，不待大順軍安頓紮營，就主動出關奇襲。
而此次突襲完全是乘其不備，出奇制勝，殲滅大順軍先鋒精銳上萬。可是大順軍雖前鋒受挫，但仍沒停止進攻，經過數次交鋒，才得以靠近了寧武關城之下。
可就是到了此時，周遇吉也不是被動的消極防禦，而是化被動為主動，主動將兵列隊於關城外圍，以戰為守；到了晚上則收兵入城，在城上借助女牆，炮擊登城的大順軍，使大順軍的傷亡是更加慘重。
見到了久攻不下，李自成也惱羞成怒了。他向關城內傳檄：「五日不降者屠其城」，想借助宣傳攻勢迫使周遇吉投降。
而一些將領也曾勸說周遇吉改變策略不要一味硬拚，但被他斷然拒絕，周遇吉說：「連續激戰三日，殺死超過萬人，你們還有什麼可怕的呢？這仗如果打勝了，山西鎮全軍皆稱得上忠義；萬一守不住打敗了，就把我綁起來獻給李自成，你們就可以安然無恙了。」
所以還是一句老話：一員虎將，帶著一群虎狼之師，這就是最可靠的險關。
可是隨著戰鬥的進行，官軍大炮的火藥耗盡了，這使得大順軍得以抬著大炮擊城。而官軍援兵久久不至，想不出什麼對付的好辦法。就在此時，周遇吉急中生智，密令勇士埋伏在街頭巷尾，開門誘使大順軍入城，當大順軍進城快一萬多人的時候，立即將城門門閘放下，伏兵四起，殺得大順軍焦頭爛額，並殺傷李自成四員驍將。
戰鬥到了此時，雖然大順軍僅僅損失了二萬多人，可這些士兵大多數都是李自成引以倚重的老營兵馬。所以看到了周遇吉的頑強抵抗，李自成一度就準備放棄攻取寧武關。
還是劉宗敏等將領卻認為官軍已經到了強弩之末，所以鼓舞李自成再堅持下去。於是大順軍再次對寧武關發起了猛攻，在火炮的轟擊之下，關城不斷坍塌，大順軍衝鋒的前隊戰死，後隊馬上跟進頂替，連續圍城環攻四晝夜，直到六月十日，官軍因為人少兵寡，力不能支，寧武關終於陷落。
而當大順軍攻入關城之後，周遇吉繼續指揮巷戰，他從戰馬上摔下來後又跳躍著奮戰不止，親手殺了數十人。直到身中數箭被大順軍捉住後，周遇吉仍然罵不絕口，拒不低頭，誓死不屈。於是大順軍就將周遇吉週身捆綁住，吊於教場旗竿之上，並用亂箭射死，然後又亂刀分屍。
而寧武關城中的軍民也都被周遇吉這種捨身取義的精神所感動，自發參加巷戰，殺死大順軍不勝其數，即使是兒童、婦女，也沒有一個屈服的，後均慘遭屠戮。
當天，總兵衙門的護衛相繼出戰，全部陣亡；周遇吉夫人劉氏，英勇無畏，親自率領家中眾婦女，登上屋頂用箭射殺起義軍，每發一箭，射死一人，使得大順軍不敢靠近。直到實在堅持不住，她又下令放火環燒總兵暑，周遇吉老母、劉氏及全宅數十口人全部葬身火海。
如此慘烈的寧武戰役，使得李自成對前去直搗京師的決心一度產生動搖。在攻下寧武關城以後，李自成召集眾頭領商議說：「寧武關雖被攻破，但我軍將士傷亡也相當慘重。自此到達běijing，還要歷經大同、陽和、宣府、居庸等軍事重鎮，那裡皆有重兵把守，倘若都向周遇吉這樣頑強抵抗，我軍還能剩下一人嗎？不如暫且先撤回陝西休整隊伍，以圖來日再與大明決一雌雄。」