崇禎九年七月九日，陝西。
「賀總兵！曹總兵前車之鑒，汝記否？千萬不可輕敵冒進，不要離本撫大軍太遠。」孫傳庭皺著眉頭叮囑賀人龍道。
沒想到賀人龍毫不在意地揮揮手，說道：「巡撫大人放心，我老賀省得。您帶出來的那些沒褪毛的兵不濟用，還是看我老賀在前方建功！」
賀人龍的話說的很隨便，隱隱的帶著對孫傳庭的輕視。這些年賀人龍看到的無能文官太多了，他早就失去了對文官的敬畏。所以對孫傳庭這位新上任的陝西巡撫，賀人龍是相當的不以為然。
孫傳庭的眉毛一揚，可忍了一會兒還是壓住了心中的怒火，他沉聲說道：「那賀總兵就多辛苦了。」
其實賀人龍根本不像他外表表現的那樣莽撞，他也在觀察著孫傳庭的神色。不過在聽到了孫傳庭的話以後，賀人龍心中忍不住輕蔑地一「哼！」，然後拱手說道：「那末將就下去準備了。」
看到賀人龍囂張地離開，孫傳庭的一位幕僚就再也忍不住了，他對孫傳庭說道：「那賀瘋子目無尊長，大人為何不嚴加處置呢？」
孫傳庭的食指在大案上輕輕地敲了幾下，回答道：「來日方長！」
此次農民軍入河南以後，在各路明軍的圍攻之下連連受挫，所以在長期的戰鬥中，各營的農民軍都損失過半。為了保存自己的實力，除了高迎祥、張獻忠等營還留在鄖陽與盧象升等明軍纏鬥以外，其他的各營農民軍紛紛回到陝西。
首先就是九年正月，闖將李自成和滿天星、六隊、爭功王四支共十三營，合計jing騎數萬，由西安地區經同官、宜君、宜川。繞到韓城，擬待黃河冰凍後轉入山西。
由於這年冬季氣溫較高，河水沒有封凍；山西巡撫吳甡又加強了防河兵力，所以農民軍的入晉計劃未能實現。之後此部農民軍起營前往郃陽、澄城。
二月，洪承疇糾集官軍二萬拚命追擊，李自成和混天星從澄城經韓城、郃陽、宜川、洛川、鄜州今富縣、延安、環縣、慶陽、固原一線而走。過天星、滿天星部則由真寧、合水東入陝西高陵、三原地區。
洪承疇耽心省城西安有失，被迫分兵追剿。他自帶一軍返回陝西鎮壓過天星、滿天星二部，讓部下將領繼續西追李自成和混天星。
洪承疇所領官軍在中部縣今陝西黃陵追上過天星和滿天星。由於官軍勢大，過、滿二部避而不戰，向西開拔同李自成、混天星會合。打算進攻甘肅蘭州。
洪承疇檄調左光先和甘肅總兵柳紹宗合擊起義軍於干鹽池今屬寧夏海原縣。農民軍大敗，過天星即張天琳請求投降。明陝西巡撫甘學闊安插其部數萬人於延安，不久又颺去復反。不過這也導致了甘學闊被撤職，孫傳庭接任陝西巡撫。
可正當雙方相持之際，二月初十日。寧夏官軍士卒由於長期缺餉，發生兵變。巡撫王楫被殺。洪承疇感到一省長吏被殺。事態嚴重，親自趕到寧夏固原去處理。李自成、滿天星等部勢力復振，趁機進攻陝北榆林、綏德一帶。
五月，李自成、張天琳等部與官軍作戰於安定。官軍大敗，總兵俞衝霄被活捉處死，副總兵李成也被擊斃。士卒被殲滅三千人。
可是當農民軍乘勝進攻米脂時，不慎中了總兵賀人龍的埋伏，損失很大。又碰上大雨，無定河氾濫。不少農民軍兵丁被洪水淹死，李自成、劉宗敏、張能等只剩下數百騎脫出險境。
就在這時，李自成的部將高一功帶了一萬多人從固原來，會師之後聲勢復振。李自成遂聯合在陝北的其他各支農民軍連續攻克延川、綏德、米脂。因為米脂是李自成的家鄉，所以這次返里對當地群眾是個有力的號召，李自成的親朋故舊紛紛來投，使得他的實力迅速地恢復了。
因此可以這麼說，先期回到陝西的農民軍作戰也是處於了下風。
而在崇禎九年的五月，見到愈演愈烈的農民軍造反，朝廷的政策也有了一點改變。先是崇禎皇帝發佈了大赦山陝脅從群盜的詔書，並且派出了奉命繼詔前往招撫的兵部職方司員外郎包鳳起。
應該說，這個詔書在之後也起到了一定的作用，尤其是在農民軍接連受到打擊時。
而也是在五月，高迎祥部也難以在湖廣立足了，他會合闖塌天、蠍子塊部轉入陝西興安、漢中地區。而現在的湖廣也只有張獻忠這一營農民軍在活動了。
由於高迎祥在農民軍中名聲卓著，他的部隊的戰鬥力又最強，一場以圍殲高迎祥部為主要目標的軍事行動開始了。
河南明軍在巡撫李仙鳳的率領下，堵住農民軍由陝西折回中原的路，而陝西巡撫孫傳庭和三邊總督洪承疇部官軍，則充當圍剿高迎祥部的主力。
而這時候的高迎祥部退入陝南山區之後，在荒山野嶺無處覓食，人饑馬乏。為擺脫困境，他決定走小路進攻西安，給官軍來一個突然襲擊。
但高迎祥選擇的這條小路就是赫赫有名的子午谷。
在三國時，諸葛亮一出祁山時，魏延曾獻策子午谷奇謀，就是要通過子午谷奇襲長安。而諸葛亮因為此計太險而否決了這個奇謀。當然，最後因為馬謖失街亭而導致諸葛亮的一出祁山也失敗了，之後就埋下了諸葛亮與魏延之間的矛盾，發生了等等等等的故事。
在後世，很多事後諸葛亮都說如果諸葛亮本尊用了子午谷奇謀的話，也許就會在一出祈山的時候一統三國了。不過從高迎祥的結局來看，說明諸葛亮的決定還是很正確的。沒辦法，諸葛一生唯謹慎嘛！
而孫傳庭對此早有預料，所以他率領著賀人龍等部一萬四千人，在闖王高迎祥必經之路——周至縣黑水峪設置伏兵，準備以逸擊勞。
可是賀人龍根本就是居功自傲，一點也不把孫傳庭上任後編整出來的陝西新軍放在眼裡，導致了他與孫傳庭的關係急劇惡化。只因為孫傳庭需要賀人龍作為此次作戰的主力，所以孫傳庭才暫時忍住了這口氣。
七月十五日，高迎祥領著部隊果然到達了周至縣黑水峪。孫傳庭和洪承疇所部官軍也跟蹤而來，分別在十六ri和十七日進抵周至，雙方立刻展開了激烈的戰鬥。
身處絕境的農民軍垂死掙扎，爆發出驚人的戰鬥力，於是在與官軍的初戰時告捷，擊敗參將李遇chun部官軍。
但是高迎祥部的處境卻越發危急了。他們兵無糧草、身處絕地，整支部隊的士氣變得極其低落。
而這時候的洪承疇就施出招降的一手，對農民軍進行了分化。而農民軍中的不穩定分子乾公雞張二、一斗谷黃龍等竟私下向總兵賀人龍接洽投降。
在第二天馬召原的戰鬥中，他們利用雨後大霧，高迎祥下馬張弓she敵之機，偷著把高迎祥的坐騎和部卒向南拉走。等到高迎祥發現這一陰謀時已經來不及了，只好脫下甲冑隱蔽在草叢裡，不幸被官軍俘虜。
高迎祥被擒的消息使明廷大為振奮，崇禎皇帝得意之極，令把高迎祥押解來京獻俘，要陝西當局沿途撥兵嚴防，毋致疏虞。之後這位農民軍的首領在běijing城被凌遲處死。
而高迎祥的部下就由他的弟弟高迎登率領繼續堅持戰鬥。但因軍力損失太大，特別是失去了像高迎祥這樣有威望的首領，士氣大為低落。之後李自成被部將擁立承襲了闖王，終於成為了天下農民軍名義上的總首領。
而隨著高迎祥的被俘殺害，對於當時在陝西作戰的農民軍是一個重大的打擊。首先就是掀起了一股投降風潮。當然，有的是真降，有的是詐降。
九月初，農民軍的兩位著名首領張妙手即張文耀、蠍子塊即拓養坤由徽州和秦州今甘肅省徽縣和天水市到鳳翔，向明陝西當局乞求招安。陝西巡撫孫傳庭親自招撫，張妙手當場就率部投降，蠍子塊也於次年三月至會城乞降。
而張獻忠也趁機流竄到了襄陽以西，就地休整。他在襄陽江神廟立起一根五丈高的木桿，上系尺書大字於其杪，旗上寫道：「吾yu見軍門口話便事。」並送去書信一封。
而新上任的湖廣巡撫苗胙土收到張獻忠的書信，說是要見巡撫，驚喜異常。即刻派兩位將官前往迎接，經過交談，約定八月正式歸降。苗巡撫信而不疑，又派出祝錫范等三人前往就有關事項進行具體磋商。農民軍提出在江上增設浮橋，以便相互往來。苗答應照辦，遂下令守城官兵打開城門，允許農民軍入城做買賣。
於是農民軍假裝做買賣大批進入城內，守城官兵自然不行盤查，一一放行。苗為表示誠意，又下令城中官軍盡撤弓刀炮矢，收繳入庫，並說不要讓人家懷疑嘛！
不過張獻忠這樣子一定就是詐降啦！
可為什麼湖廣巡撫會從盧象升變成了苗胙土呢？盧象升又到那裡去了？這是因為明朝朝廷的戰略重心又轉移啦！。)&%