而朱大典在得知汝寧軍的淮南大捷以後，立刻也清點大軍奔赴淮河淮南段。當他們趕到之後，立刻被滿河、滿地的屍體給震驚了。這要多麼強悍的軍隊才能夠獲得這樣的戰果啊？
不過震驚以後就是大喜，這屍體雖然被河流沖掉了一部分，但遺留下的也有近三萬，這些可都是被他們認為吹牛的吳世恭送給他們的啊！
於是馬上開始了割取首級、掩埋屍體的工作，接著一篇洋洋灑灑的淮南大捷奏章，也在朱大典親自主筆下炮製完成了。
而朱大典部的行動，也給廬州城下的農民造反軍帶來了極大的恐慌。他們認為朱大典是帶著重兵來援了。所以此時的形勢對農民造反軍有著極大的不利，迫於無奈，農民造反軍也只能夠放棄攻打廬州，遂於二月初三晨，張獻忠命令部隊撤圍，轉攻巢縣。
此時連連戰敗的張獻忠部士氣有些低落。可張獻忠由廬州退走，轉向江北一帶，卻一舉攻克了巢縣。
巢縣位於安徽北部，遠離鳳陽。張獻忠不動聲色，出其不意地到達，這時在此任知縣的是嚴寬，有人向他報告說有賊兵來到，他不假思索喝令左右對報信人進行鞭笞。不久，他再次得知義軍已到城下是實情，嚇得是魂不附體，坐著轎子就倉皇出逃，可剛至城北門，正好遇到農民造反軍，頓時成為俘虜。
而農民造反軍進入城內，殺了知縣嚴寬，奪取了知縣的大印，打開監獄，放出關押在牢裡的二百餘人，凡是願意參加農民造反軍的。都發給他們衣服、武器。
進而農民造反軍出戰舒城、無為、**、潛山、太湖、宿松等地，連連告捷。張獻忠部也獲得大量的給養，並擴充了大量的兵源，整支隊伍又像吹氣球般的擴充到了十萬出頭。這支農民造反軍又完全活了過來了。
而此時朝廷的諭令也到達了明軍的朱大典部。朱大典被調任鳳陽巡撫。於是他率領著燕定山等漕兵部隊返回了鳳陽上任。
而駱公公則被免去了南京鎮守太監的差事，他面臨著將是冷宮生涯了，南京京營也將返回南京城。至於左良玉等明軍，他們將加入到五省總督洪承疇的圍剿大軍中。
不過這一切都暫時影響不到吳世恭了，因為現在的戰區也遠離了汝寧軍的控制區。而回到汝寧軍本部的吳世恭，他要做的首要工作就是理順汝寧軍的指揮系統。
在這次征戰的自我總結中，吳世恭認為汝寧軍無論是把握戰機、臨場指揮；還是選擇戰術、士兵戰技運用等方面都做的不錯。就是風紀、風貌和勇敢程度等方面也都是值得誇獎的。甚至有些方面做的是相當出色。
唯一出現的問題就是汝寧軍的最高指揮系統有些缺憾。也就是說，吳世恭發現了現在的汝寧軍有些四肢發達、頭腦簡單。
為什麼表現如此出色的汝寧軍，非但沒有在與農民造反軍的作戰中取得決定性的勝果，反而是被農民造反軍調動得疲於奔命，甚至自己的汝南和歸德都受到了殘害。最後都導致了中都鳳陽陷落了呢？
有著農民造反軍確實勢大，汝寧軍兵力不足的原因；也有著情報閉塞、友軍無作為的原因。可是吳世恭不是一個喜歡推卸責任的人。他就是要從自身找出缺點並予以彌補。
追述到源頭。吳世恭發現此次征戰的被動，就是因為自己判斷錯誤了農民造反軍的進攻路線。雖然這種自責有些苛刻了，因為神仙也想不到農民造反軍竟然會採取三路齊攻的戰略。可是吳世恭還是認為自己的汝寧軍有著很大的不足。
如果汝寧軍在戰前制定好了所有可能發生情況的作戰計劃，就算是吳世恭判斷有誤，那些地方部隊也能夠及時按照作戰計劃來應變，至少沒有現在這麼大的損失。甚至能夠把危險的苗頭扼殺在萌芽狀態。
所以此次吳世恭歸來的首要事務就是成立一個類似於後世的總參謀部的機構，把汝寧軍的一切作戰事務都歸於這個機構來處理。不要再讓吳世恭單獨承擔最高的指揮任務了，而且要群策群力，在一大幫參謀的獻策下。完善所有的作戰計劃。
值得肯定的是，吳世恭確實是位學習能力相當強的人，他確實能夠從每次經歷中獲取經驗並且迅速地成長。
吳世恭算是摸到了現代戰爭的門檻。因為做為現代戰爭始作俑者的德國，他的成立標誌恰恰就是建立了赫赫有名的德軍總參謀部。
而德軍的總參謀部除了負責軍中一切事務以外，他最大的作用就是兩點：
一點就是作戰計劃的制定。比如說一戰中有名的施裡芬計劃。雖然有位德軍將領曾經開玩笑地說過：任何軍事計劃在開展的第一天，你都會發覺他的論據是錯誤的。
可是只要有計劃，那總能夠控制戰爭的進程，只要能夠發揮自己軍隊的長處，總能夠達到自己的戰略目標的。
另外一點就是軍官團的培養了。在德軍中，軍校培養的最優秀的軍事學員並不是分配到作戰部隊中去的。他們都會到總參謀部，做為高級將領的勤務兵。
雖然也要做些送水倒茶的瑣事，可是這些勤務兵都能夠從那些高級軍官的言傳身教中，學到很多書本上學不到的寶貴經驗。
在一段時間後，這些勤務兵才下放到德軍中做為基層軍官。等到那些基層軍官相互競爭，再次出現出類拔萃者以後，德軍將會再次把這些軍官送入總參謀部做參謀。
就這麼反覆地從基層到總部來回培養，導致這些軍官即有著豐富的帶兵經驗，又能夠在國家全局的角度看待戰略問題，所以在第一、第二次世界大戰中，德軍成立了這世界上首屈一指的強大陸軍。而德軍總參謀部培養的軍官團也是在其中功不可沒的。
因此，許多軍事專家認為在二次世界中，德軍最出色的軍事將領並不是隆美爾，因為他從來沒有進入過德軍的總參謀部。雖然筆者對此觀點有些不敢苟同，但是也不得不承認隆美爾的戰略眼光確實有些欠缺。
依筆者來看，二次世界中最出色的德軍將領有倆位，不是古德裡安和曼斯坦因，而是空軍元帥凱塞林和陸軍元帥莫德爾。
這倆位名氣不大的元帥知道的人不多，可是相比較他們的戰功來說，真是有些明珠暗投了。至於他們的生平有興趣的書友可以度娘一下，你會猛然發現，原來這麼多赫赫有名的戰役竟然都是他們指揮的。而這倆位元帥恰恰都是德軍總參謀部培養出來的佼佼者。
其實原來在吳世恭的親兵隊中，也有了德軍總參謀部培養軍官的雛形。雖然吳世恭在現代並沒有什麼軍事知識，但是在信息社會中，總能夠在各種媒體中有意無意地獲取一些軍事信息，因此他有了建立起這種類似於現代軍隊指揮系統的想法，也是根本不出乎意料的。
更令人欣喜的是，吳世恭還決定走出了這一步，因此，汝寧軍這台戰爭機器也終於安裝上了大腦了。
既然決定了要建立這麼個機構，那就先起個名字。沿用「總參謀部」這個現代名詞肯定不行，否則的話，吳世恭將要浪費大量的唾沫向他人解釋。
於是吳世恭就想出了一個中規中矩的名稱——軍令司。不過相對於吳世恭那蛋疼的起名水平，起這樣一個名字已經是他超水平發揮了。
至於軍令司的司長，那肯定就是薛永利了。在以前的汝寧軍中，薛永利和周巡雖然是正副統領，看起來權力也很大，但是他倆都不實際掌握著軍隊。
而在汝寧軍作戰的時候，又往往都是吳世恭親征，他倆在很多時候也都是作為吳世恭的副手出現的。因此有些浪費了這兩個人才。
而這次理順汝寧軍的指揮系統，吳世恭也決定把薛永利和周巡放到合適的位置上去。
接著就是為薛永利挑選副手了。吳世恭意向於四人，分別是楚格、書墨、岡薩雷斯和薛存義。
楚格腦子較靈活；書墨善於攻防戰；岡薩雷斯對於炮兵和水師有著經驗；而薛存義則會成為軍隊duli情報部門的負責人。
這次吳世恭也發現山川司在情報工作中做得太雜了，導致汝寧軍得到北路農民造反軍來犯的消息較晚。所以這次索性建立軍隊duli的情報機構，再把山川司中繪製地圖的部門和人員劃歸過來，這樣反而能夠效率更高，而且能夠形成情報機構之間的競爭和相互監督。
當然，吳世恭對於這個人員配備也是用心良苦。因為除了薛存義，其他三位副司長都不是原先薛府護衛的出身。
此外，軍令司也將再建立其他三個部門。一個負責後勤；一個負責醫護，包括醫師和獸醫的管理；一個負責兵器裝備。而這三個部門將如何配備，也將等到軍令司成立以後再說了……)