在府城戰事結束的同時，台灣北部義軍進展神，淡水守備董得魁隻身逃亡後，義軍一路南下，順順利利的蕩平了北部所有清廷的勢力，基隆港等地盡歸義軍所有。這樣，台灣全島掙脫了清廷的控制。
1795年11月12ri，在各路義軍的擁護下，十歲的朱昂正式繼位，國號「明」，以府城為臨時首都，宣佈明年即1796年為「光明」元年，封夏雯為「護國大將軍」，相當於總司令，負責全台軍務。一個20多歲的女子成了軍隊頭頭，當然有不少人不服氣甚至起了疑心，不過當「夷目」愛娜明確表示支持夏雯後，義軍大小頭目都閉嘴了——鹽埕橋一戰，夷兵的火炮大出風頭，這就是實力！
此外孔子明擔任了吏部尚書和戶部尚書等職，又吸收了一批文人和投降的清廷文官，負責處理內政；吳大田等義軍頭領都獲得了一系列官職，算是享受了勝利果實。
11月13ri，上任後第二天，孔子明就發佈了農業政策：按農田肥薄冊所記田賦，分為三級，每級又分為三等，共為九等。所教稅賦以農田為計，百姓圈養牲畜不論。百姓可按市價以米糧充值，或繳納銀錢。取消原先清廷官府的一系列苛捐雜稅，規定擁有土地的最高限額。
商業政策就簡單多了，愛蓮娜代表艾諾斯公司，孔子明代表新生的」明國「，簽署了通商條約，規定台灣的茶葉，樟腦，紅糖等商品只許賣給艾諾斯公司，而艾諾斯公司將會對明國提供軍火，並獲得駐軍的權利。
當條約簽訂的時候，澎湖還在兩千清軍手中。水師副將蔡龍很鬱悶，台灣在一個多月裡就變天了，而自己並未接到任何命令，只好等著，等了近兩個月，終於等來了蔡牽，都姓蔡，五百年前是一家，於是蔡龍很乾脆的投降了，全體官兵剪了辮子，繼續駐守澎湖。」孔先生，乾杯！「玻璃酒杯碰撞在一起，發出好聽的聲音。孔子明沒想到，海克大人的女兒竟然這麼神奇，而自己潛伏台灣兩年後，終於再次喝上葡萄酒，心情大好。」孔先生，您現在也是大官了，恭喜恭喜啊！「愛娜抱拳作揖。」哈哈哈「孔子明不禁洋洋得意，幾年前自己還是個酸秀才，真是」王侯將相寧有種乎「，自己也會有出將入相的一天，雖然只限於台灣孤島。
等對方平復下來，愛娜提出了」練新軍「的問題：如今台灣人口有160萬，裝備一支3萬人的」洋槍隊「不成問題。
對於愛娜的設想，見識過火器厲害的孔子明連連點頭，但也提醒道」如今台灣剛剛經歷戰火，至少要經過半年的恢復，購買槍炮的費用恐怕拿不出來啊「」那可以分期支付啊！「愛娜很快就想到了辦法，」為了我們的友誼，利息就免了。「
台灣淪陷，援軍慘敗的事實令閩浙總督楊斯倫膽戰心驚：台灣乃是孤島，民眾皆是移民後裔，本就民風彪悍，鄉間掙擾紛多，台澎鎮也是自己下轄十三鎮中唯一一個三年輪換的鎮營，以一鎮之力竟然平定不了民亂，那事情就大了。
歎了一口氣，楊斯倫急命人招來福建巡撫徐嗣曾，按察使李永祺、布政使伍位納覺羅氏和水師提督黃仕簡以及福建將軍恆瑞。」如今全台俱陷，逆匪猖獗，公然打出反清復明的旗號「楊斯倫的話有氣無力。幾位下屬的臉上都能掛下一層霜來。楊斯倫輕咳了一下，待眾人抬起頭來這才說道：「此事關係重大，我等還需即快拿定主意，另外上報皇上的折子……」說到這頓了頓，他是真的感到為難，「老夫自會斟酌，眾位放寬心就是了，不過這議罪銀……」
「大人放心，這次的議罪銀我等同出。」恆瑞趕緊接道，「本人願出白銀一萬兩，用來贖罪。」
恆瑞的話音一落，這邊的徐嗣曾就接上了，「就是，就是，下官也願出銀萬兩。」他也是到福建不久，還不到一年，跟腳扎的不深，面對自己的頂頭上司自然不敢懈怠。
接著其他人紛紛附和，一副替上司分憂的模樣，讓老總督感動不已：自己不用出錢了。
勝敗乃兵家常事，此前張見升的失敗，並沒有讓楊斯倫徹底洩氣，第二天，他命水師提督黃仕簡領兵二千名自鹿耳門登陸，副將丁朝雄從海壇鎮總兵郝壯猷自淡水登岸，都司馬元勳屯鹿仔港，分道部署；又調撥了一千多綠營兵作為支援。
同時，楊斯倫的奏折也上路了，六百里加急，送往běijing。回到總督府，楊斯倫就緊張的等待消息，他希望能在乾隆看到奏折做出批示前，就掃平台灣逆匪，然而
11月18ri，三支清軍水師離開廈門港不久，還沒來得急分路進剿，就被打著「明國水師」旗號的夷船一鍋端了，「片帆不留」。壞消息傳來，可憐的楊斯倫一下暈倒了。
12月2ri，閩浙總督楊斯倫呈報台灣天地會亂黨起事的奏折和福建三位主官的議罪銀折子，一路快馬加急，終於送到85歲的乾隆面前。
此時的乾隆心情不錯，平定西南地區的苗民起事有了階段性成果——首犯吳八月被俘。乾隆已經下令，重重嘉獎福康安和和琳。
看完了楊斯倫的奏折，乾隆先是眉頭一皺：搞什麼名堂？再過兩個月，自己就要退位了，到了年底還生亂子！但看了議罪銀折子後，乾隆心情逐漸好了起來：上面寫著每人願繳納議罪銀萬兩。乾隆轉眼想到：台灣乃外化之地，刁民難免鬧出事端來，也不足為怪，平了就是了。他記得很清楚，康熙三十五年台灣就出了個叫朱一貴的亂民，7年前又出了一個林爽文的刁民，最後不都被鎮壓了嗎？
又仔細看了看奏折，乾隆不禁莞爾：原來這次作亂的，是朱一貴的後人朱昂啊！心道：呵呵，你祖宗都被我滅了，你能蹦躂幾天？
然而乾隆不知道，楊斯倫隱瞞了夷人參與叛亂的消息。一是因為夷船飄忽不定，楊斯倫到現在都不知道是哪國夷人，二是因為廈門一戰慘敗，楊斯倫不敢上報吃了敗仗。