從4500多年前開始，火時空發生了驚天動地的變化。原先就已爭鬥不斷的三派變形金剛們，將戰爭全面升級。得到了「回望者」科技支持的中間派五面怪們，製造了大批新型金剛及戰艦。在鬥爭中，越來越佔到上風。原本勢力最強大的博派，不斷地丟失一個又一個的星系。到後來，已經快被逼入山窮水盡的地步。因為原博派首領——擎天柱父親在戰鬥中犧牲，擎天柱臨危受命，繼承了領導權。可是依然挽救不了失敗的局面。而狂派的首領——威震天的父親，也在戰鬥中被殺，威震天於是成了狂派的新領袖。與博派的每況愈下不同，狂派在威震天的領導下，反倒逐漸好轉。狡猾的威震天放棄了防守狂派與其他兩派相比少得可憐的勢力範圍，完全打起了游擊戰。而且不惹風頭正盛的中間派，專找博派的麻煩。偷襲、掠奪是家常便飯。當中間派的人馬攻下博派基地，然後趕著去追擊逃跑的博派戰士時，狂派會突然出現在後方，對博派基地進行大掃蕩，搶走盡可能多的資源，然後快速撤離。
博派的境況越來越差，失敗似乎是在所難免，是堅持戰鬥；還是撤退到金時空，尋求庇護，已經成了討論話題。這時候，又發生了一件大事。依照回望者本人的意願，五面怪們將他改造成了一個超巨大的變形金剛，取名叫「宇宙大帝」。回望者原本是沒有實體的，不知他出於什麼樣的想法，竟然想擁有如此巨大威猛的身軀。宇宙大帝的戰鬥力極強，使博派陷入一片混亂。擎天柱想到了與狂派聯合，以兩家之力，共同對抗宇宙大帝。
威震天接受了擎天柱關於談判的請求，雙方將談判地點設在了賽伯坦星系。威震天在那裡精心佈置了一個埋伏圈，對趕來談判的博派金剛進行攻擊。博派一敗塗地。擎天柱受了重傷，看上去已經失去了戰鬥力。得意忘形的威震天來到他面前，發表獲勝感言。突然擎天柱暴起，反將威震天也擊成重傷。形勢大逆轉，敗的是狂派。威震天當時的反應其實不慢，在擎天柱近距離擊中他時，他也同樣攻擊到了擎天柱。可滿狀態的他，還是輸給了已經重傷的擎天柱。威震天倒地時的第一個念頭就是，要是自己的裝甲有擎天柱的一半厚，躺下的絕對是擎天柱。原來威震天出產的時候，狂派的處境已經非常糟糕。生產出來的變形金剛都是偷工減料的劣質品。威震天還算在材料上受了特殊照顧，但裝甲仍不及同時期博派生產的擎天柱的一半厚。讓威震天更受打擊的是，擎天柱這時所說的一句話：「在我印象中，這還是第一次，你堂堂正正地站在我面前，與我戰鬥。」原來威震天自認身體條件不行，雖然與擎天柱交鋒了無數回，卻從未正面地出現在他面前。歸根到底都是因為狂派積弱太久。當初變形金剛們一起撤退到火時空，理應最強大的戰鬥型機體狂派，因為戰爭，損失最為慘重，加上其他兩派先行組成了臨時同盟。導致剛開始時進攻猛烈，佔了上風，但又後續乏力，被另兩派打得一敗塗地。因為狂派不像博派一樣，精於生產，也不像中間派一樣，擅長維修和製造，打起仗來，戰備嚴重不足，基本上是越打越少，所以最終失敗。後來火時空裡最強大的就是博派和中間派，狂派則基本生存在夾縫中，勢力範圍最小。
狂派金剛帶著重傷的威震天，乘坐飛船撤退。作為僅次於威震天的二號頭目的紅蜘蛛，卻揭發了一個秘密。原來威震天之前與宇宙大帝已經達成了協議，只要他消滅了擎天柱等博派頭目，就給予厚待，並接納他的狂派。紅蜘蛛說：「這個畜生，想踩著弟兄們的屍體，往上爬。大家千萬不能再被他愚弄了。跟著我干，不然只會被他騙得死路一條。」狂派經歷了這次行動，確實死傷慘重。大家受了紅蜘蛛鼓惑，將威震天及其他一些忠於威震天的同樣受重傷的變形金剛，扔出飛船，讓他們自生自滅。
博派的情況也非常不妙。以擎天柱為首的談判代表團死傷慘重。要不是擎天柱那神來的一擊，將威震天打敗。只怕博派的精英們就要死在這賽伯坦星系。
在宇宙中飄蕩的威震天及其他狂派變形金剛，被宇宙大帝所救。宇宙大帝將他們改造成新機體。威震天從此變成了大名鼎鼎的「驚破天」。
在宇宙大帝的授意下，驚破天趕去殺死了紅蜘蛛，重新領導了狂派，並投靠到了宇宙大帝的麾下。驚破天領著舊部與五面怪的手下，對博派殘餘勢力展開了一**追殺。博派被逼得放棄了所有在火時空的根據地，撤入金時空。
宇宙大帝又命令驚破天幫忙剷除五面怪派中的異己，成功地獨攬了大權，成為火時空的主宰。後來宇宙大帝感覺到驚破天可能會對他的地位造成威脅，又將紅蜘蛛復活。利用他打敗了驚破天，將驚破天逼走。
博派到了金時空後，受到了很大的冷遇。亞瑞星人對他們根本就是不屑一顧。亞瑞星人已經將文明程度推至頂峰。利用科技力量將每個人都改造成了強大的存在。在這種終極文明形式中，國家早已不復存在，取而代之的是無數分散的家族。當個人的能力太過強大時，已經不願接受任何一種體制的束縛。所以國家形式就消亡了。但以家族血統為維繫的勢力形式依舊存在，而且佔了最上風。在金時空的廣大範圍中，約有4萬億個大大小小的家族。任何一種事物都要經歷產生、發展與滅亡，國家這種體制也不例外。依照亞瑞星人先哲的話來說，國家不過是少部分人統治大多數人，以謀取利益的方式。當文明上升到一定程度，擁有極強能力的個體已經不願受到束縛和壓制，轉而投向更自由的生活方式。
六千萬年前，因為製造變形金剛大軍，遠征土時空的戰爭耗費了大量的人力、物力，而最終卻遭到了慘敗。民眾對當局的政策抱有強烈的不滿，紛紛脫離了掌控。結果使得原本就已顯得十分鬆散的國家，徹底走向解體。這也是為什麼當亞瑞星人得知兩個封印被開解後，卻不主動向土時空發動戰爭的原因。雖然亞瑞星人整體上已經非常強大，但同時也是一盤散沙，絕大部分民眾都不願向尤克人發動新的戰爭。因為那無疑是一場災難。
擎天柱為了獲得亞瑞星人的好感，以便取得他們的支持。特意命令千斤頂製造了一批以恐龍為原型的變形金剛。分別是鋼索、鐵渣、淤泥、嚎叫和飛彪。果然有這五隻機器恐龍作特使，亞瑞星人的態度發生了明顯改變，開始關注和歡迎博派機器人。最龐大，同時也最有權勢的希力曼家族族長胡克雷·希力曼也對博派變形金剛表現出了濃厚的興趣，親自接見了擎天柱。希力曼家族歷史悠久，早在遠古時代，就是亞瑞星上數一數二的家族。不僅操控了經濟與科技，在政界也享有聲譽。無論最早的機器暴龍，還有後來的變形金剛和回望者，它們的研發、製造都有希力曼家族在幕後作推手。當然兩次大戰的決策和發動，與這個家族也有很大關係。胡克雷·希力曼要求擎天柱再對亞瑞星進行一次探測，以確定剩下的一個封印是否完好。擎天柱派出了自己的形象大使——五隻機器恐龍駕駛飛船，去執行任務。最終發現剩下的一個封印也被解除了。此事在整個金時空都掀起了軒然大波。
胡克雷·希力曼很想聯合其他家族，發動對尤剋星人的新的一場大戰。可是大多數家族都對此置若罔聞，不願再進行第三次戰爭。因為沒有了國家這個統治工具，作為少數派的權貴家族無法下達命令，迫使所有其他亞瑞星人一同發動這場戰爭。所以戰爭的計劃被無限期地拖延。
胡克雷·希力曼覺得必須要通過某些勝利來刺激民眾，以便獲得他們的支持。於是決定對火時空和水時空實行滲透，拿下這兩個時空，既鼓舞士氣，又可以為將來的大戰作準備。
胡克雷·希力曼將博派金剛進行了一通大改造，使他們的實力得到了質的飛躍。尤其是擎天柱被改造成了威力無比的「補天士」。胡克雷·希力曼命令他們重新向火時空進軍，以奪回火時空的控制權。火時空在經歷了短暫的和平後，又燃起了熊熊的戰火。宇宙大帝被補天士所擊碎，只留下了一個殘損的頭顱。最終博派統治了整個火時空。
尤剋星人收到消息後，同樣改造了逃到土時空的原狂派首領「驚破天」，使他也變得無比強大。要求他也回到火時空。驚破天回到火時空後，受到了原狂派和中間派變形金剛們的歡迎。驚破天對補天士發出了決鬥的邀請。兩個頂級強大的變形金剛，將會進行一場最猛烈的廝殺。而勝者將會是火時空唯一的王者。
當補天士趕到決鬥地點時，驚破天已經在一顆恆星附近等待他了。兩個變形金剛都出奇地巨大，個頭超過了眼前的恆星，但奇怪的是他們的身體看上去都稀薄透明得如同氣體。原來做為宇宙中至強的存在，他們身體99.99%的物質和能量都集中在一個微小的奇點上。他們的形體不過是臨時變化出來的。
驚破天說：「擎天柱，我找你來，主要是我們之間還缺少一次堂堂正正的決鬥。」原來威震天對上次被擎天柱打倒的事還耿耿於懷。補天士說：「那就來吧。」驚破天突然收縮自己的形態，全部化入奇點中，並將眼前的恆星快速吸收，最後也整個得納入了自己的奇點裡。補天士覺得不妙，但還是同樣收縮身體化為奇點，並將自己的奇點向驚破天的奇點碰撞而去。像他們這個層次的存在，尋常的攻擊手段都不奏效了，只有擊破對方的奇點，才能最終消滅對方，而取勝。
當兩人相距0.0001公分的時候，驚破天突然將剛剛吸收的那顆恆星，定向朝補天士轟出。那顆恆星的質量是太陽的數倍。在瞬間以超光速的形式，從一個極小的位面上擊出，衝擊力可想而知。但補天士不閃不避，衝開阻礙，依舊朝驚破天直撞而去。驚破天雖然震驚於補天士的強大與威猛，但無從躲避，只好與補天士以奇點對奇點的形式，不斷高速交繞撞擊。每次撞擊都釋放出驚人的能量。
最終補天士的奇點頂著驚破天的奇點，一同撞入了一顆中子星內部，隨後發生了劇烈的爆炸。以中子星為圓心，向四周噴炸出了無數的物質，閃現出耀眼奪目的白光。類似於最兇猛的超新星爆發。
留在爆炸中心點的驚破天和補天士都耗盡了最後的能量，在太空中以粉塵形式逐漸消散。驚破天說：「你我爭鬥了這麼多年，到如今，終於一切都可以結束了。我想堂堂正正地擊敗你一次，未料到最後竟與你同歸於盡。」補天士說：「我從出生就開始戰鬥，直到現在，快要死亡，也未明白這種戰鬥的真正意義。也許這一切原本就是不應該發生的。」驚破天說：「為戰鬥生，為戰鬥死，這原本就是我們變形金剛千萬年不變的宿命。只不過今天的主角是我們倆。」兩人同時大笑，很快完全消散在太空中。