廣州將軍穆克德納的陣亡、水師提督黃開廣投降，令清軍本就不高的士氣更加低落，氣急敗壞的葉名琛下令讓廣州各商會、富戶組織商團、民團抗擊太平軍，雖然還是有些富戶、商人組建了商團民團幫助清軍，但大部分的富戶商人則是敷衍了事。
廣州作為一個開放的通商口岸，消息並不像內陸地區那麼閉塞，這裡的富戶商人早就聽聞洋人講述過太平軍的事跡，他們知道太平軍在上海、寧波等地的所作所為都是保護私產、大力鼓勵工商的，對於太平軍取消了滿清治下許多苛捐雜稅、吏治清明，這些廣州的商人們還是頗為嚮往的。
而且太平軍兵威赫赫，前些日子還和洋人打了一仗，雖然也不算打贏了洋人，但太平軍敢於向洋人開炮令廣州商民百姓們都覺得太平軍比軟骨頭的清軍好太多了。廣州商民百姓們雖然和洋人做生意的頗多，但對洋人歷來無好感。鴉片戰爭後，廣州百姓們曾今阻止洋人進入廣州城長達十餘年，足見廣州百姓對洋人是甚為討厭，太平軍南下之時，起初百姓們還道太平軍是和洋人一夥的，但隨後太平軍和英國人爆發的衝突打破了這些猜忌。
於是廣州城出現了奇怪的景象，富戶商人、鄉野平民都在期待著太平軍能趕快打進城來。到了最後葉名琛不得不派兵驅趕城內壯丁上城助守，並排除兵丁強行勒索富戶商人捐獻錢糧，結果導致更大的民怨沸騰。
完成對廣州外圍要地的清掃之後，太平軍三個師迅速分三面攻打廣州城，這是圍三缺一的戰術，太平軍並不像把清軍逼急了令廣州城受損過大，在蕭雲貴眼中，廣州拿下之後就接著要繼續發揮她通商口岸的作用的。
清軍都統來存、副都統雙喜、總兵任安邦分別據守城東、城西和城南，結果僅僅抵抗了一個時辰。鎮守城南的清軍總兵任安邦首先開城投降。來存和雙喜見城南失陷，急匆匆後撤，護著葉名琛、柏貴等一眾廣州官吏從城北逃遁。
六月二十八日，太平軍進佔廣州。從登陸萬山群島到佔領廣州城，太平軍僅僅花了不到一個月的時間。是役，太平軍死傷千餘人，當中包括了和英國人衝突中死傷的官兵，而殲滅滿清綠營、廣州八旗兵、團練兵馬共三萬餘人，當中大部分是清軍投降。
而葉名琛等清軍官吏從北門出逃之後，在花縣城南十餘里的地方遭到太平軍騎兵圍殲，除了清軍副都統雙喜帶領數百清軍突圍之外，其餘清軍自葉名琛以下，或死或降或生俘。
指揮廣州戰役的正是太平軍青年名將陳玉成。他是和羅大綱第二分艦隊一起到達的廣州，途中他就接到西王的密令，讓他不必理會英國人繼續攻佔廣州，若英軍艦隊再來尋釁，水師可以不記損失的堅決還擊。是以陳玉成到了廣州之後。迅速展開兵力橫掃廣州。
也虧得第三師張文祥部先期打下的基礎良好，陳玉成後續兵馬在廣州登岸時並沒有遭到太大的抵抗，加上民心所向，廣州之役便在短短的時日內結束了。
攻佔廣州之後，陳玉成留下第二師一部兵力會同水師鎮守廣州，其餘兵馬分三個方向橫掃廣東。第一路是原小刀會將領陳阿林率領的第一師，他們向東攻打。準備打到福建和廣東接鄰之處，會同準備從福建南下的原紅巾軍陳開部兵馬，一同圍殲在潮州、梅州等地苟延殘喘的福建巡撫王懿德、李廷鈺部清軍。第二路以陳知命的第二師一部為主力，往北橫掃打通與江西的聯繫，清剿北部清軍，爭取讓廣東、福建和江西連成一片。第三路以張文祥的第三師為主力。往西攻打肇慶等地，準備進軍廣西。
由於廣州一役太平軍忽然登陸作戰，廣東府道台總兵等高級將官悉數被太平軍殺死或俘虜，清軍在廣東的指揮系統陷於癱瘓，各地清軍互不統屬。各自為戰，結果自然是可想而知的。
七月至八月間，太平軍三路大軍橫掃廣東，除了東路軍在潮州、梅州等地遭到清軍李廷鈺部強力抵抗之外，其餘各路都進展順利。到得八月底，廣東清軍基本被肅清，梅州也被攻克，福建巡撫王懿德等官吏自殺，只剩下清軍老將李廷鈺鎮守孤城潮州，但也是被太平軍團團包圍。
廣州被攻陷之後，蕭雲貴仿上海、寧波等通商口岸成例，單獨成立了廣州軍政司治理廣州，派遣盧賢拔接任廣州軍政司司長，李天熙為廣州衛戍部隊統兵大將，成立南海艦隊，唐正財為艦隊提督。而羅大綱率領大部分艦隊返回上海之後，原來上海的艦隊便升格為東海艦隊。
盧賢拔到任後，照搬了上海的成例，迅速接管海關，成立粵海關，廢除苛捐雜稅，鼓勵工商發展，得到了廣東商民百姓們的支持。同時廣州富庶，僅僅在廣州滿清海關衙門內就搜出白銀一百餘萬兩，隨著一大批廣州官員的府衙被查抄之後，太平軍總計得了五百餘萬兩的錢糧財物。
同時廣州城內也有滿城，太平軍這一次並沒有對廣州的滿城進行大肆屠戮，在攻入滿城之後，除了將頑抗分子堅決剿滅之外，大部分滿城的旗民們選擇了投降，而太平軍也接受了他們的投降。
旗民們投降之後，財物大部分被查抄，十餘萬旗民被驅趕出滿城，分散安置到廣東幾處較大的礦產區從事採礦等繁重的勞作。廣州滿城的旗民可以說並不富庶，到了鴉片戰爭後期，旗民們領取的錢糧日漸減少，到了咸豐初年更是直接生計困難。而從康熙年間開始，駐守廣州的旗民兵丁就被嚴禁學習耕作手工技藝，這些人根本就沒有一技之長，也無法從事任何生產，嚴禁從事工商活動。然後廣州旗民嚴禁與外城百姓通婚，甚至嚴禁離城十里，這導致滿城內的廣州旗民們同外界基本上是沒有什麼社會接觸的。
對於這些沒有社會關係，沒有一技之長的旗民，太平軍自然不可能讓他們如此繼續在廣州城待下去。悉數安排到各大礦產從事簡單的體力勞動便是最好的選擇，在太平天國之內沒有人可以享受不勞而獲。
於是十餘萬旗民開始了血淚的搬遷史，他們被太平軍按家庭為單位分為數十批，每批數千或萬餘人不等。分別安置到廣東、福建、江西等地去。一路上太平軍只是供給最基本的口糧，旗民遷移艱難困苦，拖家帶口、風餐露宿，哭喊聲震四野，沿途押送的太平軍也頗為於心不忍。
其實廣州旗民生活得並不太好，甚至比廣州一些外城百姓都要糟糕，外城百姓還能有謀生手段，他們就只能靠微薄的旗丁錢糧生存，如今他們經歷的苦難也只能怪他們崇尚弓馬的祖先了，要不是強加給他們的種種所謂祖制。他們也不會落到如斯田地。
後來這些旗民們在各地從事礦產開採等繁重的勞作，隨後又有大批旗民參與到閩廣鐵路的修建當中，總算有一技之長可以生存，到得太平天國統一全國頒布《定國是詔》之後，旗民們才重新開始享受一個國家公民能夠享受的一切權利和待遇。但那時候的旗民已經因為繁重的勞作和長期營養不良而銳減，此乃後話。
旗民們的遷移途中也發生過幾次較大的暴動和逃亡，但都被太平軍給迅速鎮壓，由於旗民們和外界社會長期脫節，他們缺少同情者，甚至普通百姓都拿這些昔日的旗丁老爺們當怪物看，沒人支持和同情。所以旗民們的反抗也是極為脆弱的。後來除了少數遺老遺少撰文記述過旗民遷移的血淚史之外，天國正史中的記述僅僅是簡單的幾句話：「時月廣州光復，遷滿城旗民十餘萬散於南疆三省各地，令其各自以開礦、修路謀生……」
葉名琛等滿清官吏被俘之後，走海路跟隨羅大綱部艦隊送往上海，隨後解送天京。在上海等地。葉名琛等被俘清軍官吏看到了上海驚人的變化，先不說上海那繁華的十里洋場和對岸欣欣向榮的國內工商業新區，就連後來前往蘇州也是坐的西洋火車，令這些滿清官吏們大開了眼界。
蕭雲貴這樣做是有目的的，隨著太平天國的兵威攻勢日盛。往後投降或者主動歸降、易幟的滿清官吏會越來越多，這個時候就不能一味的抓到滿清官吏就殺了，畢竟能減少損失讓敵人主動投降是非常必要的，於是蕭雲貴需要千金買馬骨。
但唯獨葉名琛和柏貴兩人蕭雲貴沒有給予優待，當年廣東天地會起義失敗之後，葉名琛和柏貴在廣東屠戮起義軍的家屬婦孺，甚至濫殺無辜甚多，這兩人是要審判後明正典刑的。而向主動投降的水師提督黃開廣、總兵任安邦，被俘的布政使江國霖與按察使周起濱等官吏是可以用的。
當中特別是江國霖此人，他為官20餘年，一生清廉，所到任上，一心關心人民疾苦，嚴懲貪官污吏。歷史上江國霖在1858年擢升為廣東巡撫，他更是勤政愛民，事必躬親，嚴厲整頓吏治，因而得罪了不少官僚和貪官。他們買通朝廷權貴，對江國霖進行誣陷，不久江國霖即被彈劾落職，移駐惠州。惠州父老聞江國霖至，狂走相告。據《大竹縣志》記載，當時「老者扶杖迎道左，婦女兒童嬉嬉倚茅簷，竊窺大人顏色；戶戶張彩焚香，爆竹聲響徹十里」。江國霖進入行館後，郡民敬送的檳榔、椰粟等物品充盈戶外，感恩問候者踵接肩摩而至。郡民這樣盛情迎接一位卸任官員，在惠州歷史上僅此一次。江國霖寓惠數月後返回家鄉，不久病逝，年僅50歲。
像江國霖這樣的官吏是可用任用的，而前提就是他們要放下心中原來的滿清主子。現在的蕭雲貴不但熱衷於權力，更加熱衷於將自己的意志強加給別人，能把一位敵方官員武將收為己用，蕭雲貴就會覺得更加有成就感。於是，江國霖等人順道遊覽了上海、蘇州等地才解送天京。