蕭雲貴的目光從周秀英、沐英紅兩位女將身上轉了過去，她們身旁坐著從廈門救回來的小刀會幾位首領身上。潘啟亮、陳阿林、黃威、黃德美等人都是小刀會的首腦，劉麗川因為在寧波軍政司任職，算是已經脫離了軍伍，因此他沒有來講武學堂學習。
關於這次西殿輪換大整編是蕭雲貴一早就開始計劃著的了，經過從長沙一路打到蘇褔省，西殿兵馬不可限制的擴張開來，成分也越來越複雜。
從一開始的廣西狼兵到湘湖子弟兵，從湖廣兵到江浙兵，現在的西殿兵馬主體已經悄悄的變了，廣西老兵們幾乎都升了上去，下面基層士兵變成了湖南、湖北、安徽、江西、浙江等地的兵。
而士兵的成分也比較複雜，有流民、有農民、有幫會的人、有起義軍、也有清軍降兵。
之前一直在打仗，新招募的士兵或者新歸附的軍伍，西殿都是按著太平軍的編制重新改編，把太平軍的軍規灌輸下去，然後就是拉出去打仗。
這種情況下拉起來的軍隊在打順風仗的時候還可以，一旦遇上強硬對手就說不好會出什麼問題。蘇杭之戰、上海之戰，蕭雲貴為什麼需要帶著自己的親衛兵馬兩頭來回跑，除了清軍經過戰爭也在不斷學會打仗之外，西殿太平軍大量的擴軍帶來軍隊戰鬥力下降也是一個原因。
因此，蕭雲貴早在攻克上海之時。就已經下定決心要整編西殿所有的軍隊。
整編一詞是軍伍中常用的，一般是指這支部隊被打得傷亡很大，需要下去補充兵員，整頓、編訓來恢復這支部隊。但一般來說，因為部隊整編後。補充新兵較多，新兵沒見過血，這支部隊的戰鬥力會直線下降。
但也有例外的，比如太祖在歷史上進行的三灣整編，當時這支部隊打剩下千人，部隊建制混亂、思想混亂、軍心動搖，因此太祖進行了三灣整編，縮減部隊編制。把部隊縮減為團級編製，然後又在軍中建起了黨支部，開始了黨指揮槍的建軍歷程。
西殿這次整編不同，西殿兵馬並不是因為減員而進行整編。蕭雲貴的整編理由就是十六個字，去蕪存菁、重整編製、消除幫派、學新戰術。
第一點去蕪存菁是重點，西殿兵馬這個時候部隊雜多，部隊成分複雜。新兵、老兵比例搭配不合理，弱兵、強兵混合。老弱兵卒需要裁汰，兵卒思想需要進行整頓。
第二點重整編製，蕭雲貴自從開始領著太平軍四處征戰以來就總覺得太平軍的編制越來越不適合眼下的戰爭需要。以一軍為例，全載其組織編制，五人為伍，伍長管衝鋒、破敵、制勝、奏捷四伍卒；五伍為兩，兩司馬管剛強、勇敢、雄猛、果毅、威武五伍長，25人；四兩為卒，卒長管東、西、南、北四兩司馬。104人；五卒為旅，旅帥管壹、貳、三、肆、伍五卒長，525人；五旅為師，師帥管前營、後營、右營、左營、中營五旅帥，2625人（實應為2630人），五師為軍，軍帥管前營、後營、左營、右營、中營五師帥。13125人（實應為13155人）。軍帥之上，有監軍、總制、將軍、指揮、檢點、丞相，以至軍帥節制。
這個編製是按照《周禮》的軍伍編製來制定的，而《周禮》所處的時代卻是幾千年前的冷兵器時代，現在不管是太平軍還是清軍卻已經是冷熱兵器混雜使用的軍隊了，這個編製明顯已經跟不上時代變化的腳步。
冷兵器時代需要軍隊盡可能的發揮出人力優勢，這就意味著你的陣型寬度要盡可能的大於敵方，壓制敵方兩翼，對敵方中軍從三個方向進行肉搏打擊更加容易取得勝利。當然也有喜歡直搗中軍的冒險者，向當年的蒙古軍隊就常常喜歡鑿穿敵人的中軍，不過不是任何一支冷兵器軍隊都有蒙古騎兵的強悍戰鬥力。
同時，《周禮》存在的時代，中華大地還都是奴隸制，軍中會輔以大量的炮灰奴隸兵來打頭陣，消耗對方體力，而正規軍是在後面行動。《周禮》的這個軍伍編製是正規軍使用的編制，當奴隸兵和敵人消耗之後，正規軍才開始出動。
而且冷兵器時代的兵器種類也是一個如何編製的原因，古時講究長兵以衛，短兵以守，箭矢櫓盾駐陣腳。因此冷兵器時代的軍隊編制比較適合冷兵器發揮人力。
但太平軍眼下是冷熱兵器混用，而且作戰規模越來越大，太平軍使用的周禮軍制已經不適合這種作戰需要了。太平軍的一個軍有一萬多人，旗下一個師兩千六百多人，在作戰的時候，一個戰術方向上使用一個戰術單位是較好的，而太平軍一個軍的兵力到下一級忽然銳減為兩千多人，在大兵團作戰的時候是明顯不夠的，而在小規模作戰中又顯得太多。隨後的幾級編製中都存在這樣的問題，原因就是太平軍編制是五五編製，五卒為旅，五旅為師，五師為軍。
在蕭雲貴看來既然太平軍正在向熱兵器軍隊過渡，因此這次整編需要連同軍隊編制一起進行改變，改變成更加適合熱兵器作戰需要的三三制。
軍隊體制編製「三三制」,最早起源於英國將軍漢密爾頓爵士依據軍事組織的歷史得出的結論。他認為基層軍隊管理幅度應在三至六人之間,三人將使一名軍官相當忙碌,而六人也許要一天工作十小時。他論述道:「我們越是接近整個組織的最高司令,就越是應當按三人一組進行工作,我們越是接近整個組織的基層(戰列步兵),就越是應當按六人一組進行工作。」他的這個理論影響甚大,英國的軍隊體制依此按「三三制」編製。隨後，蘇聯等國均採用此編製。
三三制在熱兵器軍隊興起之初得以廣泛運用還有一個重要的問題就是戰場通訊問題。冷兵器是聽鼓聲而進，看令旗為伍，聞號炮為令，簡單的一些指令兵卒可以根據這些來服從命令。而熱兵器軍隊就不同了，就像一個簡單的排隊槍斃就需要整個戰線的士兵統一動作，統一發揚火力。因此在熱兵器戰爭中，一個軍官指揮幾個士兵才不會忙中出錯呢？漢密爾頓爵士已經找到了答案。
當然三三制在現代已經不適用了，因為現代戰爭的通訊手段改變，每個單兵的通訊裝備都很好，一個軍官可以指揮更多的士兵，因此現代軍隊的編制更趨於靈活。
第三消除幫派則是蕭雲貴的一個很重要的整編理由，明面上是消除軍隊裡的幫派山頭，實則蕭雲貴是要打破太平軍中兵為將有的現狀。就像李秀成部、林啟榮部、林鳳祥部等等，他們的手下部將越來越多的成為各部將領的親信，蕭雲貴不希望看到今後自己指揮不動軍隊的情況發生。因此他必須打破這種局面，牢牢的把軍隊抓在自己的手中。
雖然說李秀成、林啟榮、林鳳祥這些人對自己都是忠心耿耿的，但歷史上的忠王不也是經常不聽天京方面的將領麼？蕭雲貴需要通過整編部隊來打散原來的格局，西殿太平軍的將領今後將實行輪換。
同時軍隊裡現在也的確是幫派林立，什麼天地會、什麼小刀會、什麼廈門義軍、什麼青浦義軍，士兵們喜歡按照原來的幫派拉幫結伙。蕭雲貴不能容忍這些舊有的幫派勢力滲透自己的軍隊，整編就是最好的手段。
然後就是幾個軍隊制度的改變，其一是典官制度的改變，今後隨軍典官將正式改名為教導官，他們除了教士兵識字之外，最重要的作用就是掌握士兵的思想，時常給士兵們洗腦。教導官將單獨由講武學堂的政治司培養，政治司的司長是王闓運，這也是蕭雲貴一個重要舉措，他不希望軍隊指揮政府，而是政府指揮軍隊。
其次便是參謀制度和後勤制度的改革，從前的將領眉毛鬍子一把抓，既要籌劃打仗，又要管後勤，不但非常的累，而且一不小心就會犯錯。參謀制度和後勤制度的引入就很好的解決了這個問題，作戰參謀要負責制定行軍、繪圖、駐紮、戰術等計劃，提供給將領參考，大大減輕將領的負擔，同時人多也會避免單人思考不周而犯錯。後勤制度則是軍隊供需完全不由一軍將領掌握，完全由後勤司來掌管，將領不必再為軍械錢糧而苦惱，後勤司會安排好一切。
這樣一來，就會進一步削弱一個將領在一支軍隊中的作用，也保證一軍將領出什麼意外的時候，整支軍隊也不會因此混亂，參謀部和副官們還是會繼續運作，把部隊帶好。同時，這也讓蕭雲貴緊緊抓住軍隊的想法更趨牢靠。
最後的學新戰術也就是通過整編，讓各級軍官，基層士兵重新操訓，從而熟悉和掌握全熱兵器的作戰方法。
這次整編蕭雲貴和西王府上下、軍中各級將領都計劃了好久，雖然各種可能出現的情況都有解決方案，但畢竟軍隊是蕭雲貴和洪韻兒保命的命根子，因此軍隊的改革不像新政改革那樣，蕭雲貴必須親自坐鎮。