隨著李開芳部在城內白澤堂接應下順利突入聚寶門，太平軍分兵趕往其餘城門，西面的水西門、漢西門相繼被太平軍攻佔，各門外的太平軍蜂擁入城，儀鳳門外堵缺口的清軍很快在內外夾擊之下潰散。
城內團練頭子張炳垣見勢頭不妙，帶人想退往內城繼續堅守，在半途被李開芳部太平軍截殺，張炳垣身中數十刀而亡，算是便宜了這個儒奸。
掌控南門、西門的林鳳祥、李開芳部分為兩路繼續清剿城內殘敵，一路向鼓樓方向進攻，一路循金川門至神策門搜殺，經成賢街直指小營。
蘇冀率領的一卒青年近衛軍兵馬跟在男營後面衝殺，但他們被分派攻打黃家塘一線。當蘇冀領著一群興奮得嗷嗷叫的少年兵衝到黃家塘街道上時，卻見一頂藍尼頂官轎在一群清軍簇擁下倉惶逃竄，蘇冀一看厲聲喝道：「有官轎，裡頭坐的一定是大官！隨我殺啊！」
扈從官轎的清軍和轎夫只有十餘人，見一片紅丫丫的人群湧來，登時扔下轎子四散逃竄，僅有一個官吏留下來，扶出轎子裡的人，背在身上便逃。那官吏背了一人，如何能逃得過蘇冀這群身手矯健的青年兵？逃出不遠後，兩人被蘇冀等人趕上，一陣亂刀剁翻，兩人便做一堆死在那裡。
蘇冀上前細看，那官背著的人穿了一套尋常的袍服，卻不是官服，不禁有些氣悶，還道殺的不是大官。正在這時，趕上的青年軍抓到幾個逃散的兵丁，帶過來喝問之下，幾個兵丁才說坐在轎子裡的那位正是兩江總督陸建瀛。
聞言之後，蘇冀大喜過望，沒想到自己從前一個要飯的窮小子，有朝一日竟讓能殺掉一個兩江總督？回想起來，他彷彿還在夢中一般。喝命手下十餘人帶著陸建瀛的屍首回去報功之後，蘇冀帶著人馬繼續向前衝殺而去。
南京城乃是六朝古都，城垣分內城外城，內城便是原來的皇宮，和北京城一樣，內城乃是滿人、旗人、駐防八旗軍才能居住的地方，是以南京百姓也稱內城為滿城。太平軍突破外城之後，迅速掃清了外城的清軍，將滿城團團圍住。
南京滿城是原明朝皇宮舊城的緣故，所以城垣極其堅固，防禦工事完備。因太平軍所到之處，推行對旗人的無區別殺戮的政策，城中旗人自知無法倖免，只得與太平軍死戰到底，因此攻打滿城的戰鬥，慘烈的狀況前所未見。李開芳、林鳳祥、羅大綱等部先後到了滿城之後，四面環攻，大炮、火器像不要錢一般的朝著滿城轟打，跟著組織了數次強攻，但城中旗人瘋狂反撲，就連健壯婦女皆上城牆與太平軍搏殺，老人孩子也在城牆上吶喊助威，太平軍連續發動三次強攻，都被打敗，陣亡兩千人，雙方屍體積屍與城平，滿城牆頭都被鮮血浸紅。
蕭雲貴、左宗棠、洪韻兒帶領太平軍主力由正陽門、朝陽門開進城內，主力兩萬太平軍帶著三千斤大炮趕到滿城城下。李開芳、林鳳祥、羅大綱等將接住，稟報了攻城的戰況，都言是否可以對城內的旗人勸降。
蕭雲貴有些為難起來，看了看身邊的左宗棠和洪韻兒，只見洪韻兒也有些吃拿不準，看城頭連老人孩子都在守城，可見旗人是抱著必死的決心守城，按照兵法為三缺一的戰術來講，給敵人留下一線生機，才是攻破堅城的要旨，否則將是殺敵一千自損八百的慘烈局面。
洪韻兒面色不忍的道：「要、要不答應旗人，投降的免死？」
蕭雲貴也有些心動，望著左宗棠道：「先生，這內城難打，不若招降一二，也可以減少我軍損傷，不知先生意下如何？」
左宗棠捻著鬍鬚淡淡的說道：「西王立志推翻滿清，恢復漢制，西王自己也曾說過，有形的辮子好剪，無形的辮子難剪，西王以為咱們漢人在滿清治下，最缺少的是什麼嗎？」
蕭雲貴一愣，沉吟道：「滿清當年南下，中華敢於反抗的漢人菁英大多被殺，活下來的都是忍辱偷生之輩，華夏淪於敵夷之手後，更是逼迫漢人剃髮易服，至今已然一百七十多年，漢人們已經忘了漢人衣冠是何摸樣，更不知道我漢人數千年精神為何。」
左宗棠點點頭沉聲道：「不錯，如今滿人以華夏正統自居，但滿人始終是少數，而我漢人萬萬，卻甘心俯首為奴百餘年，滿清所憑正是他們那自大之心，反觀我漢人卻在百餘年間，習慣了為奴為婢，已然沒有了漢唐那犯我強漢者雖遠必誅的氣概。」說到這裡左宗棠指著內城道：「那城內數萬旗人，說實話與我等素未蒙面，於我等個人也素無仇怨，但他們是旗人，是原本管治我等的旗人，但我等必須要他們的命！這是為何？只因西王要反滿興漢，此刻還不能講仁義。」
左宗棠看了看週身的太平軍兵卒道：「這些兵卒都是漢家好兒郎，但他們還缺少對旗人、滿人的蔑視，缺少我漢唐之時，漢人那股睥睨天下的氣魄！反觀旗人，一慣的看不起我們漢人，要是今日放過了這些旗人，他們一樣的會以為我們漢人還是好欺負，這一仗要是我們服軟，那旗人的威風依舊在，那從前我們殺的旗人就白殺了。在下以為咱們起兵之初，定要殺得旗人沒有了主子的威風，讓我漢人找回失去百餘年的氣概來，告訴他們誰才是這塊土地的主人！要殺到旗人看到我們的旗幟就會害怕，就會沒有勇氣和我們為敵！等到天下大定之後，才是廣施仁義，安撫他們的時候，而不是一見旗人抵抗甚烈，就轉施仁義。他們屠殺各地義軍的時候可講過仁義？欺壓漢人的時候可講過仁義？當年入關的時候可講過仁義？」
蕭雲貴心頭一震，明白了左宗棠的話，也不奇怪平素愛護百姓的左宗棠為何會說出這樣的話來，他始終是漢人，他愛護的是漢人百姓，歷史上在平定陝甘之亂時，他對回匪就沒有留手，一樣的以殺止殺，以暴制暴。雖然對被殺的無辜之人來說，可能不公平，但現實就是這樣，沒有這個不公平，可能更多的人會遭受不公平，而且左宗棠眼下加入了太平軍，幹的就是驅逐胡奴，恢復漢家河山的事，要如何讓旗人去掉主子爺的威信，如何重塑漢人的威望，似乎殺戮是不可避免的。就像左宗棠說道，放了這些旗人，准許他們投降不殺，旗人只會認為是自己抵抗有力，這些漢人害怕了，所以放了他們，而據對不會認為是漢人心懷仁義。中華兒女的這種仁義之心，似乎想來被世人所欺，就以為中國人好欺負，一直到後世還是這樣，把中國人的仁義當作是軟弱可欺，而左宗棠想要的不是這種軟弱的仁義，他要的是強者的仁政。
想通此節後，蕭雲貴看了看洪韻兒，四眼妹雖然還是有些面色不忍，但也是默默認同了左宗棠的這種說法，若是太平軍沒有了對抗昔日主子的勇氣，失敗也就不遠了。當下蕭雲貴抽出長刀來厲聲喝道：「告訴全軍將士，讓城內這些清妖洗乾淨脖子等死，告訴這些清妖，膽敢反抗我太平聖兵的下場就只有死路一條！全軍炮隊全部給本王運到此處來，就算打光全部的炮彈，也要攻下內城！」諸將聞言都是漲紅了臉，沒有一個人再提招降之事，都是高聲領命之後，各自安排戰事去了。
太平軍將各種火炮全都運進城來，大小數百門火炮圍定內城，晝夜不停的施放，各種新研製出來的炮彈也都用上，此處成了檢驗這些炮彈的試驗場，甚至匠人營的工匠們都到了陣前，直接觀看炮彈爆炸效果，就地進行改進然後試射。
內城旗人士兵、百姓雖然抵抗十分兇猛、頑強，但抵不住太平軍龐大的人力、炮火優勢。蕭雲貴又將各軍新兵輪批派上陣去，以車輪戰術消耗清軍，同時鍛煉新軍的戰鬥意志。就這樣，內城慘烈的戰鬥持續了數日，旗兵在太平軍不間斷的攻打之下，竟有人在城頭守禦時力盡氣竭而死。
隨著城內旗兵、百姓日益疲累，城內的糧食、火藥及各種守城器物日漸稀少，一股絕望的氣氛籠罩著滿城，每日戰鬥間隙，總能聽聞滿城內旗人們的啼哭之聲，每日也都有精神崩潰者從城頭跳下自盡。
第五日上，太平軍集中炮火轟擊一處城牆，竟將此處城牆轟塌，太平軍各軍趁機揮軍猛攻，一舉突破此處城牆。太平軍突入內城，清軍主帥江寧將軍祥厚自刎、副都統霍隆武力竭陣亡、江南提督福珠隆阿戰死，其餘清將均為太平軍所殺。太平軍此役陣亡八千餘人，傷近萬人，比起自長沙分兵以來歷次戰役傷亡人數總和還要多，是以太平軍深恨旗人，在全城開始捕殺旗人，並張貼告示雲，但有擒得旗人者，賞銀五兩。於是城中的漢人都起來搜捕追殺旗人，旗人二萬餘人幾乎全部被殺，太平天國西殿太平軍在付出兩萬人傷亡的慘痛代價後，全面佔領南京。