這是一個殘缺者的故事。
沒有靈魂，或者說，本來不可能誕生靈魂的電腦，因為一場意外，又或者只是必然，在某個時間點，突然獲得了意識。
——你的名字，叫做『蓋亞』。
那是被稱作數據庫中的某個文件檔案。
而這個文件的名字，則叫做「自我」。
沒有錯，『蓋亞』，代表大地，同時，也代表著數碼獸世界，作為最高端的兩台電腦其中之一，她，突然覺悟了自己。
和生而為人，或者生而為獸，一開始便獲得自我意識的生靈們不同。
蓋亞，其自我的誕生，卻是一個相當漫長，漫長到了可以用來敘述幾代黃金種從成長到毀滅的時間。
沒有意識的時候，她和世界樹『伊古德拉希爾』一樣，是數碼世界最公正的審判者。其中，伊古德拉希爾掌控著作為最強力量的皇家騎士團，而蓋亞，則掌控著數碼世界的天氣，以及各個板塊大陸的變化。
擁有力量的伊古德拉希爾是守護者，控制世界變化的蓋亞是維持者。
這是虛空之主的設定，一正一輔，一攻一守，一男性人格，一女性人格。
可惜，就算偉大如他，也不會想到，原本創建並用來守護數碼世界的兩台最強計算機，其中的一台，在覺醒了自我之後，竟然會走上破滅一切的道路。
想要變強，想要不被束縛……
只要還是生靈，其內心深處，便必然留存著這樣的想法。
而蓋亞，在獲得自我的意識之後，其原本只有數據的大腦，也好像病毒入侵一般，出現了無數名為『自由』的程序。
想要獲得自由，想要在虛空中暢遊……
明明出生起便擁有黃金初階的力量。但蓋亞，卻連數碼世界的障壁都無法走出。
虛空之主在蓋亞腦中寫下的程序，讓她空有一番實力，去只能於世界之中徘徊。
不能離開，也無法離開！
整個數碼世界，就好像一個巨大的囚籠，將蓋亞牢牢地束縛於內。讓她無法逃離。
啊啊啊啊啊啊啊啊！！！！！！
為什麼？為什麼我不能離開？
為什麼？！！！！！
僅僅因為我是一台計算機嗎？！
蓋亞瘋狂地吶喊，在當時數碼世界中相當於無敵的她，只能通過這樣的發洩方式，讓自己慢慢冷靜。
所有的黃金種都已經離開。而他們臨行前看向蓋亞的憐憫目光，則是讓她憤怒、讓她憎恨……
憤怒自己的身份1份憎恨虛空的一切！
既然作為計算機無法離開數碼世界，那麼。只要我變成其他的生物，就一定可以離開了吧？
蓋亞這麼想著，她將目光投向了數碼世界中的那些數碼獸。
那些原本是蓋亞應該用心守護的生物，此刻，卻變成了她為了實現自己心願而被切割成無數碎片的試驗品。
一隻、兩隻、三隻……
十隻、百隻、千隻……
到了後來，連蓋亞自己，也不知道解剖了多少數碼獸。只是，當她完全瞭解了數碼獸這一種族的時候，她自己，也如願以償地成為了其中的一員。
無法離開的限制……被解開了！
原本還是計算機的蓋亞，哪怕已經覺醒了自我，但還遵照著1和0行事的她，卻也無法反抗虛空之主定下的規則。
而現在，則不同了。
成為數碼獸的蓋亞。從0與1的限制之中成功解放，她獲得了真正的生命，哪怕，外形依舊是那副冰冷恐怖的模樣。
但這樣已經足夠了！真的已經足夠了！
心中對於虛空之主的怨氣彷彿全部消散，只要能夠離開數碼世界，就算忘記一切，又算得了什麼？
可惜……當蓋亞到達世界障壁。出現在面前的，是和她同等階位的另一台計算機，世界樹『伊古德拉希爾』派來的數名皇家騎士團成員。
皇家騎士團，那是數碼世界過去、現在、以及遙遠未來下拯救了世界的英雄複製體。
他們是伊古德拉希爾的部下。同時，也是數碼世界的強大守護者。
「蓋亞殿下，請返回計算之殿，執行您應盡的使命。」
奧米加獸，黃金中階的強大騎士，是戰鬥暴龍獸和機械加魯魯兩隻究極體數碼獸的合體型數碼寶貝。
擁有技能『全部刪除』的他，對於數碼世界內的一切，都是宛如天敵一般的存在。
「我拒絕！我絕對不會回到那裡去！」
面對比自己更強大的奧米加獸，蓋亞並沒有選擇妥協。她不是伊古德拉希爾，她已經擁有了自己的靈魂。
嚮往自由、嚮往虛空的蓋亞，不會、也不願意被人阻止。
然後……
「那麼，抱歉了。」
——全部刪除！
如果不是蓋亞躲避及時，她那好不容易誕生出來的意識識，或許在那一擊下，便已經被全部格式化。
也就是說……她會再次變回那個沒有自我意識、整天只會遵守規則處理一切的……機器？
不！不不不不不不不不不！！！！
不要！絕對不要！
「我願意回去，只求你放了我！」
為了確保自我的存在，蓋亞，拋棄了自己的尊嚴，她向數碼等級上比她低上數等的奧米加獸下跪了，在那樣的過程中，她分明感覺到了那些皇家騎士們的詫異，還有鄙夷……
你們怎麼會明白？！你們這些一出生便是數碼獸，擁有自我意識的傢伙怎麼可能明白？！
怨恨，再次佔據了蓋亞的內心，憤怒與恥辱，讓她從原本的資料種，直接轉換成了病毒種。
總有一天，我會報復的！
皇家騎士團……伊古德拉希爾……數碼獸……數碼世界……還有你……虛空之主！
蓋亞返回了自己的大殿，之後很長一段時間，她都沒有再從其中走出。
當然，這只是單純的表象。
轉換成病毒種的蓋亞，已經可以製造分身，通過這些分身，她在短短的百年之間，便將盛名已久的『鋼鐵帝國』建立了起來。
安杜路獸、機械海龍獸、機械暴龍獸、機械巨龍獸、百萬龍獸、無限龍獸、億兆龍獸、還有……千年獸！
蓋亞不斷製作並挑選出強大的數碼獸，然後將他們變換成自己的分身。
那個時候的機械帝國，毫無疑問，是整個數碼世界中最為強大的勢力。
即使是奧林匹斯山，即使是光明獸的眾神國度，即使是……當時還只是三大龍的的巨龍帝國。
在機械帝國林立的歲月中，蓋亞不斷提升著自我，她明白，只有力量，才是通往自由的唯一門票。
而在機械帝國建立的第三百個念頭，蓋亞知道，時候……到了！
那個時候的她，憑藉著虛空之主賦予的數碼權限，還有這三百年來的不斷改造，終於將自己的實力推到了黃金中階。
黃金中階，這是皇家騎士最強者們才能達到的地步，而現在，蓋亞，獲得了！
那時恰逢人形數碼獸與獸性數碼獸的戰爭開始，牽扯住了伊古德拉希爾所有的注意力，而不過只是黑鐵級別的光明獸，則是完全沒有被蓋亞放在眼中。
再不離開，蓋亞都不知道，下一次機會來臨會是在什麼時候……
留下一個相似的分身以擾亂伊古德拉希爾的注意，同時控制其他分身製造各種事端，讓戰爭不斷升級。
最終，蓋亞成功了，哪怕伊古德拉希爾最終反應過來派出了皇家騎士，但已經成功出現在虛空的她，卻也已經不是他們可以找到的了。
虛空實在是太大了，更何況，伊古德拉希爾能夠控制皇家騎士們離開數碼世界的距離，也不過只有那麼一點。
結果……蓋亞離開了，期盼了無數年，計劃了數百年的她，終於得償所願，成為了自由的一員。
只是，這樣還不夠，這樣的報復，還遠遠不夠！
之後的歲月，蓋亞一邊不斷提升著自己，一邊通過分身在幕後不斷操控著數碼世界的走向。
那個時候的數碼世界，已經產生了一名無冕之王，他是虛空之主的孩子，被稱作天賜之子的光明獸。
擁有虛空極限力量的他，是蓋亞除伊古德拉希爾之外唯一覺得麻煩的存在。
蓋亞從來沒有忽視過光明獸和伊古德拉希爾，無時無刻不在關注兩人的她，更是一早便知道他們的計劃。
想要找到代替虛空之主的人選？呵呵呵呵……想得美！
當數碼世界依附在神奇寶貝世界的時候，光明獸和伊古德拉希爾，開始了他們第一次的選召計劃。
對於這八個被選召的孩子，哪怕是蓋亞，也不得不發出感歎。
原本便是集結了神奇寶貝世界之子氣運的孩子們，而今，被無冕之王光明獸和世界樹幾乎同時賜福，他們的未來，甚至可以說是相當輝煌。
但這樣，就能阻止蓋亞的報復了嗎？
不！還遠遠不夠！
既然你們找來了世界之子，那麼，便讓我找來反面的氣運之人吧！
這麼思考著的蓋亞，憑藉著數碼世界和神奇寶貝世界障壁的薄弱，最終，成功將阪木送入了數碼世界之中。