那蚩尤布下九九寂滅大陣，此時更是揮出驚人的優勢，那些修士都隱隱動搖了，而天庭的昊天和瑤池見人族有潰敗的跡象，馬上派出十萬天兵天將來助，刑天等巫族急了，畢竟大多數九黎族人也都是凡人而已，可擋不住天兵天將的攻擊，只能捨棄各自的對手奔向那些天兵天將，而修士們則盡力阻止著。九黎族也因為失去了刑天等幾個大巫的頂級戰力又與人族打的堪堪平手，不過蚩尤的九九寂滅大陣太過厲害，闡教修士也不能破之。
在崑崙山上的原始天尊也知道只憑他們識破不了這大戰的，所以很是無奈的歎了口氣，一揮手將他的證道之寶意如玉傳道廣成子身邊，而廣成子也現了這意如玉，也知道是師尊之意，隨手接過後，瞬間擊出，擊中大陣主陣蚩尤，將他打出陣中，這九九寂滅大陣不攻自破了，而那些散修看見這大陣已破，頓時一擁而上。九黎族的十一位長老也是巫族人，也因為陣法的反噬，大都重傷，能戰的沒幾個了，而現在又被這些散修不停大都，死傷大增。而闡教的修士都十分羨慕又嫉妒的看著廣成子已收回到手中的意如玉了，他們也知道這可是師尊的證道之寶呀。燃燈道人更是極非常，要知道他也是紫霄宮中客，不惜委身於闡教中就是希望有個好的地方容身，可是他只能看著原始天尊的徒弟得到靈寶，更是大多是先天靈寶，而他只有得到一件後天的靈寶，這讓他心中很是不平，更何況他坐著闡教副教主之位而原始讓其弟子稱呼他為老師，更是將勀勀業業的為闡教奔波，到頭來卻不能等到元始天尊的賞識，更讓他氣憤的是，原始天尊平時只講一些粗顯的道法，從不在燃燈面前將更深奧的道法，而這些也只有他弟子時才講，可見這燃燈在闡教尷尬的局面。
蚩尤也知道在大陣被迫，刑天等大巫被引開後，被打敗也是在所難免的了，所以只能盡量保存實力，意圖戰後聚集大巫們再來過。不過軒轅大軍沒了那大陣阻礙立即殺向蚩尤大軍。兩軍混戰，那蚩尤的兄弟由於被破了大陣，受傷不淺卻是沒了戰力，那些大巫被十二金仙拖住，所以蚩尤更是敗的迅。最後蚩尤只能將大軍藏在了大霧中，軒轅率軍前往追擊，不想落進大霧中人族士兵看不見對方，這仗也沒法打下去，軒轅大軍被困在那大霧之中尋不到方向。那軒轅更是焦急，只能看著那些族人被大霧困死的族人。軒轅部落眾人卻是在陣中被困了七天了，許多都飢餓難耐了，活活餓死，可見戰爭之殘酷。這時有一招賢而來的人族之人，他造出一輛始終指向南方的車，而軒轅見到此車就如路甘露一樣甜美，馬上就帶上剩餘的人馬，依著被軒轅命名的指南車的戰車，衝進了大霧之中。隨後救下很多人族戰士，軒轅馬上命一部分將士照看好這些戰士，其他的依然靠著指南車衝出大霧，繼續追擊著蚩尤部隊。不過蚩尤部隊雖然強悍，但是經過幾天幾夜的奔波也是累的筋疲力盡了，只能停下來休息了，不想這時的軒轅部隊已經衝出大霧向他們而來了。
軒轅大軍有了指南車指明方向，這大霧被破，軒轅大軍也找到了蚩尤的殘餘勢力。本來這蚩尤想將這軒轅大軍困死在那大霧陣中，不想這軒轅竟然破了大陣找到了出路。蚩尤見得軒轅破陣仰天怒吼道：「天不助我。九黎兒郎隨我殺。」「殺」殺聲震天，九黎族最後的軍力全部在這裡了，蚩尤只能與軒轅一決雌雄，雖然明知失敗，卻也不願退縮。軒轅，帶領人族大軍與蚩尤決戰逐鹿，兩軍大戰三日，最後蚩尤力衰被抓。那蚩尤也是一霸，憑一己之力殺了人族數十萬人，最後力衰被抓，心中卻是不甘。軒轅抓回蚩尤準備將其斬殺，可惜那蚩尤身為大巫之身，一身銅頭鐵骨，尋常刀劍卻是傷不得他半分，那軒轅也殺他不得，那蚩尤見眾人殺不死自己，便在那裡大罵軒轅。這時老子的徒弟玄都師前來，廣成子等自然見禮後，玄都師將一把劍教與軒轅後，就道：「人皇可用此劍將此大巫誅殺。」軒轅接過那劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木；劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。此劍就是妖族煉製的屠巫劍，威力無窮，比起那先天靈寶也不遑多讓，只是最後落於老子之手，後又因為人族之事，將此劍重新在煉製一番後，就變成了這幅摸樣了。
軒轅得到此劍走到蚩尤面前，那蚩尤笑道：「軒轅小兒，憑你手中這破銅爛鐵也想斬殺我。」軒轅也不回答，走上前去揮劍砍向蚩尤，那劍劃過蚩尤項間，一道血光閃過，那蚩尤一身精血被那劍吸收乾淨，而蚩尤的頭顱也落在地上。後又聽到玄都師說出此劍的來歷後，軒轅沉默一下，畢竟這可是先輩人族的精血煉製而成的，隨後就說道：「天地若有靈，神劍若有識，請聽軒轅之言：軒轅掌此劍，當內修文德，外練武功。對內廣佈仁德，使人族安居樂業，無有憂患；對外多施威懾，使化外之地尊吾民，敬吾國。若軒轅不肖，人族三祖可憑此劍斬之；若子孫不肖，人族三祖可憑此劍斬之。」天地感於軒轅誓言，卻降下無邊玄黃之氣，直落入『軒轅』劍中，使此劍成為人教聖器，更可斬人間不肖帝王，而不沾因果。軒轅成為人皇后便按照自己所誓言而為，人族的軒轅的誓言而得繁榮興盛，而其南部九黎族也被軒轅安撫襲來，沒有趕盡殺絕，九黎族人也知道軒轅之意，也不再再起戰事。自此三皇時代完畢，而軒轅也自稱黃帝，史稱軒轅黃帝。在大戰不久後軒轅也舉行了人婚，自此天地人三婚圓滿，女媧的紅繡球也解禁完畢，完全煉化。