蔣介石粗略的估算了一下，從戰鬥打響那一刻起，被己方殺死的日本人已經不下一千人了，照這麼下去，長崎城裡的人早晚要被殺光，這麼下去恐怕鄧大人那邊會不同意，就連皇上那邊都不好交代。留在長崎城內的日本人，基本上已經是陷身於一片火海，在不斷的炮擊中，沒有人敢於出來救火，半個長崎城都在燃燒，但是蔣介石依舊沒有找到任何大規模武裝力量存在的跡象。
「他媽的，看你們這幫倭奴躲到什麼時候！」林泰曾暴怒著喝罵道：「給蔣介石傳令，狠狠地打，直到把子彈打光為止，不必留情。」
劉冠雄有些擔憂的說：「大人，這麼下去，長崎城裡的平民就會全部被咱們殺光，回頭皇上可能會怪罪咱們，為了穩妥起見，咱們還是向皇上請旨之後再行定奪吧。」
林泰曾找到鄧世昌經過商議之後，又與準備在熊本登陸的張作霖發電聯繫，張作霖也覺得此事非同小可，必須向皇上請旨，於是林泰曾和三人代表聯名向北京致電，很快就得到了皇帝的御筆回復：今後茲事不必再議，倭人凶頑，自古擾我邊疆，覬覦我中華河山，此番會獵於東瀛，凡擋我者，一律殺無赦，不必再行請旨。欽此。
有了皇上這道旨意，大家心裡總算是有了一個護身符，皇上的意思很明確，就是不必顧忌什麼平民和士兵，只要肝膽公然對抗中華大軍的，一律格殺勿論。
林泰曾當即向蔣介石下令：對於長崎倭人不分男女老幼，一概格殺勿論。
於是，蔣介石率領海軍陸戰隊員一萬五千人開始了為期三天的長崎血腥大屠殺！
第一天。海軍陸戰隊的主要任務還是搜尋失蹤的三萬多長崎守軍，並沒有發動針對平民的屠殺，即使是這樣，在炮火和誤傷中死傷的日本人也達到了近兩千人之多。
第二天。蔣介石一聲令下，要求對長崎城的所有日本人採取滅絕政策。於是登陸的一萬五千人陸戰隊員分成了五股，分別向肥前古岳、津屋岳、現川、帆場岳、前岳這五個長崎主要地區展開搜索和屠殺任務。
除了個別地或小規模地對日本居民隨時隨地殺戮之外，還對解除了武裝的日本軍警人員進行若干次大規模的「集體屠殺」。大規糢屠殺方法有機槍射殺、集體活埋、甚至為了節省子彈，把數百人集中在一起，澆上汽油和柴油，用火焰噴射器一次性焚殺等。
這一天，也就是8月25日上午11點，已放下武器的日本軍警人員1000餘人被集體解赴現川的琴平神社用機槍密集掃射，絕大部分人當場被擊斃，負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。
下午2點30焚，解往山之神神社日本平民及已解除武裝的日本軍人4000餘人被以迫擊炮集中轟炸的方式屠殺。同日下午又在津屋岳一帶屠殺3千餘人。在長崎北路工事群附近槍殺200人。
第三天。8月26日。位於間之瀨中央公民館躲避的日本男女平民5000餘人被集體押往長崎河南岸碼頭，雙手反綁，排列成行。用機槍射殺後，棄屍於長崎河中。
陸戰隊在正念公民館屠殺400餘人。當天晚上，日本平民3000餘人被押至長崎港海邊集體射殺，並用燃燒彈焚屍。在開目寺避難的400餘日本平民被集體射殺。
當晚10點左右，在西川內，將從長崎城逃出被拘囚的日本男女老幼平民共5418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到西川內垃圾場，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮，事後將所有屍骸澆以煤油焚化。
以上便是三天的屠殺情況，在大規模屠殺之外，蔣介石也第一次放開軍令，默許所有士兵對日本婦女實施暴行。在第一天士兵們畏懼軍紀，沒有發生一起強暴事件。到了第二日屠城令一下，在長崎各地區強暴婦女事件開始零星的發生了幾起，但蔣介石並沒有下令約束，於是此類事件開始瘋狂的暴漲起來。長崎城中的五萬多名婦女，有將近一半的人被強暴了幾次，陸戰隊員們這一次終於從日本女人身上找到了戰爭的回報，不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴，往往有婦女受不住折磨而死。上到六十歲下至十一、二歲的女人幾乎全部成為中國人的獵暴對象。但是蔣介石只明令一點，所有被施暴的女人全部都要被殺死，嚴禁士兵有藏匿行為，一經發現，立即軍法從事。
一位來自英國的傳教士彼得在日記中記錄了令人髮指的一幕。
「在三天之內，中國人正義、友好的形象就被接連不斷的屠殺人民、不時發生的肆意搶劫、毫無控制的侵犯私宅、橫行無忌的*婦女所斷送了。長崎各條街道都躺著市民的屍體。在市中心，差不多每一個街區都有一具屍體。這些死去了的市民的絕大部分，都是26日下午及晚上中國陸戰隊下達屠殺令之後被槍斃或刺殺的。任何一個因恐慌或衝動而奔跑的人，任何一個於天黑以後在大街小巷為巡邏兵所逮捕的人，都很可能被當場殺害。這種暴行絕大多數沒有任何站得住腳的理由，卻在安全區及其它地方頻頻發生。許多外國人目睹了種種慘狀，有些屍體上的刺刀傷痕簡直是殘酷的野蠻人所為。」
「成班成班的日本士兵被中國人作為戰俘捉了起來。他們都已經放下了武器，有些還脫下了軍裝，但仍然被綁在一起槍斃了。事實上很明顯，除了這些遭難的士兵以外，我們根本沒有在長崎那裡見過戰俘的蹤影。活下來的僅僅是搬運戰利品與軍需品的人，最終的結果還是免不了一死。從難民區的一座建築物裡，中國士兵迫使當地警察挑選了四百個男人。他們每五十個人被綁成一串，由兩排步槍手和機槍手押走了。對於旁觀者來說，這些人的命運是不言而喻的。」
「在主要街道，中國士兵在其軍官的許可之下，有計劃地對一家連一家的店舖門面進行搗毀。他們搶來的東西太多了，需要民夫的幫助才能勉強拿得動。糧食當然是第一需要，但其它一切有用處、有價值的東西他們都不放過。」
「全城成千上萬所私人住宅，無論是被佔據的還是未被佔據的、大的還是小的、中國人的還是外國人的，統統都被中國人肆無忌憚地洗劫一空。他們還搶劫了不少汽車和其它財物。」
「三天之內，發生了許多*及侮辱婦女的事件。雖然我們尚無時間對此進行調查，但下面這類事件已經足可以表明情況的嚴重性。昨天，在我的一個法國鄰居家中，幾個中國士兵搶走了四個日本姑娘，在場的幾個外國人都看見了，在普通民眾極少光顧的長崎開目寺，一位最近來到的中**官在那裡強暴了八個日本青年婦女。」
「在這種情形之下，恐怖是難以描述的。一位蔣姓軍官虛偽地宣稱，他們進行戰爭的最終目的，是為了推翻日本政府、解救日本人民，這真是令人作嘔！長崎的這種恐怖當然不能顯示中華帝國的偉大勝利。中國無疑有其值得尊敬的政治家、軍事家和老百姓。為了自己國家的利益，這些人應該毫不猶豫地採取適當手段，去補救這些日子以來中日交戰中所受到的微小損害。有個別中國士兵和軍官象紳士一樣克制自己，他們希望以嚴格的紀律對得起自己的職業，對得起自己的帝國。但就其整體來說，中**人的行為糟糕以極。」
一位幾乎在日本渡過了自己一生的比利時僑民，在下面這封私人信件中對長崎發生的種種事情作了進一步的說明。
「我要告訴你們的，是一個極其令人不快的、讀來令人反胃的、其罪惡性與恐怖性令人難以置信的故事。眼下，一幫匪徒正在隨心所欲、毫不憐憫地蹂躪著日本人民。即使只有為數不多的幾個人能夠讀到我的這封信，我也認為這一事件有說出來的必要。否則，我將不得安寧。只有極少幾個人能夠敘述這一事件，幸運的是，我就是其中的一個。我要說的，只是整個事件中一個並不完整的小部分。至於這一切究竟什麼時候能夠結束，只有上帝才知道。我希望這場災難盡快結束，但恐怕，不是在長崎的這個地方，就是在日本的其他地方，災難還會延續好幾個月。」
「日本軍隊敗退了，中**隊進來了。8月24日的時候，長崎還是一個我們為之驕傲的美麗的城市，法律嚴明、秩序井然。可是今天的長崎，卻躺在一片荒蕪之中。整個城市橫遭蹂躪、洗劫一空，大部分都被燒成了焦土。徹底的無政府狀態在長崎已經持續了整整十天，就像人間地獄一樣。我本人的生命尚無嚴重的危險。不過，看見瘋狂的中國士兵從其*婦女的屋子裡醉醺醺地走出來，並非一件安全的事情，當一柄刺刀擱在自己的胸膛或者一把手槍指著自己的頭部，要你少管閒事時，也許任何一個人都會難以自持的。中**隊曾通知各國僑民離開此地。大部分都走了，只有我這個糟老頭子和我的妻子留了下來，親眼見證這有史以來最不人道的三天。」