警報聲大響墨菲斯、尼奧和崔尼蒂全部都來到了主控室。
「林克！怎麼了？」墨菲斯立刻上前問道。
林克一臉的慘色的指向操作台，此時尼布甲尼撒號已經將探查到的數據構成了三維立體圖像，正是在整個黑客帝國系列中讓人見著就膽顫的電子烏賊。縱觀整個黑客帝國中國能夠徹底並且最快捷的消滅它們的武器只有電子脈衝武器。
而屏幕上顯示的電子烏賊似乎在操縱或者安放什麼東西，只可惜電腦並不能模擬出來。
林克看著電子烏賊的動作，驚訝的說道：「他們都幹了什麼？」
一會電腦有進行了一次模擬，崔尼蒂看了之後，說道：「剛超出電子炸彈範圍。」
尼奧緊盯著電子烏賊腦海中突然想到什麼，立刻說出：「那是炸彈！」
眾人一聽這話急忙看向尼奧，程毅這時開口說道：「我想我們應該立刻離開這！你們認為呢？」
墨菲斯立刻站了起來，開口說道：「崔尼蒂、林克你們倆那好電子脈衝炮。毅，你要跟緊我們！」
「ok！」眾人拿好武器立刻向出口走去。
而此時在不遠處，一群電子烏賊似乎感受到了什麼，朝著程毅等人的方向飛了過去。
程毅緊跟著眾人跑下飛船，等走下船時他也第一次接觸到了這個所謂的現實世界。到處都是廢墟再程毅看來能夠描述眼前場景的詞語只有「末日」兩字了。這裡是城市的下水道，但是程毅估計地面上的情形怕是比這也好不到哪去。
「毅！現在可不是觀光的時候！快走！」墨菲斯對著四處亂瞅的程毅說道。
程毅急忙把目光收回，說道：「抱歉！」
這裡各種垃圾以及廢棄物太多，幾人前進的速度根本算不上快。就在這時背後突然傳來一聲巨響。
「砰！」不知道是什麼打中了尼布甲尼撒號，它的整個船體瞬間成了一片火海。
「砰！『又是一陣巨響，尼布甲尼撒號炸成了兩節。墨菲斯眾人感傷的看著已經被炸成兩半的尼布甲尼撒號，跟隨眾人戰鬥多年的飛船在眾人面前徹底的變成了一片火海。
墨菲斯愣愣的看著眼前這一幕，有些哽咽的說道：「我曾經夢到過這一幕……沒想到夢會變成現實！」
崔尼蒂等人眼中也都含滿淚水看著變成廢墟的尼布甲尼撒號。程毅很想勸勸眾人，不過他卻不知道怎麼開口。但是在下一刻程毅突然發現五隻已經飛了過來。
「各位！烏賊來了！墨菲斯，我們快走！」程毅立刻通知大家。
墨菲斯最後看了一眼自己的船便領著眾人繼續向前逃去。但是這個的障礙物是在太多照這個速度被追上是遲早的事，而且電子烏賊帶有紅外感應的偵查雷達，所以眾人躲都沒法躲。
尼奧停了下來看著身後追來的電子烏賊，說道：「我們逃不掉的！」
「總要試試！」崔尼蒂立刻說道。
稍許，尼奧突然停下了腳步慢慢的向後看去，在他前面的崔尼蒂急忙說道：「快走！」
尼奧看了看身後，說道：「事情有些奇怪！」
「什麼？」崔尼蒂問道。
尼奧看著崔尼蒂，說道：「我能感應到他們！」
此時前面一直更在墨菲斯身後的程毅突然感到不對勁急忙向身後看去，果然尼奧和崔尼蒂兩人都沒有跟來。
「墨菲斯！尼奧和崔尼蒂沒有跟上！」程毅向墨菲斯提醒道。
「什麼？」墨菲斯這時也發現了兩人不見了蹤影，急忙就往回跑：「我們去找他們！」
當三人找到二人時，尼奧已經躺在崔尼蒂的懷裡，他們面前有著五個電子烏賊的殘骸。幾隻烏賊似乎全身閃著火花似乎像是被雷電擊中。
「怎麼一回事？」墨菲斯問道。
崔尼蒂雙眼流淚雙手不停的撫摸尼奧的臉龐，說道：「我也不知道！」
就在這時遠處突然傳來一陣電擊聲，林克聽到後臉上露出興奮的笑容，開口說道：「是鎯頭號！我們得救了！」
話音剛落，程毅便看到一艘和尼布甲尼撒號相似的氣墊船飛到了眾人的頭頂之上。
墨菲斯對還在哭泣的崔尼蒂，說道：「崔尼蒂，快把尼奧送上鎯頭號！」
而這時程毅走到崔尼蒂身旁，說道：「我來背著尼奧吧！畢竟我看你身上還有傷！」
崔尼蒂並沒有拒絕程毅的好意，她擦了擦眼淚對程毅笑了笑，說道：「毅！謝謝你！」
程毅笑道：「呵呵！不客氣！」
程毅把尼奧背在背上，此時鎯頭號也已經降落艙門也打開了，從裡面走出了幾人，為首的是一位穿著紅色線衣的中年男人。這人正是鎯頭號的船長——羅蘭船長。
「上帝啊！總算找到你們了！快，先上船！」羅蘭說道。
程毅背起尼奧往船上走去，走到羅蘭身旁時他看了程毅一眼，然後他對墨菲斯說道：「墨菲斯！剛才那人是誰？」
「羅蘭！他不是敵人，一會兒我會向你解釋的！」墨菲斯說完眾人便都上了鎯頭號。
尼奧被送到醫療室進行治療，崔尼蒂留在了醫護室照顧尼奧。
而程毅卻和墨菲斯等人來到了鎯頭號的控制甲板上。
「好了！墨菲斯，介紹下你身邊的這位朋友吧！」羅蘭開口說道。
墨菲斯也做了下來，對程毅說道：「毅！你自我介紹下吧！」
程毅看了看眾人，開口說道：「你們好！我叫程毅，剛從母體中逃了出來，正宗的新人一枚！尼布甲尼撒號的船員……」
程毅一說他尼布甲尼撒號的船員，羅蘭船長的人還有墨菲斯和林克都看向程毅。
程毅笑了笑，說道：「當然，如果墨菲斯船長同意的話！我就是！」
聽到這話，墨菲斯笑了笑然後對羅蘭船長說道：「他是我的新船員！」
「叮！恭喜宿主完成第一項任務：成為尼布甲尼撒號船員！」墨菲斯話音一落，系統的提示音便響了起來。
「哦！夠了，墨菲斯，你知道我們現在面臨的是什麼樣情況嗎？你還有心情去拯救被母體控制的人！現在保護錫安才是我們的重中之重！」羅蘭船長氣急敗壞的說道。
墨菲斯聽了這話並沒有反駁對方，而是開口說道：「沒錯！我完全認同你的想法，但是毅並不是我救他出來的，他是第一個獨立從母體中逃出來的人類！」
;「什麼？」眾人都是一臉驚訝的看著程毅，而程毅並沒有說話只是對著眾人笑了笑。
眾人感到驚訝並不是沒有理由，在母體中生存的人類有很多，也有一些人能感受到母體並不是真實的世界，比如尼奧和第一部中反叛的賽佛。而在現實中的人發覺到這些人就會組織人手把他們從母體中拯救出來，當然也有人願意生活在虛擬的世界中。
但是即使這樣目前還沒有一個人能獨立的蔥花母體中脫離出來。因為一旦有人對母體產生疑惑，獲得情報的不止現實中的人類還有母體的特工，這些人回來阻止對母體產生疑惑的人。在沒有人幫助的前提下逃脫特工的追查回到現實，這在他們看來簡直就是白日做夢。
當然在程毅看來也的確如此，不過自己只能順著墨菲斯的話承認，難不成還要把事情的真想告訴他們！
羅蘭船長這時也無話可說，只得承認了程毅的身份。