十代、明日香等人在研究所裡面並沒有找到眼鏡蛇，不過卻發現了一個直通地下的電梯，於是便決定進入地下尋找眼鏡蛇。來到研究所的底部後，眾人被眼前的一幕震驚了。
整個研究所的地下十分的寬廣，估計有半個決鬥學院那樣大，最重要的是整個地下就像是一個熱帶森林，到處是動植物。
「大家，這裡這麼大，我們分頭去找吧。這樣才能盡快找到科布拉！」十代說道。
約翰點頭說道：「十代說得沒錯，不過為了安全著想我們就分成兩隊尋找。還有不管有沒有找到，都先回到這裡會和！」
於是約翰、十代、翔一隊往右邊尋找，劍山、明日香和吉姆一隊向左邊前進…
外面，阿蒙悄悄的來到了研究所外的森林中。此時的他一身的高級間諜裝備，透過眼鏡他喃喃道：「真是大意了，沒想到這裡居然有紅外線，不過知道後這就不算什麼了。」說完以敏捷的身手躍過了重重的紅外線，進入了研究所內。
當他進入研究所後，我才從森林走出，然後雙手插在褲袋裡緩緩的走向研究所。至於紅外線這種東西只要用黑暗能量就輕鬆解決了…
一切照著劇情發展：十與約翰、翔走散迷失在了森林中，卻遇到了佐籐教授。佐籐教授由於不滿十代的行為認為他的課沒有人上都是由於十代的原因，甚至認為十代不配做為一個決鬥者，因為他沒有作為一個決鬥者所要背負的東西！最後佐籐教授對十代說道，如果要想找到眼鏡蛇只有打敗他，於是兩人的決鬥開始了。
另一邊，明日香、劍山他們也遇上了麻煩，麻煩來自於一隻白虎。原本明日香會掉進眼鏡蛇設置的陷阱裡，不過當她失足的那一刻，黑魔導女孩出現了。黑魔導女孩拉住了明日香，把她從陷阱裡救了出來。
「謝謝你，黑魔導女孩。不過你怎麼會在這裡，天麟呢？」明日香疑惑的問道。
黑魔導女孩笑道：「marter怕你有危險就叫我來保護你，至於marter我想還在學院中吧。」
「這樣啊，對了黑魔導女孩你能幫我們把前面的老虎趕走嗎？」明日香懇求道。
「嗯！」黑魔導女孩稍微施展了下魔力就把兇猛的白色老虎趕跑了，之後幾人在黑魔導女孩的保護下一路上都沒有遇到什麼危險。
十代vs佐籐，十代慘勝。雖然打到了佐籐，但自身的能量也被吸收了大半。
「即使你打到了我，你也不配做決鬥者！你沒有決鬥者心中的黑暗，你的決鬥根本不是為了自己，只是為了一時的快樂！」佐籐墮入深淵之前話不斷的在十代耳邊響起，使得原本處於轉折時期的十代更為迷茫了。
「十代你在這裡啊，發生了什麼事嗎！」突然一個聲音傳進十代的耳中，把他從內心的世界裡喚醒。十代抬頭一看來人是約翰，不禁說道：「約翰…」而後昏迷了過去。
約翰見到十代突然昏迷不醒便讓他平躺在地上休息，然而意外發生了。約翰的精靈寶玉獸青玉天馬就被精靈獵人基斯抓去，為了拯救被抓的寶玉獸約翰只能追逐基斯的腳步而去，並與之進行決鬥。
約翰vs基斯，約翰獲勝！
約翰不愧是決鬥分院的代表，實力很是強大。雖然在決鬥的前半段裡一直處於下風，但還是憑著自己與寶玉獸的羈絆扭轉了局勢。
不過精靈獵人基斯卻是個不折不扣小人，眼見決鬥要輸了竟以撕毀卡片為要挾，迫使約翰停止攻擊。最後約翰在醒過來的十代的幫助下，先奪回了卡片然後以青玉天馬贏得了決鬥！
「謝謝了，十代！」約翰誠懇的笑道。
「沒什麼！」十代笑道，同時心中暗道：『即使和我最為相像的約翰亦是背負著自己的理想和理念去決鬥，我卻是為什麼而決鬥呢！』
「十代（大哥）、約翰，你們沒事吧！」這時明日香、吉姆、劍山以及翔也找到了這，看到他們兩人都在這裡趕緊上來問道。原來整個地下是以圓形建立的，雙方雖然走的方向不同，但最終目的地還是相同的。
「嗯，我們沒事。大家也都沒事吧？」約翰說道。
明日香神色擔憂的說：「我們都還好，就是不知道天麟他怎麼樣了。pda被這裡的電磁波所干擾，我們無法和天麟取得聯繫。」
黑魔導女孩突然出現在明日香身邊，笑道：「明日香，你不用擔心marter，marter可是很強的。而且marter的身邊還有師父，有師父在marter是不會有事的！」
約翰感歎道：「這就是天麟的精靈黑魔導女孩啊，真的很強大啊！」
突然吉姆手上的檢測儀不斷的擺動，吉姆說道：「前方的電磁波很強，眼鏡蛇應該就在前面，我們快去吧！」
「嗯！」眾人點點頭而後朝控制室跑去…
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－華－－－－－－－－－麗－－－－－－－的－－－－－－－分－－－－－－－－－割－－－－－－－－－線－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
控制室裡，眼鏡蛇教授看著監視器十代眾人的身影，喃喃道：「沒想到你們居然能來到這裡，不過這樣也好原本以為約翰和基斯的決鬥能量就能使大人復活，現在看來是要我親自出手了啊！」
突然眼鏡蛇語氣一變，陰冷的喊道：「是誰，出來！」
一道身影從營造槽旁邊出現，眼鏡蛇看到來人後笑道：「沒想到第一個來的人會是你啊，阿蒙?加勒姆！」
「科布拉，你有那張卡吧，交出來吧！」
「原來你是衝著那位大人來的啊，不過你說這可能嗎！好了，我沒有時間和你糾纏等下還要十代進行最後的決鬥！」
阿蒙笑道：「既然我來到這裡了，十代他們就別想再來了！」說完整個控制室忽然開始劇烈的搖晃。
「這是怎麼回事！」眼鏡蛇怒吼道。
「進來的時候我動了下手腳，好了現在沒有人可以打擾我們了。我本想用決鬥得到那張卡的，不過我想還是用武力更為直接！」說完阿蒙脫下衣服，擺出一副戰鬥的姿勢。
「看來不先解決你是不行了啊，那麼就速戰速決！」眼鏡蛇也脫下衣服，兩人的戰鬥開始了！
另一邊十代等人突然感到通道一陣晃動，而後聽到要封閉這個地區的警報聲眾人不禁趕緊往控制室告訴。不過這地方太長了，沿途又不斷將下防護門阻擋眾人的去路。
雖然眾人不停的奔跑但最後還是來不及，眼看著要被困死在這裡時，歐布賴恩出現了，他犧牲自己讓眾人得以通過最後的地區。
「十代、大哥，你怎麼了！」眾人見到安全後十代就一直沉默不語不禁擔心的問道。
良久，十代才怒吼道：「不可饒恕、不可饒恕！科布拉！」
畫面再次轉回
不得不說阿蒙的身手很不錯，作為一個間諜居然能在和眼鏡蛇的打鬥中佔上風，要知道眼鏡蛇曾經可是某個國家的超級特種兵！
「很不錯啊，阿蒙！不過遊戲到比結束了！」眼鏡蛇伸出左手，只見他的左手忽然長出了鱗片。眼鏡蛇用左手對著阿蒙猛然一揮，這個控制室突然被金色的光芒籠罩。而阿蒙整個人被一股神秘的力量固定在了牆上，一動也不能動！
戰鬥結束後，眼鏡蛇淡淡道：「你的生死就讓大人來決定，現在我得去和十代進行最後的決鬥了！」而後轉身走進了控制室的電梯，迎接最後的決鬥。
阿蒙和眼鏡蛇甚至尤貝爾都不知道剛才的一切都被人盡收眼底了，感覺了下剛才的黑暗能量我微微一笑：『不行啊，尤貝爾。還是快點引誘阿蒙內心的黑暗吧，那樣我才能真正瞭解你的黑暗能量！』
十代等人終於在離控制室不遠的地方見到了眼鏡蛇，眼鏡蛇把大家帶到了一個平台上，然後把平台升到了高空中。
「科布拉，你這是什麼意思？」約翰大喊到。
眼鏡蛇陰險的笑道：「這樣你們就無法逃跑了！好了游城十代，決鬥吧！」
「等一下，剛才十代已經消耗了許多體力還是由我來吧！」約翰說道。
明日香：「你們都受過傷了，還是由我來吧！」
「大家，謝謝了！但這場決鬥由我親自來！不管是為了幫助我們的歐布賴恩，還是為眾多昏迷的學生，科布拉我都要打倒你！」這瞬間十代散發出一股驚人的氣勢！
眼鏡蛇滿意的點點頭，暗道：『沒錯，就是這種氣勢！只要這場決鬥結束後，大人一定會復活的！』
「duel！」