當柴廣趕到晉陽的時候，董卓率領的軍隊已經離開了玉門關，展開了收復西域的第一波進攻。
在董卓剛剛趕到玉門關的時候，這座曾經殘破不堪的關城已經被克隆人農夫修葺一新，全部由石條壘砌而成的城牆高達六丈，城牆頂部寬度也達到了五丈，比之前玉門關關城夯土的城牆不知道雄偉堅固了多少倍，而城牆上每隔一百米就樹立起的一座箭塔更是將整座關城變成了一座純粹的軍事要塞。由於玉門關的關城將作為收復西域的後勤中心，因此新的關城規模比以前大了很多，周長達到了兩千米，關城內可以駐紮數萬軍隊。但是從玉門關再往西，昔日大漢王朝所修建的長城塞垣已經被風雨侵蝕而發生崩塌，很多地方甚至已經被漫漫的黃沙掩埋，只剩下隱約可見的遺址綿延向西，述說著大漢昔日的榮光。
很長時間以來，人們一直以為玉門關是漢朝長城的最西段，事實上，在玉門關的北面，還有一段長城綿延向西，一直延伸到西域境內的伊吾城，也就是今天新疆自治區哈密市的西部。在這一段長城上設有多名侯官，每位侯官管轄大約三十公里長的一段塞垣，侯官駐紮的地方建有軍堡。和大漢建設的其他長城的目的相似，這地段長城的主要目的也是防備北面的遊牧民族入侵，但是在竇憲徹底擊敗匈奴之後，這一段長城的主要目的就變成了守護西域的東部門戶，保護往來於西域和中原之間的商隊。不過在漢朝勢力撤出西域之後，這一段長城也被廢棄了，長城沿線的軍堡也早就沒了大漢的軍人駐紮。
董卓趕到玉門關之後，命令克隆人農夫沿著之前原來漢長城的遺址重新修建了長城，不過由於時間有限，直到董卓出兵時，這段長城只修建了將近六十公里，並且重新修建了曾經的廣漢侯官和美稷侯官駐紮的軍堡。不過這些城牆和軍堡並不是基地的標準建築，防禦性上比之基地標準的城牆和軍堡自然是大大不如。
在整頓軍隊，準備作戰物資以及等待白虎師七旅軍隊前來玉門關的一段時間裡，董卓已經對收復西域的戰鬥制定出了大致的計劃。根據董卓的計劃，護教郡將首先沿著天山一線逐漸西進，直到重新佔領大漢曾經西域都護府所在的它乾城為止。由於它乾城處在整個西域的中心位置，然後就可以以它乾城為基地，向西進攻疏勒、大宛等國，向南進攻莎車、于闐、鄯善登國，向北則可以進攻烏孫國。整個計劃最困難的過程就是從玉門關到它乾城的這一段路程，一路上分佈著大大小小數十個國家，它們有的曾經對大漢帝國十分友好，有的對大漢帝國十分仇視，有的是曾經的西域都護扶植起來的國家，有的和大漢帝國有著血海深仇，情況十分複雜。
護教軍離開玉門關之後，首先將直奔西北方向的伊吾城，這裡曾經是敦煌郡治下四都尉之一的宜禾都尉府的所在地。敦煌郡治下本來有四大都尉，玉門都尉、中部都尉、宜禾都尉以及陽關都尉，其中陽關都尉管轄敦煌郡境內最南端的一段長城塞垣，玉門都尉和中部都尉管轄敦煌郡境內北段的長城塞垣，而宜禾都尉則管轄西域境內從涼州邊境到伊吾城之間的這一段長城塞垣。在大漢的勢力撤出西域之後，敦煌郡的地位也逐漸下降，不僅宜禾都尉已經廢棄不設，連其他三位都尉也幾乎已經成了光桿司令，手下已經沒幾個兵了。
根據董卓在玉門關得到的情報，伊吾城如今被蒲類國佔領，並且被蒲類國作為了自己的都城。蒲類國原本是漢帝國擊敗姑師國之後所分的八國之一的蒲類前國，有三百二十五戶，二千三十二口，勝兵七百九十九人，是一個不折不扣的彈丸小國。但是在漢帝國的勢力撤出西域之後，蒲類前國出兵吞併了附近的比它更加弱小的蒲類後國和移支國，國力膨脹了近一倍，如今有擁有八百多戶，五千餘口，勝兵近兩千人，將國名改為了蒲類國，並且佔據了大漢宜禾都尉府的所在地伊吾城作為自己的國都。事實上，伊吾城只是一座長寬均不足兩百米的小城，城牆也是夯土所鑄，但是在西域，這已經是數得著的大城了。
董卓率領前來收復西域的三個師分別是牛輔的前師，樊稠的右師和華雄的中師。牛輔、樊稠和華雄三人全都是從董卓發跡開始就跟隨董卓南征北戰的老將，在董卓擔任西域戊己校尉的時候也曾跟隨董卓一起來到西域，對西域的情況也算比較瞭解。而董卓對漢人護教軍留在涼州的兩個師的安排也很有深意，左師師長段煨是段熲的弟弟，而段熲在涼州威望十分崇高，段煨繼承了自己兄長的威望，至少在武威郡一帶頗具人望，所以董卓把左師部署在漢陽郡、武都郡以及安定郡三郡與司隸校尉部右扶風相接壤的地區，用來防備關中一帶的漢軍，而且左師的副師長胡軫和各旅旅長都是董卓親信，段煨即使有什麼不安分的想法也很難施行。而後師師長張猛、副師長黃華、各旅旅長甚至全師的士兵大多來自涼州西部四郡，所以董卓把後師安排在了涼州最東端的安定郡，用來防備北地郡的皇甫嵩，使他們脫離了自己的勢力範圍。
在玉門關的關城裡，董卓留下了右師後旅駐紮在城內。由於整個西域已經被智腦認定為敵對勢力，在整個西域都被征服之前，基地將無法探測西域的情況，並且無法在西域的範圍內修建基地建築。所以基地提供的糧草輜重物資等最遠只能在玉門關的關城裡取出，再通過輜重車運送到前線，所以玉門關的地位就顯得尤為重要，而右師後旅的旅長王方也是董卓的心腹，長期跟隨董卓作戰，董卓對他還是十分放心的。