木葉的根部是由強硬主戰派－－團藏所一手建立，故此「根」的成員是直接受命於團藏而不是火影的。在背後支撐起木葉村這棵大樹的是深扎於大地之中的我等"根"的意志，這就是根的訓言。根部從出發點還是對木葉有益的地方著想的，但是因為手段過激而會引起人的反抗意識，從後來四代雷影在五影會談上著重強調團藏那個忍者之暗的稱號就能知道，團藏在其活動期間絕對是做出了對其他四國即長遠又難以磨滅的影響。
而止水這次來並不是為了消滅團藏，而是把團藏這裡的東西拿回一些，尤其是初代火影的遺物。現在這個中忍考試的高峰期不適合進行大規模的戰鬥來抹殺掉根。只能等到大蛇丸的木葉崩潰計劃執行的時候在插一腳了。
根部的基地還是比較難找到的，從後來長門用神羅天征毀掉整個木葉的時候就能看出來，以那種破壞程度居然都沒有令團藏現身，可想而知團藏的隱身之處有多麼的隱秘了。止水為了省掉尋找的麻煩，他就換了一身木葉暗部的著裝，從容的進入了木葉暗部基地，打算用些強迫的手段向暗部的高層那邊瞭解一下的。
進入暗部後，止水還是蠻懷念的，雖然就在這裡呆了很短的時間，但是如果不是這些，恐怕自己也不會遇到照美冥，長門，角都等等的傢伙了。止水的入侵還是很容易的，僅僅是加上一個厲害點的幻術後就這麼大咧咧的走了進去，畢竟對這裡還是有點熟悉的，利用速度和幻術就基本解決了大部分問題……
片刻之後，止水就已經走出了暗部高層的門口，出來後還順便把手上的鮮血在門口暗部身上抹了幾下，直到乾淨後才滿意的離開這裡。若是有人在的話就一定會大吃一驚，因為房間裡已經流滿了鮮血，一名還帶著一個殘缺的面具的暗部成員正半靠在牆壁上，眼神之中滿是惶恐。不遠處還躺著另一名暗部成員，嘴唇哆哆嗦嗦的抖個不停，完全就像是精神錯亂一樣，而其他各處也都躺著幾具身體，只是所有的暗部都沒有死亡，但是卻有點精神錯亂一樣。究竟是遇到了什麼事讓他們這些以暗殺為主的人能夠如此。
止水出門後才滿意的笑了起來，雖然對於那些暗部成員下手狠了一些，但是不狠的話根本得不到任何有用的消息啊。不過還真沒想到團藏的根部基地居然會那麼的隱秘，如果不是來這裡的話估計要好長時間才能找到啊。
根部基地處在地下，和大蛇丸的基地倒是有點相似，都是彎彎曲曲的隧道，很容易就會迷路的。不過止水在之前就已經得到了這裡的地形圖，找到團藏倒也並不困難。雖然在這裡偶爾會遇到一些根部成員，但都是一些雜魚，直接被止水抹殺了。等到止水抵達團藏的辦公處後，才滿意的點點頭。
止水倒是也沒有敲門就從門上穿了進去。而止水的突然出現，讓屋子裡的團藏一夥大吃一驚，這傢伙到底是怎麼出現的，居然能夠找到這裡啊，真不簡單。
團藏此時的右眼已經被繃帶包裹了，下巴處有著一道十字的傷疤。不過團藏的右眼現在應該不會是瞎了，以他的作風絕對已經移植別的不錯的眼睛。而在團藏旁邊的是三個帶著動物面具，披著黑袍的忍者。
「你是？？？」團藏滿臉陰沉的問道。
「呵呵，這個樣子不認識了嗎？那麼這個呢。」止水淡淡的笑了一聲，樣貌開始出現明顯的變化，臉上的紅色花紋逐漸開始往額頭聚集，最後成了兩個圓點，而樣子也漸漸地恢復到了十幾年以前的形象。
「宇智波止水！！！」團藏大吃一驚，沒想到會被這傢伙找到這裡，最重要的是這傢伙不是已經消失了十幾年了嗎，外界一直在傳聞他已經死了的，沒想到會以這種樣子出現在我的面前，不過既然出現了，那就不要再想著輕易離開了。
「取根，風。你們先去試探一下，寺井，你去通知其他人包圍這裡。」團藏倒也還算是鎮定，只是震驚了一下就轉頭對著身旁的三名忍者吩咐道。隨著團藏的話，三名忍者都是點頭應是。
「油女取根還有山中風嗎？團藏，你倒是收到了一些好的部下啊。」止水對於這兩位倒是還算熟悉，但是剩下的那個就不清楚了。不過應該也是木葉的秘傳家族成員之一，畢竟能和這些傢伙在一起絕對不是什麼簡單的人物。
團藏沒有說話，而是慢慢地退到一旁的角落裡。這時候那邊的三名忍者都是掀開了黑色大衣，其中一名從團藏身後的暗道已經離開了，止水也沒有攔截的打算，這次畢竟不是來毀滅根部的，畢竟這麼大的地方，想要毀滅的話就一定要施以大威力忍術才行，但是以現在的敏感期絕對不適合那樣做。
油女取根向著止水扔出了幾把苦無，止水躲都不躲就這麼任由其穿身而過。而一旁的山中風原本是打算趁著止水躲開的瞬間用心轉身之術控制止水的，但是眼前的詭異場面讓他猶豫了片刻，僅僅是這一瞬間，止水就已經來到了山中風的身前，手臂整支化為雷電之槍，向著其胸口扎去，一旁的油女取根立即摘下手套，伸手向著止水襲來。
止水淡淡的笑了一下，任由取根整個手掌都按向自己，而雷電之槍卻從山中風身體中整個穿過，而取根也是整個人都穿了過去，手掌按在了山中風的手臂上。直接令他的手臂變了顏色，並很快的向四周擴散。看來這就是他納米級的蟲子了，真是了不得的能力啊，中了這種能力的話就算是自己也很麻煩的。
「抱歉啊，風。我這就幫你取出來。」取根在造成眼前的結果後，就立即拿手指在山中風的傷口處一放，只見原本變色的手臂逐漸開始恢復了，一層黑色的物體向著取根手上匯聚而來。