阿古柏在北疆一敗塗地後，再也沒有實力控制南疆，南疆本來就脆弱的平衡一下就被打散。
原來被迫臣服於阿古柏的各族，相繼起來反抗他的統治。阿古柏一回到南疆，便陷入跟各族反抗大軍的爭鬥之中。
樹倒猢猻散，牆倒眾人推。
阿古柏在新疆造孽太多，當初制定了各種名目繁多的稅賦，不斷的從百姓手裡搜刮者財富。為了維護他的統治，還制定了相當嚴苛的律法教條。百姓們稍有違背他的統治，便被殘忍的虐待致死。
原來他有白彥虎數十萬的洋槍兵，又有馬占鰲的數十萬騎兵，大家才不甘心的臣服於他。
現在他身邊總共數千多人馬，誰也沒再把他放在眼裡，紛紛帶著族人起來報仇雪恨。
英國和俄國也對他失望之極，害怕投給他的軍火打了水漂，也就斷了對他的支持。
兩國也不是傻子，本來支持阿古柏是想在新疆分的一點利益。但是現在新疆眼看著就要被華興軍平定，誰也不敢再做賠本的買賣。
阿古柏在眾叛親離中，終究是沒有再折騰起半點風浪。他為之信賴的洋人也拋棄了他，一夜間就擊垮了他生存的信念。
回到南疆一個月後，阿古柏在一片喊殺聲中走到生命的最後盡頭，落魄的服毒自殺。對於新疆人來說，他始終都是一個侵略者，一個不屬於新疆人的暴君。
喬志清穿越前的歷史上，左宗棠平定北疆之後，阿古柏也就是在這種情況下服毒自殺。有些人終究逃脫不了自己的宿命，不管歷史發生了怎樣的變化。
此時馬占鰲剛剛繞過吐魯番，帶著七萬的殘兵敗將進入了南疆。
本來他想繼續投靠阿古柏，在他那裡弄些物資補給。但是大軍剛進入焉耆縣，就聽聞了阿古柏的死訊。
馬占鰲鬱悶的要死，大罵這個老東西沒有骨氣，這麼輕易的就自殺了。
焉耆縣是回人的聚居區，回人在南疆也就這麼一個大的聚居區，人數不過三十多萬人。
馬占鰲便想在這個地方東山再起，重新再拉起一支兵馬。
他在鄯善縣屠殺維族人消息，早就被阿不力孜通告給了北疆和南疆的維族各部落。
維族人現在和回族勢不兩立，北疆因為華興軍的壓制，大家暫時還井水不犯河水。但是南疆現在正處於混亂之中，阿古柏死後，兩族的矛盾終於激化，紛紛拉起隊伍各自爭鬥了起來。
南疆還有一個巴音郭楞蒙古聚居地，也被捲入了這場爭鬥之中。
蒙古人和回人在元朝時就是相互合作的關係，當初回族人在蒙古鐵騎橫掃亞歐的時候可是立了大功。蒙古人在中原建立元朝之後，回族人可是僅次於蒙古族的第二等人。
現在回族和維族爭鬥，蒙古人自然站在回族的一邊，成為馬占鰲的盟友。
維族人雖然人數上佔優勢，但是回族人和蒙古人的戰鬥力卻強悍，都是清一色的騎兵。
雙方戰鬥了好幾次，都是維族人大敗而歸。焉耆縣也成為了回族人的避風港，其他各地的回人各部為了避免維族的屠殺，全都吵著焉耆縣遷徙了過來。
焉耆縣一夜之間，回人的數量暴增，僅僅過了一個月，便突破了五十萬人。
更讓馬占鰲欣喜的是，寧夏的回族也經過了千難萬險，舉族遷徙到了焉耆縣。
比起新疆的回族，馬占鰲和寧夏的回族自然更為親密一些。
當初陝甘寧的回族本就是一家，一起舉兵反清，一起屠戮的漢人。
本來馬占鰲在甘肅被華興軍打的走投無路，進了新疆歸順了阿古柏後，還想聯合白彥虎推翻阿古柏自立。
但是白彥虎卻甘心當了阿古柏的走狗，處處在阿古柏的跟前為難馬占鰲。
馬占鰲後來也不再將情面，在阿古柏的面前找機會就挑撥離間，最後終於讓阿古柏下決心除掉了白彥虎。
如今寧夏回人一來，馬占鰲更是如虎添翼。
寧夏回人現在完全歸馬耀邦統領，從寧夏逃出的回人多大五十來萬。為了避開河西走廊上的華興軍，他們日夜兼程的選擇在荒涼的戈壁灘和沙漠上趕路。
這一路下來，不知道有多少的老弱病殘被殺害吞噬，最後只有一般人走了出來。
「來，來，來，耀邦兄弟，今日咱們哥倆一定要不醉不休。你不知道，大哥我在這人生地不熟的地方，早就憋屈壞了。今日見到你們，大哥我心裡痛快啊！」
馬耀邦帶著寧夏回人在焉耆縣安置好後，馬占鰲設宴給他們接風洗塵。在酒席上豪爽的笑著，不斷的勸酒。
「占鰲大哥，這杯酒兄弟敬你。我們一進新疆，就聽說了阿古柏自殺的消息。若不是你收留我們，我們這一時半會的還真沒有個落腳的地方！」
馬耀邦滿心感慨了聲，說著便舉杯滿飲了下去。
「耀邦兄弟客氣了，咱陝甘寧來的回人，本就應該相互扶持。兄弟有所不知，現在新疆的回族部落，也不都全跟我們一條心。比如北疆的回族部落，現在就歸順了華興軍。這南疆的部落，被維族人殺的沒辦法，現在暫時跟了我們。我們想要在新疆站穩腳跟，還需要精誠合作才行啊！」
馬占鰲給把當前的局勢給馬耀邦介紹了下，肚子裡滿是憋屈。
新疆和回
人和陝甘寧的回人還有所不同，當初陝甘寧回起兵反清，大肆屠戮漢人的時候。新疆的回人倒是沒有那麼熱情，並沒有大規模和漢族爭鬥。因為新疆民族眾多，並不像陝甘寧一帶，只有回漢兩族。而且漢人在新疆的人數稀少，並不對回人構成威脅。回族在新疆面臨的最大威脅，還是維族。
所以新疆回族對華興軍並沒有太多的敵意，在華興軍的民族政策不斷落實之後，北疆的回族已經完全歸順華興軍。
南疆的回族本來也準備歸順華興軍，但是面對南疆維族的屠戮，沒辦法只有暫時找到了馬占鰲依靠。
馬占鰲和華興軍有不共戴天之仇，就是他想投靠華興軍，華興軍也容不下他。
當初甘肅的漢人被他一洗而光，喬志清已經下了死命令，誰都可以寬恕，就是陝甘寧的回人不能。
在此刻，他唯一可以信賴的也只有寧夏的回人部落。他們跟自己一樣，也沒有了後路，只能跟華興軍血拼到底。
「占鰲大哥，你所言極是。華興軍斷了我寧夏回人的根，殺我兄弟姐妹無數，我自然和他們勢不兩立。」
馬耀邦點了點頭，雙手憤恨的直拍桌子。
「那就好，咱兄弟現在少說也有二十萬的精兵。先解決掉南疆的維族，等一統南疆之後。再翻過天山，把華興軍趕出新疆！」
馬占鰲豪爽的大笑了一聲，舉杯就再次邀請馬耀邦大喝了起來。
南疆的軍報也一封封的發往了烏魯木齊，現在張閒已經坐陣烏魯木齊，開始協調各方，準備平定南疆。
但是太原的司令部卻發來了緊急軍報，要求張閒按兵不動，等到明年開春後才可以進軍南疆。
這裡面的原因錯綜複雜，司令部也沒有給張閒明示，只是命令他暫時把注意力集中北面的蒙古族身上。
這封軍報也是喬志清處於多方面的原因制定出來的，火狐已經在京城發來密保。蒙古族的科爾沁親王僧格林沁，已經準備和新疆的蒙古族裡應外合，意圖把華興軍趕出新疆，把新疆變成蒙古族的地盤。
朝廷也同意了僧格林沁的折子，新疆一旦完全被華興軍平定，那華興軍接下來要做的肯定是要北進中原。
朝廷不想華興軍這麼快就從新疆脫身，正好以保護新疆蒙古部落為由，讓蒙古族的大軍進駐新疆。
蒙古族和滿族一直是合作的關係，除了內蒙古對朝廷的事情還算熱心外，外蒙古對清廷一直是冷眼旁觀的態度。若不是清廷對外蒙古處處壓制，外蒙古早就脫離清廷**了。
這次進軍新疆不但是內蒙古各部的意思，外蒙古也非常的熱心，想趁機搶佔地盤。
清廷巴不得他們能主動和華興軍交戰，要是他們鬥個兩敗俱傷，清廷也可以在一旁漁翁得利。
喬志清還有另一方面的考慮，南疆的回族和維族向來不和。如今馬占鰲和馬耀邦都在南疆扎根，那兩方的平衡馬上就被打破。
依照回人的做事原則，不把維族屠滅一空肯定不會罷手。
喬志清正是想借刀殺人，讓回族屠滅了南疆的維族。他那個時代，南疆就是因為地理環境惡劣，經濟發展落後。所以就成了新疆最不穩定的地方，維族人經常會被境外勢力煽動暴亂。
若是藉著馬占鰲的手把南疆的維族人屠滅，往後也必然省去很多不必要的麻煩。新疆的各族勢力也會達到平衡，不會再出現一族獨大，妄圖分裂新疆的情況。
等到華興軍出兵南疆，平定南疆的馬占鰲和馬耀邦之後，維族人一定把華興軍當天神一樣看待。
他們想要在新疆生存下去，便會緊緊依附於漢人。
漢人在新疆只需要保持一個中間人的角色，左右平衡回族和維族，那就可以把新疆牢牢的握在手裡。
在漢人大規模遷徙新疆戍邊墾荒，在新疆佔據絕對的人數之前，這確實是一個最好的辦法