未知的年代，神給世人以天罰第一次浩劫，七日七夜的洪水中只有兩個人乘諾亞方舟活了下來。
西曆2000年9月13日『第二次衝擊』發生，在南極大陸發生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變。
立時，海面水位升，地軸扭曲，天災四起，經濟瓦解……
幾日內，世界人口銳減了二分之一……
南極，成為了寧靜的殘亡地域。
人類，並未象恐龍那樣滅絕，但復興的工作，卻無比嚴峻。
飽受了驚惶與疲勞的人們，將這場災難沉重的浩劫，稱之為『第二次衝擊』。
第二次衝擊發生於2000年，原因是由於人類對位於南極大陸深層的白之月中沉睡的亞當進行接觸實驗的過程中，因實驗情況失去控制導致亞當甦醒並釋放其力量，引起南極地區大爆炸，海平面升，地軸偏轉，大部分地區季節發生變化。
第二次衝擊的實情並沒有被公開，這場人為的災禍被天災。
冰冷的海水中，一個少女不斷的掙扎，她旁邊是個中年男人，這男人抱著少女，努力將她送唯一的救生艇，但因為體力消耗太多的關係，他在最後卻無力爬救生艇，在看到少女脫離冰冷的海水後，這個男人臉浮現笑容，那是是如負重的笑容，也許在他看來，只要自己的女兒平安無事。就可以了…
在遠處的海水中，站立著巨大的光之巨人，它的背後展開巨大的翅膀，翻滾的海水，融化的冰川。這光之巨人身閃動的強光炙熱無比，中年男人的意識在漸漸消失前。心中暗暗想到，這一切都是人類自找的。
南極基地被毀掉了，現在應該已經沒有活人了。就算是自己的女兒。能否存活下來都是問題，但自己能做的也只有這麼多，究竟她能不能活下去，要看她的運氣了。
這樣就足夠了，應該…？
手漸漸鬆開，男人的身體開始向海水中下沉，彷彿要墮入無盡的黑暗之中。
雖然不想死，但他知道這就是自己的命運，自己沒有選擇的餘地。
「哎呀哎呀。剛剛醒來就發現糟糕的事情，你們兩人是僅有的倖存者啊，看來還不晚？」逐漸失去意志的男人的手突然被抓住，接著他就被拎起，脫離冰冷的海水，暖洋洋的氣息貫穿他的全身，將寒冷驅散，中年男人睜開眼，發現一個陌生的青年正在對自己微笑，他站在翻滾凶狠的海面。那飛濺起來的海水並沒有落在他身。
黑髮，黑衣，黑眼，東方人模樣。
雖然全身下都是黑色，但這個青年不知道為何，給自己一種很特殊的感覺，他背後是那個暴走的光之巨人，光照應在他的身，讓對方看起來並不像人類。
「你…誰…？」
「我是誰不重要，你就當這一切，是個夢好了。」青年笑笑，將中年人放在救生艇，接著他發現那個黑髮小姑娘正在看著自己，用很複雜的表情盯著自己。
蹲下身，青年抬起手摸摸小姑娘的腦袋，臉依舊帶著笑容：「雖然命運是最高級的借口，不過我現在還是很想說，這算命運的安排嗎？這個世界，然後讓我醒來，遇見你，葛城美裡…」
「你，知道我的，名字…？」
「當然，因為我可是這個世界的神啊…」青年站起身，看向遠處的光之巨人，臉帶著玩味的笑容：「我還真是蠢啊，當初看到你們，怎麼就沒想到這裡是什麼世界呢，亞當，夏娃，撒旦，使徒，生命樹，智慧之果，生命之果，沒想到我從阿禮手中得到的世界，竟然是《ev》，亞當啊亞當，你和莉莉絲以及撒旦，還有那些背叛的使徒，是否還記得我這個神呢…？」
「嘿嘿…」洶湧的海浪，無法壓制低沉的笑聲，黑髮青年就這樣盯著光之巨人笑著，笑著，而在救生艇的少女看著對方，直到自己昏過去。
「神…嗎…？」
……
「唔…」一個黑髮女人睜開眼，從床爬起來，她先是用手揉揉自己的眼睛，接著摸摸胸口那個造型有點獨特的十字架，臉帶著無奈的笑容：「真是的，怎麼又做起這個夢了，最近好像很平凡的樣子，明明連對方的樣子都記不清了。」
走進洗手間洗漱，這個看去二十歲左右的女人面對鏡中的自己，嘴角牽強的笑笑，自從第二次衝擊過後已經有四年了，而她就是當初那個少女，在整個第二次衝擊中的南極基地，只有她和自己的父親倖存下來，救援隊說他們父女一直漂流在海，明明已經十多天，但身體卻沒有出現任何異象，健康的就像正常人，而誰也無法解釋他們為什麼會昏迷十多天，而且在這狂暴的海水中，倖存下來。
當救援隊問起這個問題的時候，她的父親，南極基地的負責人葛城博士這樣說道：「我們能活下來，是因為神的關係…」
雖然那個男人已經消失，但葛城博士並沒有把一切當作夢來看待，因為他知道如果那真是夢，那自己就會一睡不起，不可能再見到自己的女兒，而且誰也無法解釋自己昏迷十多天為什麼在這海水中沒有事，除那個男人，他實在想不到別的解釋。
神嗎？
也許他並不是神，但葛城博士卻希望他就是傳說中的神，既然連亞當都已經出現，那創造這個世界的神，為什麼不能有？
雖然救援隊覺得他們驚嚇過度，並沒有相信葛城博士的理由，但葛城博士和葛城美裡並沒有去證明什麼。從那個時候開始，她與自己的父親就開始相信這個世界有神的存在，而胸前的十字架，也是按照記憶中，看到那個男人心臟部位的飾品後仿製出來的。那是纏繞著蛇的十字架。
在日後，葛城博士開始研究死海文。在死海文的最後一段這樣寫到：「神，行走於世間…」
因為這句話的關係讓葛城博士更加相信那個男人就是所謂的『神』，所以在後來他將自己的女兒托付給朋赤木直子照顧。自己踏尋找神的旅程。說實話自從第二次衝擊結束後，葛城博士就跟變了一個人一樣，他彷彿宗教中最狂熱的信徒，他覺得自己能夠倖存下來，是神的安排，自己有一些特殊的事情要去做。
洗漱完畢後，葛城美裡習慣性的打開電話聽取留言，基本除自己的幾個好外，留言最多的就是自己那個失蹤多年的父親。說實話現在葛城美裡都有點想笑，如果對方真是神，那憑借自己的父親能找到對方嗎？就算死海文中說神行走在這個世界，但只要他不願意，有誰能找到對方？
「美裡，我有了最新的發現！我已經發現對方的行蹤，如果沒有錯的話，他應該已經前往新東京，他和四年前的容貌沒有任何變化，你應該還記得對方的樣子。我馬就回去，你要是真的發現他，無論如何也要確定他的行蹤！」最後一條留言讓葛城美裡愣住，自己父親找到對方的行蹤了？而且，對方還在新東京？
話說，這事是不是有點太巧了？
就在她想要給自己父親打電話的時候，突然有人敲響房門，她開口說道：「門沒鎖。」
「你剛醒？今天沒有課嗎？」走進房間的是葛城美裡在大學的好，赤木律子，這位美女繼承了母親的科研天賦，雖然現在只有二十歲，但已經開始加入各種研究，甚至已經成為主要人員之一。
「嗯，午沒什麼課，你呢？」赤木律子比葛城美裡要大一歲，所以兩人並非一個年級，不過這並不妨礙兩人之間的感情，雖然是好，但雙方的性格卻是兩個極端。
赤木律子的性情有些冷淡，而且具有科學家特有的過度理性和神經質。
很喜歡貓，同時也喜歡吸煙。她的心中也有著不為人知的過去，對母親的感情非常複雜，一方面她並不喜歡自己的母親，另外一方面她卻在重複著與母親一樣的人生。
在大學時代就認識葛城美裡和加持良治，她的性格也和美裡形成了鮮明的對比。
後來她將原本的棕髮染成金髮，以撇除從前不起眼的小女孩形象，與葛城不同的是，她寧可ev犧牲駕駛員也要完成任務，這種冷酷性格和碇源堂不惶多讓。
除了碇源堂和冬月耕造外，她是唯一完全清楚知道nerv計劃的實際目的的nerv成員。
而葛城美裡性格豪邁爽朗，粗枝大葉，生活習慣也是奇差無比。平時酷愛喝啤酒，且為豪飲。在家裡隨處可見啤酒罐，平時酷愛喝啤酒，且為豪飲，在家裡隨處可見啤酒罐，不擅家務。
比起作戰計劃，她更在乎駕駛員的安全，這從後面的劇情中不難看出，不過為什麼兩個性格完全不同的人會成為好，果然是同性相斥，異性相吸？好，這個比喻貌似有些不恰當啊。
「我也差不多，這幾天的研究項目並不重要，我也能稍微放鬆一下，話說你和加持發展的怎麼樣？」
「我說過好多次，我和加持沒有任何關係，你為什麼總是喜歡把我們兩個扯到一起？」正在穿衣服的葛城美裡有些無奈，她的確跟加持良治的關係很要好，但這只局限為朋關係，她更沒想過要將對方當成戀人來發展，因為四年前的事件，讓某個男人的身影深深烙印在她的心中，說實話她很期待與對方的下次見面。
「誒，難道你對加持沒有感覺嗎？他很優秀啊，我覺得你跟他在一起，會很合適的。」赤木律子點著煙這樣說道，看她抽煙的模樣，葛城美裡有些無語，自從自己這位好染髮並開吃抽煙後。就變得和原來不太相同，原來的赤木律子並不起眼，看去就像學校的優等生，安安靜靜的那種，但也不知道她突然發什麼瘋。去染髮，去學抽煙。然後去學著和別的男人**，不過現在她的樣子的確比原來更招惹眼球了。
「你要是喜歡加持，就去自己追求。別在這把我往推。」
「加持可不是我的菜啊。比其他，我更喜歡另一種類型，比如說看去很平靜，很給人舒服那種感覺，加持看去實在有些太浪蕩了。」
「平靜？我覺得你是喜歡冷漠，甚至是冷酷的類型？」葛城美裡這樣說道，接著她拿走赤木律子手中的香煙，繼續說道：「以後不准在我的房間內抽煙，我說過很多次了。今天難的沒課，我們去轉轉。」
「我是無所謂了，不過這城市還有什麼好轉的？」赤木律子搖搖頭站起身，兩人離開房間，就在她們離開的時候，房間內的電話突然響起，在持續一段聲音後，電話出現聲音。
「你好，我是葛城美裡，現在我不在家。如果有事可以在聽到『嗶』聲後留言，我回來後會給您回電。」
「喂喂，美裡嗎？我是爸爸，我現在停留在德國，無法趕回去了，但是你必須要留意，那個人的確已經出現在新東京，我的朋在剛剛給我打來電話，他在第二東京大學出現，這不就是你的學校嗎？你一定要留意身邊每一個人，我會解決這裡的事情後立刻趕回去，就這樣。」
也許這就是所謂命運的安排？
葛城美裡和赤木律子走在學院中，在第二次衝擊中，人類的數量銳減二分之一，許多城市都已經變成廢墟，不過人類還是頑強的生存下來，這新東京就是最好的證明，末日並沒有讓人類絕望，他們沒有成為繼恐龍之後，滅亡的『主人』。
「那邊發生什麼事嗎？」看著遠方的人群，赤木律子這樣問道，不知道為什麼在學院的大門圍著很多人。
葛城美裡表示不知，兩人擠進人群，發現一個青年正在和保安對峙。
「抱歉這位先生，你必須拿出自己的證件才能進入，今天我並沒有接到有新老師到來的消息。」門衛相當的盡職，因為第二次衝擊的關係，現在各個重要的地方已經施行監管，而東京第二大學更是聚集目前日本倖存者的精英，門衛根本不可能讓一個身份不明的人進入，就算他說自己是這裡新任教師。
「呃，真的抱歉，證件什麼的我真的不知道放在什麼地方了，如果可以，你現在可以聯繫院長，他會證明我的身份。」青年有些不好意思微笑的說道，不過門衛卻搖搖頭。
「院長正在歐洲舉行一個重要會議，要不您等院長回來後，再來？如果他能證明您的身份，我會給您道歉。」門衛依然沒有退讓，雖然他不能讓對方隨便進入，但他也不願意找對方麻煩，畢竟能進入東京第二大學教學的人都不簡單，不是他這小小門衛能夠得罪的。
「你們有他的電話嗎？不行我給他打過去？真是麻煩啊，小靈夢，你究竟把阿爸的證件放到什麼地方了。」青年對身邊一個穿著紅白色長裙，看去有點像巫女裝的小姑娘這樣說道，這個看去只有五六歲的小姑娘抓著男人的衣角，臉帶著很天真很純，很治癒的笑容。
「靈夢忘記了，阿爸對不起。」小靈夢有些不好意思的說道，自己把阿爸的東西給弄丟，實在是有些不對，早知道自己就不毛遂自薦的幫助阿爸拿東西，所以說道最後雙眼有些發紅，水跡開始在眼眶裡打轉。
「噢噢，不哭不哭，沒救沒了，我們等院長回來再來好了，請問附近有旅館嗎？剛剛到新東京，人生地不熟的…」
「有！我可以帶你去！」黑髮青年的話還沒說完，人群中就傳來這句話，接著身穿紅色皮衣，短裙，一頭黑髮的葛城美裡推開人群走出來，她看著青年繼續說道：「我知道附近哪裡有旅館，我可以帶你去！」
「呃…」看到葛城美裡，青年一派額頭，記憶中對方的確是在東京第二大學的大學，也許因為時間太久的關係，他才忘記這種小小的設定，看到已經變成御姐的葛城美裡，青年笑著說道：「四年未見，你長大了，當初的你還是一臉青澀的樣子呢，話說你父親還好嗎？」
青年的一句話讓葛城美裡的身體頓住，然後開始顫抖，果然沒錯，這個男人就是四年前在第二次衝擊中救下自己和父親的男人，那個自稱這個世界『神』的男人！
對方的樣子果然沒有變化，還是和當年一樣，看去只有二十歲左右，臉帶著平靜溫和的笑容，依然穿著黑色的衣服，除了面沒有繁瑣的飾品外，都和四年前如出一轍。
「次忘記自我介紹了，我叫雷哲。」男人笑著身處右手，等待葛城美裡的回應，他原本好的態度，卻讓對方連連後退，因為與其他人不同，葛城美裡知道雷哲的身份，所以他不敢去和對方有什麼解除。
「阿爸阿爸，這個大姐姐好像很怕你呦。」未完待續-
，