清真寺事件後，平叛指揮部發佈戒嚴令，油化全城戒嚴。軍隊以維族人準備暴亂為名開進維族聚居區，將維族區全部封鎖，然後挨家挨戶搜查，朱紹良將迪化城內的所有少數民族上層人士，官員學者宗教界人士，全部召集到省政府，要求他們公開聲明支持政府，反對叛亂，維護國家統一。
「諸位，從前清以來，新疆便是中國的領土，清末時期，我們便共同反對俄國對新疆的侵略，我們一起打敗了俄國侵略者，今天伊犁地區的叛亂者，勾結蘇俄，企圖將新疆併入蘇俄，對這個企圖，中國政府和中國人民決不答應，我們一定會擊敗他們，平定叛亂。」[搜索最新更新盡在]
白崇禧接著站起來宣佈：「國民政府決定，在新疆施行高度的民族自治，新疆將組建由各民族人民參與的省政府，各民族宗教信仰自由，中央決定大力加強對新疆的教育醫療投入，每年從新疆選撥五百名以上的少數民族青年到內地大學學習，學費由中央政府出資。」在伊犁解圍失敗後，國民政府決定採取軍政雙管齊下，在政治上，對新疆少數民族作出部分讓步，提出了總共五條建議：首先，吸收新疆少數民族中的親政府人士加入政府，組建新疆聯合政府，在政府中民政廳長或秘書長必定有一位是少數民族人士；
其次，在各地區建立參政會，吸收各地少數民族中開明人士進入參政會，擔任參政員」幫助政府管理社會。
第三」在新疆實行宗教自由，尊重各民族的宗教信仰；
第四，經濟上要大力發展新疆經濟」改善新疆各民族民生，這一條下面又分三條，一是減輕新疆徭役，實行減稅：二是在戰爭結束後，中央政府每年向新疆投資最少兩千萬法幣；第三是加強新疆的交通建設，將迪蘭鐵路修到西安，與隴海鐵路相連」加強新疆的公路建設。
第五，大力發展新疆教育，在新疆各縣辦公立中小學校，在迪化辦新疆民族大學，每年政府資助至少五百名少數民族學生到內地大學學習。
白崇禧很有信心，在外有軍隊，內有糖果的情況下」不愁這些人不就範，果然，經過短暫的沉默後，這些人紛紛站起來表示，支持國民政府的政策」反對叛亂分子分裂祖國的行動，宗教界人士拿出古蘭經，所有人手按古蘭經起誓，絕不與叛軍合作。
當新疆報紙將這些人的誓詞刊載出來後，密佈維族區的軍隊撤離了，不過迪化城內依舊保持戒嚴姿態」軍隊有權隨時查證行人的證件，所有人開始登記身份證明。
在新疆推行重慶式的社會控制有一定難度，少數民族以遊牧為主」
少有定居的，現階段只能在城市中推行。
內部的事情處理了後」白崇禧開始將注意力轉到瑪納斯河戰線和省軍，他分析過上次解圍戰役失敗的原因，其中很大原因是，省軍的混亂。
盛世才被調離新疆後，省軍便處於群龍無首的狀態，駐紮在各地的省軍，從將領到士兵都人心惶惶，不知前途在那，士氣低落；而從外地調到新疆的部隊，則兩眼一抹黑，不清楚地形，不清楚當地情況，增援部隊在翻越天山時，甚至迷路了，後勤部隊甚至將彈藥糧食送到了叛軍的營地。
白崇禧沒有命令省軍將領到迪化開會，而是下令對在南疆平叛中立下功勳的省軍新編騎兵第2師，騎兵第口12師將領宛凌雲、張希漢進行嘉獎，授予倆人青天白日勳章，宣佈將兩個師擴編為乙種師，同時命令他們上報兩師在南疆立功的部下，以便平叛指揮部上報嘉獎。
通令嘉獎瑪納斯河前線的省軍暫編第三師師長湯執權，獎賞暫編第三師全師十萬元。通令嘉獎固守阿克蘇的136師，授予平定南疆的二十四軍軍長劉文輝，137師師長唐亮青天白日勳章，獎賞二十四軍全軍子十萬法幣。
白崇禧一改剛到迪化時的低姿態，雷厲風行的推行了幾大措施，叛軍立刻感到壓力倍增，莫斯科迅速與重慶聯繫，要求潘友新立刻與國民政府交涉，表達蘇俄政府對新疆事態的關注，要求中國在處理新疆事變中採取謹慎措拖王寵惠放下潘友新交過來的備忘錄，眼中滑過一絲聃諷，然後平靜的將備忘錄推到潘友新面前：「我國政府不能接受這份備忘錄，新疆叛亂是我國內政，如何平定是我國政府的事，與貴國政府無關。」
「新疆與我國有漫長的邊境線，我國與新疆有長期的歷史關係，所以我國非常關心新疆局勢，對新疆目前初現的情況非常關心，我們希望貴國政府在解決新疆事變中採取謹慎態度，這關係到我國與貴國的友好關係。」潘友新語含威脅的盯著王寵惠。
王寵惠冷笑兩聲，站起來走到潘友新身邊，拿起桌上那份備忘錄：「我擔任國民政府外交部長前後兩次，總共有十多年時間了，像這樣的話已經聽過很多了，從1931年到1叨1937年，日本人曾經說過很多次，1喲1940年西藏發生事端時，英國人也曾經這樣說過，今天我又聽到了。」
「貴我兩國友好關係？真是笑話，貴我兩國有友好關係嗎？新疆叛亂難道不是貴國在背後指使？列昂諾夫這個名字你知道嗎？貴國內政部少校，他的特遣隊在四天以前在哈密地區被我軍殲滅，列昂諾夫已經被俘。」
「新疆叛軍中有多少是貴國內務部軍人？有多少是蒙古軍人？你心裡比我清楚。」王寵惠心中非常暢快，作為外交人員，他很清楚蘇俄這個舉動中包含的含義。
潘友新也冷笑兩聲，他同樣站起來」面對王寵惠：「部長先生，
從抗戰之初到現在，我們對貴國進行了大量物資和人員支持，蘇聯飛行員曾經為保衛貴國流盡了最後一滴血。
「是的」這點我國上下非常感激，也銘刻於心！」王寵惠沒有迴避也沒有退讓，他迎著潘友新的目光堅決的說道：「所以我國政府在貴國最困難的時候，不顧我們自己的困難，在日軍侵略貴國時，向日軍發起進攻，不惜將日軍吸引到我國戰場。可現在呢？貴國都作了什麼？」
「大使先生」貴我兩國曾經有過非常愉快的合作，為什麼我們不能繼續保持這種合作關係呢？」王寵惠輕輕歎口氣：「新疆是我們的領土，我們不能以國家主權或其他任何與主權相關的東西來交換，這些東西不容談判。」
潘友新失望而歸，中國政府態度空前強硬，莫斯科克林姆林宮陷入焦慮中，中國政府大規模調兵入疆」南疆叛亂被平定，從伊犁地區向南的滲透被中**隊堅決阻截，叛亂被限定在北疆的伊犁、塔城、阿山三地。
叛軍在瑪納斯河前線發動了一次試探進攻，結果被中**隊打回去了，迪化以西的吐魯番、哈密等地冒出的叛亂苗頭」被中**隊強力鎮壓，叛亂分子死傷無數，餘下的逃到三區。
參加軍事會議的將領們從會議室內出來，沒有多久，宮殿內便又響起了主人的咆哮，將領又看到貝利亞急匆匆的進去」隨即辦公室內傳來更大的咆哮聲。
「潘友新同志已經不適合擔任駐華大使，葉塞夫對新疆局勢的判斷有嚴重錯誤，貝利亞」立刻對他進行審查，是不是漏網的托洛茨基分子！這個壞蛋！」
面對斯大林罕見的失態」莫洛托夫和貝利亞都有些戰戰兢兢，倆人不敢開口，貝利亞心中卻平靜了許多，他知道自己安全了。
貝利亞很清楚，斯大林這是在打退堂鼓了，當初葉塞夫認為，盛世才調離後，新疆空虛，軍隊人心惶惶，是個發動的好機會，斯大林採納了他的建議，讓貝利亞來執行。現在面臨著失敗，不是葉塞夫就是他貝利亞來背這個黑鍋，現在斯大林選擇了葉塞夫，他貝利亞暫時安全了。
莫洛托夫也很清楚，潘友新在這事上已經盡力了，外交手段有一定的局限性，如果中國政府決心堅定，潘友新也沒有絲毫辦法。但莫洛托夫也知道，這件事只能由葉塞夫和潘友新來承擔，斯大林的權威不容置疑，不能有絲毫動搖，他是全世界無產階級的神！
「對新疆，我們不能就這樣放棄」斯大林神色嚴厲的盯著貝利亞：「命令他們加強進攻，同時要估計到中**隊的反擊，必要時可以分散游擊，新疆地方很大，完全可以進行遊擊戰爭，拖死拖垮，蔣介石。」
最後三個字，是斯大林咬著牙，從牙齒縫中一個一個蹦出來。新疆失敗可以接受，可讓蔣介石得意，不可以！
莫洛托夫和貝利亞都明白斯大林此刻的心情，斯大林一向瞧不起蔣介石，也瞧不起中國，認為中國根本不配成為四大強國之一，根本不配與美英蘇共同商議戰後國際秩序，現在他們還沒這個資格。
正是基於這個認識，斯大林才在德黑蘭悍然提出對東北的要求，可沒想到遭到蔣介石的強硬反對，連美國人的態度也曖昧不已，斯大林摁耐不住，挑起新疆事件，這個事件的目的首要是打擊蔣介石，其次是試探美國人的反應。
可這次斯大林失算了，蔣介石的反應更加強硬，不但從抗戰前線調兵，甚至將善戰的白崇禧派到新疆，擔任總指揮，全面負責平叛，而延安對他們的配合要求也不過是敷衍，延安的興趣很快便轉向華北。
「請斯大林同志放心，目前民族軍的攻勢很猛烈，已經控制了整個北疆三區，目前就艾林巴克機場還在政府軍手中，炮裡索夫同志報告說，他已經將裝甲部隊從瑪納斯河前線調回來了，下一次進攻一定能攻克艾林巴克機場。」
這段話對斯大林沒有絲毫安慰，甚至連貝利亞自己都無法感到安慰，克林姆林宮的權貴們很清楚，中**隊在華北消滅了三四十萬日軍，民族軍那那點力量還不夠他們塞牙縫，中國政府不用調太多部隊，只要從華北調一個集團軍過去，便輕易擊潰民族軍，除非蘇俄公開大規模派兵干涉。
可這能行嗎？顯然不可能。蘇聯的主要力量還在對德戰場上，甚至連對日戰場都無法兼顧，根本抽不出更多的力量投入到新疆。
「斯大林同志」莫洛托夫小心翼翼的提出了個建議：「潘友新同志的工作雖有失誤，但就這樣免職調回來，恐悄不妥。」
「哦，那你有什麼建議？」斯大林雖然憤怒，卻沒有失去理智，就這樣調回大使，難免留下失敗的印象，可難道還有其他更好辦法嗎？
「既然中國拒絕了我們的建議，我們理該作出反擊，我建議召回潘友新同志，同時要求中國政府召回他們駐莫斯科大使。」
召回大使？斯大林眉頭深皺，雖然他很憤怒，可他還沒有打算與中國決裂，如此召回大使是非常危險的，釋放出的信號是，中蘇即將決裂。
可莫洛托夫是什麼意思呢？斯大林非常不解的望著莫洛托夫，莫洛托夫的神色非常平靜，目光依舊那麼平和。
斯大林卻漸漸的露出笑容，他走到辦公桌前，拿起煙斗，劃根火柴將它點燃，微微的吸了。，然後才開口：「嗯，很好，就這樣辦吧，讓潘友新同志回來吧。」
貝利亞心裡有些糊塗，就憑這就能逼中國政府讓步？蔣介石要是不就範呢？這不是冒險嗎？中蘇現在都是盟國的重要成員，中蘇分裂不代表了盟國分裂嗎？德國日本會怎樣想？美國英國……，等等，貝利亞這下明白了，斯大林莫洛托夫打的什麼主意。
正想著，辦公室的門被推開了，斯大林的副官進來報告，總參謀長華西列夫斯基同志和紅軍情報部部長請見。斯大林稍稍一愣，剛剛開完的夏季作戰會議上，已經決定了1懈年的夏季作戰計劃，這場進攻從兵力到火力都是前所未見，主攻將在盟國霸王行動展開之後進行，將從德國人意想不到的地方發起。華西列夫斯基剛剛離開，這麼快就回來了，這又發生了什麼呢？
華西列夫斯基很快進來，他看了眼貝利亞，心中微微歎口氣，他不是很希望貝利亞在場，不過遇上了也沒辦法。
「情報部從中國獲得了一些情報，斯大林同志，總參謀部認為，中國人正準備進攻蒙古，目的是佔領蒙古，並不再離開。」華西列夫斯基的報告非常簡短，卻讓斯大林大驚失色