三年的時間很快就過去了，此時距離夜神月離開木葉已經有三年的時間了，在這段時間中當然也發生了很多的事，不過這些事都被表面上的和平所掩蓋住了，所以大家也都沒把這些小事當成什麼大事。
首先，木葉的小強一代都已經成為了可以獨當一面的忍者了，而不是當初那些個在中忍考試中才發出一點光芒的下忍，首先不得不說的就是日向家的天才忍者，日向寧次，居然年紀輕輕的就已經到了上忍的程度，讓各國都不敢小覷木葉的天才。
而除了寧次以外，其他的小強們也都得到了中忍的稱號，不過他們每個人都幾乎有著不下於上忍的實力，畢竟上忍這個稱號是需要大量的任務才能從中忍提到上忍的，不過這不代表一個中忍不可以有上忍的實力，現在眾小強們距離上忍，估計也只是差一些經驗，還有任務的累積罷了。
綱手還是如同原著中一樣，收了兩個徒弟，自靜音這個記名弟子，加上夜神月這個赫赫有名的親傳弟子之後，綱手又有了兩個親傳弟子，那就是木葉小強中的春野櫻，還有井野。
值得一提的就是，夜神月在離開木葉之後曾經回到木葉一次，回去的那一次不禁看了自己的老師綱手姬，還有卡卡西等人，還看了自己的師傅的師傅，也就是當初的三代火影。
在綱手姬，還有三代的談話中，眾人也知道了夜神月叛逃的原因。但是在眾人要求夜神月回到木葉的時候，夜神月卻是拒絕了，其中具體是什麼原因，也不明說了，總之夜神月是背定這個叛忍的名頭了
不過當夜神月把雷神之劍給三代看了看之後，三代居然流出了眼淚，想來是想念自己老師，也就是二代火影了吧，畢竟這可是二代火影的遺物。不過當夜神月說要把雷神之劍給三代的時候，三代卻是拒絕了。
三代說「寶劍配英雄，現在我已經拿不動這把劍了，希望你能夠拿起這把劍來保護木葉，讓火的意志永遠傳下去。」
其實以夜神月的心機也早就想到了這一點，畢竟這是影水留給自己的東西，夜神月也不捨得這麼就給三代，所以夜神月就自己收了起來，沒有半點的客氣。而對於自己的兩個新的師妹，夜神月並沒有見他們，可能是有代溝，或者是別的原因吧。
自來也在兩年半之前就帶著鳴人出遊了，不過鳴人還是一直對夜神月與佐助叛逃的事耿耿於懷，臨走的時候還說，一定要增強自己的實力，把夜神月找回來，同時把佐助帶回來。
不知道為什麼，在這三年的時間內，各大忍村之間除了木葉與砂忍村之外，其他忍村都有一些小摩擦，這可能就是當初ye神月在那半年內挑撥的作用吧，別的不說，就說巖忍村與霧忍村的梁子，也是結下了，而且真正知道內幕的人，也不會把真實的情況說出來。
而兩大忍村的摩擦也越來越大，後來不知道怎麼得，因為八尾人柱力的原因，雲忍村居然來開始加入這場摩擦，這點摩擦雖小，但是在有心人的眼裡可就不一樣了。
在表面的平靜下，已經掩蓋了太多的暗戰，但是其中還是有很大的兩件事，第一件就是雪之國雪忍村的真正的成立，讓大家都知道在這個世界上又多了一個忍村，而且還是有一個影級強者的忍村，而這個忍村的村長，居然就是雪之國的女皇，副村長則是那名影級強者，具體的名字，大家也都不知道，只是知道那個影級強者是個傀儡師。
第二件大事，就是不知道為什麼，各忍村的忍術捲走總是會短時間的消失一段時間，剛開始的時候大家都沒當回事，但是後來居然在各個忍村都發生這樣的事，慢慢的也就傳開了。
而這件事的主角，也正是本書的主角，夜神月了。在兩年半以前，夜神月知道了通往「天忍」的道路，從那之後，夜神月就開始整理自己的忍術，終於把所有的忍術整理完之後，夜神月又開始研究起了自己的那些重要的東西，比如君麻呂的血液什麼的。
在這些研究上，夜神月當然也得到了一些回報，最令夜神月高興的，就是在砂忍村再次偷到的一個卷軸中，發現的生命力的傳輸。生命力的傳輸是一種可以製造活傀儡的未完成的忍術，不過這個忍術的另一個效果就是，可以讓一個活人把自己的生命力傳給一個死人，從而令那個死人復活。
知道了這個忍術之後，夜神月也就大概知道了生命力的秘密，從此長生不老和永遠年輕對於夜神月來說已經不再是夢，只不過需要很長的時間來研究罷了，不過夜神月還是依靠它完善了自己的一個忍術，再次就不多說了。
而且，夜神月得到的，那不止是這些而已，因為夜神月此時已經真正的踏入了天忍的行列，成為了真正的頂級強者。