隨著吳興祚等人一死一俘一逃，潮州之戰已經到了尾聲，自知以僅有的千數兵力無法對抗鄭軍反捲回來的浪頭的潮州府選擇了上吊自盡，剩下的清軍在瞅見鄭軍嚴密的陣形後開城投降，法光寺一線的清軍也在稍後散逃，至此鄭軍終於獲得了潮州之戰的最終勝利。
不過，鄭軍在廣東的勝利並不能改變當前嚴峻的局勢。
早在七月十三日，御駕親征的康熙率直隸、山東、河南等地兵馬並禁旅八旗前鋒營、虎槍營、驍騎營等部五萬人開抵江寧，雖然江南的炎熱天氣使得上述各部暫時無力繼續進軍，但隨後從安徽、江西等地匯聚的部隊使得屯駐在江南的清軍兵力超過了八萬，而更令明鄭方面不安的是，佈置在蘇南浙北的近六萬清軍得以徹底脫出手來南下。
七月二十七日，次第南下的蘇浙清軍頂著颱風抵達溫台地區，除一部對太平一線的鄭軍實施封堵外，餘部直趨鰲江，屯兵蒼南。但是由於南雁蕩層巒迭嶂崎嶇難行的地貌，清軍遲遲無法突破浙閩邊境，只能不斷的用血肉換取蔡元書部且戰且退。
有鑒於直接進軍福寧十分困難，清軍被迫繞經道路同樣難行的仙霞關一線，但是西線清軍尚未入閩，引以為內應的福建邵武鎮便被自福州西進的左右勇衛軍所擊破，南平、順昌、邵武、建陽、浦城等地相繼落入鄭軍手中。福建總兵毛洪言隨即在閩西、閩西北大肆召集新兵，組建了左右邵武、左右南平等四個師。
清軍也曾試著從贛南進軍閩西，但是王新化率經過改編的兩個師萬餘人自寧化越過武夷山攻入贛南石城，旋即克寧都州，守城寧都營全軍覆沒，此後王新化又在雩都擊潰南贛鎮總兵麾下吉安營、興國營、文英營，永鎮營，橫岡營等部，兵逼贛州城下。
由於江西止有兩鎮綠營，其中九江鎮大部已經東調江寧，剩下的又要震懾贛西防止義軍死灰復燃，因此身兼江西水陸師提督的於成龍只能一方面親赴撫州督戰，另一方面向湖北、湖南兩省請求援兵。不過湘省綠營中的鎮溪營、河溪營、綏寧營、長安營、保靖營左營、鎮溪營、河溪營等部已經相繼開入廣東，因此無力大肆援助江西，只有湖北派出了提標三營、黃州協一部以及蘄州、興國、均光等營頭輾轉入贛。
但王新化此時犯了一個戰略上的錯誤，為了獲得鄭克臧許諾的江西總兵的職務，他沒有趁著贛南清軍兵力不足的機會擴大佔領區，反而頓兵於贛州堅城之下碰得頭破血流。八月十七日，鑒於清軍援兵紛至沓來，王新化被迫自會昌州方向退回閩西固守。
八月二十日，江南地區的盛夏接近尾聲，康熙率兵離開江南趨蘇州而杭州。
九月初七，康熙抵達杭州，隨即召開軍事會議，決定以一部先攻象山、太平，其餘各軍在浙江分兩路，在江西分兩路，在廣東分一路，五路圍攻福建。
總boss一聲令下，清軍頓時有如打了雞血一樣。九月十一日，捷報首先從太平傳往杭州，在清軍的反覆攻打下，洞頭都督府被迫撤出在太平的部隊，並撤出了全部的屯民。為了激勵清軍的鬥志，康熙千金市骨，當即簡拔指揮作戰的台州鎮副將樺善為鑲白旗漢軍副都統。如此一來，前線的清軍便愈發的瘋狂了。
九月十三日，就在鄭克臧擊敗吳興祚所部的當天，清軍在付出極大代價後終於在南路逼近象山縣城，為了避免無謂的損失，洪磊下令將海龍驤師第二團所部盡數撤往舟山。不過為了反擊清軍咄咄逼人的勢態，鄭軍旋即在蘇北再度登陸，對兩淮鹽場大肆破壞之後，才在狼山鎮剩餘的守軍目視下揚長而去。
九月十四日至九月十七日間，鄭軍北方艦隊連續炮擊蓬萊、黃縣、福山、寧海、海陽、膠州、登州等地，並派兵上岸掠奪人口。對此，曾經擔任過江寧織造的山東巡撫桑額一方面命令綠營登州鎮嚴防死守，一方面向杭州和北京同時飛報，不過其在上奏的折子中稱道，這是鄭軍黔驢技窮的表現，意在圍魏救趙，山東有能力自保云云。
九月十九日，清軍以長江水師各營、太湖水師營、京口將軍水師營等保留下來及重建的水師單位發起對舟山的登陸作戰，由於清軍水師不敢光明正大的越過杭州灣從寧紹等較近的地方進擊昌國本島，所以清軍被迫從松江出發，水程遠了不說，還在出航後不久為鄭軍通報船所查偵。鄭軍舟山分艦隊旋即調集全部軟帆炮船揚帆出航，在灘許山、大白山西北洋面順利截擊了清軍舟船。最終，鄭軍以船大勝船小，以炮多勝炮少，一舉擊沉擊毀清軍船隻二十九隻，俘獲另外十五隻及船上一千餘官兵，其餘清軍舟船四下逃竄，利用鄭軍追擊同伴時不克分身之際才得以逃出生天，不過清軍強行登陸昌國、岱山等地的圖謀就此泡湯了。
水師的再次慘敗並沒有打消康熙的戰意，他很寬宏大量的饒恕了指揮海戰的京口副都統等人，但是到了申時二刻，一封來自廣州的加急軍報傳入杭州行宮，頓時引起了這位「聖君明主」的滔天怒火。康熙一改兩個時辰前寬仁的嘴臉，下令抓拿吳興祚進京受審，以廣東巡撫朱弘祚署理兩廣總督、廣東藩司江有良署理巡撫，調江寧將軍博霽為廣州將軍，升江南陸師提督繆齊納為江寧將軍。
等心急火燎的處置完廣東官場之後，心知廣東形勢不穩的康熙思前想後，權衡了許久，終於決定調川中綠營重慶等鎮入鄂，調雲貴綠營臨元、安義等鎮入桂，調鄂省綠旗兵鄖陽鎮、宜昌鎮及廣西、湖南剩餘綠旗兵援粵
九月二十一日清晨，錢塘江上的薄霧剛剛被升起太陽所驅散，鄭軍舟山分艦隊的八艘二等巡航船便出現在乍浦港外——所謂二等巡航船就是鄭軍裝備數目最多的三千料級雙桅軟帆炮船，根據鄭克臧的親自製定的劃分標準，三千料至四千料的雙桅炮船被稱為二等巡航船，五千料、六千料的三桅炮船被稱為一等巡航船，只有七千料以上的雙層炮甲板炮船才能被稱為巡洋艦，至於更高一級的戰列艦，現在還只存在於馬原等船場大使們的腦海裡。
一見到鄭軍的巡航船出現，浙省在蘇浙之戰後搶築的南灣炮台和乍浦炮台便拚命開火，猛烈的炮火在江面上形成一道道沖天的水柱。儘管清軍的炮火悉數失的，但身處【岱山號】指揮的顏道及卻不願意用木質炮船跟清軍的石砌炮台對抗，於是便引船南下，並在清軍的視線之外繼續向錢塘江上水域遊行駛而去。
乍浦方面的清軍並不瞭解鄭軍的行動，一見鄭軍從望遠鏡中消失不見，便洋洋自得的草書一封報捷的文書，宣傳擊退鄭軍水師襲擾並造成鄭軍舟船多數起火。然而騎上快馬的使者剛剛自螺螄門（清泰門）進入杭州城，望江門和候潮門外便響起了炸雷一般的炮聲。
雖然杭州市民一年多才經歷了蘇浙之戰的洗禮，然而蘇浙之戰中鄭軍水師並沒有上溯至杭州城外並實施炮擊的戰例，突如其來的炮聲和因為鄭軍炮擊而引發的火勢一下子讓承平多年的杭州人感到了世界末日的降臨。
哭爹喊娘的杭州百姓扶老攜幼帶著僅有的財產紛紛向城外逃去，除了正在遭到炮擊的望江門、候潮門以外，百官（武林）、壩子（艮山）、正陽（鳳山）、螺螄（清泰）、清波、(湧金、錢塘、太平（慶春）諸門塞滿了逃難的百姓，以至於原本準備緊閉城門防備鄭軍乘虛進攻的清軍始終關不上城門，最終只能用棍棒驅散百姓了事。
鄭軍炮擊了半刻鐘後，隨著康熙南下的清軍御營炮隊這才反應過來，紛紛以口徑最大、射程最遠的武成永固大將軍炮與江上鄭軍對射，見到清軍發炮還擊，並不在意是否能殺傷多少清軍的顏道及便主動撤出了戰鬥。
儘管打跑了鄭軍水師，但讓康熙面臨炮火的威脅實在是一宗大罪過，浙江總督范承勳以下浙省官員惶恐不安的跑去向康熙請罪，同時懇請康熙移駕蘇州，以策萬全。然而康熙卻犯了倔脾氣，非要待在杭州不可，范承勳只好請隨軍的明珠出面勸說。
明珠當然明白好名的康熙是擔心有人說他畏戰逃遁，於是進言請康熙南下紹興。康熙聞之大喜，毫不猶豫的便予以採納，當晚，康熙的御駕便渡過錢塘江抵達蕭山，隨後兩天，隨行的八萬多清軍紛紛南下，其中江西、安徽等地的綠營將直接經由金華開往仙霞關一線，而山東、直隸等地的綠營也將南下溫台以加強浙南攻勢。
而就在清軍次第南下之際，入粵的鄭軍先後克復惠州各縣，兵鋒直指廣州城下。還不知道自己已經被撤職查辦的吳興祚顧頭不顧腚的抽調高雷廉等地的清軍入衛，瓊州的兩師鄭軍乘機在雷州半島登陸，隨即席捲粵西南，與東路鄭軍形成了包夾的勢態。