上元節才過，清軍便在官長的驅使下向寧波撲來，在鄭軍無心抵抗之下，清軍次第收復了寧波府城和鎮海縣城，名義上將鄭軍再次逐出了大陸。為了防止鄭軍再次闖入甬江及錢塘江，浙江巡撫張鵬翮力主在乍浦港和鎮海建築炮台。然而建炮台也好、鑄炮也罷都需要錢，清廷財力本來已經極為困頓了，自然兵部是拿不出這筆開銷的。
清史上號稱清代第一清官、政聲甚至好過大小於成龍的張鵬翮自然不會把來錢的目標放在老百姓頭上，張鵬翮不但不把來錢的路數使在老百姓頭上而且上疏北京聲稱紳民一畝地捐谷四合，實在盤剝過重，旋即又以杭州、嘉興、紹興、寧波等府兵禍之後秋收無存為由，請戶部暫免繳納第二年的賦稅。
結果這兩個折子到了北京，康熙一看自然心頭不快，不過張鵬翮是為民請命，若是否決的話豈不是說自己是無道昏君嗎？所以康熙在兩個折子中尋了一個差錯，批示道「昨歲浙江兵禍，循例蠲賦，並豁免錢糧，豈可強令捐輸？鵬翮原題力不能者聽，自相矛盾。」並籍此下部議，心領神會的吏部自然知道如此處置，於是張鵬翮就此貶為了兵部侍郎。
雖然清廷馬上任命貴州布政使蔣寅接任浙江巡撫，但張鵬翮的去職還是使得浙省的軍政出現了空白，不過鄭軍並沒有利用這個機會重新踏足大陸，這倒不是鄭軍的消息閉塞，而是鄭軍正根據蘇浙之戰的戰後總結進行整編。
蘇浙一戰的結果表明鄭軍的兵力不足以支撐大規模的戰事，而且不但是總兵力不足，師團兩級的建制尤小，在單獨投入作戰後不足以應對複雜的局面，為此鄭軍便迅速調整了現有的編制，將原來的團級編製擴大為八個哨。如此一來步哨的數目擴大一半，單個團的總兵力也有原來一千一百多擴大為一千五百餘。除了團級建制擴大以外，師一級也增加了一個選鋒哨和一個只配有少量戰馬的斥候哨。選鋒哨與跳蕩哨一樣是重甲純肉搏部隊主要用來在混戰中突破清軍陣線、阻擋清軍攻勢；斥候哨接替騎軍哨承擔探查和傳遞情報的工作，騎軍哨則整編為輕甲燧發槍騎兵，在繼續承擔遠程偵查任務之餘可以充當突破的另一把尖刀。
經過整編，鄭軍師一級的兵力擴大為五千六百餘人，陸師十三個師的總兵力達到了七萬三千五百餘人，再加上直屬參軍院的臼炮團、重甲騎軍團，直屬鄭克臧本人的安平城留守司等部隊以及東寧地方汛兵，東寧陸師的規模達到了空前鼎盛的狀態
康熙三十年二月二十日，只需補充兩個步哨便完成了整訓的海龍驤師第四團在舟山分艦隊的掩護下闖入黃河口。當時的黃河入海口在蘇北雲梯關一線，原是灌河的入海口，宋光宗紹熙五年（1194年），黃河奪淮以後，即變為黃河入海口，不過在康熙年間由於黃河幾乎年年決口，因此沖積平原大肆向海中擴張，海口已經距離雲梯關有五十餘里之遙了。
不過雲梯關在明代曾經是蘇北海防重地，築土城五座，設置大河衛，駐兵防守，清廷承明代制度在此也駐有漕標及河標各營，但是由於海岸線的東移，因此這些承平已久的守軍官兵固然知道鄭軍在東南縱橫，一時也無甚防備，自是被鄭軍一鼓而下。
雲梯關失守之後，河道總督及漕運總督所在的清江浦便直接暴露在鄭軍兵鋒之前，時任漕運總督董訥和河道總督王新命都是文臣，淮安知府更是沒有經歷過戰事，所以上下一時驚慌失措，只得緊閉城門死守淮安，同時向在安徽的壽春鎮、歸德鎮以及揚州、徐州等地求援。
由於清廷規定清江浦以北的運河只能由漕運船隻通過，因此大量旅客都必須在此進行「南船北馬」的交通方式的變更，所以清江浦當時繁華不亞於揚州、蘇州。但關閉城門的命令一出卻使得相當數量的商賈在此進退不得，不得已一眾商人只能以各種方式向決定封門的兩位總督大人求情及施加壓力。
鑒於這些商人中不少是阿哥、王爺的門下包衣，董訥、王新命不得不作出妥協，於是在鄭軍前鋒還沒有到達之際，無數的商人攜帶著金銀珠玉等積蓄或乘船南返或騎馬北行，紛紛逃離了清江浦，繁華的城市立刻變成了死城。不過這些急於逃遁的商人並不知道鄭軍其實沒有力量攻克淮安，而零散出逃的商人卻成了鄭軍斥候們的最好獵物
鑒於清江浦的自我封閉將導致漕運中斷，聞訊的各地清軍不敢怠慢，紛紛向淮安增援而來，鄭軍則虛晃一槍掉頭原路返回，並在返程路上一把火燒掉了雲梯關。
得到鄭軍撤退的消息後，王新命和董訥如釋重負，立刻向清廷大吹大擂自己的功績，卻忘了在第一時間通知各路來援的清軍，結果導致正在淮上執行追剿任務的清軍壽春鎮、歸德鎮回撤不及時，以至於一度已經山窮水盡的贛西義軍所部趁機向西殺入河南境內並與活躍在新蔡、息縣、商城等地的熊心部會師。
兩股贛西義軍合流後，勢力迅速膨脹，但由於擔心各路清軍的攻擊也將紛至沓來，為此熊心率部一路西進，殺入豫西山地，連奪正陽、確山、泌陽、唐縣等地，此時清軍南陽鎮已經先開贛西後赴皖北，而狹西清軍也不過只在河洛之間，因此義軍得以迅速站穩腳跟。
但義軍此時犯下一個大錯誤，熊心按捺不住自己的野心，隨在舞陽登基自立為大明皇帝，年號紹佑，並大肆分封百官，此舉固然使得意欲從龍的豫西豪強紛紛投靠，但也招來了清廷的極度敵視，清廷調集湖北勳陽鎮、狹西漢中鎮以及河南南陽鎮、歸德鎮併入河洛的狹西綠營齊齊向豫西南壓來，在經過了數場大戰之後，只有少數後來投靠的豫西部眾逃入伏牛山地外，熊心部在舞陽城下灰飛煙滅了。
就在熊心部失敗的同時，回竄在陽新等地的贛西義軍也於康熙三十年四月初被清軍九江鎮等部包圍。義軍首領鄭詩陽（書友鄭詩陽推薦）被迫向江西巡撫於成龍請降，於成龍當面應諾，隨即在義軍將領前往大營談判時襲殺了鄭詩陽等人，並隨後猛攻群龍無首的義軍，將自以為安全了的義軍殘部四千餘人悉數殺死
不過湘粵桂的義軍還在繼續抗爭，此外廣西瑤民在左右江地區發動抗稅暴*動，川西土司也有作亂的跡象，一切的一切表明，大清河清海晏、歌舞昇平的日子還遠沒有來到，加征「台餉」的影響還要在更久的時間後發揮出來
「卓知縣。」卓文遠因為獻城有功被任命為署理翁山（註：岱山）知縣，一開始卓文遠是不滿意這個正七品的職司的，真認為比不得自家功勞以及付出的代價，但當他得知如今整個明鄭只有七個正式的知縣後，他的態度立刻轉變了。「翁山的戶籍可曾編列整齊了？」
「回都督的話，」看著年紀比自己小上一輪都不止的新任大衢山都督，卓文遠臉上露出諂媚的笑容。「已經編列齊整了，整個翁山如今共有戶籍一千零五十七戶，其中匠戶四十七戶，余皆為授地百姓。」卓文遠詳詳細細的報告著。「按照一天兌三地、一地兌四玄、一玄兌五黃的尺度授出各類田土七萬八千二百四十畝，預計可以每年採購三萬石以上的糧食。」
「三萬石？」身為故忠勇侯陳豹之孫的陳牛屈指算了算，嘴裡嘀咕起來。「還是太少了。」
「是太少了，關鍵還是主上把太多的人口運回東寧了，不然。」卓文遠發現陳牛的臉上閃過一絲不悅，當即停口，是的，他不過是一個新近的小臣，又有什麼資格去對最高統治者的決定評頭論足呢，所以他立刻轉換思路，提出一個建議。「不過若是能把昌國縣的土地也發授出去，或許可以」
「移民授田倒也是一個辦法，但人從哪來？」陳牛冷冷的看著卓文遠。「吃了虧的清虜如今遠遠的把鎮海一縣的人口都撤到鄞縣、慈溪和府城，就憑都督府手上的兵力，又如何能從四五萬大軍口中奪食呢？」
「清虜在寧波備下大軍委實對翁山、昌國造成了威脅，可是寧波兵多了，其他地方就空虛了，」卓文遠眼珠一轉，如是回答道。「或可以從紹興著手，只要進了鰲子門、曹娥江，蕭山和山陰等地都是人口，只要不攻城」
雖說反覆奔襲是鄭軍用兵的特點，但巧婦難為無米之炊，歸於大衢山都督府名下的海龍驤師第四團如今被吳淑親自指揮著，因此陳牛這個都督其實是個空殼的後勤總管，所以他一聽到卓文遠的建議，便沒好聲沒好氣的反問道：「兵呢？」
「大人，浙兵可是曾被被稱為天下第一的。」卓文遠能提出這個建議，自然胸有成竹。「只要大人願意給名義，下官就能為大人招來兵馬。」
「名義？兵馬？」陳牛看著卓文遠。「卓大人的意思是？」
「下官在浙東還有些人脈，雖然不能明著接近，但只要派人潛去聯絡，或許能拉出一干人馬來。」
「本官可以向定西伯請求幾道空白的官札，但是都只有從七品以下，不知道這些豪強會不會動心？」
「這個大人就儘管放心好了」