北京的聖旨送到福州，康親王傑書立刻急招浙江水師提督梁鼐前來議事，由於三路進擊的大前提已經不可更改，因此三省水師提督只能就何時用兵進行了討論。期間萬正色和梁鼐力主利用北風，而身處最南線的傅魁則主張利用南風，不過傅魁勢單力薄，最終三省議定於康熙二十七年十月齊攻東寧。
福州軍事會議之後，清軍開始了大規模的調動，十餘萬粵浙清軍分水陸兩路入閩，一時間戰事近在咫尺的言論甚囂塵上，其不加掩飾也無法掩飾的行動很快就傳到了東寧。[搜索最新更新盡在.]
「快速艦隊已經全部換裝完畢，目前共有二十四艘三千料的快帆炮船，八艘小型通報船；主力艦隊目前也擁有四千料（240噸）鐵骨炮船四艘、五千料（300噸）鐵骨炮船三艘、六千料（360噸）及七千料（420噸）鐵骨戰船各一艘，小型通報船四艘；」林升如數家珍的報告著。「此外預計在今年六月前主力艦隊還將新增八千料（480）鐵骨戰船一艘，東寧各家船場還可以為主力艦隊再提供三千料快帆炮船九艘、千料級通報船三艘，對了，主力艦隊還有一艘修補後的八千料紅夷戰船。」
「也就是說除開通報船，本藩兩大艦隊攏總共有四十三艘各級別的夾板炮船，其中還有十艘以上的新船戰力尚存疑問。」鄭克臧目視著林升以降的水師眾人。「以此弱兵應對清虜三省水師，諸卿爾等可有信心一勝？」
「臣等有信心。」林升還沒有回話，麻英、鞏天以下兩大水師的年輕武官們卻有志一聲的俯首回應著。「臣等定不負主上所托將來犯之敵聚殲於閩海之上。」
鄭克臧不為所動的追問道：「有信心是好事，但有具體的章法嗎？」
「臣以為清軍分三路進擊，其號令必然不一，進軍速度也必然有快有慢，本藩大可利用軟帆夾板船的速度予以逐一迎擊。」麻英朗聲回應著，隨著主力艦隊的成軍，他交卸了剛剛擔任不久的快速艦隊提督一職重新掌握了鄭軍最強的水上力量。「清虜戰船雖然設有船首炮，但其戰法老舊依然以跳幫為主，所載火炮卻是止用作打散敵軍隊形，威力根本不能與本藩戰船側舷火炮相提並論，本藩以快船制慢船，以炮多勝炮少，其每擊必勝。」
「若言浙省水師與閩粵水師之間相隔數百里水程或有脫節可先後擊之，孤倒是認可，然銅山與南澳之敵毗鄰，雙方同時出擊，未必會有差池。」鄭克臧依舊挑刺著。「指望兩省清軍互不援助，豈是兵家論勝的道理。」
「主上，參軍院已經考慮過兩省清軍或相互增援或靡集成團的可能。」林升抓住機會開口道。「但只要艦隊不予清軍跳幫的機會，此戰的勝利必然屬於本藩所有。」
「孤認可快速艦隊所謂的群狼戰法，但萬一在南線耽擱時間過長，浙省水師直趨東寧怎麼辦？」鄭克臧其實對海戰的結果早就胸有成竹，這也是他為什麼不把鄭軍水師真實實力過早暴露的原因，為的就是一擊必殺，但是康熙為了解決部屬爭端的分兵之計卻讓他有些措手不及，甚至由此暴露出鄭軍水師兵力不足的根本問題。「卿等有什麼法子解決嗎？」
「參軍院擬了兩策。」林升報告道。「其一是暫緩鹿港隊移鎮。」鹿港隊的一半原本是計劃北上西歸浦的，但現在生死攸關了，西歸浦都督府以及蝦夷地都督府的建設只能暫且擱置一下。「其二，臣等予以到六月時本藩兩艦隊的通報船將有十五艘之多，監控銅山、南澳等地毋須如此數目，可抽調出九至十艘對其實施遲滯。」
鄭克臧瞇起了眼睛，好半天後卻話鋒一轉：「六月前新增十艘炮船，其戰力如何保證？」
「根據主上寧可人等船炮，不可船炮等人的旨意，臣等早就對快速、主力兩艦隊官兵實施輪訓，各部官兵無論有無分配船隻都已熟練操船施炮之技法，故此只要拿新船後熟悉十幾日便可以迎戰與海上。」
聽了鞏天的話，鄭克臧點點頭：「甚好，不過還需加緊戰前最後時日予以操訓、合練才好戰時不甚慌亂，爾等且不聞平時多流汗戰時少流血的道理。」
一眾臣子紛紛點頭，此時鄭克臧又追問道：「瓊海一戰清虜引入佛郎機人的大船，萬一重拾故智怎麼辦？參軍院和艦隊方面可有應對的萬全準備？」
「參軍院以為現今唯有佛郎機夷和荷蘭紅夷可以襄助清虜，但前次佛郎機夷吃了大虧，這次或不可能再為清廷火中取栗，至於紅夷，」林升頓了頓。「本藩六千料及七千料炮船入役之後已經具備與紅夷單船直接對抗的能力，再加上即將下水的八千料炮船，雖說不是穩操勝券，但也足以遏止紅夷的盲動。」
鄭克臧搖了搖頭，這是把希望寄托在荷蘭人不大局來犯的前提下，實在是有些心存僥倖了，不過明鄭的力量的確對抗荷蘭人還有些困難，林升他們也是無可奈何才如此判斷的。
「看起來還是要多造大船為上啊。」鄭克臧輕輕的一聲感歎刺得林升以下水師眾人面色潮紅，於是鄭克臧也就不再深入下去，只是提出一個自己的建議。「靜待清軍來襲是不是過於消極，本藩是不是也能先發制人呢」
在會安外海被鄭軍擄走的葡萄牙人的克拉克船因為損毀嚴重，所以拖入金蘭灣之後便在海灘上擱淺，此時東寧派駐金蘭灣船場修理工匠人數有限，再加上又要優先修理受損的飛星號和大排港號兩船，因此遲遲未能對其進行修復任由其在海灘上風吹雨淋的。好不容易年後等兩條炮船修理完畢了，金蘭灣船場方面才開始著手將克拉克拖回內澳修理，但其失陷在金蘭的消息也已經傳了出去。
明永歷四十二年、清康熙二十七年，公元1688年三月，葡萄牙方面向廣南阮主施壓，要求取回這條船並釋放船上的倖存人員。在葡萄牙人撐腰下才能跟北河鄭主實行對峙的廣南方面不敢怠慢，新近繼位的第六代廣南君主、弘國公阮福溱勒令賓童龍王交出上述船隻和人員。詔書由賓童龍人轉到蔡通手中，蔡通立刻予以斷然拒絕。
「貴藩可要想好了，惹怒朝廷的後果是什麼。」廣南使臣恫嚇著。「朝廷大軍一至，少不得玉石俱焚，到時候就休怪本官言之不預了。」
「本藩能從佛郎機人手中奪得此船，赫赫武功又豈是爾等小邦可比的。」蔡通回應道。「若是不怕死的儘管來好了，本藩在此不過八百守軍，看爾等能有多少兵馬填過來。」
內荏外厲的廣南使臣見嚇不倒蔡通便轉而威嚇賓童龍王收回租界地驅趕蔡通等人，此時賓童龍王雖然極力想擺脫廣南的統治但羽翼未豐，不敢立刻跟廣南翻臉只好派人向蔡通疏通。蔡通鑒於己方艦隊已經悉數撤回東寧，成為孤軍的金蘭方面爭鬥下去也無必勝的把握，於是提出以五千廣南適齡女子疏還克拉克船的建議。
提議傳到順化，葡萄牙商館自然千肯萬肯，但日後被追諡為義主、英宗的阮福溱卻覺得失了宗主的顏面予以斷然否決。阮福溱隨後派出三千人以大將阮顏統兵直撲金蘭，意在教訓明鄭方面的桀驁不馴，奪回克拉克船。
消息傳出，蔡通下令調陳上川、楊彥迪、鄚玖三部入衛，但只有陳上川派遣一個百人隊進入金蘭，而楊彥迪、鄚玖兩人都托詞地方不靖並未派兵。至於賓童龍王更是派兵封鎖了金蘭與賓童龍之間的通道，斷絕向鄭軍輸送糧秣。至此，蔡通陷入了孤軍奮戰的境地。
四月初三，廣南軍開入金蘭地區，配備有戰象、火炮、火繩槍的阮顏自詡面對不足己方三分之一的鄭軍必然勝利，故此縱容部下對金蘭百姓實施劫掠。然而蔡通早就實施堅壁清野的戰術將所有屯戶運至港外坎賓（cam
ink）島上暫居，劫掠不能的阮軍只能放火焚燒民宅和金蘭堡外船場、鹽場建築洩憤。
四月初五，阮顏指揮休整過的阮軍攻打金蘭堡，結果連攻三次，死傷慘重，不得不偃旗息鼓收軍回營，蔡通遂趁機將五百軍隊調往城外隱蔽待命。
第二天阮軍再攻金蘭堡，又是撞得頭破血流，阮顏見軍心動盪戰意消減，便只好重又收兵。正當阮軍收兵回營之際，鄭軍伏兵殺出，一舉將阮軍擊潰。阮軍潰不成軍，一路輾轉向廣南方向逃遁而回，鄭軍得勢不饒人，一路掩殺，阮軍屍橫遍野，慘不可言，就連大將阮顏也在鄭軍的追擊中墮入泥塘身隕。
蔡通的勝利驚動了賓童龍及楊彥迪、鄚玖兩部，上述三地除了爭相向蔡通輸誠以外，賓童龍王婆爭（posot）還順勢宣佈不再承認廣南的宗主權。
五月初一，陳上川、楊彥迪、鄚玖三人來到金蘭堡向明鄭政權的代表蔡通遞交版籍文書，正式宣佈效忠明鄭政權，並接受蔡通代鄭克臧授予的總兵一職，至此原本是鬆散的漢人聯盟開始逐漸歸隸於一個旗幟之下。
失敗的阮福溱自然不肯善罷甘休，但葡萄牙人卻勸他在清廷三省主力東征的結果出來後再行報復，阮福溱明智的予以採納，於是這場小小的衝突便在突兀的開始之後又突兀的戛然而止了