通過重金賄賂使得清廷使者免去朝鮮國王郊迎儀式後，為了不在禮儀問題再節外生枝，清朝雙方很快就開始了對三道溝事件人犯的審訊。在勘罪進程中，為了避免引火燒身，朝王李焞極力主張要「寬大」處理犯罪官民，主動提議將施放鳥槍打傷清軍的六名主犯處斬、妻子為奴、其餘越境者十九名因同參越境亦處死、涉嫌玩忽職守和縱容越境的朝鮮官員處以革職流二千里及降等二級或五級的懲罰。
勘罪進程完結後，清使申請國王擬定一份謝罪書。此時，朝鮮三公到清使駐地楹外自請受罰，聲稱讓國王以文字書寫好像供答於「事體」不安。面對朝鮮方面的態度堅決，拿人手短的清使最後不得以之下只好讓國王口頭向清廷謝罪。[.]
李焞為此謝罪道：「邊民犯法潛越放鳥槍損傷官人非敢有一毫漫忽之心，而事至於此，莫非禁令不嚴之致，今奉皇敕惶悚罔措」
看起來三道溝事件到此有了一個不錯的結尾，然而朝鮮重臣還來不及感到萬幸，事情就起來變化。朝鮮派出以右議政鄭載嵩為首的三使臣組成陳奏使抵達北京時，從正準備返回朝鮮的冬至（朝賀）使那裡打聽到國王被罰銀二萬兩的音訊，三使臣憤憤然，當即決議呈文禮部為國王辯解。他們旁徵博引，羅列歷代朝鮮人得罪清朝時處罰止於自己而未及國王的事例，指出罰銀國王「有乖於大朝前後體貼之盛典」。
接到朝鮮三使臣的呈文後，清朝廷內有人主張立即捉拿三使臣，也有人主張將其押解回朝鮮處置。但由於東南方面明鄭的威脅日趨嚴重，再加上清廷已經隱約聽到朝鮮與東寧之間有所聯絡，因此康熙的態度顯得較為寬容。
當清廷禮部提議下發敕書斥責時，康熙指出「此非小事，不必特降諭旨，但照所撰敕語，令該部繕本具奏，俟啟奏時，止票依議耳。」康熙考慮到事發之初已經下敕書令察議朝鮮國王，假如再發敕書問罪三使臣，不免使「朝人心思離散、徒徒增益海逆，與國朝有損」。
於是，康熙命令禮部在奏聞時寫上問罪三使臣的內容，他自己只表「依議」，這樣即可以向朝鮮施壓又顯示了自己的寬大不至事態發展到清、朝之間出現嚴重對立的一幕。
永歷四十年、康熙二十五年閏四月，清廷禮部再度向朝鮮方面發出敕書。
敕書中首先羅列了最近朝鮮的種種「罪行」，如清使到漢城時國王沒有恪守郊迎之禮；朝鮮使臣在北京違禁置辦野史、並提出辨誣申請；以日本海盜入侵為借口申請軍援，結果軍援到了之後卻沒有任何音訊；三藩之亂時用浮詞探真假等等。
其次敕書中又羅列清朝歷代對朝鮮國王罰銀的處置以及禮部提議後被皇帝免議的事例，呵斥「以從前之姑寬者為例，反謂無可罰之情，何其謬歟？」並呵斥「卑職不告其君，而輕弄筆端橫開禍始，皆由其國主弱臣強」。
敕書的最後部分由清廷禮部提議將鄭載嵩等朝鮮三使臣抓捕並押解朝鮮重處。
對此，康熙諭令：「免其嚴拿，其他依議」。
「這，這簡直是奇恥大辱。」朝王李焞看著手中的清廷禮部咨文勃然大怒道。「主弱臣強？朕是無道昏君坐視權柄淪落奸宦之手，還是爾等是謀朝篡位的逆黨？簡直是大污蔑，是丙子虜亂（註：丁卯胡亂和丙子虜亂均指滿人入侵朝鮮）以來從未有過的污辱。」
李焞坐下的朝鮮群臣的臉上也是一片鐵青，是的，不會有人願意被人指摘為亂國權奸的，因此清禮部的指責實際上讓四分五裂的朝鮮政壇出現了同仇敵愾的氣氛。
「臣以為應該立刻與東寧恢復貿易，以朝鮮的馬匹、條銅、生鐵、棉花、奴婢換取東寧的火炮、火藥、硫磺、鎧甲以備不時之需。」司諫院正言韓泰東擺出一副強硬的態度來。「本朝使臣也可以南下東寧參拜大明監國，求取（兩國聯手）的詔書。」
「過於激烈了吧。」李瑞雨皺著眉頭。「整備軍務動靜不小，萬一被清廷探知，那來的就不是一道敕書了。」丙子虜亂已經過去快半個多世紀了，但一來清軍的強大讓朝方記憶猶新，這二來嘛，朝鮮的軍隊實在是爛泥扶不上牆，故此由不得李瑞雨不擔心以強硬對強硬會適得其反。「各位大人還要慎重其事啊。」
「採買大炮、火藥什麼或可以慢慢去做，但拜謁大明監國一事倒也未必不可行。」領議政宋時烈摸了摸鬍子。「不過老夫卻以為如今的東寧不循義理，不重文章，已經失去中國的道德，幾淪為商賈之流，要與其打交道，怕是要費些周章的。」
「大陸淪陷，大批正人君子到被清廷屠戮，鄭氏又是海盜出身根底淺薄，因此東寧淪為商賈倒也正常。」大司憲金萬重雙眼微瞇。「不過商賈也有商賈的好處，明碼實價嘛。」說到這，他向朝王李焞建議道。「臣請以公主、宗女和親東寧，約為兄弟。」
李焞還沒回答，邊上的一名右議政就吼了起來：「金大人，此事過於荒謬了，區區東寧能擋得住清軍大舉進攻嗎？一旦東寧力屈為清廷剿滅，我王嫁女之事暴露，那就不是一紙詔書的事了，你這是為陛下惹禍。」
「此事荒謬嗎？」金萬重反問道。「難道清廷的禮部咨文不更荒謬嗎？至於為朝鮮、為陛下惹禍一說。」金萬重歎了口氣。「這個罪名本官可承受不起。」金萬重猛的張開眼睛，一道精芒射出。「大人難道不知道如今東寧已經反攻了瓊州，清廷正焦頭爛額呢。」
「不過一時逞頑而已。」右議政爭辯道。「蜉蝣撼樹、螳臂當車，是長久不了的。」
「本官自然知道鄭家長久不了，可是鄭家在東寧一日，清廷便如梗在咽一日，更無暇對朝鮮用兵一日。」金萬重斬金截鐵的說到。「臣以為這才是清廷不加以進一步威逼的初衷。」
「但這也未必要以公主相嫁，而且這樣做的動靜更大。」晉陞為左議政的南九萬急切的和著稀泥。「而且東寧方面也未必願意了，還是先派人探一下對方的口風為好。」這麼一說，金萬重也無話可說了，畢竟剛剛的建議是他剃頭挑子一頭熱。「東寧鄭家要聯絡，但緩不應急，如今重要的是先把清廷敷衍過去。」南九萬這話說到了重點，一時間殿內人紛紛點頭。「臣以為應該先向清廷派出謝恩使，以示恭謹。」
這話真有意思，清廷對朝鮮算得上極度污辱了，可是朝鮮還得為清廷沒有當場捕拿朝鮮三使臣而再度派人到北京謝恩，由此可知國家弱小的結果只有唾面自乾，但若是國力強大還要事事退讓，這就屬於自虐了，當然還有一種可能就是外聖內王。
李焞歎了口氣，點點頭：「就由南卿出使北京吧。清人要是還不願就此善罷甘休，卿可以向清廷提議將三使臣革職、定配，真是委屈他們幾個了。」
「臣領命！」借助膽怯的李焞和清人之手掃除政敵的南九萬臉上故意露出意思兔死狐悲的表情，但很快臉上一肅，進一步闡述道。「只是單單派出謝恩使怕還不夠，只怕廢四郡的形勢不做改變，日後兩國也會再起糾紛」
中朝兩國以鴨綠江、圖們江為界的局面是在明朝初年形成的。它是朝鮮半島的高麗王朝和朝鮮王朝不斷向北拓展領土的結果。元末明初舊元勢力退出朝鮮半島形成勢力真空，高麗王朝趁機向北拓展領土，在鴨綠江下游南岸一帶，沿昌城、碧洞、江界一線，設置了一系列邑鎮。向北收復雙城總管府一直推進到吉州，並在吉州以北、圖們江以南地區與女真人展開攻防戰。公元1392年李成桂發動易姓革命，建立新興的朝鮮王朝，繼續向鴨綠江上游及圖們江下游一帶推進。特別是朝鮮第四代國王世宗（1419-1450年）積極推行北進政策，沿圖們江下游南岸一帶設置六鎮，鴨綠江上游南岸一帶設置四郡，從而以鴨綠江、圖們江天險做為其北拓領土的前哨基地。但是，上述地區本屬於女真領地，由於女真人不斷反抗和偷襲，世宗去世後不久，朝鮮不得不放棄鴨綠江上游的四郡，女真人重回舊地，形成朝鮮歷史上所謂「廢四郡」地區。16世紀末17世紀初，努爾哈赤在統一女真各部、建立後金的過程中，徵調鴨綠江上游、長白山南麓及圖們江中下游女真壯丁，統統卷歸興京編入八旗。從此，女真人再也沒有回到上述地區，這對朝鮮鞏固鴨綠江、圖們江邊界是十分有利的。但此後朝鮮卻利用江北廣闊的無人區，屢屢越境盜採人參、盜伐林木、盜獵皮毛，清、朝兩國為此屢生齷蹉，三道溝事件正是其中影響較大的一起。
南九萬的聲音繼續在殿內迴盪著：「臣請立刻頒布《南北參商沿邊犯越禁斷事目》，也好對清廷做個交代?」
所謂《南北參商沿邊犯越禁斷事目》是朝鮮在三道溝事發之後便擬定的一項避免邊民越境的條例，內中包括制止南北參商貿易、制止東南邊採參、制止沿邊地區犯越等多方面的內容。這個《事目》因為涉及到各方面的利益所以遲遲未能頒布，如今清廷逼迫日緊，不拋出些乾貨來怕是過不了關的。
李焞臉上的肥肉顫抖著，顯然他很是不甘心，但形勢比人強，他只好忍痛答應道：「准奏！」
但南九萬的笑容未斂，李焞進而命令道：「宋卿，你且與大司憲議一議，該如何結好東寧」