澎湖海戰之後，施琅並沒有立刻揮師東寧，這主要是基於三個方面的考慮。第一，清軍其實也在澎湖海戰中也損失非小，施琅需要等待銅山開來的援兵和戰船，而且施琅對投降及俘獲的萬餘鄭軍尚不放心，打散了重編也需要時間；第二，正如施琅在《飛報大捷疏》中宣傳的那樣，「台灣港道紆回，南風狂湧，深淺莫辨」，他需要時間來尋找帶路黨；第三，也是最關鍵的一點，施琅希望利用澎湖一戰的結果來分化、威懾、策反、誘降明鄭各級官員，從而達到不戰而屈人之兵的效果。
為此，施琅派人對投降及被俘的傷兵進行醫治並「賞以袍帽、給以餱糧」，還利用其求生思歸的心理，對其宣示曰：「父母妻子必謂汝等已死，日夜悲汝。余縱汝歸，復見父母妻子，寧不甚樂」
趁著傷兵們因為可能死裡逃生的感激，施琅進一步施展誘降之策：「汝今歸，為我告台灣人速來降，尚可得不死，少緩，即為澎湖之續矣」
正是由於施琅的攻心計，所以出現了「皆感泣拜舞，歸相傳說，東人由是大悅，各思歸順」的一幕。再加上此時姚啟聖也利用澎湖海戰後明鄭水師喪失台海控制權的機會大肆的派遣奸細潛入台灣，一時間東寧風聲鶴唳草木皆兵的局面。
鄭克臧雖然第一時間下達了扣留遣返傷員的命令，但東寧海岸線漫長，沿海港口甚多，地方汛兵、警察與傷兵的親友關係等諸多原因，並未能有效的遏止奸細及傷兵帶回來的各種不利信息的快速散播。
對於可能動搖鄭軍最後戰鬥意志的種種傳言，鄭克臧便率百官公祭殉國將士作為回應。公祭大會上，鄭克臧對於所以殉國將士追授爵謚。其中江勝、陳啟明等十一人獲得伯爵的追授及忠勇、忠毅的謚號，其子弟當場獲准襲爵，而餘下四百餘名中下級軍官追授指揮使至百戶的顯爵，其子弟也准予蔭授加賜一等顯爵，至於剩下的一萬多戰死士卒家庭，鄭克臧也許諾以免去十年田賦及子弟免費就讀蒙學等豐厚的追贈。
除了大肆表彰殉國者以外，鄭克臧還根據遣返傷兵的報告，對果毅中鎮楊德、遊兵鎮陳明、果毅後鎮吳祿、中提督前鎮黃球、左翼將廖冬、神威營楊章、中提督中協副總兵張顯、驍翊營副將洪良佐、統領右先鋒領兵副總兵李錫、右先鋒營副總兵黃顯以下一百六十五員降清的武官予以剝奪官爵封號、沒收田土、家人看管的處罰。
然而鄭克臧表忠懲逆的舉動並沒有讓蠢蠢欲動的人心安穩下來，短短十天之內，就有四十多位明鄭各級官員從黑市購買外逃船票，在不知情的情況下向鄭克臧奉獻了大筆財物之後，攜眷屬倉惶逃亡廣南、琉球、日本。
「請什麼罪，余向來不主張搞什麼株連九族。」鄭克臧向跪在自己面前的一眾童子軍青年武官們擺了擺手示意他們站起來。「逃了的總比降了的好，而投降的也未必是真的甘心做韃子的順民，但不管怎麼說，這些都跟你們沒有關係。余的曾祖、數祖、叔父不也一個個跑到海峽對面去了嗎？有治過余父祖的罪嗎？」童子軍乃是鄭克臧最後的依仗，他當然不可能讓他們亂起來，因此他只能選擇安撫。「人各有志，余不強求所有人都能拋頭顱灑熱血，但你們能選擇留下來跟余同生共死，余很欣慰。」鄭克臧的話讓處事不深的青年武官們熱淚盈眶。「不過，余欣慰並不說明什麼，就像當年先祖潮忠武王一樣，你們自己也努力要做出一番事業來，好讓你們的家人看一看，誰的抉擇是正確的。」鄭克臧在幾名武官的胸膛上捶了捶，又在其他幾個的肩上拍了拍。「都不要胡思亂想了，歸隊去吧吧，余還等著打贏了這一仗後親自為你們授勳」
童子軍武官們低著頭來挺著胸出去了，但鄭克臧卻捏緊了手中的拳頭，原因無他，他剛剛接到報告何佑投敵了——何佑封鎖了淡水河扣押了兩艘運輸鐵礦石的琉球營商船，還打死打傷多名童子軍，一切的一切表明鄭軍內部也趨於瓦解了。
「把何乾叫來。」鄭克臧思考了半天，最後作出了決定。「再把王進功、張學堯也叫來。」
很快三個人出現在了鄭克臧的面前，鄭克臧掃了掃他們三個：「你原本是一介協將，在軍中根本沒有出頭的機會，是進了童子營之後，余一手把你簡拔到現在的位置上的，你自己說，余能不能信得過你！」
何乾和王進忠等一起出現原本就有納悶，如今聽到鄭克臧這麼一說，臉上更是浮現除了疑雲，不過狐疑歸狐疑，他還是俯首應道：「臣值得信賴！」
「好一個值得信賴？」鄭克臧冷笑著。「何佑是你的族兄吧。」何乾心頭一緊，就聽鄭克臧說著。「何佑是本藩宿將，當年追隨父王屢有戰功，因而簡拔到右虎衛將軍的地位上，也算得上是本藩一員虎將了，余委他重任，然而他又是怎麼報答本藩的，投敵！有這個成例在先，余為什麼要相信你！」
何乾大恐，忙回應道：「世孫，何家從國姓爺開始三代效力於軍前，累受先王和世孫的重用，臣那兄長他又怎麼可能投敵呢？世孫，是不是搞錯了。」
「真的假不了，假的真不了。」鄭克臧冷冷的看著他。「何佑投不投敵暫且不說，余問的是，余為什麼要相信你！」
「臣，臣！」何乾汗流浹背，他知道一個回應不好，邊上的侍衛就會拔刀相向，憋了好一陣子，他咬了咬牙關一下子跪伏在鄭克臧的面前。「臣自信忠心耿耿，然剖肝瀝膽以示忠貞，但童子軍一手由世孫肇建，臣不過是一個上令下達之人，無臣，世孫指揮童子軍第二鎮也能如臂使指，由是，臣請世孫解除了臣的職司。」
「說得不錯。」鄭克臧點點頭。「童子軍少了你也照樣聽余的指揮，而你只有在童子軍的體系中才有價值，所以你不可能反，也不敢反。」這話說到了根子上，不反鄭克臧，何佑是堂堂的鎮統制，要是反了鄭克臧，他連一個兵都調不動，自然在施琅面前也就無足輕重了。「你心裡知道就可以了，起來吧。」
何佑自覺的自己脫虛了一般，暈暈乎乎的站直了身子，此時鄭克臧步到王進功、張學堯的面前：「你們兩個，余憑什麼要相信你們呢？」
對於這個話題王進忠早有考慮，因此鄭克臧一說，他馬上躬身回稟道：「臣，臣不想跟尚之信和耿精忠一樣落個身首異處、家人充軍寧古塔的下場，所以世孫大可相信臣的忠心。」
「臣也是一樣。」張學堯跟著稟報著。「臣更不想被人以逆臣的稱呼記載在史冊上。」
「很好，看來你們腦子都很清醒，知道東寧一旦易主後自己的下場，如此余也就放心了。」說到這，鄭克臧突然臉色一肅。「何乾、王進功、張學堯聽命。」三人齊齊應聲。「王進功，余委你為左虎衛鎮總兵、張學堯為左武衛鎮總兵，何乾你率童子軍護衛二位大人上任，若左虎衛領兵副總兵江高、副將劉毅升、左虎衛領兵副總兵黃豹、副將江篇、謝寬以下兩鎮將官或有異議的，毋須回報一律擒拿，若有敢抵抗，則格殺勿論！」
明顯鄭克臧是對明鄭的統兵官們已經徹底失望了，聽得出他話裡的殺機的三人不敢怠慢領命之後急匆匆的跑了出去，鄭克臧這才喘了一口氣，只要這兩鎮被搞定，剩下的六鎮不過三千人，已經對台南的防禦沒有太大的影響了，而且殺雞儆猴之後，要是他們還有異動，鄭克臧也只能用愚蠢來形容了。
當然，除了在台南承天府一線的各部以外，倒風內海及中北線鹿港一帶的守軍同樣不容有錯：「來人，四百里加急，今夜之前一定把這封信送到定西伯手上，另外再告訴他，若查知有誰私通北虜，准他先斬後奏。」
吳淑也是從清軍方面投向明鄭的，鄭克臧希望他能跟王進忠、張學堯一樣知道進退，當然他更希望吳淑手上能沾上明鄭將門的血，這樣的話，將來，如果有將來的話，他也只能全心全意為鄭克臧效勞賣命了。
「洪拱柱。」鄭克臧在屋子裡急走兩步，此人是陳纖巧的嫡親母舅，要去信的話也只能讓陳纖巧執筆了。「來人，請夫人過來一趟」
鄭克臧忙著應對軍心不穩，施琅則是一手接著一手使著分化的伎倆。七月三日，施琅派遣署後營游擊曾蜚以招降的名義繼書進入東寧，這一下又引起了東寧百官的爭議