元庭此次南征自祥興三年（1280）七月開始，到祥興四年四月結束，前後近一年。元庭東西兩路先後出動共百萬大軍，結果除了安南陳國峻的五萬多人，只有不到五萬的軍隊撤回，加上後來分散逃回的散兵游勇，也不過十數萬人。
元軍潰敗後，宋軍反守為攻全面出擊，不少偽軍投降反正，各地義軍也紛紛揭竿而起，使軍力有限的宋軍得以收復了不少失地。最終宋庭不但保住了廣南東西兩路和福建路南部，而且藉機拿下了福建路全境，兩浙東路大部和兩浙西路南部，江南西路中部和南部，荊湖南路中部和南部，夔州路南部，和雲南路全境。
經過這一戰，宋庭將自己的控制線向西北東三個方向推進。西面已到騰沖、蘭那（今泰國北部）、猛老（今老撾北部）；北面推進到矩州（今貴陽）、牂州（今貴州甕安）、沅州（今湖南芷江）、邵州（今湖南邵陽）、衡州（今湖南衡陽）、吉州（今江西吉安）；東北方向則推進到明州慶元府（今寧波）、紹興府、衢州。
宋軍在反擊中最大的挫折來自於東路，真金在泉州城下大敗後，帶著殘兵敗將一路逃串，鄭虎臣帶著以禁軍五師為主的宋軍隨後追擊，先後拿下溫州、衢州、台州、紹興，海軍也奪取了明州（寧波），連續的勝利使宋軍放鬆了警惕，元軍逃過錢塘江後進入臨安城（杭州），宋軍五師二旅緊追不捨。元軍設計假裝有偽軍反正打開城門，眼看要收復南宋都城宋軍都興奮異常，二旅長譚天麟未作細察就領兵殺入城內，被元軍困於城內，待城外鄭虎臣率兵趕到後只好拚力攻城。不想元軍絞殺了城內宋軍後開城出擊，五師師參上校金應戰死，宋軍大敗退回錢塘江南岸，若不是海軍從海上順江而上接應，元軍恐怕連紹興府都要奪回去了。
到祥興四年五月，宋元雙方的戰線穩定了下來。元軍組織南征幾乎徵調了所有可用人馬，為了支撐南徵用度，元庭橫徵暴斂，百姓被刮地三尺，韃占區財力經濟已近崩潰；宋庭這邊也好不了多少，財力經濟和韃占區一樣已經用盡，宋軍更是損失慘重，雙方皆已無力再戰，只有在個別區域有些小衝突。
戰事結束後，宋庭即開始整頓軍力，原禁軍五師被取消建制，恢復了四個師的禁軍建制，每個師約三萬人，同時提升了大多數將領的軍銜。
張世傑和劉蘇義分別被升銜為上將和中將，兵部成立了參謀司，由原一師師參潘舍人和反正元將陳道銘分任准將司長和上校副司長。另外原五師師參潘龍調任兵部政宣司准將司長。
為了減少傷亡，各師皆附設師醫院，各團則附設團醫所，除了邊干邊學的醫生外，女兵團建制被撤銷，原女兵團的大部分女兵均被分到各醫院醫所擔任護士。還有些女兵被安排到兵部政宣司，陳花菊則安排到兵部後勤司在她遠房姑媽准將許夫人手下任上校軍官。雖然軍銜長了兩級，陳花菊可是一點都不念我好，為了撤銷女兵團一事，她鬧了好一陣情緒，費了我許多口舌。
原一師一旅被單獨拉出成立了近衛旅，由宗渡河任大校旅長。
第一師師長少將張達，副師長准將校許漢升（原五師副師長，原副師長大校林桂芳犧牲於廣州城），師監准將陳子敬，師參大校趙良鈐（原二旅長，原師參潘舍人調兵部）
一旅長大校吳滿（原五師一旅長，原一旅長宗渡河調出任近衛旅旅長），二旅長大校趙良鈐（兼），三旅長大校羅半天。
第二師師長少將陳吊眼，副師長准將陸陪松，師監准將何時，師參大校林琦；
一旅長大校鄧榮，二旅長大校張飛，三旅長大校歐鍾（原四師三旅長，原三旅長陳三官犧牲在興化）。
第三師師長准將馬南寶（原師長原增濤犧牲在雷州），副師長准將魯河封，師監准將胡文可，師參大校韓思德（反正元將，原師參馬南寶調任師長）。
一旅長大校符同信，二旅長上校吳重（反正元將，原旅長黃大成犧牲在扈州），三旅長上校洪戰青（原副旅長，原旅長許漢文犧牲在陸家山）。
第四師師長准將鄭虎臣（原師長杜滸犧牲在福州），副師長准將歐南喜，師監准將何平，師參上校卓鬆口。
一旅長大校杜可用，二旅長大校羅火金，三旅長大校趙良聰（原五師三旅長，原三旅長歐鍾調一師）。
（原五師師參上校金應和二旅長上校譚天麟犧牲於臨安。）
騎兵旅由王恨任准將旅長，洪賢任大校旅監。
廣東路（101旅）、廣西路（102旅）、福建路（103旅）、浙江路（104旅）、江南西路（105旅）、荊湖南路（106旅）、夔州路（107旅）、雲南路（108旅）各組建廂軍一個旅，分別由林桂華、白山、陳大婦、章炎、羅明復、文才喻、胡見復、楊培東等任大校或中校旅長。廂軍旅主要承擔本路防守之責，建制與禁軍略為不同，每個旅不是三個團而是五個團，有一萬二千多人。
海軍也進行了整編，南海艦隊和東海艦隊的四個分艦隊均整編為三個分艦隊，加上巡獵艦隊每個艦隊配一個團的陸戰隊，共有近三萬人。
南海艦隊都統少將黎德，副都統准將陳植，監軍准將吳思齊，參謀長大校蔡梅生，吳林、張龍、郭德磬分任一到三分艦隊大校都統，原二分艦隊上校都統黎慶犧牲在珠江中。
東海艦隊都統少將方川德，副都統准將張之雄，監軍准將方鳳，參謀長大校吳順，韓無雙、郭烽、李進財分任一到三分艦隊大校都統。原四分艦隊都統張虎被抽調出另有安排。
巡獵艦隊都統准將沈洋，副都統大校田守德，監軍大校黃北望兼參謀長，原參謀長中校林中所在戰船在海上遇到風暴，船翻人亡。
宋庭另外組建了兩種新軍，編製同禁軍，由兵部直轄。
一是邊軍，主要用於邊境地區的守戍，目下有二個團，221團鎮戍瓊州；222團鎮戍台灣。
二是特軍，主要用於執行特殊任務，目下組建了九支隊伍。301團是侍衛團，負責保衛皇宮和皇帝；302團為兵部直屬團；303團為朝廷各衙警衛團；304團和305團分別在廣州和泉州警衛軍械司和工部工藝坊的各處研究生產機構以及船廠；306團是新兵教導團，專門負責招收和培訓新兵；311，312，313三個營是武工營，專事在韃占區的破壞和發動百姓。
按照這個整編框架，禁軍共有十四萬左右，廂軍共有十萬左右，海軍三萬，邊軍數千，特軍近二萬，合計宋庭軍隊共有近三十萬。不過大戰剛剛結束，宋軍建制並未滿額，大多數部隊中每個班只有6－9人，而不是標準配置的12人。所以實際總共也就二十萬左右。
另外各地都建立了民兵組織，幫助維護支援正規軍作戰，監防元軍突襲滲透，維護地方秩序。城市裡還建立起了警察系統。
為了保證軍隊對大宋的忠誠，新招軍兵主要來自於義軍和百姓，並未大規模編入被俘的偽軍，就算是反正的偽軍士兵也經過了嚴格的洗腦，反正軍官則送入黃埔軍校做以思想教育為主的短期培訓。
此番元軍南征敗北後，給宋庭留下了二十多萬俘虜，刨去傷殘者，還有二十五萬多。其中蒙古兵有數千，回兵有一萬左右，高麗兵有三萬多，安南軍有數千，女真契丹黨項等非漢軍兵有一萬多，雲南土兵有二萬來人，其餘的十七八萬人都是偽軍。
宋庭對雲南土兵和偽軍士兵進行了二個月的洗腦教育，處決了少數跟著韃子作惡多端的軍官。傷殘雲南軍兵被送回雲南本籍，偽軍傷殘軍兵則被送到台灣自食其力。
十幾萬偽軍中宋軍只招收了近二萬身強力壯少有劣跡的二十歲以下的年輕士兵，他們在加入宋軍前除了被洗腦外，還得將除了雲南土兵和漢人軍兵以外的異族傷殘軍兵和異族為惡官兵殺光。
剩下的俘虜被打亂建立了二十二個勞改萬人隊，從事修路開礦等艱苦勞作。不過其中的雲南土兵和漢人軍兵被告知只要勞作滿四年就可獲得自由身。加上以前留下的俘虜，一共是二十五個勞改萬人隊，其中二個勞改萬人隊安排在瓊州，三個在台灣，剩下二十個在大陸。
宋軍的各級軍官經過大戰後損失極大，特別是中下級軍官，儘管不少軍官身兼雙職，但缺數還是很大。戰事一結束，黃埔軍校基礎班立即復學，一期原六百多學員，二期原有一千名學員，經過這場血戰分別只剩下二百多人和三百多人，第三期也正在緊鑼密鼓地招收學員，這一期的名額達二千人，但還是滿足不了蜂擁而來的報名者。
除了軍事整編外，官政運作和經濟恢復也同時展開，但一個嚴重的問題擺在了宋庭面前：
沒錢了！
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