中國歷代封建皇朝亡國的遺址大多寂寂無聞，只有南宋亡國的遺址新會崖山獨放異彩。這是因為南宋君臣和將士用鮮血和生命在崖山鐫刻著中華民族的正氣歌，在崖海凝聚了愛國主義的民族魂.
宋朝自高宗趙構南遷臨安（今杭州），國力漸弱，金、元先後入侵。朝廷不思抵抗，只想通過議和求得苟安。至恭宗趙顯登位（1274年）一年多，元兵即侵入臨安。1276年5月，張世傑等擁趙是（端宗）即位於福州，冊封楊淑妃為皇太后。後來元兵追到福州，帝是逃到潮洲。不久，元兵又追到潮洲，帝再次南逃，1277年12月逃到井澳，1278年3月逃到硇洲（今湛江南之硇洲島）。4月，帝是病死（年11歲），群臣又立趙昺即位於硇洲。昺才8歲，以陸秀夫為左丞相，文天祥為右丞相，張世傑為太傅，遷行都於新會崖山。1279年正月，元軍張弘范、李恆率兵追至崖山，元軍南北合攻，宋軍兵敗。陸秀夫背幼帝趙昺投海於奇石下，楊太后聞知帝昺己死，亦撲向大海，壯烈殉國。群臣及後宮也紛紛投海殉國，海面浮屍十數萬。
崖海大戰，南宋官軍士兵浴血奮戰，殘骸盈野，浮屍塞流。死難者中有跟隨二王從臨安出走的官兵，有張世傑帶來的江淮水師，有南下沿途結集的勤王志士，有福建、潮汕等地的畬族隊伍，有當時新會各地的義勇鄉兵，有崖海一帶的「烏蜒船」民，有後宮伺宦與軍官眷屬。他們千里奔隨，出生入死，慷慨赴難，亮節高風，英烈煌煌。他們是華夏民族不屈的象徵，值得華夏後人永遠的紀念.
明朝推翻元朝後，新會人民對南宋末年的楊太后、少帝趙昺、以及文天祥、陸秀夫、張世傑等宋軍將士，面對強大的異族入侵，在崖山誓死抗戰、寧死不屈的民族精神極為崇敬。為樹立民族正氣風範，僉事陶魯於明成化五年（1469年，即南宋亡後190年）上奏朝廷，獲准在崖山宋末行都遺址建大忠祠，以紀念臨危受命，堅貞不屈的相國文天祥、丞相陸秀夫和太傅張世傑。明治四年（1491年）十月，戶部侍郎、前廣東右布政劉大夏出巡到新會。陳白沙陪他乘船遊覽崖門，憑弔慈元殿遺址。他們商議在大忠祠上方，即楊太后住過的故址建一座慈元廟（俗稱國母殿），以紀念壯烈殉國的楊太后。三江鄉鄉民趙思仁以自己是宋宗室後裔，請求由他出錢辦理興建慈元廟。劉大夏允許，陳白沙當即表示願為慈元廟作碑記。慈元廟建成後，陳白沙晚年扶病用自創的茅龍筆，按史實與民望，親自撰寫了600多字的《慈元廟碑記》。此碑字體蒼勁雄渾，枯潤有致，蔚然成家，具有高度的歷史文物價值和藝術生命力，被史學界、書法界譽為「嶺南第一碑」。此碑現存慈元廟裡。此後，至明嘉靖22年，邑人又倡議在慈元廟右側建忠義壇（義土祠），以紀念抗元死難的宋軍將士。至1922年，廣東「趙士五房」各出白銀3千兩，對崖山古跡進行一次大規模整修。1943年，日寇魔爪伸到新會，古井淪陷，崖山的太忠祠、慈元廟、忠義壇全被日軍摧毀，成為廢墟.
1958年，國務院總理周恩來、國家副主席董必武、科學院院長郭沫若等先後視察新會，對崖山的歷史文物極為關注。董必武視察崖山後,留下二首詩,發人深省：
漁村奇石己無碑，國母官沖舊有祠。往事海天何處問，隨潮上下只鷗知。
罵名留得張弘范，義士爭傳陸秀夫。大是大非須要管，華人愛漢恥崇胡.
董必武等對崖山古跡的湮滅感慨不己，啟發了當時的新會領導人重視保護歷史文物。1959年，新會縣人民政府撥出專款，在慈元廟遺址重建正殿及兩廊，以供遊人瞻仰，又檢拾廢墟中的殘碑加以修復，供遊人閱覽。1979年，新會縣人民政府又撥專款重修崖山祠，載花植樹，加建圍牆閘門，正殿塑文天祥、陸秀夫、張世傑像，掛楊太后、宋帝昺繡像及崖山險峻形勢圖、崖山之戰簡介等，陳列有關資料和皇帝碗、唐宋時崖山古窯的陶瓷片、宋末君臣在行軍中的食具等文物。兩廂碑廊上有陳白沙的慈元廟碑、張詡的全節廟碑、楊以城篆寫的文天祥《正氣歌》，以及明成化、嘉靖年間重修祠廟等石碑十餘塊。頻海的楊太后陵、崖山奇石亦已修復，向遊客開放。1983年以來，當地政府和海外華僑、港澳同胞先後投資和捐資共500多萬元，重建崖山祠。目前的崖山祠佔地7800平方米，建築面積2500平方米，依山建有三進大殿，中為慈元殿、後為寢宮，左為大忠祠，右為義士祠，還在後山頂建有望崖樓，樓內首層存放國家領導人游崖山的詩碑。遊客登上樓頂，可望見當年宋元大海戰的古戰場。現在崖山祠已成為重要的愛國主義教育基地.
崖山祠，訴述了一段段感人肺腑的故事，隱藏了一個個不屈的英靈的足跡和心志。;