東三省改為行省制度後，其實與內地各省在體制上並不盡相同，最重要的一點就是總督職權異常專一與龐大。據新定東三省官制規定，奉天、吉林、黑龍江三省各設行省公署，以總督為長官，巡撫為次官，「凡奏咨批札稿件，廳司皆以次呈督撫核定。總督在他省時，日行公事皆呈撫核，重要事件先呈撫核，電商總督定奪。東三省總督原則上應在奉天、吉林、黑龍江三省的行省公署辦公，但事實上則是常駐奉天，這樣便與奉天巡撫同城，發生新的督撫同城問題。
翰林院侍讀榮光奏請核議奉天官制，以督撫不能同城為由，建議裁撤奉天巡撫，認為：「向來外省官制，督撫不宜同城。今奉天為三省總督駐節，足資控馭，又有左右參贊，籌辦一切事宜，已綽有餘裕。此巡撫一缺，幾同虛設，」理應裁撤。清廷諭令東三省總督徐世昌體察情形，酌議辦理。
徐世昌上奏表示反對。他認為，東三省總督與奉天巡撫的關係，與內地督撫同城情形不同，因為內地督撫屬平行關係，職權交叉重疊，難免矛盾衝突，而東三省督撫則是從屬關係，巡撫是總督的屬官，督撫各有職權，總督統管三省軍政外交，巡撫專管本省內政，總督駐奉天只是暫時的，並非經制，所謂「總督應駐三省之中權，以扼軍政外交之樞紐，而專為籌邊治蒙之計畫，其省內一切政令，皆任之以巡撫，是巡撫不應裁，非僅為總督之入覲闕廷、出巡邊塞也。」如果裁撤奉天巡撫，則東三省總督將囿於奉天一隅，僅辦奉天巡撫之事，與吉林、黑龍江兩省隔膜，不能統管三省全局，「三省開創重要之政，必至延擱不辦；又顯然以東清南滿鐵路界限劃境而治，此中機括，關係甚大，萬難裁撤。」
徐世昌的意思是東北三省是大清龍興之地，地位重要，而且又有日俄兩大列強覬覦，應該強化管理。但是隨著袁世凱逐漸失勢，徐世昌也由從一開始的強硬反對變成了變相妥協。
徐世昌對徐天寶說道：「振華，你的兵馬正好駐紮在新民縣，與奉天不同城，而且遼西乃要地，西可以通蒙古，南可以去直隸，有你在那裡坐鎮，正好斬斷日本人伸向蒙古的爪牙。」
徐天寶心裡一陣竊喜，奉天富庶，不論礦藏農牧又或者人口，都不是熱河能比得上的，尤其還有漫長的海岸線，既能成為優良的海軍軍港又可以成為天然深水良港，對於自己今後的發展，是有利無害的。只是自己的根基已經紮在了熱河，難不成把熱河的工廠都搬到新民縣來？
徐天寶連忙擺手，說道：「我只是奉徐公之命前來助剿，若是當了奉行巡撫，不知道的人還以為我覬覦此位，排擠少川兄，那我可是跳進黃河都洗不清了。」
唐紹儀搖了搖頭，說道：「我自問長於交涉而短於實業，更不用說帶兵了。方才振華兄也說了，日人俄人近在咫尺，如果沒有強兵作為後盾，如何交涉得？振華兄若能綏靖地方，富強國家，就好比在背後為唐某撐腰啊！」
徐天寶這才假惺惺地說道：「那麼此事袁宮保知道嗎？」
唐紹儀搖了搖頭，「尚未告知~！」
這時有下屬來報，說日本滿鐵公司代表井口元太郎來遞送公文。
「讓他進來~！」徐世昌微微皺眉，示意徐天寶和唐紹儀分左右坐下
「鄙人井口元太郎，代表大日本帝國南滿洲鐵道株式會社正式向貴國遞交公文，滿洲雖然是中國領土，但大日本帝**人們曾為此浴血奮戰，故而獲得了南滿鐵路及關東州，在其他地方清國願意向何國借款日本不予干涉，但滿洲是日本的生命線，南滿鐵路對日本有重大利益，任何損害日本利益的事，帝國絕不會應允。否則……」井口元太郎留著一撮猥瑣的人丹鬍子，身材矮小，四肢粗短，說話時還縮著脖子
「否則如何？重演甲午戰爭嗎？」徐世昌面無懼色
井口元太郎笑笑,答道：「為了保衛大日本帝國的利益，我們會不惜一切代價。」
強忍怒火的唐紹儀猛地捏緊了拳頭
井口元太郎看到了唐紹儀的憤怒，但是他反倒更加囂張地說道：「如果清國想要在東北修建鐵路，我估計清國在資金和技術上都難以實現這個目標，依我看最好是中日合辦的最好。」
唐紹儀冷冷道：「現在全國上下興起了收回利權的活動，前日剛有吉長路中日合辦的消息，士紳便議論紛紛。在此節骨眼上再提中日合辦，恐怕此路是築不成了。」
井口元太郎不屑地說道：「不與大日本帝國合作，你們得不到必要的資金和技術支持，同樣也修不成。」
徐天寶開口道：「我聽說貴國的鐵路技術也是從西歐引進的，如果我國要修建鐵路，大可以聘請西歐工程師，好歹人家是祖師爺~~不是半道脫亞入歐的半吊子~」
「嗯~~」井口元太郎扳著臉，瞪著徐天寶，問道：「閣下就是熱河都統徐天寶嗎？幸會~~！」
「是~~以後我們會有更多機會交流的！」徐天寶狡黠地笑了
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話說早在1902年，東北地區兩條鐵路大動脈即將告竣，吉林將軍長順奏請修建吉林至長春的鐵路，以便於南滿鐵路相連。戶部同意撥銀八十萬兩，如有不足，由吉林省籌集。不過，當俄國人知道這個消息後，他們以吉長鐵路與東省鐵路平行影響東省鐵路的經營為由，要求由東省鐵路公司修建此路。日俄戰爭爆發後，吉長線修築一事暫時中止。
1905年，吉林將軍達貴再次奏請自辦，款項由度支部撥八十萬兩，吉林省撥銀79.9萬兩。正當吉林人民對吉長線翹首以待的時候，日本卻橫插一槓，與清政府達成協議，取得了吉長鐵路的借款權。1907年4月15日，外務部大臣那桐、瞿鴻禨、唐紹儀，與日本駐華公使林權助在北京簽訂了《新奉、吉長鐵路協約》。規定吉長鐵路所需款項半數，即日幣215萬元，向南滿籌借，借款年息5厘，實收九三折扣，鐵路總工程師及司賬人均由日本人擔任，細節上由南滿與中國郵傳部另行商訂。就這樣，日本把本屬於中國國有興辦的一條鐵路掌控在了自己的殖民工具滿鐵手中。
事實上，在處置中國東北問題上，日本關東州內「文治派」和「武治派」是有矛盾的，但盡力促成此路卻是雙方的共識。在組織架構上，關東州三巨頭形成了平衡與制約，後籐新平兼任著關東都督府顧問，而關東都督府民政長官兼滿鐵副總裁，雙方勢力交錯其間。「文治派」以後籐新平為首，強調侵略方式的隱蔽和欺騙；「武治派」以關@東@軍參謀長的兒玉源太郎為首，傾向於直接侵略方式。在討論整體方案中，雙方發生了激烈的爭吵！
這次爭吵以《新奉、吉長鐵路協約》暫告段落，文治派的後籐新平把這一協議的簽訂認為是文治派得勝的標誌，殊不知此事一經披露，立刻在奉天引起了軒然大波。
且說自從1905年清廷下達預備立憲的詔書後，各地便掀起了立憲活動的浪潮，東三省雖然位置較為偏僻，但亦有波及。到了1907年8月，梁啟超和蔣智由在東京建立政聞社，以圖靠發動和組織一定社會力量來脅迫清政府認真準備實行立憲政治。政聞社自成立伊始便組織了數次請願活動，上書要求開國會、實行立憲，並企圖打入朝廷內部延攬大權。雖然清廷很快就以「過激舉動」為由下令查禁了政聞社，但國內與政聞社性質相似的許多團體仍在為倡議立憲四處活動，且這些團體的首腦往往頗有背景，清政府不得不有所遷就。
為了合理「收編」這類政治團體，當年9月清廷便諭令各省模仿西方議會形式設立諮議局，作為「採取輿論之所」，「憚其指陳通省利弊，籌計地方治安」。年底時奉天諮議局成立，不久又由官辦改為紳辦，吉林與黑龍江兩省亦緊隨其後。到鐵礦與鐵路兩場談判開始時，奉天已完成了省諮議局和府州縣議會的成立和選舉工作。當然，這不是民主政治的開始——議員名義上由府州縣各級選民選舉，實際上由於選民占總人口的1%還不到，等於是由地方官指定，議會根據有關章程規定，選舉議長，定期開會，為地方興利除弊。由於當時並沒有確切的人口統計，清政府以漕糧數等相應折算，奉天省50名，吉、黑都是30名，在全國範圍內看來是屬於比較少的。雖然奉天省人數不多。但由於徐世昌的手段和開明，有關政治衝擊在東北各省雖然不像內地那樣轟轟烈烈，但效果並不差，「大凡預備立憲的政體全都佈置得極為周密」。
這時的諮議局議員們大多想乘著朝廷實行新政的時候一展抱負，實現富國強兵二十年的夢想。又恰逢山西商務局與福公司議定以275萬兩作贖款，將山西各屬礦權全部收回，極大的鼓舞了人心。偏偏最近接連發生和日本有關的二辰丸事件和延邊間島事件，二件事加在一起，使得民間反日情緒高漲。
這時，徐天寶乘機讓人放出日本人阻撓奉天自建鐵路、蠻橫地要求中日合辦的消息放了出去，一時間諮議局議員們爭先恐後的表態，堅決反對日本巧取豪奪。幾乎天天都有議員領著士紳百姓在總督府門口請願的。
隨後，奉天巡撫唐紹儀和東三省總督徐世昌也在奉天的報紙上表態，一定要自立自強，自己解決修鐵路的難題。隨後，1908年1月1日，一家名為東北鐵路公司的全中資鐵路公司成立，宣佈將修建一條途徑奉天、新民、朝陽、建平、寧縣最後到達赤峰的赤奉鐵路。該公司號稱完全中資，並空開發售股票，且不接受外國人認購。一時間，群情踴躍，奉天士紳紛紛慷慨解囊，一個月籌得股金五十萬兩。