當夜吹雪當著止水離開後的第七天，一個重大的消息震驚了整個忍者界，木葉的豪門宇智波一族，消失在了忍者界中。無數的消失不脛而走，整個忍者界幾乎同一時間知道了這個消息，而滅掉宇智波一族的罪魁禍首，那個叫做宇智波鼬的人，也成為木葉的s級叛忍，他的名號傳遍了整個忍者界。
沒有人知道當天到底發生了什麼，除了少數人而已。夜吹雪知道，那天鼬帶著木葉的暗部，還有「根」部，甚至「根」部中有幾個「曉」的人，來到了宇智波一族的住址中，那是一場慘烈的戰鬥，無數的木葉忍者死去，無數的宇智波一族忍者，婦女，孩童也在那一戰中死去。
鼬在自己家中，用自己手中的太刀插進自己父親和母親的胸口時，他看到了母親的笑臉，也看到了自己父親最後釋懷的笑臉，那是從苦笑轉化成的笑臉。直到最後一刻，宇智波富岳才知道自己當初所做的事情是多麼幼稚，有麼的天真。
其實陪伴在他身邊的只有自己的妻子，孩子，僅僅只有這些而已。族長的名號讓他失去了自我，失去了當初宇智波一族天才的稱號，失去了宇智波一族，失去了一族。但是讓他死的那一刻，他知道，自己還有他的妻子，宇智波美琴，還有兩個天才兒子，宇智波鼬和宇智波佐助。
他並不恨鼬，當知道了所有事情的一切之後，他甚至感覺自己的兒子的做法或許才是對的。所以他是笑著死去的，當兩人死去的時候，雖然鼬沒有真正的要了兩人的性命，但是還是打開了萬花筒寫輪眼，就算是假死，但是那用自己的太刀穿過自己父親母親身體的痛苦，讓鼬打開了宇智波一族傳說中的眼睛，萬花筒寫輪眼。
三個黑色的勾玉連在了一起，變成了三角大風車，而在這個時候，一名穿著暗部服飾的人也來到了鼬的身邊，淡淡的對鼬說道「鼬啊，看來父母對你真的很重要，真沒想到你也打開了那雙眼睛，吹雪現在估計會忙死了，一個止水就令他夠擔心了，現在又多了你。」
「大蛇丸大人？」聽到這熟悉的聲音，鼬的聲音中露出了許些欣喜，「大蛇丸大人，是老師讓您來的麼，那麼你是在帶走我的父母的吧？」
「呵呵呵，沒有錯。」雖然帶著面具，但是大蛇丸那特殊的聲音還是那麼的沙啞，那麼的具有磁性，「今天我是來要宇智波一族的屍體的，所以「曉」的人也沒有阻攔什麼，而是讓我隨意前來了。不過他們卻讓我交上一定量的三勾玉寫輪眼，這倒是我沒想到的。」
「聽吹雪說，「曉」中有個隱藏的首領，也有一隻寫輪眼，想來就是他要那些寫輪眼吧，雖然不知道要幹些什麼。不過你的父母的屍體，恰好就由我來弄，這樣就可以神不知鬼不覺的把你父母弄走了，所以你不用擔心。」
「大蛇丸大人，我的父母，會在什麼地方生活？」鼬小心翼翼的問道。
「放心吧，鼬。」大蛇丸緩緩的說道，同時拿出了一個卷軸，「你的父母會在音忍村中生活，就算沒有了宇智波一族，不過看他們此時臉上的笑臉，估計也會生活的十分開心的！」
說完，大蛇丸就開始了自己的行動，先是把宇智波富岳和宇智波美琴的「屍體」收掉，隨後開始收集宇智波一族的寫輪眼，當然了，宇智波一族的屍體大部分還是要交給木葉來處理的，而大蛇丸只是在其中做一些手腳，盡量把宇智波一族的三勾玉寫輪眼都弄走。
對於木葉在擊殺全部宇智波一族的人之後會調查這件事，大蛇丸當然也有自己的辦法瞞過去，其中的手段就不用多說了，大蛇丸自然有自己的手段，更何況這次和大蛇丸一起來到還有「蠍」。
在夜吹雪廢了團藏的修為之後，「根」部也完全交給了三代火影，所以這次宇智波一族的滅族案件，和三代火影也有脫不開的關係了。他答應了鼬，不會傷害他的弟弟，所以這一天，宇智波一族的人在三代的眼中，只剩下那個逃離木葉，為了木葉和平而犧牲自己的宇智波鼬，還有宇智波鼬的弟弟，現在忍者學校的天才忍者，宇智波佐助了。
一夜過的是那麼快，鼬成為了叛忍，讓自己的弟弟仇恨自己，希望他變強留在了木葉，而宇智波一族也消失在了眾人眼中，日向家成為了木葉的第一豪門，但是日足卻一點都高興不起來，因為這其中的內幕，他從日差那裡得知了一點。不過讓他慶幸的是，團藏那種激進派在木葉的地位遠不如前了，當然脫不了團藏看似在醫院療傷，其實被軟禁起來的事實。
沒有了激進派，日向一族基本是沒有了什麼後顧之憂，但是日足也知道，不要讓日向家變得像宇智波一族一樣有野心，那樣的話，就算木葉失去了宇智波一族，也會不惜再次斷掉自己一條手臂，把日向家也全滅掉。
止水此時已經在音忍村之中了，當看到夜吹雪的勢力之後，止水也忍不住驚訝。在宇智波一族被滅的第二天，止水也沉痛的默哀了很久，不過當看到宇智波富岳和宇智波美琴的「屍體」之後，卻開心了許久。止水就這樣在音忍村之中了，而綱手和玖辛奈，大蛇丸還有蠍的研究又多了一項，那就是如何讓萬花筒寫輪眼永遠擁有光明。
夜吹雪就算在趕路的時候，都盡量不讓自己睡覺，因為他此時可沒有時間讓自己和千葉幽鬼好好的一戰，所以都會盡量減少睡眠的時間。不過睡覺有的時候還是難以避免的，夜吹雪還是需要和老對手一戰，直到完全消滅的他。
當解決完一切之後，夜吹雪再次回到了妙木山之中，仙人模式的修煉，還有完全吞噬千葉幽鬼這些事，都需要在妙木山之中完成。而在幾個月之後，宇智波一族的滅族事件，也淡淡的消失在了所有人的眼球之中，成為的過去式。
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