僅過了兩天，畢自嚴就收到了一份「大禮」：暫領京師三大營的解勝和郝永忠，親自將五十萬兩白銀護送入城，直接存入大明銀行。同時附上一份名單，詳細列明瞭存款人的信息，為銀行省去不少麻煩。
過去不論是哪裡的官軍，只有花朝廷的餉銀，還從來沒有往回返錢的；尤其是三大營，更是個填不滿的無底洞。這次卻一下存入五十萬兩，雖然是存款，早晚還得還本付息，還是讓戶部上上下下都喜出望外。
其實他們哪裡知道，三大營可是一塊難啃的骨頭。為了整頓這支守衛京畿的「精銳」官軍，朱由檢可是煞費苦心。
俗話說「兵熊熊一個，將熊熊一窩」，朱由檢首先調整的就是三大營的統兵將領。閹黨叛亂之時，三大營在監軍太監王朝奉的率領下直接參與，因此朱由檢控制局面之後，做的第一件事就是令解勝、李定國、郝永忠各領一營，並將各營千戶以上將官全部暫時「下崗」，以秦兵骨幹暫代其職，將這支龐大的部隊牢牢地控制住。
在審定「閹黨逆案」的同時，對軍中將領的篩查也在同時進行。總兵、副總兵、參將一級的高級將領，有不少都黨附魏忠賢，甚至有些人就是魏忠賢安插進來的。有道是「皮之不存毛將焉附」，魏忠賢都完蛋了，這些人當然沒有好下場，刑部依律定罪，殺的殺關的關，很是清除了幾個軍中的大蛀蟲。
剩下的游擊、守備、千戶、百戶等中低級將領，朱由檢沒有再深究。一方面是因為他們官職較低，人微言輕，即使參與叛亂也是奉命行事，所謂「首惡必辦，脅從不問」，沒必要牽連太廣；另一方面，這些軍官人數眾多，若全部治罪，則三大營將士人人自危，也不利於開展整頓。審查的結果，這些軍官最多受到降級罰俸的處罰，而按照《大明律》，就是判個斬立決也是完全說得過去的，因此眾人無不感念浩蕩皇恩。
接下來的一步，就是徹查「空額」問題。軍中廣泛存在的「吃空餉」現象，不但大量侵吞了朝廷的餉銀，更重要的是，朝廷連自己到底有多少兵力都不知道，既不知己又不知彼，豈能不屢戰屢敗。
過去朝廷也不是不知道「吃空餉」的存在，可是首先監軍太監就是吃空餉的最大受益者，下面的主要將官也都能跟著分得不少好處；他們再拿出一部分銀兩，向魏忠賢及其黨羽行賄。上上下下都打點到了以後，也就無人深究，反正是慷國家之慨。偶有一二直臣想要查辦，他們就用軍隊嘩變來嚇唬朝廷，一直屢試不爽。
可是這次在三員大將的主導和數萬秦兵的虎視眈眈下，僅用了不到半個月，三大營的空額情況就查了個一清二楚。新任皇帝剷除閹黨的雷霆手段，還有秦兵平叛的恐怖戰鬥力，給了三大營官軍極大的震懾；本來皇帝沒有將他們治罪已是網開一面，讓他們感到慶幸，誰還敢在這個節骨眼上嘩變？
清查的結果也是觸目驚心。本來三大營每營各轄七十二衛，每衛下轄一個千戶所，每個千戶所又下轄十個百戶所，每個百戶所定員一百一十二人，三大營合計滿額應為二十四萬餘人。可是實際清點的結果，大多數百戶所兵力都不足定額的一半，有的百戶所甚至就是個空殼子，連一個兵都沒有。滿打滿算，三大營的實際兵力只有不到十萬人。
就是這十萬人，也大多是濫竽充數。三大營與其他官軍一樣，也實行軍戶制，當兵都是父子相傳。做為京師衛戍部隊，三大營甚少參與實戰，自從「土木堡之變」和于謙領導的京師保衛戰之後，基本上沒打過什麼仗，也沒有像樣的訓練，戰鬥力極為鬆弛。
三千營和神機營還稍微好一些，因為三千營是騎兵，對付步兵還稍微有點優勢；神機營以火器為主，守城的時候還能用。可是兵力最多的五軍營，卻是徹頭徹尾的「戰五渣」，否則秦兵在平叛之戰中也不會那麼輕易就攻破京師堅城。
很顯然，三大營需要整編。但朱由檢考慮再三，還是沒有採取像薊鎮和山海關那樣的，把軍戶直接變成民戶的精減政策。原因有二，一是三大營連官軍帶家眷人數太多，足有幾十萬人，規模遠超薊鎮和山海關。其中很多家眷都住在京師城內，關係盤根錯節，直接精減震動太大，也容易遭到京中大臣的反對。
二是不管怎麼說，這些人好歹比普通百姓基礎還強一些。京師是朱由檢構築的抗金全局中最重要的一環，需要大量兵力駐守，三大營這十萬人尚且不夠。與其先裁軍再擴軍，還不如充分利用現有的官軍。
當然，以這幫人現有的素質，直接上陣肯定不行，搞不好還會起副作用。所以在朱由檢的授意下，三員大將還是組織了一次軍中大比武，矬子裡拔將軍，從近十萬官軍中勉強挑出三萬還算有些戰鬥力的將士。然後將一萬五千秦兵騎兵和陸續趕到的一萬秦兵步兵、炮兵併入三大營。
如此一來，秦兵原來的建制就被打亂了。朱由檢當然想按照現代編製方法，把三大營全部整編了。但三大營與秦兵不同，現在自己也不是山高皇帝遠的藩王，而是大明帝國的最高統治者。如果對三大營進行改編，那就等於是對整個帝國的軍事制度進行重大改革，肯定會阻力重重，現在還不是好時機。
經過重組之後，京師三大營共有官軍五萬五千。其中三千營騎兵二萬五千，神機營一萬，五軍營二萬。李定國和李來亨奉旨平定西南，所選一萬精銳騎兵就是出自三千營。
剩下的六萬多官軍，雖然仍在軍籍，但素質太差，一時半會是難以訓練出來的。當然朱由檢也不會讓他們閒著吃白飯，他的政策是「解甲而不歸田」！