在朱由檢的大力推動下，十五名新科進士被選為中書舍人，協助內閣處理朝政。中書舍人沒有票擬權，但可參贊機務，幫助閣臣處理文牘，因而能接觸到整個帝國的核心事務。對於新科進士來說，既是莫大的恩典，也是皇帝著意栽培，因此人人艷羨。
除了狀元黃宗羲之外，朱由檢還欽點了榜眼吳偉業、探花夏曰瑚，以及三甲進士顧炎武、王夫之擔任這一職務。對於這五個人，群臣倒是沒什麼意見。畢竟五個裡面三個是一甲，另外兩個也小有名氣，且與皇帝早就認識，被提拔也在情理之中。
當然，朱由檢也照顧到了大臣們的情緒，剩下的十人讓朝臣推選。並且規定中書舍人的任期只有一年，一年以後必須換人。東林黨人當然大力推舉他們這一派的青年才俊，結果十人全都是東林黨人的後人。
從第二天起，除十五名中書舍人還未結束培訓外，內閣已經開始正式運轉了。朱由檢為此專門降詔：凡是一般朝務，一律先送內閣，內閣擬出票擬後再送呈御覽。同時皇帝不再每日臨朝，而是改為五日一次朝會。
朱由檢還特別撥出三大殿的第三殿建極殿，做為內閣的辦公地點。閣臣和中書舍人頒發出入紫禁城的腰牌，即使夜間也可入內辦公。如遇緊急情況，可以在任何時間在乾清門外遞牌請見皇帝，皇帝則在養心殿召見。
對朱由檢這個決定，閣臣是非常歡迎的。皇帝自從登基以來，很多事都是自己做決定，早讓大臣多有不滿。現在內閣重新開始票擬，那就等於是閣臣做決策，皇帝只是同意或否決罷了，官員集團的權力無疑得到了加強。
而且東林黨到底與閹黨不同，尤其是這八位閣臣，不管能力如何，從主觀上還是想重振朝綱，逐漸恢復大明的國力的。因此雖然枚卜大典出了不小的狀況，內閣組成也與他們預想的大不一樣，眾閣臣還是滿含對皇帝的感恩之情，迅速投入到浩繁的朝政中去了。
朱由檢是要懶政了麼？當然不是。在登基的這短短幾個月中，他已經意識到了內閣的重要性。俗話說得好，渾身是鐵，能捻幾顆釘？一個人的精力是有限的，如果不分事情大小輕重，全都親力親為，即使有秘書處的協助，也非得累死不可。
而現在有了內閣，對於不太重要的、有成例的朝政，就可以放手讓內閣去做，朱由檢只需要最後把一下關就行了。騰出來精力，他就可以重點關注更為重要，閣臣卻解決不好、解決不了的政務。
對於內閣過度攬權、甚至架空皇帝的問題，朱由檢也做了一番考慮。擴大內閣規模，安排六部尚書和非東林系的周延儒入閣，正是為了制衡東林黨。因為票擬是需要內閣成員一致同意才能做出的，若是東林黨一味胡來，其他閣臣必不同意，那就還得皇帝出面解決。
最重要的是，批紅權仍然牢牢地掌握在朱由檢手裡。說白了，內閣成員只是打工仔，最後拍板的權力始終歸於皇帝。
接下來的幾天，朱由檢不用上朝了，果然在時間上靈活了很多。他第一件要處理的大事，就是新科進士的培訓和上任。
根據朱由檢的旨意，六千進士每天都要到貢院接受培訓，為期一個月。除了禮部的官員講解官場禮儀外，剩下的就都是皇帝親自安排了。
第一天，朱由檢親至貢院慰問，並且與大家一齊「上課」。在禮部官員講完之後，第一位老師、京師國子監祭酒左光斗被從人抬著登場，講解前朝及本朝歷史。
朱由檢對歷史當然是很重視的。若不是稍微瞭解一點歷史，恐怕他在這個時空早就掛掉了。古人有云：以史為鑒，可以知興替，對於一個官員來說，具備豐富的歷史知識，樹立正確的歷史觀，也是應當具備的基本素質之一。
左光斗是當世大儒，講起史來自是游刃有餘，進士們也是聽得如癡如醉。其實對於真正的儒生而言，「經史子集」都是應該掌握的。可在科舉考試的「指揮棒」之下，很多學子都過分重視「經」，也就是四書五經，對於歷史卻沒什麼深入瞭解。經過這一次「惡補」，自然大有收穫。
左光斗講完之後，又輪到剛剛升任禮部侍郎的徐光啟講解地理，包括中國地理與世界地理。中國地理還好說，世界地理又讓進士們大開眼界。這次徐光啟可沒像在日講上那樣受到責難，因為他是本科的副主考，相當於是所有進士的恩師，這些人當然得老老實實聽著。
接下來則是戶部侍郎畢自嚴，他講解的是如何看賬簿。別看一本小小的賬簿，大多數進士都被難倒了，因為他們平時只讀聖賢書，根本都沒接觸過這東西。
朱由檢卻知道，這些人大部分是要外放到地方上去的，必然會面對各種事務。而所有事務中，經濟必須排在第一位，經濟基礎決定上層建築嘛。如果連賬目都看不懂，怎麼管理收支、怎麼籌措糧餉，又怎麼清查貪腐？
過去正因為主官不懂錢糧賬目，縣丞、主簿這樣的低級官員，以及書吏、師爺等才有搗鬼的機會。這些基層官吏的貪腐，造成的損害絕對是觸目驚心，這也是朱由檢決定從基層入手、刷新吏治的一個重要原因。
畢自嚴講完之後，又換瞭解勝登台，他的出場卻引發了進士們的一陣騷動。很多人從骨子裡是瞧不起解勝的，心想皇帝怎麼派了個武夫來？他一個大老粗，怎能給滿腹經綸的進士上課？
朱由檢見解勝有些尷尬，立即高聲道：「朕問你們，今科的考題是什麼？」
一名年輕進士反應最快，起身應道：「回陛下，是『三人行，必有我師焉』。陛下請解將軍為臣等上課，臣已明白其中深意！」
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