在袁崇煥的力薦之下，朱由檢任命黃龍為東江鎮總兵官，歸遼東巡撫高第節制。按理說黃龍之前只是正三品參將，而總兵一般都是一品，中間還隔著個二品副將，晉陞似乎太快了點；但毛承祿已經是正二品，黃龍要想節制他，當然得比他品級更高才行。
黃龍之前一直鬱鬱不得志，這次一下升為一品大員，出鎮一方，自是喜出望外。曹文詔卻是十分眼紅，雖然嘴上不敢說，心中卻有些抱怨朱由檢，也不看在李崇瑤的份上，照顧照顧他這個老熟人。
朱由檢早看出他的心事，笑呵呵地道：「曹將軍，不要著急。過幾天你隨朕一起回寧遠，今後立功的機會還多著呢，拜將封侯也不是難事。你的長處是騎戰，朕還打算讓你統領關寧鐵騎！」曹文詔這才轉憂為喜。
接下來的幾天，黃龍與毛承祿等人冒險乘船渡海抵達鐵山，將城中的士卒分批撤到皮島。與此同時，朱由檢與袁崇煥又開始清查各島上的居民。因為皮島上除了邊軍之外，毛文龍還聚攏了不少百姓，有的是漁民，有的是做海上走私生意的商人，當然也有不少情願或是不情願的倡技，加起來竟有三四萬之多。
對於這些人，袁崇煥主張將他們全部發回內地，以免兵民混處，使邊軍產生鬆懈怠慢之心。尤其是那些走私商人，違反了朝廷法度，更應從嚴治罪。
朱由檢思索了半日，卻首先將那些走私商人集合到一起，親自訓話道：「爾等不遵朝廷法度，擅自出海走私，罪可至死！」
這些商人立時嚇得魂飛魄散，痛哭流涕告饒不止。朱由檢卻奸笑著道：「不過朕有好生之德，也知道你們多是因為家境貧困，實在活不下去才冒險出海，法無可恕，情有可原。現在朕給你們指一條活路，不知你們肯不肯走？」
這些走私商人一聽可以不死，當然慶幸不已，皆磕頭如搗蒜道：「只要萬歲爺饒小人等不死，情願為朝廷當牛做馬！」
「那倒不必。」朱由檢悠然道，「你們之前走私掙了銀子，不過估計也花了不少，現在要你們退，恐怕也退不出來了。只好把你們的船隻充公，此前的走私行為既往不咎。」
船隻就是這些走私商人的飯碗，把船沒收了他們當然不會高興。但比起掉腦袋，這已經是莫大的恩典了。眾人正要謝恩，朱由檢卻又藉著道：「但是沒有了船，你們生計無著，朕也不願意看著你們餓死。這樣吧，朕要成立『皮島商行』，你們要是願意加入的，可以繼續留在船上幹你們的老本行；不願留下的也不勉強，等風暴結束後，官軍把你們送回原籍，此後再不得進行走私。」
這些人都是在家中活不下去才出來走私的，誰肯回去等死？因此皆道：「小人等願意留下！」
朱由檢滿意地笑道：「好！不過，皮島商行算是官民合營，自然要有些規矩，與你們過去胡亂走私有所不同。首先，每條船的船長從邊軍水師中選拔，並且選派士卒上船，實行軍事化管理。如果遇到緊急情況，船長有權臨機處置；但一般他們不會干擾你們正常做生意，與夷人接觸時，也不會暴露身份，只裝作你們的夥計。這麼做也是為了你們的安全著想，以後每次出海有官軍保護，豈不是好？」
其實這些走私商人過去偶爾也會做一些類似海盜的搶劫行為，如今一聽船上有官軍監管，這種事自然做不成了，有些人便猶豫起來。朱由檢也不客氣，凡是不同意的立即剔除出去，連個重新考慮的機會也不給。
剩下的自然是些老實本分的商人了，皆對軍管沒有異議。朱由檢便接著道：「貿易的利潤，官民五五分成；官軍在船上的飲食自帶，費用自理，如確需徵用你們的物資，返回皮島後照價付銀。賬冊一式二份，一目瞭然，互不相欺。怎麼樣？」
這些商人一聽又是老大不情願，因為走私貿易利潤豐厚，白花花的銀子誰願意和人分一半？但轉念一想，現在船都沒了，如果不做，那就一兩銀子都掙不到了；反之，如果接著做，雖然單次的利潤減少了，但這可是皇帝親口許可的貿易，並且有官軍保護，可以正大光明地進行，也不用藏著掖著了。只要多跑幾趟，說不定比過去掙得還多。因此權衡利弊之下，大多數人還是選擇同意。
最後，朱由檢肅容說道：「朕知道你們過去沒少和倭人、朝鮮人甚至是女真人做生意。今後，此種生意還可以做，但是貿易的種類必須嚴格限定。比如，對女真人只可出售茶葉、瓷器等物，嚴禁出售糧食、鐵器及軍械彈藥。並且絕不可洩漏你們已經加入商行的秘密，否則以通敵論，定斬不饒！」
眾人雖然不大理解朱由檢的用意，不過皇帝發了話誰敢不從，也只得凜遵而行。包括袁崇煥等人在內，都不明白朱由檢為什麼對這些「細枝末節」的事如此上心，朱由檢也懶得跟他們多解釋。
其實朱由檢此舉有兩大用意。第一，現在大明水師力量十分薄弱，最突出的問題就是缺少船隻。創立海運商行官民合營，就可以實際控制這些走私船，必要時轉為軍用。朱由檢可不是只盯著皮島這點船，如果這個方法可行，他就要大規模，在短時間內先把船隻的數量弄上去再說。
第二，對外貿易一直是朱由檢的的改革計劃中頗為重要的一環。地理大發現這個重要歷史機遇，大明已經錯過了，朱由檢不想在蓬勃發展的全球海上貿易中再次落後。
但是全面改革牽涉甚廣，由於農耕文明的保守思想根深蒂固，朝廷解除海禁又並不徹底，包括完善的海關監管、稅收等一系列與外貿有關的制度還根本沒有創立，完全放開民間貿易的時機還並不成熟。現在朱由檢先建立一個官民合營的商行，也是在為遲早都要到來的改革先行試水。至於效果如何，那就得套用前世曾經流行的一句話：實踐是檢驗真理的惟一標準！