朱由檢的遼東攻略其實也很簡單，用一句話概括就是：棄遼東、拒山海關、死守京師。
先說棄遼東，這是遼東攻略的第一步。說起來似乎簡單，無非就是放棄寧遠、錦州、大凌河等一切關外城池，將所有邊軍和人口撤入山海關內。這樣做的好處朱由檢早就想過了，既縮短了補給線，節省了大量的糧餉；又可將分散的兵力集中在關內，使後金軍喪失打運動戰、殲滅戰、圍點打援戰的機會。
但這看似簡單的第一步，其實也是最難的一步，因為這裡面有兩大極難逾越的障礙。首先是輿論，喪失國土這個罵名可太難聽了，任誰也承擔不起。這個時空的明朝官員基本上都是一根筋，只知拒敵於國門之外，根本不懂戰略戰術。況且朱由檢剛說過「祖宗之地寸土不讓」，現在若公然主動放棄遼東大片國土，大臣們該如何看他，會不會產生激烈的牴觸情緒？
而對於老百姓來說，朝廷連年加派「三餉」，基本上都用在了遼東。如今關寧防線好不容易建起來了，皇帝說放棄就放棄，豈不讓百姓寒心？
第二大障礙則是邊軍。朱由檢深知像祖大壽、吳襄這樣的將領，其實已經成了割據一方的軍閥，他們完全是把遼東當做自己的地盤，把邊軍當成了自己的私軍。他們麾下的士卒也多在遼東擁有土地和家庭，現在朱由檢要他們退入關內，等於是剝奪了他們苦心經營數年乃至數十年的全部家當，一定會遭到強大的阻力。稍有不慎，還可能激起嘩變甚至投敵，後果不堪設想。
但是障礙再大，朱由檢還是下定決心，一定要暫時放棄遼東。正所謂長痛不如短痛，雖然此舉在短期內必然會帶來很大的損失，可總比這麼一直耗著，到最後全軍覆沒強。
這也是朱由檢一定要親自來遼東的最大原因，因為只有他這個皇帝，才有足夠的權威震懾邊軍，讓他們乖乖地撤退。至於輿論問題，朱由檢打算製造一場「失敗」，讓遼東看起來不是主動放棄，而是戰敗丟失的，這樣只需對負責將領稍事懲罰即可。反正明軍在遼東是屢戰屢敗，再敗一次也沒什麼稀奇。
遼東攻略的第二步是拒山海關，這和第一步也是緊密相連的。因為邊軍撤出來必然要先退到山海關，這座「天下第一關」卻不能再放棄了。因為山海關不但離京師已經不遠，更重要的是它瀕臨渤海，地勢險要，是個極好的防禦戰場。()
在這裡朱由檢決定採納王在晉的方案，在現有關城外再築一道重城。這樣既可避免後金居高臨下攻城的情況出現，也可以充分發揮火器的優勢。
另外選擇山海關做為防禦的底線，朱由檢還充分考慮到渤海的影響。後金軍雖然騎兵冠絕天下，但完全沒有海軍；大明雖然水師力量也很孱弱，但好歹比後金強。如果皇太極真的兵臨城下，明軍完全可以將戰艦行駛到關外的近海，從海上炮擊敵人。這就是移動的炮台，還完全不用擔心遭到後金軍的攻擊。
另外，用海運向山海關運送糧餉，也比陸運擁有更多的優勢。陸運必須使用大量的人力，速度也慢，往往糧食還沒運到，先被運糧的人吃掉一多半；海運卻只要有風即可，佔用人力少、運量大、速度快，在這個沒有火車和汽車的年代，實在比手拉肩扛的陸運便捷太多了。
而之所以選擇山海關，而不是同樣臨海的寧遠或是其他什麼地方，正是因為朱由檢充分考慮到渤海的特殊地理和氣候因素。渤海是內海，冬季大部分地區會封凍，包括山海關以南的天津衛等地都會結成厚厚的海冰，船隻無法靠岸。而且後金軍還可以涉冰而過，當年覺華島就是因此覆滅。
可是在渤海之中，偏偏就有一個不凍港，那就是秦皇島港，也就是現在的山海關。道理說來也簡單，因為渤海南、北均有大河注入，北面是遼河，南面是海河和山東諸河，惟有山海關附近沒有大的河流入海。淡水比海水的含鹽量低，更容易結冰，因此山海關的位置可謂得天獨厚，這樣一個戰略要地，朱由檢當然要牢牢守住。
至於具體的守法，朱由檢打算以經過改編的祖大壽部為主，尤其是李崇瑤一手帶出來的關寧鐵騎，應該是山海關守軍的核心。這支部隊不僅要守城，還應該可以隨時出動，騷擾遼東的後金軍民，讓皇太極也嘗嘗「敵駐我擾」的滋味。
至於滿桂、趙率教等部，則分駐於薊州、宣府、大同等方向，因為朱由檢知道蒙古人早晚會倒向皇太極，歷史上後金軍六次入關，前五次都是途經蒙古草原，從上述地區突破。朱由檢並不指望滿桂和趙率教能阻擋後金軍，只要能起到個預警和遲滯的作用也就行了。而且沒必要和敵人硬拚，只須死守城池，因為後金攻擊的真正目標也不是那裡。
遼東攻略的第三步，也是最為關鍵的一步，就是死守京師。因為朱由檢經過反覆盤算，認為對付八旗鐵騎，再沒有比京師更合適的戰場了。
首先，京師對敵我雙方都具有極其重要的政治意義。對後金來說，攻陷大明的都城，當然是個極大的誘惑，歷史上皇太極第一次率軍入關，正是直取京師，釀成「己巳之變」。
而對大明來說，京師也絕不容有失，因為這是皇帝和朝廷的所在地，淪陷就意味著亡國。故而只要有外敵攻擊京師，天下勤王兵馬就會雲集響應，京師內的軍民也會同仇敵愾，奮起殺敵。
對朱由檢自己，這也正好應了「天子守國門」之說。皇帝就是一面旗幟，如果皇帝戰鬥在第一線，自然對大明全體臣民是個極大的激勵。而如果像南宋一樣被迫向南遷都，那就將極大地動搖國人抵抗滿清的決心，極大地降低皇帝和朝廷的威信，甚至不用韃子打，國內都有可能自己亂起來！
當然，朱由檢可不想和歷史上的崇禎皇帝一樣，真的來個「君王死社稷」。在某種程度上，他甚至有點盼望著皇太極來攻打京師！