當秦兵重新控制住外城的城牆，尤其是關上城門之後，城內的流賊立刻崩潰了。
其實從數量上來說，他們並不比秦兵少多少。如果能集結在一起，合力往外衝的話，還是有機會殺出城外的。但此時城中已經完全殺亂了套，郝搖旗又不知去向。俗話說人無頭不走，鳥無頭不飛，失去了指揮的流賊已經完全喪失了判斷形勢的能力。
一見秦兵佔領外城牆，剛才還能奮力拚殺的流賊們，此刻卻鬥志全消，覺得再無逃脫的希望，紛紛拋掉兵器請降。
而秦兵此時已經殺紅了眼，尤其是騎兵，因為剛才的一戰付出了重大傷亡，從將領到普通士兵都急欲為戰友報仇。因此他們根本不管流賊已經繳械投降，仍是不停地掄刀砍殺。
朱由檢在內城上看得真切，忙親自出馬，制止了這種瘋狂的行為。他並不是可憐流賊的性命，但目前的當務之急是要控制住城內的形勢，而不是殺戮。
在他的嚴厲喝斥下，李來亨、解勇等將領才清醒過來，一邊重新組織隊伍，將城門嚴密地守住，一邊收繳降兵的武器，並把他們趕到監獄之中。
說到監獄，這也是秦王莊的一座重要建築。因為從民團到秦兵歷次作戰，總會抓到一些俘虜。對這些俘虜當然不能一殺了之，因為其中很多人也都是剛剛從賊，並且是被迫的，雖然也多多少少有些惡行，但還罪不至死。而且朱由檢畢竟只是一個藩王，從理論上來說是沒有權力殺人的。即使是縣令孫傳庭，也只能審案，判決還要到更高一級的衙門。
但若就這麼放了，顯然也是不行的。一來這些人畢竟當了土匪或是流賊，就算什麼也沒幹，依《大明律》也是死罪。況且其中確有不少人曾經為惡，甚至還殺過人，若不審清就放，豈不讓戕害百姓的兇手逍遙法外。
二來就算這些人全是無辜的，但他們之所以做賊，主要還是因為貧窮。放了他們當然簡單，但他們出去以後還是沒有活路，早晚還得造反。
對這個迫切而棘手的問題，朱由檢也曾想過推出去，即將這些人全部交給西安府處置。但轉念一想，其中還有不少婦孺，若交給官府，肯定全得掉腦袋，那可太殘忍了。所以他最終還是決定興建監獄，自己來處理這些俘虜。
在秦王莊大興土木之時，朱由檢就特意在內外城中都劃出一大片地，專門用來興建監獄。當然「監獄」這個名字太過顯眼，朱由檢取了個稍微好聽點的名字：勤恩所。顧名思義，就是用辛勤的勞動，來報答秦兵的不殺之恩，減輕自己的罪過！
對於不同的犯人，朱由檢也區別對待。像流賊的眷屬，其實不過是些老幼婦孺，朱由檢就讓他們住在內城的監獄中。這裡條件稍好一些，和現代的監獄感覺差不多。每天一日三餐都正常供應，犯人還可以在院子裡放放風，自由活動一會兒。
至於那些曾參與作戰的男性俘虜，朱由檢就沒那麼客氣了。關押他們的監獄在外城，為了防止賊人越獄，朱由檢把這所監獄修得固若金湯。地面和牆壁全都是是用青石壘的，每間牢房的大門也都是用小臂粗細的鐵棍製成。一間不足十平方的牢房裡，至少要塞上十幾個犯人，至於他們受得了受不了，那就不在朱由檢的考慮範圍之內了。
由於條件所限，獄中也根本不設讓犯人活動的院子，輪到誰幹苦力活，自有專人將他們押到指定地點，在荷槍實彈的鳥銃手的監督下幹活，幹完立即扔回牢房中。因此，像《肖申克的救贖》或者是《越獄》那樣的故事，在這裡是絕對不可能發生的。
之前外城的監獄還比較空，今天卻一下子擠了個爆滿。朱由檢沒時間細分是流賊還是老百姓，更沒時間去審問，只能一股腦地將他們先塞進去再說。
在這其中，攻入城內的流賊至少有兩千人，除了有一半左右戰死，還剩著一千來人。而被驅趕著來攻城的老百姓就更多，幾乎達到上萬人。這一萬人被塞進二百多間牢房之中，那擁擠程度可想而知，簡直就跟沙丁魚罐頭差不多。
對此朱由檢和秦兵也沒工夫憐憫，誰讓他們來攻城！大多數人對這種待遇倒也逆來順受，畢竟好死不如賴活著，人家沒要了自己的小命已經很不錯了。
待城中完全平靜下來，已是深夜時分，可城外的流賊卻還沒消停。雖然嘗到了手榴彈的滋味，誰也不敢靠城牆太近，但他們仍在外護城河之外鼓噪，沒有要撤退的意思。
其實李自成心裡很清楚，這次的攻城已經徹底失敗了。剛才郝搖旗驅趕著老百姓攻破外城，他還以為即將大功告成，繃了很多天的神經剛剛有所放鬆。
哪料頃刻之間，戰局竟發生了天翻地覆的變化，不但官軍重新佔領外城牆，而且包括郝搖旗在內，一萬多流賊和老百姓幾乎全被包了餃子，跑出來的百不存一！他常常自詡善於用兵，可是這一次，他是徹底地被敵人給耍了！
到現在李自成也很明白，現在闖營雖然還有幾萬人，但能作戰的士卒已不足六千。剛才那麼多人都攻不下來，現在這點兵力就更沒戲了，趕緊遁走方為上策。
可是吃了這麼大的虧，還折損了大將郝搖旗，這口氣他實在是嚥不下去。而且郝搖旗現在生死不明，若就這麼抬腿走人，也會寒了將士的心。因此他才讓流賊在城外繼續鼓噪，其實也不過是做做樣子罷了。
可他正在營中生悶氣，突然有小校來報：「啟稟闖將，官軍讓您陣前答話，說是要談談放還俘虜的事！」
李自成心頭猛地一喜，暗想別看守軍勝了這一仗，大概也實在支撐不下去了。故此才以放還俘虜為由，和自己談談條件。
他為人一向奸狡多智，立即打定主意，先把被俘的郝搖旗等人騙回來再說。至於許給對方的承諾，全是扯蛋！只要還有一線希望，他都要攻破城池，屠盡城中所有的人，狠狠地出出胸中這口惡氣！
於是他馬上在各位大將的陪同下，緩轡來到外護城河外，沖城頭高聲喊道：「既要商議交還俘虜，可敢出來談判？」
「李自成，你腦子進水了是吧！」城頭的朱由檢意氣風發地喊道，「還想著把本王誆出城？就這麼說吧，你要嫌喊著費勁，走近點也行！」