千年之後，葬靈師傳承反噬，靈帝借助雲明身體轉世，鎖靈陣破滅，域外之仙降臨，開始搜尋創造這片天地的靈帝遺藏。
死城太子欲尋找天地間的密藏，將這片天地間生靈囚禁，但是卻被遠在西荒的雲明無意間阻止，而雲明在西荒尋到了世界間輪迴的雛形，原來那些死去的修仙者元神全部都被拘禁了起來，化作了輪迴。
雲明開始煉化輪迴的雛形，但是就在這時，第二元神反噬，靈帝復甦！死城太子與靈帝一戰，靈帝不敵之下將天地獻祭，欲和死城太子同歸於盡。
世界開始崩塌，所有人散落域外瑤光境，靈帝最終死亡，死亡後雲明身體落入域外。
雲明借助太清劍內元神存活，在域外巧遇天機術士，得以重修，並初步建立太一宮，雲明師弟玄殊投奔，後玄殊反目，雲明被迫解散太一宮，在以天機術士生命為代價逃離後，雲明便開始報復玄殊拜入的門派補天闕，秘密潛入。
將補天闕鎮教之寶盜走後，雲明陷入了四大門派的圍剿，無奈之下來到無上魔境，被劉志傑抓獲，送入困仙塔，雲明因此命辰之象大圓滿，逃出困仙塔，與劉志傑大戰後劉志傑逃走，雲明回到瑤光境，發現導致一切悲劇的真正元兇是太虛，開始逐漸拔除太虛在瑤光境的勢力。
雲明重新召集太一宮，自此太一宮在瑤光境有了立足之地，原先世界的人紛紛投奔，雲明與水漣道衡重逢，得知太一宮一眾被關在瑤光境內瑤光帝闕，便開始逐步謀劃營救方案，推動太一宮在瑤光境的地位。
太一宮在宗門排位站中一戰成名，獲得進入瑤光帝闕的機會，見瑤光仙帝。雲明依計營救眾人，但是被叛徒出賣，只救出一小部分人，秦添戰死。雲明一氣之下逃遁到瑤光帝闕寶庫，大肆搜刮，瑤光仙帝震怒，雲明攜太一宮一眾逃遁入玄虛境，得玄虛仙帝庇護。
玄虛仙帝招婿，雲明發覺玄虛公主是若兮，大怒，與眾情敵展開了決鬥，在千難萬險之下與若兮成婚，得知若兮想要復活自己真正的父母，雲明冒險下幽冥，得知輪迴已經破損，發誓修復輪迴。
玄虛仙帝道傷發作，於玄虛境與瑤光境交界處被瑤光仙帝偷襲，身死。雲明掌握玄虛境，登基當天心有所感，創出天運長生決，玄虛境改名長生境。
若兮為雲明產下一子，但是當天被自己的孩子吸盡生機死亡，雲明護住若兮魂魄，不讓其消散，與無上魔境之主李思仁相談，得知可以用生靈鮮血重塑輪迴，雲明開始大肆向周圍仙境進攻。
四周仙境仙帝無奈，聯合在一起，以最終一戰的名義將雲明請到幽冥一戰，這時無上魔境之主李思仁突然出現，偷襲雲明。雲明負傷，並將李思仁斬殺，無上魔境大舉來犯，瞬間將長生境大半攻陷，雲明無奈，開啟域陣，除卻帝闕之內，所有生靈都消散了，雲明借助怨氣躲開眾仙帝圍攻，來到輪迴破損處，欲補全輪迴。
眾仙帝趕到，施展封印之術，將雲明封印在輪迴中，維持輪迴的穩定。
雲明修復輪迴，將自己元神和錦繡山河圖一道送入輪迴，捨棄肉身和修為，在萬年後雲明與若兮素昕重逢。
（全書終）
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