在遠古時期千手一族與宇智波一族簽訂停戰協定之後，千手一族族長千手柱間建
立了木葉忍者村，並且成為第一任火影，宇智波一族作為創建木葉的元老之一生活在木葉，但在一二三代火影的統治之下，宇智波一族在木葉的地位越來越薄弱，到了第三代火影在位時期，宇智波斑由於憎恨族人背叛自己便在木葉召喚九尾，掀起了《火影忍者》開端的九尾之亂，這是一場陰謀，而木葉的領導層不知宇智波斑尚在人世，因為能控制九尾的只有寫輪眼而已便將懷疑導向宇智波一族，在木葉高層的要求下，宇智波被迫將家族遷到木葉村一隅居住。最終，宇智波一族人為了恢復家族的名望和地位決心發動叛亂，其中鼬的父親宇智波富岳成為叛亂的策劃者與領導者，他逼迫鼬成為暗部一員替宇智波一族獲取木葉上層情報，鼬不得已只得進入暗部，而木葉上層利用鼬熱愛和平，不忍戰亂的心理逼迫其監視宇智波，從此，鼬成為了一名在木葉與宇智波政治夾縫中權衡利弊的雙重間諜。他將族人叛變的計劃透露給了木葉上層，上層給他下達了滅掉宇智波一族的殘酷命令，並威脅他說，如果你不動手的話，將會由我們（暗部）動手。在一族與木葉村乃至於整個忍者世界的和平之間權衡利弊，鼬最終痛苦地接受了這個機密任務，因為他不忍心讓更多人經歷戰亂，面臨家破人亡妻離子散的悲哀。難以想像鼬當時的心情，因為他要執行的任務是殺掉和自己生活多年的族人，還有自己深愛的親人，甚至有自己發誓要保護一生的弟弟佐助。
第三次忍界大戰，鼬年僅四歲就目睹了太多的死亡，對於這麼小年紀就經歷戰爭的他來說，戰爭簡直就是地獄，這個創傷使鼬厭惡戰亂，從此成為一個熱愛和平的男人，他將村子的安定放在第一位，為和平盡心竭力，沒有被一族的瓶頸所束縛，成為一個熱愛村子的忍者。此時此刻他面臨著和平與摯親之間的選擇，最終他還是選擇忍痛親手降下宇智波一族的帷幕，背負弟弟對他的憎恨離開了村子。
鼬找到斑，要求他與自己一同滅族，最終兩人在一夜之間將宇智波全員抹殺，惟獨留下了弟弟佐助。他在月讀的世界裡欺騙佐助，把滅族說成是為了測試自己的器量，為的是給予佐助新的人生目標，讓佐助不斷地變強，以防木葉上層對其不利，而鼬自己卻背負一切污名成為了木葉的叛忍。在漫畫第403話裡佐助的回憶中，在鼬離開之時，佐助因為受到巨大刺激而開了一勾玉寫輪眼，並在追逐中用苦無將鼬的護額打下，鼬拾起護額，重新戴上，然後佐助看到了，他的哥哥，宇智波鼬流下了痛苦的眼淚。隨後佐助因受打擊過大而昏迷在地，並且忘記了這一小段場景，鼬從此也就離開了木葉忍者村，以不許斑對木葉下手為代價加入「曉」組織（根據斑的描述，鼬在曉的時候常會回憶起村子還有他最愛的弟弟）。
毫無疑問，鼬是一個英雄，但他只能以殺死一族罪名被人們所知曉，他用一生來維護忍者世界的和平，並為親愛的弟弟佐助付出了一切。【者之書語：村子是累贅嗎——比誰都要渴望和平的鼬，被這充滿無情與矛盾的刀
刃深深刺痛了……！！為了和平，不，為了世界的和平，鼬決定執行抹殺全族的任務，唯一的一點，就是他無法對弟弟佐助痛下殺手，放過了佐助鼬，強忍著在弟弟的面前偽裝成背叛者，一族懷揣的野心，村子的猜忌，都化為叛忍的標誌全部深深地刻在木葉的護額上，隨後鼬一個人離開了村子，全是為了讓那些邪惡免於侵害佐助，自己一個人承擔了「真實」的罪，而弟弟，就只留下了名為崇高一族的「虛名」】
最後的點額頭一是為了將瞳術注入佐助的體內，將佐助的左眼設置為轉寫封印·天照，該術會在看到阿飛的寫輪眼時自動對其使用天照，鼬這麼做是以防萬一，為了不讓阿飛接觸佐助；二是因為自己對佐助造成的傷害而身懷愧疚，真心請求弟弟的原諒。