有一位極漂亮的姑娘，已經過了結婚的年齡，可是仍沒有嫁人，因為常期以來她的右膝，長了個瘡，不斷往外流濃水。
華佗看過後，她父親問女兒的病情，華佗說：」派人騎馬，牽著一條栗色的狗跑三十里。回來後，乘狗身子正熱時截下狗的右腳，拄在瘡口上。」不一會兒，有一條紅色的小蛇從瘡口中出來，進到狗的腳中，那姑娘的病就好了。（出自《獨異志》）
後漢末年時，有人腹中長一結塊，白天黑夜疼痛無比。臨死時，他對兒子說：」我死以後，可以剖腹把那東西拿出來，看看到底是什麼。」
他兒子不忍心違抗父命，於是剖腹，取出一個銅槍頭，約有三分之一升左右。華佗聽說後，就前去瞭解。華佗看完，從小箱子裡取出藥放在槍頭上，槍頭立刻化成了酒。（出自《志怪》）
華佗一生有弟子多人，其中彭城的樊阿、廣陵的吳普和西安的李當之，皆聞名於世。
吳普著有《吳普本草》，李當之著有《李當之藥錄》，樊阿喜針灸，這三個弟子後來均成為有名望的醫家。
為了將醫學經驗留傳於後世，華佗晚年精心於醫書的撰寫，計有《青囊經》、《枕中灸刺經》等多部著作，可惜失傳。
吳普遵照華佗的醫術治病，許多人被治好救活了。華佗對吳普說：「人的身體應該得到運動，只是不應當過度罷了。
運動後水谷之氣才能消化，血脈環流通暢，病就不會發生，比如轉動著的門軸不會腐朽就是這樣。
因此以前修仙養道的人常做「氣功」之類的鍛煉，他們摹仿熊攀掛樹枝和鴟鷹轉頸顧盼，舒腰展體，活動關節，用來求得延年益壽」。
樊阿精通針療法。所有的醫生都說背部和胸部內臟之間不可以亂扎針，即使下針也不能超過四分深，而樊阿針刺背部穴位深到一二寸，在胸部的巨闕穴扎進去五六寸，而病常常都被治好。
樊阿向華佗討教可以服用而且對人體有好處的藥方，華佗便拿「漆葉青黏散」教給他。
藥方用漆葉的碎屑一升，青黏碎屑十四兩，按這個比例配製，說是長期服用此藥能打掉三種寄生蟲，對五臟有利，使身體輕便，使人的頭髮不會變白。樊阿遵照他的話去做，活到一百多歲。
在羅貫中的《三國演義》中，有一段華佗為關羽刮骨療毒的描寫，講的是關羽在襄陽之戰時右臂為魏軍毒箭所中。
後來，傷口漸漸腫大，十分疼痛，不能動彈。華佗為關羽剖臂刮骨，去除骨上劇毒，而關羽神色不變，尚在與人下棋。
這個故事原本是頌揚關羽之神勇、有毅力、能忍耐，也同時說明了神醫華佗的醫技高明。博得人們的稱讚和敬佩。他是我們外科醫學的鼻祖。
這是《三國演義》和湖北《襄陽府志》上記載、在民間廣為流傳的一個根據事實虛構的故事。關羽雖然有刮骨療傷，但是華佗早已在幾年前死去。
華佗由於治學得法，醫術迅速提高，名震遠近。正當華佗熱心在民間奉獻自己的精湛醫術時，崛起於中原動亂中的曹操，聞而相召。
原來曹操早年得了一種頭風病，中年以後，日益嚴重。每發，心亂目眩，頭痛難忍。諸醫施治，療效甚微。華佗應召前來診視後，在曹操胸椎部的鬲俞穴進針，片刻便腦清目明，疼痛立止。
曹操十分高興。但華佗卻如實相告：「您的病，乃腦部痼疾，近期難於根除，須長期攻治，逐步緩解，以求延長壽命。」
曹操聽後，以為華佗故弄玄虛，因而心中不悅，只是未形於色。他不僅留華佗於府中，還允許他為百姓治病。[
華佗經過數十年的醫療實踐，熟練地掌握了養生、方藥、針灸和手術等治療手段，精通內、外、婦、兒各科，臨證施治，診斷精確，方法簡捷，療效神速，被譽為「神醫」。
對此，《三國誌》、《後漢書》中都有一段內容相仿的評述。
說他善於養生（「曉養性之術，時人以為年且百歲而貌有壯容」），用藥精當（「又精方藥，其療疾，合湯不過數種，心解分劑，不復稱量，煮熟便飲，語其節度，捨去輒愈」）。
針灸簡捷（「若當針，亦不過一、兩處，下針言，『當引某許，若至，語人』，病者言『已到』，『應便拔針，病亦行差』」），手術神奇（「刳剖腹背，抽割積聚」、「斷腸滴洗」）。
所留醫案，《三國誌》中有十六則，《華佗別傳》中五則，其他獻中五則，共二十六則，在先秦和兩漢醫家中是較多的。
從其治療範圍看，內科病有熱性病、內臟病、精神病、肥胖病、寄生蟲病，屬於外、兒、婦科的疾病有外傷、腸癰、腫瘤、骨折、針誤、忌乳、死胎、小兒瀉痢等等。
他發明了麻沸散，開創了世界麻醉藥物的先例。歐美全身麻醉外科手術的記錄始於十八世紀初，比華佗晚一千六百餘年。《世界藥學史》指出阿拉伯人使用麻藥可能是由中國傳去，因為「中國名醫華佗最精此術」。
《隋書·經籍志》記有「華佗枕中灸刺經」一卷，已佚。《醫心方》所引《華佗針灸經》可能是該書的佚，《太平聖惠方》引有「華佗明堂」之。從現存佚看，《華佗針灸經》所載腧穴名稱及定位均與《黃帝明堂經》有較大不同。
華佗首創用全身麻醉法施行外科手術，被後世尊之為「外科鼻祖」。他不但精通方藥，而且在針術和灸
灸法上的造詣也十分令人欽佩。
華佗到處走訪了許多醫生，收集了一些有麻醉作用的藥物，經過多次不同配方的炮製，終於把麻醉藥試製成功，他又把麻醉藥和熱酒配製，使患者服下、失去知覺，再剖開腹腔、割除潰瘍，洗滌腐穢，用桑皮線縫合，塗上神膏，四五日除痛，一月間康復。
因此，華佗給它起了個名字——麻沸。
如果需要灸療，也不過一兩個穴位，病痛也就應手消除。
如果病患集結鬱積在體內，扎針吃藥的療效都不能奏效，應須剖開割除的，就飲服他配製的「麻沸散」，一會兒病人就如醉死一樣，毫無知覺，於是就開刀切除患處，取出結積物。
病患如果在腸中，就割除腸子病變部分，洗淨傷口和易感染部分，然後縫好腹部刀口，用藥膏敷上，四五天後，病就好了，不再疼痛。開刀時，病人自己並不感到疼痛，一個月之內，傷口便癒合復原了。[
他所使用的「麻沸散」是世界史最早的麻醉劑。華佗採用酒服「麻沸散」施行腹部手術，開創了全身麻醉手術的先例。這種全身麻醉手術，在中國醫學史上是空前的，在世界醫學史上也是罕見的創舉。
華佗在醫療體育方面也有著重要貢獻，華佗創編了一種鍛煉方法，叫做「五禽戲」，一叫虎戲，二叫鹿戲，三叫熊戲，四叫猿戲，五叫鳥戲。
可以用來防治疾病，同時可使腿腳輕便利索，用來當作「氣功」。
身體不舒服時，就起來做其中一戲，流汗浸濕衣服後，接著在上面搽上爽身粉，身體便覺得輕鬆便捷，腹中想吃東西了。
他的學生吳普施行這種方法鍛煉，活到九十多歲時，聽力和視力都很好，牙齒也完整牢固。
五禽戲是一套使全身肌肉和關節都能得到舒展的醫療體操。華佗認為「人體欲得勞動，……血脈流通，病不得生，譬如戶樞，終不朽也」。