16戰局撲朔
肅順接到穆蔭自武昌發出的告急信的時候，九江圍攻戰正進入關鍵時刻。
1844年5月下旬，曾國藩，江忠源的湘軍追擊太平軍突出湖北，沿長江進軍江西。6月初，湘軍突破西征軍田家鎮、半壁山防線後，湘軍頭目們志驕意盈，其勢洶洶。曾國藩直接上表道光帝:「長江之險，我已扼其上游，廣西賊巢所需米、石、油、煤等物，來路半已斷絕，逆船有減無增，南方大局，似要轉機，』，並聲稱要「肅清江面，直搗南昌」。他集中湘軍水陸主力於九江、湖口，希望會同神機軍再次發動決戰，摧毀太平軍的就將防線。
此時，傳來了張國梁反水奪取郴州的消息。由於郴州最開始是由張國梁反正奪取，隨後共和軍進入封鎖消息，所以肅順和曾國藩一開始並不知道共和出兵北伐。
「我早就看出來，張國梁腦後有反骨，一直沒有重用他，沒讓他帶兵。可是向軍門卻看重此人，讓他坐鎮郴州要地。」曾國藩說道。
「曾觀察，這話怎麼說？我們哪還有兵力去防守南邊的匪共。讓張國梁去防守北邊的會黨，也是事急從權嘛。」向榮為自己辯解。
「好啦！」肅順不耐煩的一拍桌子，「你們湖南人有什麼恩怨我不管，現在該怎麼辦？向軍門，你要回師平叛麼？」
「萬萬不可，」曾國藩阻止說，「發匪覆滅，就在眼前，張國梁跳樑小丑爾。反掌可滅。我們當集結重兵，全力一擊，滅殺洪楊之輩。」
「曾觀察所言，正合我意。發匪之強，猶在水師。九江城在陸路，被我神機軍重重包圍。但只要發匪還能通過水路自由出入，這九江城可難打啊。」
向榮心說：「都是你不肯將神機軍用來攻城巷戰，九江之戰，才拖延至今。」但嘴上卻說：「是啊，是啊，水師，那還有勞曾道台。」
「曾某責無旁貸！」曾國藩自從將發匪逼出湖南後，意氣風發，「九江水勢，首在鄱陽湖口，只要卡住了湖口，發匪就被斬為兩段。」
在太平軍方面，林啟容一直主持九江城防務，他在城外用糯米稀飯混沙土築壘，設炮台3座，架設重炮，附城處停泊大戰船6只，雜船1}余只。後又從湖口調來戰船70餘號，扼守江面，對江之小池口亦設3座炮台，立營3座。江心沙洲營盤一座，高建望樓，密排炮位。洲尾設巨排，橫亙數十丈，攔截江面，上環木城，安炮兩層，以大戰船數只、雜船百餘隻護衛之。
從安慶方向撤回的林鳳祥、李開芳的殿前部奉命收縮戰線，集中兵力於宿松一帶，修整補給，以牽制湖北清軍東犯，構成九江會戰的一支較大的機動兵力。
羅大綱親自駐防湖口，在城外獅子山立營數座，韋志俊在對岸梅家洲上紮營2座，以木城炮台，緊相依護。在兩岸還修築地道可藏人放炮，轟擊敵軍。
1844年6月15日，湘軍水陸會合，再次進犯九江。太平軍軍由西門出動數百人，襲擊江中湘軍水師。楊載福督勇200餘人上岸，燒燬龍開河木城1座。彭玉麟率水師主力駛犯湖口，太平軍水師倉碎應戰，被湘軍在扁擔夾洲邊燒燬大小船隻40餘號。湘軍水師遂分泊鄱陽湖口內及口外之梅家洲、八里江等處，以圖進犯湖口，策應陸師進攻九江。
6月26日，神機軍軍由上游瑟琶亭渡江，於次日駐紮九江城南門外。
但肅順只命令湘軍強攻，而讓神機軍本部在後督戰。
同日，江忠源之弟江忠濟帶勇2000人抵九江，分扎要隘。28日，羅澤南軍從下游水港渡江，以期與神機軍軍上下夾擊。九江守軍在林啟容指揮下，乘敵半渡，突然衝出數千人分路玫擊。羅澤南急督李續賓、李元度等抗拒，激戰一時。
羅澤南率部暫避鋒芒，被神機軍督戰隊以為敗逃，用排槍打死打傷近百人，羅澤南亦被擊傷。曾國藩向肅順申訴，肅順不理。
林啟榮部退回城裡，湘軍紮營白水港。由於林啟容突襲，湘軍「帳房均未渡畢，夜間風雨交加，多露立於風寒泥淖之中」。
7月2日開始，塔齊布與江忠濟兩軍進攻九江西門，直逼太平軍營壘，林啟容督軍放炮，湘軍「傷亡甚多」，三次進攻皆被擊退。
14日，林啟容指揮守軍四五千人，分股出城，攻擊塔奇布軍。敵軍不支，神機軍軍來援。野戰中大破點檢黃善雲。太平軍城東北守軍也出戰不利，退回城裡，城西守軍猛攻向榮清軍營盤，相持良久。此後數日，九江守軍閉城堅拒，不復出城作戰。
肅順暫停攻勢，在城外連營2o余座，坐困九江守軍，等待湘軍水師在湖口的戰況。曾國藩前往湖口督戰。這時，肅順和得到了共和軍進攻湖南的消息。肅順剛毅果決，壓下消息，希望畢其功於一役，解決發匪，再戰匪共。
就在前一天，1844年7月13日，湘軍水師進抵湖口之八里江一帶，但太平軍早已森嚴壁壘。14日，楊載福等焚燒西征軍船隻30餘艘，派舶板船進攻內湖，被守軍水陸配合擊退。次日，雙方再戰，不分勝負。
夜，西征軍在南岸添築土城2座，洲尾添築土城1座，又開挖地窖，用以藏人放炮，欲在兩岸夾擊湘軍。
16日，楊載福率200人沿大江南岸摧毀守軍3座新營。次日，羅大綱探知鄱陽湖口左右兩營欲降清軍，立即將其撤往城外防線後方，消餌了一次叛降活動。
7月19日，夜二更後，羅大綱從上游用小船百餘號，「或二三隻一聯，或五隻一聯，堆積柴草，實以硝藥，灌以膏油，分十餘起，縱火下放，炮船隨之，兩岸出隊千餘人，呼聲鼎沸，兼放火箭火球」，火攻湘軍船隻。「火光沖天，炮聲雷動」，但敵軍已有防備，楊載福等駕駛燦板迎擊，秦國祿等將已燃之船用篙撐人中流，使其溜下，挫敗了羅大綱的火攻計劃。
7月24日，彭玉麟督率水師特務龍舟團攻擊鄙陽湖口木牌，木牌守軍與岸上守軍協力防禦，敵軍不顧傷亡，瘋狂進攻，木牌終被擊中，藥箱爆炸燃燒，「聲若山頹」，但守軍仍誓死抵抗，「開炮不絕」，「直待全牌火漫，望樓傾倒，始自投烈焰」，二百五六十名將士與木牌歸於盡。是役湘軍水師亦傷亡400餘人之多。
同日，湘軍分東、中、西三路進犯梅家洲。韋志俊令將士憑牆施放槍炮，封鎖湘軍進攻線。敵軍以水潑地雷，然後，從竹籤木樁中逾溝而入，守軍誓死抵抗，斬殺敵軍硝長葉楚南、楊玉芳、姜凌浩等，擊退攻勢。
湘軍決意攻陷梅家洲，7月29日，江忠源督率兵勇再次進攻，「負布袋囊土人持炮」，直撲守軍營壘，有數十亡命徒越牆而入，因「拋擲火包，誤傷同人」，驚潰退出。當天夜裡，羅大綱水師夜襲湘軍。之後，不時乘夜襲擾、出擊，敵軍苦不堪言。
平等王楊秀清親臨湖口，太平軍趁熱打鐵，連續進攻，痛擊九江湘軍水師。
8月2日深夜，楊秀清令九江與小池口守軍各出動小劃數十隻，上載於柴、膏油、硝磺進人長江，乘月黑無光、天色迷漫之際，潛人敵船之間，以火彈噴筒襲擊敵船。數十隻小劃圍攻曾國藩座船，擊斃管駕、監印官典史潘兆奎、文生葛榮冊。混亂之中，曾國藩「急掉小舟駛人羅澤南營」，算是保住性命。但他的家書、奏章、地圖，甚至接奏的上諭都被太平軍繳獲。湘軍水師幾乎解體，座船破失，「人人惶愕，各船紛紛上駛。自九江以上之隆坪、武穴、田家鎮直至薪州，處處皆有(逃亡)戰船，且有棄船而逃者。糧台各所之船水手盡行逃竄」，曾國藩對此「殊難為懷」，凶焰陡降，顏面丟盡。
肅順倒是大方的邀請曾國藩到營中議事，讓彭玉麟配合神機軍進攻九江，正在這時，穆蔭的告急文書送到，共和軍已到武昌城下。